Гены и Клетки
Рецензируемый научно-информационный и аналитический журнал.
Главный редактор
- Лагарькова Мария Андреевна, член-корр. РАН, доктор биологических наук
ORCID: 0000-0001-9594-1134
Издатель
О журнале
«Гены и Клетки» (старое название «Клеточная Трансплантология и Тканевая Инженерия») – ежеквартальный рецензируемый научно-практический журнал, публикуемый с 2005 года.
Тематические направления журнала:
|
Основные рубрики
|
Типы принимаемых к рассмотрению рукописей
|
Публикации
|
Текущий выпуск
Том 20, № 4 (2025)
Научные обзоры
Возрастное старение клеток хрящевой и костной ткани: роль в развитии заболеваний и возможности терапии
Аннотация
Индуцированное различными типами стресса клеточное старение (сенесценция) вызывает необратимую остановку клеточного цикла и изменения в экспрессии генов, метаболизме, организации хроматина, а также в активации/усилении антиапоптотических путей. В результате этого процесса происходит формирование провоспалительного секретома, или секреторного фенотипа, ассоциированного со старением (SAS-фенотип), который запускает хроническое стерильное воспаление (инфламейджинг).
Целью обзора стал поиск доказательств роли старения клеток в развитии возрастных изменений и заболеваний суставов и костной системы, а также изучение возможностей терапии.
На основании поиска работ в электронных научных базах данных Google Scholar, PubMed (MEDLINE), Scopus и Web of Science по ключевым словам и их сочетаниям с использованием программы AMSTAR 2 в данном обзоре представлена роль старения клеток в развитии возрастных изменений, а также заболеваний суставов и костной системы. Изложены данные, доказывающие наличие стареющих клеток SAS-фенотипа с экспрессией белка p16Ink4a в микросреде хрящевой и костной ткани. Продемонстрировано, что с возрастом стволовые клетки-предшественники, остеобласты, остеоциты и хондроциты вырабатывают маркёры клеточного старения и приобретают характерные для старения признаки: геномную нестабильность, укорочение теломер, эпигенетические изменения, потерю протеостаза, митохондриальную дисфункцию и другие. Доказывается, что старение клеток и формирование секреторного фенотипа является причиной хронического воспаления, способствует развитию остеопороза и остеоартрита.
Представлена новая стратегия лечения остеопороза и остеоартрита — сенотерапия, в которой мишенью для препаратов являются стареющие клетки (сенолитики) или различные механизмы, обеспечивающие их выживание и преобразование в SAS-фенотип (сеноморфики).
Установлено, что прогресс в исследованиях старения клеток за последние 10 лет обеспечил основу для новых методов лечения суставов и костной системы. Необходимо дальнейшее изучение эндокринного действия клеток SAS-фенотипа хрящевой и костной ткани, которое будет являться основой понимания взаимодействия между различными системами стареющего организма и разработки стратегии одновременного лечения возрастных расстройств.
282-295
Флуоресцентная время-разрешённая микроскопия в иммуноонкологии: мониторинг гетерогенности опухоли, клеточной гибели и динамики иммунного ответа
Аннотация
Флуоресцентная микроскопия с временным разрешением (FLIM) активно развивается на протяжении последних двух десятилетий и играет значительную роль в биомедицинских исследованиях. Современные достижения в создании флуоресцентных зондов существенно расширили потенциал данного метода. Учитывая, что время жизни флуоресценции чувствительно к микросреде и молекулярным изменениям, FLIM представляет собой перспективный инструмент для выявления патологических состояний, включая онкологические заболевания. Эта технология позволяет наблюдать структуру опухоли и отслеживать динамические процессы в режиме реального времени, что дает возможность исследователям с поразительной точностью исследовать живые раковые клетки и их микроокружение. Более того, данный метод открывает новые возможности для мониторинга эффективности противоопухолевой терапии. Особый интерес представляет применение FLIM в разработке и оценке эффективности иммунотерапевтических стратегий. В контексте терапии солидных опухолей ключевое значение имеют данные о метаболизме и гетерогенности опухоли, механизмах клеточной гибели, а также о динамике иммунного ответа после терапевтического воздействия.
В настоящем обзоре на основании анализа современных научных данных мы обосновываем целесообразность использования FLIM в качестве важного инструмента в исследованиях, направленных на совершенствование методов иммунотерапии рака.
296-310
Оригинальные исследования
Свойства остеопластических матриксов на основе полилактидных микрочастиц и обогащённой тромбоцитами плазмы, импрегнированных аденовирусными конструкциями с геном BMP2
Аннотация
Обоснование. Ежегодно увеличивается число пациентов, нуждающихся в проведении операций по восстановлению костной ткани. Ген-активированные остеопластические матриксы представляют собой перспективную альтернативу традиционным методам костной пластики, поскольку обеспечивают длительную и направленную экспрессию генов-остеоиндукторов непосредственно в зоне дефекта.
Цель. Оценка свойств ген-активированных матриксов на основе полилактидных микрочастиц и обогащённой тромбоцитами плазмы, импрегнированных аденовирусными конструкциями с геном BMP2.
Методы. В работе использованы световая и флуоресцентная микроскопия, проточная цитофлуориметрия, спектрофотометрия, полимеразная цепная реакция в режиме реального времени, гистологическое окрашивание, гистоморфометрический анализ, МТТ-тест и биохимический тест.
Результаты. Посредством МТТ-теста и проточной цитофлуориметрии подобрана оптимальная концентрация аденовирусных векторов с геном BMP2 для импрегнации в матриксы на основе полилактидных микрочастиц и обогащённой тромбоцитами плазмы. Показано, что полученные ген-активированные матриксы не оказывают цитотоксического действия и способствуют активной пролиферации мультипотентных мезенхимальных стромальных клеток. Высвобождение генетических конструкций из матриксов происходило пролонгированно в течение 15 дней, что оценивалось спектрофотометрически. Методами флуоресцентной микроскопии и полимеразной цепной реакции в режиме реального времени установлено, что ген-активированные матриксы обеспечивали эффективную и постепенную трансдукцию клеточных культур. С помощью анализа гистологических срезов через 28 сут после внутримышечной имплантации крысам была продемонстрирована биосовместимость матриксов in vivo. Ген-активированные матриксы индуцировали остеогенную дифференцировку мультипотентных мезенхимальных стромальных клеток жировой ткани, что подтверждается возрастанием экспрессии маркёров остеогенной дифференцировки, активности щелочной фосфатазы и минерализации внеклеточного матрикса.
Заключение. Разработанные ген-активированные матриксы из полилактидных микрочастиц и обогащённой тромбоцитами плазмы, содержащие аденовирусные векторы с геном BMP2, показали свою эффективность в экспериментах in vitro и могут быть использованы для восполнения дефектов костной ткани.
311-324
Анализ нейрогенного потенциала трёхмерной культуры эксплантов спинномозговых ганглиев мыши
Аннотация
Обоснование. Культивирование спинномозговых ганглиев является широко используемым подходом для моделирования физиологических и патологических состояний периферической нервной системы in vitro. Имеющиеся литературные данные указывают на то, что постнатальные спинномозговые ганглии содержат пул глиальных стволовых клеток, которые способны дифференцироваться в нейроны после травмы. Следовательно, извлечённые спинномозговые ганглии, содержащие пул стволовых клеток, могут обладать нейрогенным потенциалом ex vivo. Однако в доступной литературе мы не нашли работ, исследующих сохранение регенеративного потенциала спинномозговых ганглиев ex vivo.
Цель. В данном исследовании мы оценили нейрогенный потенциал изолированных спинномозговых ганглиев и создали трёхмерную органотипическую культуру из этих эксплантов.
Методы. Мышиные спинномозговые ганглии, выделенные из шейного, грудного и поясничного отделов позвоночника, краткосрочно и долгосрочно культивировали в виде трёхмерной культуры в геле Geltrex. Морфологию, ультраструктуру и профиль экспрессии генов культивируемых спинномозговых ганглиев анализировали с помощью световой и электронной микроскопии, иммунофлуоресцентного окрашивания и количественной полимеразной цепной реакции с обратной транскрипцией.
Результаты. Установлено, что спинномозговые ганглии, культивируемые в Geltrex в течение 14 дней, стабильно генерировали трёхмерную периганглионарную сеть, состоящую из радиально разветвлённых удлинённых клеток. Иммунофлуоресцентное окрашивание антителами против Tuj1 (нейронспецифический бета-тубулин класса III) показало, что наблюдаемые клетки были нейрональными клетками. Иммуноокрашивание антителами против O4 подтвердило, что клетки, маркированные Tuj1, не были мигрирующими Шванновскими клетками. Количественный анализ общей РНК, выделенной из культуры эксплантов спинномозговых ганглиев с помощью полимеразной цепной реакции с обратной транскрипцией, выявил значительное увеличение матричной РНК ключевых генов, связанных с нейрогенезом, таких как Neurog1, Neurog2 и Sox2, что указывает на активацию нейрогенной программы в культивируемых эксплантах. Световая и электронная микроскопия показали, что взрослые сенсорные нейроны дегенерировали в эксплантах спинномозговых ганглиев и не вносили вклад в периганглионарную сеть. Используя доступные конфокальные возможности, мы оценили трёхмерные параметры периганглионарной сети по двумерным микроскопическим изображениям, чтобы продемонстрировать топографию нейрональных клеток, экспрессирующих Tuj1, в культуре эксплантов спинномозговых ганглиев.
Заключение. Охарактеризована трёхмерная культура спинномозговых ганглиев. Обнаружено, что выделенные экспланты демонстрируют регенеративную способность в условиях культивирования in vitro и могут представлять собой новую органотипическую модель с нейрогенным потенциалом. Полученная модель может быть релевантной для изучения процессов регенерации в спинномозговых ганглиях, расширяя возможности исследований за пределами традиционных двумерных культур, получаемых из стволовых клеток.
325-336
Метод количественной оценки сократительной активности миотуб
Аннотация
Обоснование. Миотубы — многоядерные терминально дифференцированные клетки, которые широко используются для изучения изменений, вызванных сократительной активностью мышц, метаболическими нарушениями и миопатиями. Способность к сокращению является ключевым показателем зрелости мышечных клеток, поэтому количественная характеристика этого показателя необходима для оценки степени дифференцировки миотуб. Существующие методы оценки вызванной сократительной активности миотуб имеют ряд ограничений: короткие анализируемые интервалы записи, невозможность отличить клеточную активность от артефактов и др.
Цель. Разработать метод количественной оценки вызванной сократительной активности миотуб, учитывающий период их сокращения-расслабления и влияние артефактов, а также позволяющий анализировать десятки циклов сокращения-расслабления.
Методы. Миотубы C2C12 на 9–11-й день дифференцировки стимулировали электрическим током в течение 1 ч: в течение 300 мс — последовательные биполярные прямоугольные импульсы длительностью 2 мс (45 Гц, 1,7 мА/лунка) и в течение 700 мс — покой. Сократительную активность регистрировали на видео (40 с в начале и в конце каждой сессии) и затем количественно характеризовали с помощью существующих методов, основанных на оценке смещения участка изображения или изменения яркости пикселей, а также с помощью разработанного метода, основанного на оценке среднего стандартного отклонения яркости пикселей в скользящем окне.
Результаты. Предложенный нами метод по сравнению с существующими на порядок снизил влияние артефактов (изменение фокуса и движение частиц в среде) на индекс сократительной активности миотуб, а также коэффициент вариации между техническими повторами — в 2 раза. Увеличение продолжительности анализируемой записи (до 40 с) позволило снизить вариативность (в 1,4–2,3 раза) относительно коротких видеозаписей. Программа для языка python (https://github.com/maxpauel/movindex) выложена в открытом доступе.
Заключение. В работе предложен количественный метод оценки вызванной сократительной активности миотуб, позволяющий эффективно удалять артефакты, связанные с движением частиц в культуральной среде и изменением фокуса, а также оценивать среднюю сократительную активность в кадре (поле зрения) в течение длительного времени.
337-346
Рецептор эпидермального фактора роста как мишень противоопухолевого действия мутантных форм биназы
Аннотация
Обоснование. Рецептор эпидермального фактора роста (epidermal growth factor receptor, EGFR) — один из ключевых белков клеточного сигналинга, контролирующего каскады митоген-активируемых протеинкиназ (mitogen-activated protein kinase, МАРК). Нарушение функционирования EGFR ассоциировано с развитием различных опухолевых заболеваний, что указывает на актуальность разработки таргетных анти-EGFR-препаратов. Одним из перспективных противоопухолевых агентов, способных взаимодействовать с EGFR, является рибонуклеаза (РНКаза) Bacillus pumilus — биназа, цитотоксический потенциал которой в первую очередь обусловлен её активностью в отношении внутриклеточной РНК. При этом мутантные формы биназы K26A и H101E со сниженной каталитической активностью также обладают противоопухолевыми свойствами.
Цель. Оценить вклад взаимодействия мутантных форм биназы с EGFR в их цитотоксический потенциал.
Методы. Характеристику антипролиферативной активности биназы и её мутантных форм — K26A и H101E с остаточной каталитической активностью в размере 11,0 и 0,02% соответственно — проводили методом МТТ-теста на линии клеток эпидермоидной карциномы А431 с повышенным уровнем экспрессии EGFR дикого типа. Взаимодействие РНКаз с EGFR и их способность модулировать МАРК/ERK-каскад исследовали с помощью иммунофлуоресцентного анализа. Гипотетические модели белок-белкового взаимодействия конструировали с использованием средств компьютерного моделирования. Антимиграционную активность РНКаз оценивали в стандартном тесте на зарастание царапины.
Результаты. Установлено, что биназа и её мутанты снижают пролиферативную активность опухолевых клеток А431 на 40%. Предварительная обработка клеток моноклональным антителом к EGFR цетуксимабом приводит к ослаблению цитотоксического потенциала мутантов биназы. С помощью средств компьютерного моделирования показано, что исследуемые РНКазы способны взаимодействовать с EGFR, при этом предсказано, что биназа обладает большей аффинностью к АТФ-связывающему сайту тирозинкиназного домена, а мутантные производные — к области, отвечающей за эндоцитоз рецептора. Это может опосредовать наблюдаемые различия в скорости интернализации EGFR. В отличие от биназы и мутанта K26A, каталитически неактивный мутант H101E не обладает антимиграционной активностью, что указывает на важность наличия определённого уровня ферментативной активности.
Заключение. EGFR является мишенью цитотоксического действия мутантных форм биназы, взаимодействие с ним приводит к ингибированию сигнального пути МАРК/ERK и гибели опухолевых клеток.
347-358
Пространственная характеристика участков опухоли, обогащённых макрофагами, при тройном негативном раке молочной железы
Аннотация
Обоснование. Изучение пространственного расположения иммунных клеток в опухоли является актуальным в контексте исследований взаимодействия опухолевых клеток и клеток микроокружения. Это также актуально ввиду того, что механизмы действия некоторых клеток подразумевают прямой контакт с клеткой-мишенью, в то же время коммуникация между другими клетками может проходить на определённом расстоянии посредством паракринной сигнализации при участии цитокинов. Таким образом, топография опухолевых клеток и клеток микроокружения может определять возможность и характер межклеточного взаимодействия, а значит, и эффекты иммунных клеток.
Цель. Сравнение пространственного транскриптомного профиля областей опухоли и стромы, обогащённых макрофагами, при тройном негативном раке молочной железы.
Методы. В исследование включено 8 пациенток с тройным негативным раком молочной железы. Пространственный транскриптомный анализ проведён на парафиновых срезах, фиксированных в формалине, методом высокопроизводительного секвенирования РНК с применением технологии 10X Visium. Результаты аннотации областей (спотов), обогащённых интраэпителиальными и стромальными макрофагами, были использованы для дальнейшего биоинформатического анализа.
Результаты. Выявлено 437 дифференциально экспрессированных генов между двумя группами спотов, включающих макрофаги различной пространственной локализации. Споты с интраэпителиальными макрофагами отличались активацией процессов, связанных с цитокиновым и хемокиновым сигналингом, регуляцией дифференцировки T-регуляторных клеток, организацией межклеточных контактов, заживлением ран и процессами ингибирования вирусной активности. В спотах со стромальными макрофагами наблюдалась активация биологических процессов, связанных с регуляцией ангиогенеза, миграции и рекрутирования клеток, с клеточной адгезией и ремоделированием стромы.
Заключение. Топография макрофагов в первичной опухоли при тройном негативном раке молочной железы ассоциирована с их функциональными характеристиками. Полученные фундаментальные данные могут быть использованы при разработке прогностических критериев и терапевтических подходов для модуляции микроокружения опухоли с целью улучшения отдалённых результатов лечения пациентов с тройным негативным раком молочной железы.
359-370
Особенности культивирования кератиноцитов кожи пациентов с ожоговой травмой
Аннотация
Обоснование. Ожоговая травма, особенно с формированием обширных и глубоких ожогов, вызывает не только локальные повреждения тканей, но и системные изменения в организме, затрагивающие регенеративные способности кожи. Современные методы лечения, в том числе применение клеточных технологий, направлены на ускоренное восстановление кожного покрова в условиях дефицита собственной ткани у пациента. Несмотря на использование клеток, выделенных из неповреждённых участков кожи, их жизнеспособность и способность к формированию эпителиальных структур могут быть значительно снижены. Данное исследование направлено на изучение изменений, происходящих в эпидермисе неповреждённой кожи у пациентов с обширными ожогами, а также на поиск эффективных стратегий для улучшения жизнеспособности культивируемых кератиноцитов.
Цель. Изучение системного влияния ожоговой травмы на жизнеспособность кератиноцитов эпидермиса неповреждённой кожи и разработка подходов к её повышению при культивировании.
Методы. Иммунофлуоресцентное исследование специализированных маркёров проводили на криосрезах кожи от здоровых доноров и от пациентов с ожогами. Долю живых клеток и эпидермальных стволовых клеток в культуре кератиноцитов исследовали методом проточной цитометрии. In vitro изучали способность кератиноцитов, выделяемых из кожи здоровых доноров и доноров с ожогами, к адгезии, формированию колоний и конфлюэнтного слоя клеток.
Результаты. Установлено снижение адгезивности и жизнеспособности кератиноцитов кожи от пациентов с ожогами в первые дни культивирования. Иммунофлуоресцентный анализ выявил аномальную экспрессию кератинов 6 и 17 в эпидермисе неповреждённой кожи ожоговых пациентов, увеличение доли клеток с ядерной локализацией белка YAP1 и снижение экспрессии интегринов, что свидетельствует о формировании провоспалительного фенотипа. Проточная цитометрия показала снижение доли эпидермальных стволовых клеток (ITGα6high/CD71low) у пациентов с ожогами. Для улучшения адгезии и выживаемости клеток были предложены методы культивирования с сорбцией культуральной поверхности коллагеном и добавлением ингибитора Rho-ассоциированных киназ к культуральной среде, что способствовало росту клеток и быстрому формированию конфлюэнтного слоя.
Заключение. Использование модифицированного протокола культивирования с применением коллагена I типа и ингибитора Rho-ассоциированных киназ позволяет повысить эффективность масштабирования клеток от пациентов с ожогами. Полученные результаты позволят оптимизировать процесс получения клеточных культур для лечения ожоговых больных, улучшить приживаемость трансплантируемых клеток и в итоге — повысить эффективность тканевой инженерии в комбустиологии.
371-385
