Диагностика наследственных опухолевых синдромов методом высокопроизводительного секвенирования. Опыт создания базы данных

Обложка

Цитировать

Полный текст

Аннотация

Обоснование. Ежегодно в Российской Федерации регистрируются более 500 тыс. новых случаев злокачественных новообразований, из них более 50 тыс. обусловлено наследственными формами. Своевременная диагностика данных форм позволит выявлять онкологические заболевания на ранних стадиях и своевременно проводить лечебно-профилактические мероприятия.

Цель исследования — профилактика и ранняя диагностика наследственных форм онкологических заболеваний путем создания базы данных и разработки программного обеспечения для анализа данных таргетного высокопроизводительного секвенирования.

Методы. В исследование вошли 636 образцов ДНК, полученных от пациентов, у которых установлено онкологическое заболевание с высокой вероятностью наследственной природы или отягощенное семейным анамнезом. ДНК выделяли из лимфоцитов периферической крови. Подготовку библиотек ДНК осуществляли с использованием панели зондов KAPA Hyper (Roche). Панель включала в себя зонды для таргетного обогащения кодирующей части 44 генов. Высокопроизводительное секвенирование проводили на платформе MiSeq (Illumina).

Результаты. Выявлено 65 патогенных/вероятно патогенных вариантов нуклеотидной последовательности у 96 пациентов в генах ATM, BLM, BRCA1, BRCA2, CHEK2, EPCAM, MEN1, MLH1, MSH2, MSH3, MSH6, MUTYH, PALB2, TP53. Выявлено также 2858 вариантов нуклеотидной последовательности с неизвестным клиническим значением.

Заключение. Создана локальная база данных генетических вариантов, содержащая клинико-анамнестические данные. В настоящий момент в базу депонировано 4763 варианта нуклеотидной последовательности, из них 2522 — уникальные варианты, выявленные у 1 пациента.

Об авторах

Иван Сергеевич Абрамов

Центр стратегического планирования и управления медико-биологическими рисками здоровью Федерального медико-биологического агентства

Автор, ответственный за переписку.
Email: IAbramov@cspmz.ru
ORCID iD: 0000-0002-6954-1564
SPIN-код: 1436-3601
Россия, 119121, Москва, ул. Погодинская, д. 10, с. 1

Татьяна Сергеевна Лисица

Центр стратегического планирования и управления медико-биологическими рисками здоровью Федерального медико-биологического агентства

Email: Tlisitsa@cspmz.ru
ORCID iD: 0000-0002-6212-7627
SPIN-код: 2289-4331
Россия, 119121, Москва, ул. Погодинская, д. 10, с. 1

Анна Михайловна Строганова

Национальный медицинский исследовательский центр онкологии имени Н.Н. Блохина

Email: stroganova_am@mail.ru
ORCID iD: 0000-0002-7297-5240
SPIN-код: 5295-3338

к.м.н.

Россия, Москва

Оксана Олеговна Рябая

Национальный медицинский исследовательский центр онкологии имени Н.Н. Блохина

Email: oxa2601@yandex.ru
ORCID iD: 0000-0001-6295-3497
SPIN-код: 4865-5850

к.б.н.

Россия, Москва

Анастасия Михайловна Данишевич

Московский клинический научно-практический центр имени А.С. Логинова Департамента здравоохранения Москвы

Email: danisham7@gmail.com
ORCID iD: 0000-0002-3573-8342
SPIN-код: 3195-1760
Россия, Москва

Анастасия Олеговна Хахина

Центр стратегического планирования и управления медико-биологическими рисками здоровью Федерального медико-биологического агентства

Email: AKhakhina@cspmz.ru
ORCID iD: 0000-0002-0723-9765
SPIN-код: 2922-9674
Россия, 119121, Москва, ул. Погодинская, д. 10, с. 1

Анастасия Ивановна Закаморная

Центр стратегического планирования и управления медико-биологическими рисками здоровью Федерального медико-биологического агентства

Email: AZakamornaya@cspmz.ru
ORCID iD: 0000-0001-5151-0236
SPIN-код: 6263-9686
Россия, 119121, Москва, ул. Погодинская, д. 10, с. 1

Алина Дмитриевна Мацвай

Центр стратегического планирования и управления медико-биологическими рисками здоровью Федерального медико-биологического агентства

Email: AMatsvay@cspmz.ru
ORCID iD: 0000-0002-6301-9169
SPIN-код: 2679-3183
Россия, 119121, Москва, ул. Погодинская, д. 10, с. 1

Герман Александрович Шипулин

Центр стратегического планирования и управления медико-биологическими рисками здоровью Федерального медико-биологического агентства

Email: shipulin@cspmz.ru
ORCID iD: 0000-0002-3668-6601
SPIN-код: 1908-9098
Россия, 119121, Москва, ул. Погодинская, д. 10, с. 1

Список литературы

  1. Имянитов Е.Н. Общие представления о наследственных опухолевых синдромах // Практическая онкология. 2014. Т. 15, № 3. С. 101–106. [Imyanitov EN. General ideas about hereditary tumor syndromes. Practical Oncology. 2014;15(3):101–106. (In Russ).]
  2. Biller LH, Syngal S, Yurgelun MB. Recent advances in Lynch syndrome. Fam Cancer. 2019;18(2):211–219. doi: 10.1007/s10689-018-00117-1
  3. Haraldsdottir S, Rafnar F, Frankel WL, et al. Comprehensive population-wide analysis of Lynch syndrome in Iceland reveals founder mutations in MSH6 and PMS2. Nat Commun. 2017;8(1):14755. doi: 10.1038/ncomms14755
  4. Felix GE, Abe-Sandes C, Machado-Lopes TM, et al. Germline mutations in BRCA1, BRCA2, CHEK2 and TP53 in patients at high-risk for HBOC: characterizing a Northeast Brazilian Population. Hum Genome Var. 2014;1:14012. doi: 10.1038/hgv.2014.12
  5. Kwong A, Shin VY, Ho JC, et al. Comprehensive spectrum of BRCA1 and BRCA2 deleterious mutations in breast cancer in Asian countries. J Med Genet. 2016;53(1):15–23. doi: 10.1136/jmedgenet-2015-103132
  6. Rosenthal ET, Bernhisel R, Brown K, et al. Clinical testing with a panel of 25 genes associated with increased cancer risk results in a significant increase in clinically significant findings across a broad range of cancer histories. Cancer Genet. 2017; 218-219:58–68. doi: 10.1016/j.cancergen.2017.09.003
  7. Никитин А.Г., Бровкина О.И., Ходырев Д.С., и др. Опыт создания публичной базы данных мутаций oncoBRCA: биоинформационные проблемы и решения // Клиническая практика. 2020. Т. 11, № 1. С. 21–29. [Nikitin AG, Brovkina OI, Khodyrev DS, et al. The experience of creating a public database of oncoBRCA mutations: bioinformatic problems and solutions. Journal of Clinical Practice. 2020;11(1):21–29. (In Russ).] doi: 10.17816/clinpract25860

Дополнительные файлы

Доп. файлы
Действие
1. JATS XML
Скачать

© Абрамов И.С., Лисица Т.С., Строганова А.М., Рябая О.О., Данишевич А.М., Хахина А.О., Закаморная А.И., Мацвай А.Д., Шипулин Г.А., 2021

Creative Commons License
Эта статья доступна по лицензии Creative Commons Attribution-NonCommercial-ShareAlike 4.0 International License.

Согласие на обработку персональных данных с помощью сервиса «Яндекс.Метрика»

1. Я (далее – «Пользователь» или «Субъект персональных данных»), осуществляя использование сайта https://journals.rcsi.science/ (далее – «Сайт»), подтверждая свою полную дееспособность даю согласие на обработку персональных данных с использованием средств автоматизации Оператору - федеральному государственному бюджетному учреждению «Российский центр научной информации» (РЦНИ), далее – «Оператор», расположенному по адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А, со следующими условиями.

2. Категории обрабатываемых данных: файлы «cookies» (куки-файлы). Файлы «cookie» – это небольшой текстовый файл, который веб-сервер может хранить в браузере Пользователя. Данные файлы веб-сервер загружает на устройство Пользователя при посещении им Сайта. При каждом следующем посещении Пользователем Сайта «cookie» файлы отправляются на Сайт Оператора. Данные файлы позволяют Сайту распознавать устройство Пользователя. Содержимое такого файла может как относиться, так и не относиться к персональным данным, в зависимости от того, содержит ли такой файл персональные данные или содержит обезличенные технические данные.

3. Цель обработки персональных данных: анализ пользовательской активности с помощью сервиса «Яндекс.Метрика».

4. Категории субъектов персональных данных: все Пользователи Сайта, которые дали согласие на обработку файлов «cookie».

5. Способы обработки: сбор, запись, систематизация, накопление, хранение, уточнение (обновление, изменение), извлечение, использование, передача (доступ, предоставление), блокирование, удаление, уничтожение персональных данных.

6. Срок обработки и хранения: до получения от Субъекта персональных данных требования о прекращении обработки/отзыва согласия.

7. Способ отзыва: заявление об отзыве в письменном виде путём его направления на адрес электронной почты Оператора: info@rcsi.science или путем письменного обращения по юридическому адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А

8. Субъект персональных данных вправе запретить своему оборудованию прием этих данных или ограничить прием этих данных. При отказе от получения таких данных или при ограничении приема данных некоторые функции Сайта могут работать некорректно. Субъект персональных данных обязуется сам настроить свое оборудование таким способом, чтобы оно обеспечивало адекватный его желаниям режим работы и уровень защиты данных файлов «cookie», Оператор не предоставляет технологических и правовых консультаций на темы подобного характера.

9. Порядок уничтожения персональных данных при достижении цели их обработки или при наступлении иных законных оснований определяется Оператором в соответствии с законодательством Российской Федерации.

10. Я согласен/согласна квалифицировать в качестве своей простой электронной подписи под настоящим Согласием и под Политикой обработки персональных данных выполнение мною следующего действия на сайте: https://journals.rcsi.science/ нажатие мною на интерфейсе с текстом: «Сайт использует сервис «Яндекс.Метрика» (который использует файлы «cookie») на элемент с текстом «Принять и продолжить».