Классификация снимков оптической когерентной томографии с использованием методов глубокого машинного обучения

Обложка

Цитировать

Аннотация

Обоснование. Оптическая когерентная томография — современный высокотехнологичный и информативный метод выявления патологии сетчатки глаза и преретинальных слоёв стекловидного тела. Однако описание и интерпретация результатов исследования требуют высокой квалификации и специальной подготовки врача-офтальмолога, а также значительных временных затрат врача и пациента. Вместе с тем использование математических моделей на основе аппарата искусственных нейронных сетей в настоящее время позволяет автоматизировать многие процессы, связанные с обработкой изображений. Именно поэтому актуально решение задач, связанных с автоматизацией процесса классификации снимков оптической когерентной томографии на основе глубокого обучения моделей искусственных нейронных сетей.

Цель разработать архитектуры математических (компьютерных) моделей на основе глубокого обучения свёрточных нейронных сетей, предназначенных для классификации снимков оптической когерентной томографии сетчатки глаза; сравнить результаты вычислительных экспериментов, проведённых с использованием средств Python в Google Colaboratory при одно- и многомодельном подходах, и выполнить оценки точности классификации; сделать выводы об оптимальной архитектуре моделей искусственных нейронных сетей и значениях используемых гиперпараметров.

Материалы и методы. Исходный датасет, представляющий собой обезличенные снимки оптической когерентной томографии реальных пациентов, включал более 2000 изображений, полученных непосредственно с прибора в разрешении 1920×969×24 BPP. Количество классов изображений — 12. Для создания обучающего и валидационного наборов данных осуществляли «вырезание» предметной области 1100×550×24 BPP. Изучали различные подходы: возможность использования предобученных свёрточных нейронных сетей c переносом обучения, методики изменения размера и аугментации изображений, а также различные сочетания гиперпараметров моделей искусственных нейронных сетей. При компиляции модели использовали следующие параметры: оптимизатор Adam, функцию потерь categorical_crossentropy, метрику accuracy. Все технологические процессы с изображениями и моделями искусственных нейронных сетей проводили с использованием средств языка Python в Google Colaboratory.

Результаты. Предложены одно- и многомодельный принципы классификации изображений оптической когерентной томографии сетчатки глаза. Вычислительные эксперименты по автоматизированной классификации таких изображений, полученных с томографа DRI OCT Triton, с использованием различных архитектур моделей искусственных нейронных сетей показали точность при обучении и валидации 98–100%, и на дополнительном тесте — 85%, что является удовлетворительным результатом. Выбрана оптимальная архитектура модели искусственной нейронной сети — 6-слойная свёрточная сеть, — и определены значения её гиперпараметров.

Заключение. Результаты глубокого обучения моделей свёрточных нейронных сетей с различной архитектурой, их валидации и тестирования показали удовлетворительную точность классификации снимков оптической когерентной томографии сетчатки глаза. Данные разработки могут быть использованы в системах поддержки принятия решений в области офтальмологии.

Об авторах

Александр Анатольевич Арзамасцев

Воронежский государственный университет; Национальный медицинский исследовательский центр «Межотраслевой научно-технический комплекс “Микрохирургия глаза” имени академика С.Н. Фёдорова»

Email: arz_sci@mail.ru
ORCID iD: 0000-0001-6795-2370
SPIN-код: 4410-6340

д-р техн. наук, профессор

Россия, Воронеж; Тамбов

Олег Львович Фабрикантов

Национальный медицинский исследовательский центр «Межотраслевой научно-технический комплекс “Микрохирургия глаза” имени академика С.Н. Фёдорова»

Email: fabr-mntk@yandex.ru
ORCID iD: 0000-0003-0097-991X
SPIN-код: 9675-9696

д-р мед. наук, профессор

Россия, Тамбов

Елена Валерьевна Кулагина

Национальный медицинский исследовательский центр «Межотраслевой научно-технический комплекс “Микрохирургия глаза” имени академика С.Н. Фёдорова»

Email: irina-kulagin2015@yandex.ru
ORCID iD: 0009-0006-0026-0832
SPIN-код: 8785-4949

MD

Россия, Тамбов

Наталья Александровна Зенкова

Тамбовский государственный университет имени Г.Р. Державина

Автор, ответственный за переписку.
Email: natulin@mail.ru
ORCID iD: 0000-0002-2325-1924
SPIN-код: 2266-4168

канд. психол. наук, доцент

Россия, Тамбов

Список литературы

  1. Оптическая когерентная томография сетчатки / под ред. Дж.С. Дакера, Н.К. Вэхид, Д.Р. Голдмана. Москва : МЕДпресс-информ, 2021.
  2. Oakden-Rayner L., Palme L.J. Artificial intelligence in medicine: Validation and study design. In: Ranschart E., Morozov S., Algra P., editors. Artificial intelligence in medical imaging. Cham : Springer, 2019. Р. 83–104. doi: 10.1007/978-3-319-94878-2_8
  3. Рамсундар Б., Истман П., Уолтерс П., Панде В. Глубокое обучение в биологии и медицине. Москва : ДМК Пресс, 2020.
  4. Будума Н., Локашо Н. Основы глубокого обучения. Создание алгоритмов для искусственного интеллекта следующего поколения. Москва : Манн, Иванов и Фербер, 2020.
  5. Фостер Д. Генеративное глубокое обучение. Творческий потенциал нейронных сетей. Санкт-Петербург : Питер, 2020.
  6. Постолит А.В. Основы искусственного интеллекта в примерах на Python. Санкт-Петербург : БХВ-Петербург, 2021.
  7. Арзамасцев А.А., Фабрикантов О.Л., Зенкова Н.А., Кулагина Е.В. Разработка программного обеспечения для анализа протоколов оптической когерентной томографии сетчатки глаза и автоматизированного составления их описаний // Современные проблемы науки и образования. 2021. № 6. EDN: PCVMRX doi: 10.17513/spno.31208
  8. Васильев Ю.А., Владзимирский А.В., Омелянская О.В., и др. Методология тестирования и мониторинга программного обеспечения на основе технологий искусственного интеллекта для медицинской диагностики // Digital Diagnostics. 2023. Т. 4, № 3. С. 252−267. doi: 10.17816/DD321971
  9. Каталевская Е.А., Каталевский Д.Ю., Тюриков М.И., Шайхутдинова Э.Ф., Сизов А.Ю. Алгоритм сегментации визуальных признаков диабетической ретинопатии (ДР) и диабетического макулярного отёка (ДМО) на цифровых фотографиях глазного дна // Российский журнал телемедицины и электронного здравоохранения. 2021. Т. 7, № 4. С. 17–26. EDN: PPSPAL doi: 10.29188/2712-9217-2021-7-4-17-26
  10. Kepp T., Sudkamp H., Burchard C., et al. Segmentation of retinal low-cost optical coherence tomography images using deep learning // Medical Imaging 2020: Computer-Aided Diagnosis. 2020. Vol. 11314. P. 389–396. doi: 10.48550/arXiv.2001.08480
  11. Сахнов С.Н., Аксенов К.Д., Аксенова Л.Е., и др. Разработка модели скрининга катаракты с использованием открытого набора данных и алгоритмов глубокого машинного обучения // Офтальмохирургия. 2022. № 4S. С. 13–20. EDN: VEGPAW doi: 10.25276/0235-4160-2022-4S-13-20
  12. Шухаев С.В., Мордовцева Е.А., Пустозеров Е.А., Кудлахмедов Ш.Ш. Применение сверточных нейронных сетей для определения эндотелиальной дистрофии Фукса // Офтальмохирургия. 2022. № 4S. С. 70–76. EDN: WEZTKV doi: 10.25276/0235-4160-2022-4S-70-76

Дополнительные файлы

Доп. файлы
Действие
1. JATS XML
2. Рис. 1. Обучение и валидация моделей свёрточных нейронных сетей: a — четыре свёрточных слоя; b — пять свёрточных слоёв; c — шесть свёрточных слоёв; d — семь свёрточных слоёв.

Скачать (414KB)
3. Рис. 2. Архитектура и параметры модели искусственной нейронной сети с шестью свёрточными слоями. Первая цифра в Conv2D — число используемых фильтров в слое свёртки, две следующие цифры — размер фильтра в пикселях. Активационные функции нейронов сети — relu, в выходном слое классификации — softmax. Первая цифра в полносвязном слое Dense — число нейронов.

Скачать (252KB)
4. Рис. 3. Блок-схема многомодельного алгоритма идентификации снимков оптической когерентной томографии. ИНС — искусственная нейронная сеть; ОКТ — оптическая когерентная томография.

Скачать (486KB)

© Эко-вектор, 2024

Creative Commons License
Эта статья доступна по лицензии Creative Commons Attribution-NonCommercial-NoDerivatives 4.0 International License.

Согласие на обработку персональных данных с помощью сервиса «Яндекс.Метрика»

1. Я (далее – «Пользователь» или «Субъект персональных данных»), осуществляя использование сайта https://journals.rcsi.science/ (далее – «Сайт»), подтверждая свою полную дееспособность даю согласие на обработку персональных данных с использованием средств автоматизации Оператору - федеральному государственному бюджетному учреждению «Российский центр научной информации» (РЦНИ), далее – «Оператор», расположенному по адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А, со следующими условиями.

2. Категории обрабатываемых данных: файлы «cookies» (куки-файлы). Файлы «cookie» – это небольшой текстовый файл, который веб-сервер может хранить в браузере Пользователя. Данные файлы веб-сервер загружает на устройство Пользователя при посещении им Сайта. При каждом следующем посещении Пользователем Сайта «cookie» файлы отправляются на Сайт Оператора. Данные файлы позволяют Сайту распознавать устройство Пользователя. Содержимое такого файла может как относиться, так и не относиться к персональным данным, в зависимости от того, содержит ли такой файл персональные данные или содержит обезличенные технические данные.

3. Цель обработки персональных данных: анализ пользовательской активности с помощью сервиса «Яндекс.Метрика».

4. Категории субъектов персональных данных: все Пользователи Сайта, которые дали согласие на обработку файлов «cookie».

5. Способы обработки: сбор, запись, систематизация, накопление, хранение, уточнение (обновление, изменение), извлечение, использование, передача (доступ, предоставление), блокирование, удаление, уничтожение персональных данных.

6. Срок обработки и хранения: до получения от Субъекта персональных данных требования о прекращении обработки/отзыва согласия.

7. Способ отзыва: заявление об отзыве в письменном виде путём его направления на адрес электронной почты Оператора: info@rcsi.science или путем письменного обращения по юридическому адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А

8. Субъект персональных данных вправе запретить своему оборудованию прием этих данных или ограничить прием этих данных. При отказе от получения таких данных или при ограничении приема данных некоторые функции Сайта могут работать некорректно. Субъект персональных данных обязуется сам настроить свое оборудование таким способом, чтобы оно обеспечивало адекватный его желаниям режим работы и уровень защиты данных файлов «cookie», Оператор не предоставляет технологических и правовых консультаций на темы подобного характера.

9. Порядок уничтожения персональных данных при достижении цели их обработки или при наступлении иных законных оснований определяется Оператором в соответствии с законодательством Российской Федерации.

10. Я согласен/согласна квалифицировать в качестве своей простой электронной подписи под настоящим Согласием и под Политикой обработки персональных данных выполнение мною следующего действия на сайте: https://journals.rcsi.science/ нажатие мною на интерфейсе с текстом: «Сайт использует сервис «Яндекс.Метрика» (который использует файлы «cookie») на элемент с текстом «Принять и продолжить».