Интерпретация прогноза ранних результатов органосохраняющих операций на почке с учетом «кривой обучения» хирурга с применением доверенных систем поддержки принятия медицинских решений

Обложка

Цитировать

Полный текст

Открытый доступ Открытый доступ
Доступ закрыт Доступ предоставлен
Доступ закрыт Только для подписчиков

Аннотация

Цель исследования: оценка возможности интерпретации моделей машинного обучения для прогноза ранних результатов лапароскопических органосохраняющих операций (ОСО) на почке в наблюдениях с новообразованиями паренхимы почки с учетом «кривой обучения» хирурга.

Материалы и методы. В исследовании использовались результаты 320 последовательных лапароскопических органосохраняющих операций в наблюдениях с локализованными новообразованиями паренхимы почки, выполненных 4 хирургами. Построение модели машинного обучения с учетом «кривой обучения» хирурга выполнялось на основе алгоритма экстремального градиентного бустинга (eXtreme Gradient Boosting). Для выявления значимых факторов и интерпретации работы модели прогнозирования использовался метод SHapley Additive exPlanations для расчета значения Шепли. В качестве массива входных данных были использованы три группы факторов. Первая группа – демографические и клинические характеристики пациентов: возраст, пол, индекс коморбидности Чарльсона, индекс массы тела, скорость клубочковой фильтрации (СКФ) до операции. Вторая группа – морфометрические показатели опухоли почки: индексы RENAL (R.E.N.A.L. Nephrometry Score), PADUA (Preoperative Aspects and Dimensions Used for an Anatomical), C-index (Centrality index scoring), абсолютный объем опухоли, локализация новообразования по отношению к поверхности почки. А также факторы, связанные с «кривой обучения» оператора: количество проведенных операций, периоперационные результаты последних 10 пособий хирурга. В качестве целевых перемененных были рассмотрены длительность операции; время тепловой ишемии (ВТИ); уровень СКФ через 24 ч после операции.

Результаты. Метод SHAP позволяет наглядно интерпретировать алгоритм машинного обучения на основе алгоритма экстремального градиентного бустинга для индивидуального прогнозирования ранних периоперационных результатов ОСО из лапароскопического доступа у пациентов с новообразованиями паренхимы почки. Для рассчитанных новых признаков «сложность», «угол наклона» и других с помощью метода SHAP была подтверждена высокая значимость при построении прогнозных моделей для целевых переменных, а также дана интерпретация влияния конкретных признаков на целевую переменную в построенных моделях машинного обучения.

Заключение. Рассмотренный метод интерпретации показал хорошие практические результаты, которые совпадают с наблюдениями специалистов. Использование подобных решений позволит в дальнейшем внедрить модели машинного обучения для формирования доверенных систем поддержки принятия врачебных решений.

Об авторах

Е. С. Сирота

Институт урологии и репродуктивного здоровья человека, Первый МГМУ им. И. М. Сеченова Минздрава России (Сеченовский Университет); ФГБУН «Центр информационных технологий в проектировании Российской академии наук»

Автор, ответственный за переписку.
Email: sirota_e_s@staff.sechenov.ru

к.т.н., доцент, заведующий лабораторией

Россия, Москва; Одинцово

И. А. Кузнецов

ФГБУН «Центр информационных технологий в проектировании Российской академии наук»

Email: info@ditc.ras.ru

к.т.н., доцент, заведующий лабораторией

Россия, Одинцово

П. В. Глыбочко

Институт урологии и репродуктивного здоровья человека, Первый МГМУ им. И. М. Сеченова Минздрава России (Сеченовский Университет)

Email: glybochko_p_v@staff.sechenov.ru

академик РАН, д.м.н., ректор

Россия, Москва

Д. В. Бутнару

Институт урологии и репродуктивного здоровья человека, Первый МГМУ им. И. М. Сеченова Минздрава России (Сеченовский Университет)

Email: butnaru_dv@mail.ru

д.м.н., врач-уролог, доцент, главный врач Университетской клинической больницы № 1

Россия, Москва

Ю. Г. Аляев

Институт урологии и репродуктивного здоровья человека. Первый МГМУ им. И. М. Сеченова Минздрава России (Сеченовский Университет)

Email: ugalyaev@mail.ru

член-корр. РАН, д.м.н., профессор

Россия, Москва

Д. Н. Фиев

Институт урологии и репродуктивного здоровья человека. Первый МГМУ им. И. М. Сеченова Минздрава России (Сеченовский Университет)

Email: fiev_d_n@staff.sechenov.ru

д.м.н., врач-уролог, главный научный сотрудник

Россия, Москва

А. В. Проскура

Институт урологии и репродуктивного здоровья человека. Первый МГМУ им. И. М. Сеченова Минздрава России (Сеченовский Университет)

Email: proskura_a_v_1@staff.sechenov.ru

к.м.н., врач-уролог, онколог, ассистент

Россия, Москва

А. Р. Аджиев

Институт урологии и репродуктивного здоровья человека. Первый МГМУ им. И. М. Сеченова Минздрава России (Сеченовский Университет)

Email: adzhiev-1998@bk.ru

ординатор 2-го года обучения

Россия, Москва

А. А. Жолдубаев

Институт урологии и репродуктивного здоровья человека. Первый МГМУ им. И. М. Сеченова Минздрава России (Сеченовский Университет)

Email: gradmonaco@yandex.ru

врач уролог, аспирант

Россия, Москва

Список литературы

  1. Kaprin A.D., Starinsky V.V., Shakhzadova A.O. The state of oncological care for the population of Russia in 2022. M.: P.A. Herzen Moscow State Medical Research Institute − branch of the Federal State Budgetary Institution «NMIC of Radiology» of the Ministry of Health of Russia, 2022. fig. 239 p. Russian (Каприн А.Д., Старинский В.В., Шахзадова А.О. Состояние онкологической помощи населению России в 2022 году. М.: МНИОИ им. П.А. Герцена − филиал ФГБУ «НМИЦ радиологии» Минздрава России, 2022. илл. 239 с.).
  2. Bukavina L., Bensalah K., Bray F., Carlo M., Challacombe B., Karam J.A., Kassouf W., Mitchell T., Montironi R., O’Brien T, Panebianco V., Scelo G., Shuch B., van Poppel H., Blosser C.D., Psutka S.P. Epidemiology of Renal Cell Carcinoma: 2022 Update. Eur Urol. 2022; 82(5):529–542. doi: 10.1016/j.eururo.2022.08.019.
  3. Vasudev N.S., Wilson M., Stewart G.D., et al Challenges of early renal cancer detection: symptom patterns and incidental diagnosis rate in a multicentre prospective UK cohort of patients presenting with suspected renal cancer. BMJ Open. 2020;10:e035938. doi: 10.1136/bmjopen-2019-035938.
  4. Ljungberg B., Albiges L., Abu-Ghanem Y., Bedke J., Capitanio U., Dabestani S., Fernández-Pello S., Giles R.H., Hofmann F., Hora M., Klatte T., Kuusk T., Lam T.B., Marconi L., Powles T., Tahbaz R., Volpe A., Bex A. European Association of Urology Guidelines on Renal Cell Carcinoma: The 2022 Update. Eur Urol. 2022;82(4):399–410. doi: 10.1016/j.eururo.2022.03.006.
  5. Campbell R.A., Scovell J., Rathi N., Aram P., Yasuda Y., Krishnamurthi V., Eltemamy M., Goldfarb D., Wee A., Kaouk J., Weight C., Haber G.P., Campbell S.C. Partial Versus Radical Nephrectomy: Complexity of Decision-Making and Utility of AUA Guidelines. Clin Genitourin Cancer. 2022;20(6):501–509. doi: 10.1016/j.clgc.2022.06.003.
  6. Clinical recommendations – Cancer of the renal parenchyma. 2021–2022–2023 (01/20/2023) – Approved by the Ministry of Health of the Russian Federation http://disuria.ru/load/zakonodatelstvo/klinicheskie_rekomendacii_protokoly_lechenija/54. Russian (Клинические рекомендации – Рак паренхимы почки. 2021–2022–2023 (20.01.2023) – Утверждены Минздравом РФ http://disuria.ru/load/zakonodatelstvo/klinicheskie_rekomendacii_protokoly_lechenija/54)
  7. Castelvecchi D. Can we open the black box of AI? Nature News. 2016;538(7623):20.
  8. Cacciamani G.E., Gill T., Medina L., Ashrafi A., Winter M., Sotelo R., Artibani W., Gill I.S. Impact of Host Factors on Robotic Partial Nephrectomy Outcomes: Comprehensive Systematic Review and Meta-Analysis. J Urol. 2018;200(4):716–730. doi: 10.1016/j.juro.2018.04.079.
  9. Shapley L.S. et al. A value for n-person games. 1953.
  10. Alyaev Yu.G., Sirota E.S., Bezrukov E.A., Sukhanov R.B. Computer-assisted laparoscopic operations in the surgical treatment of kidney cancer. Urology. 2018;3:30–38. Russian (Аляев Ю.Г., Сирота Е.С., Безруков Е.А., Суханов Р.Б. Компьютер-ассистированные лапароскопические операции при хирургическом лечении рака почки. Урология. 2018;3:30–38).
  11. Gridin V.N., Kuznetsov I.A., Gazov A.I., Sirota E.S. Prediction of perioperative parameters of laparoscopic organ-preserving interventions on the kidney taking into account the «learning curve» of the surgeon. Biomedical radio electronics. 2021;24(2):13–20. Day: https://doi.org/10.18127/j15604136-202102-02. Russian (Гридин В.Н., Кузнецов И.А., Газов А.И., Сирота Е.С. Прогнозирование периоперационных параметров лапароскопических органосохранных вмешательств на почке с учетом «кривой обучения» хирурга. Биомедицинская радиоэлектроника. 2021;24(2):13–20. Doi: https://doi.org/10.18127/j15604136-202102-02).
  12. Fero K., Hamilton Z.A., Bindayi A., Murphy J.D., Derweesh I.H. Utilization and quality outcomes of cT1a, cT1b and cT2a partial nephrectomy: analysis of the national cancer database. BJU Int. 2018;121(4):565–574. doi: 10.1111/bju.14055.
  13. MacLennan S. et al. Systematic review of oncological outcomes following surgical management of localised renal cancer. Eur. Urol. 2012;61(5):972–993. doi: 10.1016/j.eururo.2012.02.039.
  14. Eden C.G., Arora A., Hutton A. Cancer control, continence, and potency after laparoscopic radical prostatectomy beyond the learning and discovery curves. J Endourol. 2011;25(5):815–819. doi: 10.1089/end.2010.0451.
  15. Alimi Q., Peyronnet B., Sebe P., Cote J.F., Kammerer-Jacquet S.F., Khene Z.E., Pradere B., Mathieu R., Verhoest G., Guillonneau B., Bensalah K. Comparison of Short-Term Functional, Oncological, and Perioperative Outcomes Between Laparoscopic and Robotic Partial Nephrectomy Beyond the Learning Curve. J Laparoendosc Adv Surg Tech A. 2018;28(9):1047–1052. doi: 10.1089/lap.2017.0724.
  16. Abboudi H., Khan M.S., Guru K.A., Froghi S., de Win G., Van Poppel H., Dasgupta P., Ahmed K. Learning curves for urological procedures: a systematic review. BJU Int. 2014;114(4):617–629. doi: 10.1111/bju.12315.
  17. Sirota E.S., Rapoport L.M., Gridin V.N., Tsarichenko D.G., Kuznetsov I.A., Sirota A.E, Alyaev Y.G. Analysis of the learning curve in laparoscopic partial nephrectomy in patients with localized renal parenchymal lesions depending on the nephrometric score. Urologiia. 2020;(6):11–18. Russian. doi: 10.18565/urology.2020.6.11-18.
  18. Zhang Z., Beck M.W., Winkler D.A., Huang B., Sibanda W., Goyal H.; written on behalf of AME Big-Data Clinical Trial Collaborative Group. Opening the black box of neural networks: methods for interpreting neural network models in clinical applications. Ann Transl Med. 2018;6(11):216. doi: 10.21037/atm.2018.05.32.
  19. Buzink S.N., Botden S.M., Heemskerk J., Goossens R.H., de Ridder H., Jakimowicz J.J. Camera navigation and tissue manipulation; are these laparoscopic skills related? Surg Endosc. 2009;23(4):750–757. doi: 10.1007/s00464-008-0057-z.
  20. Lee S.M., Robertson I., Stonier T., Simson N., Amer T., Aboumarzouk O.M. Contemporary outcomes and prediction of adherent perinephric fat at partial nephrectomy: a systematic review. Scand J Urol. 2017;51(6):429–434. doi: 10.1080/21681805.2017.1357656.
  21. Thompson R.H., Lane B.R., Lohse C.M., Leibovich B.C., Fergany A., Frank I., Gill I.S,. Blute M.L., Campbell S.C. Every minute counts when the renal hilum is clamped during partial nephrectomy. Eur Urol. 2010;58(3):340–345. doi: 10.1016/j.eururo.2010.05.047.
  22. Simone G., Gill I.S., Mottrie A., Kutikov A., Patard J.-J., Alcaraz A., et al. Indications, techniques, outcomes, and limitations for minimally ischemic and off clamp partial nephrectomy: a systematic review of the literature. Eur Urol. 2015;68(4):632–640. doi: 10.1016/j.eururo.2015.04.020.
  23. Bianchi L., Schiavina R., Bortolani B., Cercenelli L., Gaudiano C., Mottaran A., Droghetti M., Chessa F., Boschi S., Molinaroli E., Balestrazzi E., Costa F., Rustici A., Carpani G., Piazza P., Cappelli A., Bertaccini A., Golfieri R., Marcelli E., Brunocilla E. Novel Volumetric and Morphological Parameters Derived from Three-dimensional Virtual Modeling to Improve Comprehension of Tumor’s Anatomy in Patients with Renal Cancer. Eur Urol Focus. 2022;8(5):1300–1308. doi: 10.1016/j.euf.2021.08.002.
  24. Hu C., Sun J., Zhang Z., Zhang H., Zhou Q., Xu J., Ling Z., Ouyang J. Parallel comparison of R.E.N.A.L., PADUA, and C-index scoring systems in predicting outcomes after partial nephrectomy: A systematic review and meta-analysis. Cancer Med. 2021;10(15):5062–5077. doi: 10.1002/cam4.4047.
  25. Veccia A., Antonelli A., Uzzo R.G., Novara G., Kutikov A., Ficarra V., Simeone C., Mirone V., Hampton L.J., Derweesh I., Porpiglia F., Autorino R. Predictive Value of Nephrometry Scores in Nephron-sparing Surgery: A Systematic Review and Meta-analysis. Eur Urol Focus. 2020;6(3):490–504. doi: 10.1016/j.euf.2019.11.004.
  26. Mir M.C., Ercole C., Takagi T., Zhang Z., Velet L., Remer E.M., Demirjian S., Campbell S.C. Decline in renal function after partial nephrectomy: etiology and prevention. J Urol. 2015;193(6):1889–1898. doi: 10.1016/j.juro.2015.01.093.
  27. Bravi C.A., Vertosick E., Benfante N., Tin A., Sjoberg D,. Hakimi A.A, Touijer K., Montorsi F., Eastham J., Russo P., Vickers A. Impact of Acute Kidney Injury and Its Duration on Long-term Renal Function After Partial Nephrectomy. Eur Urol. 2019;76(3):398–403. doi: 10.1016/j.eururo.2019.04.040.
  28. Campbell S.C. A nonischemic approach to partial nephrectomy is optimal. No. J Urol. 2012;187(2):388–90.
  29. Volpe A., Blute M.L., Ficarra V., Gill I.S., Kutikov A., Porpiglia F., Rogers C., Touijer K.A., Van Poppel H., Thompson R.H. Renal Ischemia and Function After Partial Nephrectomy: A Collaborative Review of the Literature. Eur Urol. 2015;68(1):61–74. doi: 10.1016/j.eururo.2015.01.025.

Дополнительные файлы

Доп. файлы
Действие
1. JATS XML
2. Рис. 1. Значение Шепли для параметров по длительности оперативного вмешательства

Скачать (489KB)
3. Рис. 2. Значение Шепли для параметров по времени тепловой ишемии

Скачать (433KB)
4. Рис. 3. Значение Шепли для параметров по скорости клубочковой фильтрации через 24 часа

Скачать (262KB)

Согласие на обработку персональных данных с помощью сервиса «Яндекс.Метрика»

1. Я (далее – «Пользователь» или «Субъект персональных данных»), осуществляя использование сайта https://journals.rcsi.science/ (далее – «Сайт»), подтверждая свою полную дееспособность даю согласие на обработку персональных данных с использованием средств автоматизации Оператору - федеральному государственному бюджетному учреждению «Российский центр научной информации» (РЦНИ), далее – «Оператор», расположенному по адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А, со следующими условиями.

2. Категории обрабатываемых данных: файлы «cookies» (куки-файлы). Файлы «cookie» – это небольшой текстовый файл, который веб-сервер может хранить в браузере Пользователя. Данные файлы веб-сервер загружает на устройство Пользователя при посещении им Сайта. При каждом следующем посещении Пользователем Сайта «cookie» файлы отправляются на Сайт Оператора. Данные файлы позволяют Сайту распознавать устройство Пользователя. Содержимое такого файла может как относиться, так и не относиться к персональным данным, в зависимости от того, содержит ли такой файл персональные данные или содержит обезличенные технические данные.

3. Цель обработки персональных данных: анализ пользовательской активности с помощью сервиса «Яндекс.Метрика».

4. Категории субъектов персональных данных: все Пользователи Сайта, которые дали согласие на обработку файлов «cookie».

5. Способы обработки: сбор, запись, систематизация, накопление, хранение, уточнение (обновление, изменение), извлечение, использование, передача (доступ, предоставление), блокирование, удаление, уничтожение персональных данных.

6. Срок обработки и хранения: до получения от Субъекта персональных данных требования о прекращении обработки/отзыва согласия.

7. Способ отзыва: заявление об отзыве в письменном виде путём его направления на адрес электронной почты Оператора: info@rcsi.science или путем письменного обращения по юридическому адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А

8. Субъект персональных данных вправе запретить своему оборудованию прием этих данных или ограничить прием этих данных. При отказе от получения таких данных или при ограничении приема данных некоторые функции Сайта могут работать некорректно. Субъект персональных данных обязуется сам настроить свое оборудование таким способом, чтобы оно обеспечивало адекватный его желаниям режим работы и уровень защиты данных файлов «cookie», Оператор не предоставляет технологических и правовых консультаций на темы подобного характера.

9. Порядок уничтожения персональных данных при достижении цели их обработки или при наступлении иных законных оснований определяется Оператором в соответствии с законодательством Российской Федерации.

10. Я согласен/согласна квалифицировать в качестве своей простой электронной подписи под настоящим Согласием и под Политикой обработки персональных данных выполнение мною следующего действия на сайте: https://journals.rcsi.science/ нажатие мною на интерфейсе с текстом: «Сайт использует сервис «Яндекс.Метрика» (который использует файлы «cookie») на элемент с текстом «Принять и продолжить».