Видовой спектр микроорганизмов, выделенных у пациентов госпиталя COVID-19 многопрофильного федерального медицинского учреждения

Обложка

Цитировать

Полный текст

Открытый доступ Открытый доступ
Доступ закрыт Доступ предоставлен
Доступ закрыт Только для подписчиков

Аннотация

Обоснование. Несмотря на доказанную важность вторичных бактериальных инфекций, влияющих на тяжесть вирусных респираторных заболеваний, их этиология всё ещё недостаточно изучена. Существует пробел в знаниях о природе, частоте и профилях антимикробной устойчивости бактериальных патогенов в нынешней пандемии COVID-19.

Цель исследования — описать видовой спектр микроорганизмов у пациентов госпиталя COVID-19 на базе многопрофильного федерального медицинского учреждения.

Материалы и методы. Получены и обработаны клинические образцы (кровь, отделяемое нижних дыхательных путей, моча, прочие биологические материалы) пациентов с COVID-19, находившихся на лечении в условиях госпиталя COVID-19 на базе многопрофильного федерального медицинского учреждения.

Результаты. В бактериологическую лабораторию поступила 1821 проба биоматериалов от 452 пациентов, микроорганизмы выделены из 620 (38,0%) проб. БÓльшая часть биоматериала была представлена кровью — 35,9% и отделяемым нижних дыхательных путей — 31,7%. В структуре микроорганизмов доминировали Candida albicans — 19,7%, Staphylococcus aureus — 10,2%, Klebsiella pneumoniae — 10,1%, Enterococcus faecalis — 7,9%. В начале периода работы госпиталя наиболее часто идентифицируемыми микроорганизмами были S. aureus и Haemophilus influenzae — 19,7 и 7,9% соответственно, в то время как в заключительном периоде произошла смена спектра микроорганизмов на нозокомиальные ESKAPE-патогены с множественной лекарственной устойчивостью: в структуре доминировал Acinetobacter baumannii — 24,3%. Потребление антибиотиков в стационаре выросло с 18,3 DDD/100 пациенто-дней в 2019 г. до 28,8 DDD/100 пациенто-дней в 2020 г.

Заключение. Выявлена значимая колонизация различных локусов пациентов с COVID-19 грибами рода Candida. Произошла смена микробного спектра возбудителей инфекций от внебольничных (H. influenzae и S. pneumoniae) до нозокомиальных ESKAPE-патогенов с множественной лекарственной устойчивостью. Значимо возросло потребление антибиотиков.

Об авторах

Людмила Викторовна Петрова

Национальный медико-хирургический центр имени Н.И. Пирогова; Московский научно-исследовательский институт эпидемиологии и микробиологии имени Г.Н. Габричевского

Email: PetrovaLV@pirogov-center.ru
ORCID iD: 0000-0001-6221-9743
SPIN-код: 7042-9620
Россия, Москва; Москва

Андрей Юрьевич Миронов

Московский научно-исследовательский институт эпидемиологии и микробиологии имени Г.Н. Габричевского; Академия постдипломного образования Федерального научно-клинического центра специализированных видов медицинской помощи и медицинских технологий

Email: andy.60@mail.ru
ORCID iD: 0000-0002-8544-5230
SPIN-код: 9225-1560

д.м.н., профессор

Россия, Москва; Москва

Виталий Геннадьевич Гусаров

Национальный медико-хирургический центр имени Н.И. Пирогова

Email: gusarovvg@pirogov-center.ru
ORCID iD: 0000-0002-2900-1459
SPIN-код: 9668-5339

д.м.н., доцент

Россия, Москва

Дарья Андреевна Камышова

Национальный медико-хирургический центр имени Н.И. Пирогова

Email: d.a.kamyshova@yandex.ru
ORCID iD: 0000-0003-3084-9294
SPIN-код: 1066-2506
Россия, Москва

Алина Эдуардовна Хакулова

Национальный медико-хирургический центр имени Н.И. Пирогова

Email: alina.khakulova@mail.ru
ORCID iD: 0000-0003-1257-8937
SPIN-код: 3961-2856
Россия, Москва

Михаил Николаевич Замятин

Национальный медико-хирургический центр имени Н.И. Пирогова

Автор, ответственный за переписку.
Email: zamyatinmn@yandex.ru
ORCID iD: 0000-0002-2072-7798
SPIN-код: 5228-8664

д.м.н., профессор

Россия, Москва

Татьяна Григорьевна Суранова

Академия постдипломного образования Федерального научно-клинического центра специализированных видов медицинской помощи и медицинских технологий

Email: suranovatatiana@mail.ru
ORCID iD: 0000-0003-3411-1027
SPIN-код: 7326-5273

к.м.н., доцент

 

Россия, Москва

Список литературы

  1. Kannan S., Shaik Syed Ali P., Sheeza A., Hemalatha K. COVID-19 (Novel Coronavirus 2019) — recent trends // Eur Rev Med Pharmacol Sci. 2020. Vol. 24, N 4. P. 2006–2011. doi: 10.26355/eurrev_202002_20378
  2. Sifuentes-Rodríguez E., Palacios-Reyes D. COVID-19: The outbreak caused by a new coronavirus // Bol Med Hosp Infant Mex. 2020. Vol. 77, N 2. P. 47–53. doi: 10.24875/BMHIM.20000039
  3. Sharma B., Sreenivasan P., Biswal M., et al. Bacterial coinfections and secondary infections in COVID-19 patients from a tertiary care hospital of northern India: Time to adhere to culture-based practices // Qatar Med J. 2021. N 3. P. 62. doi: 10.5339/qmj.2021.62
  4. Кузьменков А.Ю., Виноградова А.Г., Трушин И.В., и др. AMRcloud: новая парадигма мониторинга антибиотикорезистентности // Клиническая микробиология и антимикробная химиотерапия. 2019. Т. 21, № 2. С. 119–124. doi: 10.36488/cmac.2019.2.119-124
  5. Archive of EUCAST tables and documents [интернет]. [дата обращения: 02.09.2022]. Доступ по ссылке: https://www.eucast.org/ast_of_bacteria/previous_versions_of_documents/.
  6. Wang Y., Wang Y., Chen Y., Qin Q. Unique epidemiological and clinical features of the emerging 2019 novel coronavirus pneumonia (COVID-19) implicate special control measures // J Med Virol. 2020. Vol. 92, N 6. P. 568–576. doi: 10.1002/jmv.25748
  7. Garcia-Vidal C., Sanjuan G., Moreno-García E., et al.; COVID-19 Researchers Group. Incidence of co-infections and superinfections in hospitalized patients with COVID-19: a retrospective cohort study // Clin Microbiol Infect. 2021. Vol. 27, N 1. P. 83–88. doi: 10.1016/j.cmi.2020.07.041
  8. Boucher H.W., Talbot G.H., Bradley J.S., et al. Bad bugs, no drugs: no ESKAPE! An update from the Infectious Diseases Society of America // Clin Infect Dis. 2009. Vol. 48, N 1. P. 1–12. doi: 10.1086/595011
  9. Yu D., Ininbergs K., Hedman K., et al. Low prevalence of bloodstream infection and high blood culture contamination rates in patients with COVID-19 // PLoS One. 2020. Vol. 15, N 11. P. e0242533. doi: 10.1371/journal.pone.0242533
  10. Карпов О.Э., Гусаров В.Г., Замятин М.Н., и др. Управление антибиотикорезистентностью в стационаре: современные реалии и перспективы // Клиническая микробиология и антимикробная химиотерапия. 2020. Т. 22, № 4. С. 277–286. doi: 10.36488/cmac.2020.4.277-286
  11. Палагин И.С., Сухорукова М.В., Дехнич А.В., и др.; Исследовательская группа «ДАРМИС-2018». Антибиотикорезистентность возбудителей внебольничных инфекций мочевых путей в России: результаты многоцентрового исследования «ДАРМИС-2018» // Клиническая микробиология и антимикробная химиотерапия. 2019. Т. 21, № 2. С. 134–146. doi: 10.36488/cmac.2019.2.134-146
  12. Martinez-Guerra B.A., Gonzalez-Lara M.F., de-Leon-Cividanes N.A., et al. Antimicrobial Resistance Patterns and Antibiotic Use during Hospital Conversion in the COVID-19 Pandemic // Antibiotics (Basel). 2021. Vol. 10, N 2. P. 182. doi: 10.3390/antibiotics10020182
  13. Langford B.J., So M., Raybardhan S., et al. Antibiotic prescribing in patients with COVID-19: rapid review and meta-analysis // Clin Microbiol Infect. 2021. Vol. 27, N 4. P. 520–531. doi: 10.1016/j.cmi.2020.12.018
  14. Mirzaei R., Goodarzi P., Asadi M., et al. Bacterial co-infections with SARS-CoV-2 // IUBMB Life. 2020. Vol. 72, N 10. P. 2097–2111. doi: 10.1002/iub.2356

Дополнительные файлы

Доп. файлы
Действие
1. JATS XML
Скачать
2. Рис. 1. Видовой спектр патогенов у пациентов госпиталя в динамике по месяцам 2020 г.

Скачать (892KB)
Метаданные
3. Рис. 2. Уровень резистентности к антимикробным препаратам приоритетных грамотрицательных микроорганизмов у пациентов отделения реанимации и интенсивной терапии госпиталя.

Скачать (472KB)
Метаданные
4. Рис. 3. Уровень резистентности к антимикробным препаратам приоритетных грамположительных микроорганизмов у пациентов отделения реанимации и интенсивной терапии госпиталя.

Скачать (367KB)
Метаданные
5. Рис. 4. Динамика общего потребления антимикробных препаратов в стационаре Центра.

Скачать (441KB)
Метаданные

© Петрова Л.В., Миронов А.Ю., Гусаров В.Г., Камышова Д.А., Хакулова А.Э., Замятин М.Н., Суранова Т.Г., 2022

Creative Commons License
Эта статья доступна по лицензии Creative Commons Attribution-NonCommercial-NoDerivatives 4.0 International License.
 


Согласие на обработку персональных данных с помощью сервиса «Яндекс.Метрика»

1. Я (далее – «Пользователь» или «Субъект персональных данных»), осуществляя использование сайта https://journals.rcsi.science/ (далее – «Сайт»), подтверждая свою полную дееспособность даю согласие на обработку персональных данных с использованием средств автоматизации Оператору - федеральному государственному бюджетному учреждению «Российский центр научной информации» (РЦНИ), далее – «Оператор», расположенному по адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А, со следующими условиями.

2. Категории обрабатываемых данных: файлы «cookies» (куки-файлы). Файлы «cookie» – это небольшой текстовый файл, который веб-сервер может хранить в браузере Пользователя. Данные файлы веб-сервер загружает на устройство Пользователя при посещении им Сайта. При каждом следующем посещении Пользователем Сайта «cookie» файлы отправляются на Сайт Оператора. Данные файлы позволяют Сайту распознавать устройство Пользователя. Содержимое такого файла может как относиться, так и не относиться к персональным данным, в зависимости от того, содержит ли такой файл персональные данные или содержит обезличенные технические данные.

3. Цель обработки персональных данных: анализ пользовательской активности с помощью сервиса «Яндекс.Метрика».

4. Категории субъектов персональных данных: все Пользователи Сайта, которые дали согласие на обработку файлов «cookie».

5. Способы обработки: сбор, запись, систематизация, накопление, хранение, уточнение (обновление, изменение), извлечение, использование, передача (доступ, предоставление), блокирование, удаление, уничтожение персональных данных.

6. Срок обработки и хранения: до получения от Субъекта персональных данных требования о прекращении обработки/отзыва согласия.

7. Способ отзыва: заявление об отзыве в письменном виде путём его направления на адрес электронной почты Оператора: info@rcsi.science или путем письменного обращения по юридическому адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А

8. Субъект персональных данных вправе запретить своему оборудованию прием этих данных или ограничить прием этих данных. При отказе от получения таких данных или при ограничении приема данных некоторые функции Сайта могут работать некорректно. Субъект персональных данных обязуется сам настроить свое оборудование таким способом, чтобы оно обеспечивало адекватный его желаниям режим работы и уровень защиты данных файлов «cookie», Оператор не предоставляет технологических и правовых консультаций на темы подобного характера.

9. Порядок уничтожения персональных данных при достижении цели их обработки или при наступлении иных законных оснований определяется Оператором в соответствии с законодательством Российской Федерации.

10. Я согласен/согласна квалифицировать в качестве своей простой электронной подписи под настоящим Согласием и под Политикой обработки персональных данных выполнение мною следующего действия на сайте: https://journals.rcsi.science/ нажатие мною на интерфейсе с текстом: «Сайт использует сервис «Яндекс.Метрика» (который использует файлы «cookie») на элемент с текстом «Принять и продолжить».