Detection of Chitinolytic Capabilities in the Freshwater Planctomycete Planctomicrobium piriforme


Цитировать

Полный текст

Открытый доступ Открытый доступ
Доступ закрыт Доступ предоставлен
Доступ закрыт Только для подписчиков

Аннотация

Members of the phylum Planctomycetes colonize a wide range of aquatic and terrestrial habitats, but their functional role in the environment remains poorly understood. One of the suggested roles of these bacteria is their participation in degradation of biopolymers of plant and fungal cell walls. The first experimental evidence for the presence of chitin-degrading ability was obtained for Fimbriiglobus ruber SP5T. The genome of this planctomycete encodes the complete set of enzymes required for utilization of chitin, including the chitinase affiliated with the glycoside hydrolase family GH18. Phylogenetic analysis of the chitinase from Fimbriiglobus revealed occurrence of its close homologue in the genome of another planctomycete, Planctomicrobium piriforme Р3Т. Experimental tests performed with the type strain Р3Т and the newly obtained isolate of this species, strain РХ70, confirmed their ability to grow on amorphous chitin as a source of carbon and nitrogen. Activities of the enzymes involved in chitin degradation, which were determined in tests with fluorochrome-labeled chito-oligosaccharides, were exclusively associated with planctomycete cells and were absent from the culture liquid. Further search in the protein database revealed a number of close homologues of these chitinases in other planctomycetes affiliated with different taxonomic groups. Moreover, phylogenetic analysis pointed to planctomycetes as a possible source of multiple horizontal transfers of chitinase genes to other bacterial phyla, as well as to some eukaryotes. Obtaining proofs for chitin-degrading capabilities in Planctomicrobiumpiriforme suggests emendation of the earlier published description of this species and extends the list of planctomycetes with experimentally confirmed chitinolytic potential.

Об авторах

I. Kulichevskaya

Winogradsky Institute of Microbiology, Research Center of Biotechnology, Russian Academy of Sciences

Email: dedysh@mail.ru
Россия, Moscow, 119071

D. Naumoff

Winogradsky Institute of Microbiology, Research Center of Biotechnology, Russian Academy of Sciences

Email: dedysh@mail.ru
Россия, Moscow, 119071

A. Ivanova

Winogradsky Institute of Microbiology, Research Center of Biotechnology, Russian Academy of Sciences

Email: dedysh@mail.ru
Россия, Moscow, 119071

A. Rakitin

Institute of Bioengineering, Research Center of Biotechnology, Russian Academy of Sciences

Email: dedysh@mail.ru
Россия, Moscow, 119071

S. Dedysh

Winogradsky Institute of Microbiology, Research Center of Biotechnology, Russian Academy of Sciences

Автор, ответственный за переписку.
Email: dedysh@mail.ru
Россия, Moscow, 119071

Дополнительные файлы

Доп. файлы
Действие
1. JATS XML

© Pleiades Publishing, Ltd., 2019

Согласие на обработку персональных данных с помощью сервиса «Яндекс.Метрика»

1. Я (далее – «Пользователь» или «Субъект персональных данных»), осуществляя использование сайта https://journals.rcsi.science/ (далее – «Сайт»), подтверждая свою полную дееспособность даю согласие на обработку персональных данных с использованием средств автоматизации Оператору - федеральному государственному бюджетному учреждению «Российский центр научной информации» (РЦНИ), далее – «Оператор», расположенному по адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А, со следующими условиями.

2. Категории обрабатываемых данных: файлы «cookies» (куки-файлы). Файлы «cookie» – это небольшой текстовый файл, который веб-сервер может хранить в браузере Пользователя. Данные файлы веб-сервер загружает на устройство Пользователя при посещении им Сайта. При каждом следующем посещении Пользователем Сайта «cookie» файлы отправляются на Сайт Оператора. Данные файлы позволяют Сайту распознавать устройство Пользователя. Содержимое такого файла может как относиться, так и не относиться к персональным данным, в зависимости от того, содержит ли такой файл персональные данные или содержит обезличенные технические данные.

3. Цель обработки персональных данных: анализ пользовательской активности с помощью сервиса «Яндекс.Метрика».

4. Категории субъектов персональных данных: все Пользователи Сайта, которые дали согласие на обработку файлов «cookie».

5. Способы обработки: сбор, запись, систематизация, накопление, хранение, уточнение (обновление, изменение), извлечение, использование, передача (доступ, предоставление), блокирование, удаление, уничтожение персональных данных.

6. Срок обработки и хранения: до получения от Субъекта персональных данных требования о прекращении обработки/отзыва согласия.

7. Способ отзыва: заявление об отзыве в письменном виде путём его направления на адрес электронной почты Оператора: info@rcsi.science или путем письменного обращения по юридическому адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А

8. Субъект персональных данных вправе запретить своему оборудованию прием этих данных или ограничить прием этих данных. При отказе от получения таких данных или при ограничении приема данных некоторые функции Сайта могут работать некорректно. Субъект персональных данных обязуется сам настроить свое оборудование таким способом, чтобы оно обеспечивало адекватный его желаниям режим работы и уровень защиты данных файлов «cookie», Оператор не предоставляет технологических и правовых консультаций на темы подобного характера.

9. Порядок уничтожения персональных данных при достижении цели их обработки или при наступлении иных законных оснований определяется Оператором в соответствии с законодательством Российской Федерации.

10. Я согласен/согласна квалифицировать в качестве своей простой электронной подписи под настоящим Согласием и под Политикой обработки персональных данных выполнение мною следующего действия на сайте: https://journals.rcsi.science/ нажатие мною на интерфейсе с текстом: «Сайт использует сервис «Яндекс.Метрика» (который использует файлы «cookie») на элемент с текстом «Принять и продолжить».