Transcriptomic Analysis Reveals Reduced Inorganic Sulfur Compound Oxidation Mechanism in Acidithiobacillus ferriphilus


Цитировать

Полный текст

Открытый доступ Открытый доступ
Доступ закрыт Доступ предоставлен
Доступ закрыт Только для подписчиков

Аннотация

A new Acidithiobacillus sp. strain Acidithiobacillus ferriphilus (A. ferriphilus) SCUT-1 was identified, which belongs to the group IV Fe(II)-oxidizing acidithiobacilli. The genome of A. ferriphilus SCUT-1 was sequenced and assembled, and the genes related to sulfur metabolism were identified. Gene expression profiles of the strain cultured in Fe2+, S0, and FeS2 medium were compared (FeS2/Fe2+, S0/Fe2+, and FeS2/S0) in order to identify the genes involved in RISC (reduced inorganic sulfur compound) and ferrous iron (Fe2+) oxidation in A. ferriphilus SCUT-1, with the method of transcriptome reconstruction based on RNA-Seq and genome-guided transcriptome assembly. The soxY-Z-B genes encoding sulfur oxidation proteins, the soe gene cluster encoding sulfite oxidation complex, the hdr gene cluster involved in encoding HDR complex and sulfur transfer proteins, and the cyoA-B-C-D gene cluster encoding bo3 oxidase were were significantly up-regulated in sulfur-containing media, suggesting their engagement in reduced sulfur oxidation in A. ferriphilus SCUT-1. Based on the differentially expressed genes and the putative genes predicted from the genome sequence, the RISC oxidation model and the genes involved in ferrous iron oxidation in A. ferriphilus SCUT-1 were preliminarily elucidated, which helps to interpret the oxidation mechanism of RISC and Fe2+ in acidithiobacilli.

Об авторах

W. Fan

Key Laboratory of Fermentation and Enzyme Engineering, School of Bioscience and Bioengineering

Email: hldu@scut.edu.cn
Китай, Guangzhou, 510006

Y. Peng

Key Laboratory of Fermentation and Enzyme Engineering, School of Bioscience and Bioengineering

Email: hldu@scut.edu.cn
Китай, Guangzhou, 510006

Y. Meng

Key Laboratory of Fermentation and Enzyme Engineering, School of Bioscience and Bioengineering

Email: hldu@scut.edu.cn
Китай, Guangzhou, 510006

W. Zhang

Key Laboratory of Fermentation and Enzyme Engineering, School of Bioscience and Bioengineering

Email: hldu@scut.edu.cn
Китай, Guangzhou, 510006

N. Zhu

School of Environment and Energy

Email: hldu@scut.edu.cn
Китай, Guangzhou, 510006

J. Wang

Key Laboratory of Fermentation and Enzyme Engineering, School of Bioscience and Bioengineering

Email: hldu@scut.edu.cn
Китай, Guangzhou, 510006

Ch. Guo

School of Environment and Energy

Email: hldu@scut.edu.cn
Китай, Guangzhou, 510006

J. Li

Key Laboratory of Fermentation and Enzyme Engineering, School of Bioscience and Bioengineering

Email: hldu@scut.edu.cn
Китай, Guangzhou, 510006

H. Du

Key Laboratory of Fermentation and Enzyme Engineering, School of Bioscience and Bioengineering

Автор, ответственный за переписку.
Email: hldu@scut.edu.cn
Китай, Guangzhou, 510006

Z. Dang

School of Environment and Energy

Email: hldu@scut.edu.cn
Китай, Guangzhou, 510006

Дополнительные файлы

Доп. файлы
Действие
1. JATS XML

© Pleiades Publishing, Ltd., 2018

Согласие на обработку персональных данных с помощью сервиса «Яндекс.Метрика»

1. Я (далее – «Пользователь» или «Субъект персональных данных»), осуществляя использование сайта https://journals.rcsi.science/ (далее – «Сайт»), подтверждая свою полную дееспособность даю согласие на обработку персональных данных с использованием средств автоматизации Оператору - федеральному государственному бюджетному учреждению «Российский центр научной информации» (РЦНИ), далее – «Оператор», расположенному по адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А, со следующими условиями.

2. Категории обрабатываемых данных: файлы «cookies» (куки-файлы). Файлы «cookie» – это небольшой текстовый файл, который веб-сервер может хранить в браузере Пользователя. Данные файлы веб-сервер загружает на устройство Пользователя при посещении им Сайта. При каждом следующем посещении Пользователем Сайта «cookie» файлы отправляются на Сайт Оператора. Данные файлы позволяют Сайту распознавать устройство Пользователя. Содержимое такого файла может как относиться, так и не относиться к персональным данным, в зависимости от того, содержит ли такой файл персональные данные или содержит обезличенные технические данные.

3. Цель обработки персональных данных: анализ пользовательской активности с помощью сервиса «Яндекс.Метрика».

4. Категории субъектов персональных данных: все Пользователи Сайта, которые дали согласие на обработку файлов «cookie».

5. Способы обработки: сбор, запись, систематизация, накопление, хранение, уточнение (обновление, изменение), извлечение, использование, передача (доступ, предоставление), блокирование, удаление, уничтожение персональных данных.

6. Срок обработки и хранения: до получения от Субъекта персональных данных требования о прекращении обработки/отзыва согласия.

7. Способ отзыва: заявление об отзыве в письменном виде путём его направления на адрес электронной почты Оператора: info@rcsi.science или путем письменного обращения по юридическому адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А

8. Субъект персональных данных вправе запретить своему оборудованию прием этих данных или ограничить прием этих данных. При отказе от получения таких данных или при ограничении приема данных некоторые функции Сайта могут работать некорректно. Субъект персональных данных обязуется сам настроить свое оборудование таким способом, чтобы оно обеспечивало адекватный его желаниям режим работы и уровень защиты данных файлов «cookie», Оператор не предоставляет технологических и правовых консультаций на темы подобного характера.

9. Порядок уничтожения персональных данных при достижении цели их обработки или при наступлении иных законных оснований определяется Оператором в соответствии с законодательством Российской Федерации.

10. Я согласен/согласна квалифицировать в качестве своей простой электронной подписи под настоящим Согласием и под Политикой обработки персональных данных выполнение мною следующего действия на сайте: https://journals.rcsi.science/ нажатие мною на интерфейсе с текстом: «Сайт использует сервис «Яндекс.Метрика» (который использует файлы «cookie») на элемент с текстом «Принять и продолжить».