Nucleic acid sequence—based amplification (nasba) and its application in obstetrical and gynecological practice

Е. V. Shipitsyna; Шипицына Е. В.; О. V. Budilovskaya; Будиловская О. В.; А. М. Savitcheva; Савичева А. М.

doi:10.17816/JOWD82490

Метод амплификации нуклеиновых кислот Nasba (nucleic acid sequence—based amplification) и возможности его применения в акушерско—гинекологической практике

Авторы: Шипицына Е.В.¹, Будиловская О.В.¹, Савичева А.М.¹
Учреждения:
1. Научно-исследовательский институт акушерства, гинекологии и репродуктологии имени Д.О. Отта
Выпуск: Том 54, № 2 (2005)
Страницы: 83-89
Раздел: Научные обзоры
URL: https://bakhtiniada.ru/jowd/article/view/82490
DOI: https://doi.org/10.17816/JOWD82490
ID: 82490

Цитировать

Полный текст

Аннотация
Полный текст
Об авторах
Список литературы
Дополнительные файлы
Статистика

Аннотация

Метод изотермической амплификации нуклеиновых кислот NASBA (Nucleic Acid Sequence—Based Amplification) находит все более широкое применение в диагностической молекулярной микробиологии, в частности, при диагностике инфекций у беременных женщин и новорожденных детей.

Метод NASBA обладает уникальной способностью избирательно амплифицировать специфическую последовательность РНК в присутствии идентичной последовательности ДНК, что определяет основные области его применения: диагностика РНК—содержащих вирусов, изучение экспрессии бактериальных и вирусных генов, диагностика бактериальных инфекций, основанная на выявлении 16S рРНК. В данном обзоре изложены принцип и основные этапы метода NASBA, приведены примеры его применения в диагностической микробиологии, а также дана сравнительная характеристика метода NASBA и других методов амплификации нуклеиновых кислот, таких как полимеразная цепная реакция (ПЦР) и обратнотранскриптазная ПЦР (ОТ—ПЦР).

Ключевые слова

амплификация нуклеиновых кислот, РНК, транскрипция, диагностика бактериальных и вирусных инфекций

Полный текст

Открыть статью на сайте журнала

Список литературы

Van Beuningen R., Marras S.A., Kramer F.R. et al. Development of a high throughput detection system for HIV—1 using real—time NASBA based on molecular beacons // Proceedings of SPIE—2001. — Vol. 4264.—P. 66—72.
Birch L., Dawson C.E., Cornett J.H., Keer J.T. A comparison of nucleic acid amplification techniques for the assessment of bacterial viability // Letters Appl. Microbiol.—2001.—Vol. 33.—P. 296—301.
Blok M.J., Goossens V.J., van Herle S. J. et al. Diagnostic value of monitoring of human cytomegalovirus late pp67 mRNA expression in renal allograft recipients by nucleic acid sequence—based amplification // J. Clin. Microbiol. — 1998.—Vol. 36.—P. 1341—1346.
Boom R., Sol C.J.A., Salimans M.M.M., Hansen C.L. et al. Rapid and simple method for the purification of nucleic acids // J. Clin. Microbiol. — 1990. — Vol. 28.—P. 495—503.
Compton J. Nucleic acid sequence—based amplification // Nature.—1991.—Vol. 350.—P. 91—92.
Coombes ВК, Mahony J.B. Nucleic acid sequence based amplification (NASBA) of Chlamydia pneumoniae major outer membrane protein (ompA) mRNA with bioluminescent detection // Comb. Chem. High Throughput. Screen.—2000. —Vol. 3.—P. 315—327.
Cuschieri K.S., Whitley M.J., Heather A.C. Human papillomavirus type specific DNA and RNA persistence—implications for cervical disease progression and monitoring //J. Med. Virol. — 2004. — Vol. 73. — P. 65_70.
Darke B.M., Jackson S.K., Hanna S.M., Fox J.D. Detection of human TNF—б mRNA by NASBA // J. Immunol. Methods.—1998.—Vol. 212.—P. 19—28.
Deiman B., van Aarle P., Sillekens P. Characteristics and applications of nucleic acid sequence based amplification (NASBA) // Mol. Biotech.—2002.—Vol. 20.—P. 163—179.
Fox J.D., Han S., Samuelson A. et al. Development and evaluation of nucleic acid sequence based amplification (NASBA) for diagnosis of enterovirus infections using NucliSens Basic Kit // J. Clin. Virol. — 2002. — Vol. 24.—P. 117—130.
Van Gemen B., van Beuningen R., Nabbe A., van Strijp D. et al. A one—tube quantitative HIV—1 RNA NASBA nucleic acid amplification assay using electrochemiluminiscent (ECL) labeled probes //J. Virol. Methods.—1994.—Vol. 49. — P. 157—168.
Gerna G., Baldanti F., Middeldorp J.M. et al. Clinical significance of expression of human cytomegalovirus pp67 late transcripts in heart, lung, and bone marrow transplant recipients as determined by nucleic acid sequence—based amplification // J. Clin. Microbiol.—1999.—Vol. 37. —
P. 902—911.
Greijer A.E., Adriaanse H.M.A., Dekkers C.A.J., Middeldorp J.M. Multiplex real—time NASBA for monitoring expression dynamics of human cytomegalovirus encoded IE1 and pp67 RNA // J. Clin. Virol. —2002.—Vol. 20. — P. 57—66.
Greijer A. E., Verschuuren E.A.M., Harmsen M.C. et al. Direct quantification of human cytomegalovirus immediate— early and late mRNA levels in blood of lung transplant recipients by competitive nucleic acid sequence—based amplification // J. Clin. Microbiol.—2001.—Vol. 39. —P. 251—259.
Hale A.D., Green J., Brown D.W.J. Comparison of four RNA extraction methods for the detection of small round viruses in faecal specimens //J. Virol. Methods. — 1996.—Vol. 57.—P. 195—201.
Hibbitts S., Rahman A., John R. et al. Development and evaluation of NucliSens basic kit NASBA for diagnosis of parainfluenza virus infection with end—point' and 'real—time' detection // J. Virol. Methods. —2003.—Vol. 108.—P. 45—155.
Jean J., Blais B., Darveau A., Fliss I. Detection of hepatitis A virus by the nucleic acid sequence—based amplification technique and comparison with reverse transcription—PCR // Appl. Environ. Microbiol.—2001.—Vol. 67.—P. 5593—5600.
Jean J., Blais B., Darveau A., Fliss I. Rapid detection of human rotavirus using colorimetric nucleic acid sequencebased amplification (NASBA)—enzyme—linked immunosorbent assay in sewage treatment effluent //FEMS Microbiol. Lett.—2002.—Vol. 23.—P. 143—147.
Keer J.T., Birch L. Molecular methods for the assessment of bacterial viability // J. Microbiol. Methods.—2003.—Vol. 53.—P. 175—183.
Kraus I., Molden T., Erno L.E. et al. Human papillomavirus oncogenic expression in the displastic portio; an investigation of biopsies from 190 cervical cones // Brit. J. Cancer.—2004.—Vol. 90.—P. 1407—1413.
Landry M.L., Garner R., Ferguson D. Rapid enterovirus RNA detection in clinical specimens by using nucleic acid sequence—based amplification // J. Clin. Microbiol. — Vol. 41.—P. 346—350.
Leone G., van Schijndel H., van Gemen B. et al. Molecular beacon probes combined with amplification by NASBA enable homogeneous, real—time detection of RNA // Nucleic Acids Res.—1998.—Vol. 26.—P. 2150—2156.
Loens K., leven M., Ursi D. et al. Application of NucliSens Basic Kit for the detection of Mycoplasma pneumoniae in respiratory specimens //J. Microbiol. Methods.—2003.—Vol. 54.—P. 127—130.
Lunel E, Cresta P., Vitour D. et al. Comparative evaluation of hepatitis C virus RNA quantitation by branched DNA, NASBA and monitor assay // Hepatology.—1999. —Vol. 29.—P. 528—535.
Mahony J.B., Song X., Chong S. et al. Evaluation of the NucliSens Basic kit for detection of Chlamydia trachomatis and Neisseria gonorrhoeae in genital tract specimens using nucleic acid sequence—based amplification of 16S rRNA // J. Clin. Microbiol.—2001.—Vol. 39.—P. 1429—1435.
Melsert R., Damen M., Cuypers T. et al. Combined quantitation and genotyping of hepatitis C virus RNA using NASBA // Hepatitis C virus: genetic heterogeneity and viral load.—Paris: John Libbey Eurotext, 1997.—P. 79—88.
Morre S., Sillekens P., Jacobs M.V. et al. RNA amplification by nucleic acid sequence—based amplification with an internal standard enables reliable detection of Chlamydia trachomatis in cervical scrapings and urine samples // J. Clin. Microbiol. — Vol. 34.—P. 3108—3114.
Morre S.A., Sillekens P.T.G., Jacobs M. V. et al. Monitoring of Chlamydia trachomatis infections after antibiotic treatment using RNA detection by nucleic acid sequencebased amplification // J. Clin. Pathol.—1998.—Vol. 51. — P. 149—154.
Notermans D.W., de Wolf E, Oudshoorn P. et al. Evaluation of a second—generation nucleic acid sequencebased amplification assay for quantification of HIV type 1 RNA and the use of ultra—sensitive protocol adaptations // AIDS Res. Human Retroviruses.—2000.—Vol. 16. —P. 1507—1517.
Oehlenschlager F., Schwille P., Eigen M. Detection of HIV—1 RNA by nucleic acid sequence—based amplification combined with fluorescence correlation spectroscopy // Proc. Nat. Acad. Sci. USA—1996.—Vol. 93.—P. 12811—12816.
Oldenburg N., Lam K.M.C., Khan M.E. et al. Evaluation of human cytomegalovirus gene expression in thoracic organ transplant recipients using nucleic acid sequence—based amplification //Transplantation.—2000.—Vol. 70. —P. 1209—1215.32.
Revello M.G., Lilleri D., Zavattoni M. et al. Human cytomegalovirus immediate early messenger RNA in blood of pregnant women with primary infection and of congenitally infected newborns // J. Infect. Dis.—2001.—Vol. 184.—P. 1078—1081.
Revello M.G., Gerna G. Pathogenesis and prenatal diagnosis of human cytomegalovirus infection // J. Clin. Virol. — Vol. 29.—P.71—83.
Shepard R.N., Schock J., Robertson K. et al. Quantitation of human immunodeficiency virus type 1 RNA in different biological compartments //J. Clin. Microbiol.—2000.—Vol. 38.—P. 1414—1418.
Sooknanan R., van Gemen B., Malek L. Nucleic acid sequence—based amplification // Molecular methods for virus detection—London: Academic press, 1995.—P. 261—285.
Van Strijp D., van Aarle P. NASBA: a method for nucleic acid diagnostics // Methods in molecular medicine—Totowa, NJ: Humana press, 1995.—P. 331—340.
Uyttendaele M., Bastiaansen A., Debevere J. Evaluation of the NASBA nucleic acid amplification system for assessment of the viability of Campylobacter jejuni // Int. J. Food Microbiol. — 1997. — Vol. 37. — P. 13—20.
Van der Vliet G., Schukkink R.A.F., van Gemen B. et al. Nucleic acid sequence—based amplification (NASBA) for the identification of Mycobacteria // J. Gen. Microbiol. — 1993.—Vol. 139.—P. 2423—2429.
Wacharapluesadee S., Hemachudha T. Nucleic—acid sequence based amplification in the rapid diagnosis of rabies // Lancet.—2001.—Vol. 358.—P. 892—893.
Weusten J., Carpay W., Oosterlaken T. et al. Principles of quantitation of viral loads using nucleic acid sequencebased amplification in combination with homogeneous detection using molecular beacons // Nucleic Acids Res. — Vol. 30. —e26.
Zhang E, Tetali S., Wang X.P. et al. Detection of cytomegalovirus pp67 late gene transcripts in cerebrospinal fluids of human immunodeficiency virus type 1—infected patients by nucleic acid sequence—based amplification // J. Clin Microbiol. — 2000. — Vol. 38. — P. 1920—1925.