RAPD-analysis of Fagopyrum species and cultivars genome polymorphism


Cite item

Full Text

Abstract

RAPD-analysis of biodiversity in cultivated annual buckwheat species Fagopyrum esculentum, F. tataricum and related species F. giganteum and F. cymosum has been performed. Close relationship between F. cymosum, F. giganteum и F. tataricum has been confirmed. Intraspecific genome variability of F. tataricum accessions (0,01-0,15) is lower than in F. esculentum (0,10-0,33). For the first time genetic diversity in Russian buckwheat cultivars has been investigated. The high level of genomic polymorphism in F. esculentum cultivars (0,10-0,29) that is comparable to the variability in natural populations is shown.

About the authors

Guzel D Kadyrova

Tatar Research Institute of Agriculture, Kazan, Tatarstan Republic, RF

Email: guzel_asd@rambler.ru

Fanusya Z Kadyrova

Tatar Research Institute of Agriculture, Kazan, Tatarstan Republic, RF

Email: fanusa51@rambler.ru

Natalia N Ryzhova

Centre Bioengineering RAS, Moscow, RF

Email: rynatalia@yandex.ru

Elena Z Kochieva

Centre Bioengineering RAS, Moscow, RF

Email: ekochieva@yandex.ru

References

  1. Алексеева Е. С., Елагин И. Н., Тараненко Л. К и др., 2005. История культуры, ботанические и биологические особенности. Каменец-Подольский, 189 с.
  2. Комаров В. Л., 1938. Происхождение культурных растений. М.-Л., 205 с.
  3. Кротов А. Н., 1975. Гречиха -Fagopyrum Mill.//Культурная флора СССР. Крупяные культуры (гречиха, просо, рис). Т. 3 Л., С. 7-118.
  4. Лаханов А. П., Коломейченко В. В., Фесенко Н. В. и др., 2004. Морфофизиология и продукционный процесс гречихи. Орел, 433 с.
  5. Столетова Е. А. 1958. Гречиха. М.-Л., С. 1-226.
  6. Суворова Г.Н., Фунатсуки X., Терами Ф., 1999. Филогенетическое родство некоторых сортов, видов и гибридов рода Fagopyrum Mill., установленное на основе RAPD-анализа//Генетика. Т. 35. № 12. С. 1659-1664.
  7. Campbell С. G., 1997. Buckwheat. Fagopyrum esculentum Moench//Institute of Plant Genetics and Crop Plant Research, Gatersleben, International Plant Genetic Resources Institute, Rome, Italy. 94 p.
  8. Edwards K., Johnstone C., Thompson C., 1991. A simple and rapid method for the preparation of plant genomic DNA for PCR analysis//Nuc. Acid Res. Vol. 19. N 6. R 1349.
  9. Hirose Т., Ujihara A., Kitabayashi H., Minami M., 1993. Morphology and identification by isozyme analysis of interspecific hybrids in buckwheats//Fagopyrum. Vol. 13. P. 25-30.
  10. Iwata H., Imon K., Tsumura Y., Ohsawa R., 2005. Genetic diversity among Japanese indigenous common buckwheat (Fagopyrum esculentum) cultivars as determined from amplified fragment length polymorphism and simple sequence repeat markers and quantitative agronomic traits//Genome. Vol. 48. P. 367-377.
  11. Kawasaki M., Ohnishi O., 2006. Two distinct groups of natural populations of Fagopyrum uriphyllum (Bur. et Franch.) Gross, revealed by the nucleotide sequence of a noncoding region in chloroplast DNA//Genes Genet. Syst.Vol. 81. P. 323-332.
  12. Kishima Y. K, Mizukami О. К, Mikami Т., Adachi Т., 1995. Chloroplast DNA-analysis in buckwheat species: phylogenetic relationships, origin of reproductive systems and extended inverted repeats//Plant Science. Vol. 108. P. 173-179.
  13. Konishi Т., Yasui Y., Ohnishi O., 2005. Original birthplace of cultivated common buckwheat inferred from genetic relationships among cultivated populations and neutral populations of wild common buckwheat revealed by AFFP analysis//Genes Genet. Syst. Vol. 80. P. 113-119.
  14. Murai M. Ohnishi O., 1996. Population genetics of cultivated common buckwheat, Fagopyrum esculentum Moench. X. diffusion routes revealed by RAPD markers//Genes Genet. Syst. Vol. 71. P. 211 -218.
  15. Ohnishi O., 1991. Discovery of the wild ancestor of common buckwheat//Fagopyrum. Vol. 11. P. 5-10.
  16. Ohnishi O., Matsuoka Y., 1996. Search for the wild ancestor of buckwheat II. Taxonomy of Fagopyrum (Polygonaceae) species based on morhology, isosymes and cp-DNA variability//Genes and Genetic Systems. Vol. 72. P. 383-390.
  17. Ohnishi O., 1998. Search for the wild ancestor of buckwheat. I. Description of new Fagopyrum (Polygonaceae) species and their distribution in China and Himalayan hills//Fagopyrum. Vol. 15. P. 18-28.
  18. hsako Т., Yamane K, Ohnishi O., 2002. Two new Fagopyrum (Polygonaceae) species F gracilipedoides and F jinshaense from Yunnan, China//Genes and Genetic Systems. Vol. 77. P. 339-408.
  19. Sharma T. R., Jana S., 2002. Species relationships in Fagopyrum revealed by PCR-based DNA fingerprinting//Theor Appl Genet. Vol. 105. P. 306-312.
  20. Tsuji K., Ohnishi O., 2001. Phylogenetic relationships amongwild and cultivated Tartary buckwheat (Fagopyrum tataricum Gaert.) populations revealed by AFFP analyses//Genes Genet. Syst. Vol. 76. P. 47-52.
  21. Van de Peer Y., De Wachter R., 1994. TREECON for Windows: a software package for the construction and drawing of evolutionary trees for the Microsoft Windows environment//Comput. Appl. Biosci. Vol. 10. P. 569-570.
  22. Yamane K., Yasui Y., Ohnishi O., 2003. Intraspecific cpDNA variations of diploid and tetraploid perennial buckwheat, Fagopyrum cymosum (Polygonaceae)//American Journal of Botany. Vol. 90. N 3. P. 339-346.
  23. Yasui Y., Ohnishi O., 1998a. Phylogenetic relationships among Fagopyrum species revealed by nucleotide sequences of the ITS region of the nuclear rRNA gene//Genes and Genetic Systems. Vol. 73. P. 201-210.
  24. Yasui Y., Ohnishi O., 1998b. Interspecific relationships in Fagopyrum (Polygonaceae) revealed by the nucleotide sequences of the rbel. and accD genes and their intergenetic region//American Journal of Botany. Vol. 85. P. 1134-1142.
  25. Ujihara A. Y., Nakamura Y., Minami M., 1990. Interspecific hybridization in genus Fagopyrum-Properties of hybrids (F. esculentum and F cymosum) through ovule culture//Gamma Field Symposia. Vol. 29. P. 45-33.

Supplementary files

Supplementary Files
Action
1. JATS XML
Download

Copyright (c) 2008 Kadyrova G.D., Kadyrova F.Z., Ryzhova N.N., Kochieva E.Z.

Creative Commons License
This work is licensed under a Creative Commons Attribution 4.0 International License.
 


Согласие на обработку персональных данных с помощью сервиса «Яндекс.Метрика»

1. Я (далее – «Пользователь» или «Субъект персональных данных»), осуществляя использование сайта https://journals.rcsi.science/ (далее – «Сайт»), подтверждая свою полную дееспособность даю согласие на обработку персональных данных с использованием средств автоматизации Оператору - федеральному государственному бюджетному учреждению «Российский центр научной информации» (РЦНИ), далее – «Оператор», расположенному по адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А, со следующими условиями.

2. Категории обрабатываемых данных: файлы «cookies» (куки-файлы). Файлы «cookie» – это небольшой текстовый файл, который веб-сервер может хранить в браузере Пользователя. Данные файлы веб-сервер загружает на устройство Пользователя при посещении им Сайта. При каждом следующем посещении Пользователем Сайта «cookie» файлы отправляются на Сайт Оператора. Данные файлы позволяют Сайту распознавать устройство Пользователя. Содержимое такого файла может как относиться, так и не относиться к персональным данным, в зависимости от того, содержит ли такой файл персональные данные или содержит обезличенные технические данные.

3. Цель обработки персональных данных: анализ пользовательской активности с помощью сервиса «Яндекс.Метрика».

4. Категории субъектов персональных данных: все Пользователи Сайта, которые дали согласие на обработку файлов «cookie».

5. Способы обработки: сбор, запись, систематизация, накопление, хранение, уточнение (обновление, изменение), извлечение, использование, передача (доступ, предоставление), блокирование, удаление, уничтожение персональных данных.

6. Срок обработки и хранения: до получения от Субъекта персональных данных требования о прекращении обработки/отзыва согласия.

7. Способ отзыва: заявление об отзыве в письменном виде путём его направления на адрес электронной почты Оператора: info@rcsi.science или путем письменного обращения по юридическому адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А

8. Субъект персональных данных вправе запретить своему оборудованию прием этих данных или ограничить прием этих данных. При отказе от получения таких данных или при ограничении приема данных некоторые функции Сайта могут работать некорректно. Субъект персональных данных обязуется сам настроить свое оборудование таким способом, чтобы оно обеспечивало адекватный его желаниям режим работы и уровень защиты данных файлов «cookie», Оператор не предоставляет технологических и правовых консультаций на темы подобного характера.

9. Порядок уничтожения персональных данных при достижении цели их обработки или при наступлении иных законных оснований определяется Оператором в соответствии с законодательством Российской Федерации.

10. Я согласен/согласна квалифицировать в качестве своей простой электронной подписи под настоящим Согласием и под Политикой обработки персональных данных выполнение мною следующего действия на сайте: https://journals.rcsi.science/ нажатие мною на интерфейсе с текстом: «Сайт использует сервис «Яндекс.Метрика» (который использует файлы «cookie») на элемент с текстом «Принять и продолжить».