Universal 16s rRNA Primers BD1 For Soil Microbial Community Analysis


Cite item

Full Text

Abstract

New universal 16S rRNa primers were constructed and tested. These primers allow identifying correct taxonomic position of bacterial isolates and were shown to be useful in microbial community studies. The primers enable to detect the vast majority of unique 16S rRNa gene sequences. In the study 160 restriction types were found in 16S rRNa clone library (190 clones).

About the authors

Elisaveta V Korostik

All-Russia Research Institute for Agricultural Microbiology, Saint-Petersburg, RF

Email: korostikliza@yahoo.com

Alexander G Pinaev

All-Russia Research Institute for Agricultural Microbiology, Saint-Petersburg, RF

Email: a_pinaev@yahoo.com

Gulnar A Akhtemova

All-Russia Research Institute for Agricultural Microbiology, Saint-Petersburg, RF

Evgeniy E Andronov

All-Russia Research Institute for Agricultural Microbiology, Saint-Petersburg, RF

Email: eeandr@gmail.com

References

  1. Altschul S.F. Basic local alignment search tool Altschul S.F., Gish W., Miller W. [et al.]//J. Mol. Biol. -1990. -N 215. -P. 403-410.
  2. Baker G.S. Review and re-analysis of domain-specific 16S primers/Baker G.S., Smith J., Cowan D.A.//J. Microbiol. Methods. -2003. -N 55. -P. 541-555.
  3. Chao A. Nonparametric estimation of the number of classes in a population/Chao A.//Scandinavian J. Stat. -1984. -N 11. -P. 265-270.
  4. Dunbar J. Assessment of microbial diversity in four United States soils by 16S rRNA gene terminal restriction fragment analysis/Dunbar J., Ticknor L.O., Kuske C.R.//Appl. Environ. Microbiol. -2000. -Vol. 66, N 7. -P. 2943-2950.
  5. Forney L.J. Molecular microbial ecology: land of the oneeyed king/Forney L.J., Zhou X., Brown C.J.//Curr. Opin. Microbiol. -2004. -Vol. 3. -P. 210-220.
  6. Hughes J.B. Counting the uncountable: statistical approaches to estimating microbial diversity/Hughes J.B., Hellmann J.J., Ricketts T.H. [et al.]//Appl. Environ. Microbiol. -2001. -Vol. 67, N 10. -P. 4399-4406.
  7. Janssen P.H. Identifying the dominant bacterial taxa in libraries of 16S rRNA and 16S rRNA genes/Janssen P.H.//Appl. Environ. Microbiol. -2006. -Vol. 72, N 3. -P. 1719-1728.
  8. Kauffmann I.M. DNA isolation from soil samples for cloning in different hosts/Kauffmann I.M., Schmitt J., Schmid R.D.//Appl. Environ. Microbiol. -2004. -Vol. 64. -P. 665-670.
  9. LaMontagne M.G. Comparison of subsurface and surface soil bacterial communities in California grassland as assessed by terminal restriction length polymorphisms of PCR-amplified 16S rRNA genes/LaMontagne M.G., Schimel J.P., Holden P.A.//Microb. Ecol. -2003. -N 46. -P. 216-227.
  10. Lipson D.A. Seasonal changes in an alpine soil bacterial community in the Colorado rocky mountains/Lipson D.A., Schmidt S.K.//Appl. Environ. Microbiol. -2004. -Vol. 70, N 5. -P. 2867-2879.
  11. Marchesi J.R. Design and evaluation of useful bacteriumspecific PCR primers that amplify genes coding for bacterial 16S rRNA/Marchesi J.R., Sato T., Weightman A. J. [et al.]//Appl. Environ. Microbiol. -1998. -Vol. 64, N 2. -P. 795-799.
  12. Miller D.N. Evaluation and optimization of DNA extraction and purification procedures for soil and sediment samples/Miller D.N., Bryant J.E., Madsen E. L.//Appl. Environ. Microbiol. -1999. -Vol. 65, N 11. -P. 4715-4724.
  13. Moyer C.L. A computer-simulated restriction fragment length polymorphism analysis of bacterial small-subunit rRNA genes: efficacy of selected tetrameric restriction enzymes for studies of microbial diversity in nature/Moyer C.L., Tiedje J.M., Dobbs F.C. [et al.]//Appl. Environ. Microbiol. -1996. -Vol. 62, N 7. -P. 2501-2507.
  14. Nogales B. Combined use of 16S ribosomal DNA and 16S rRNA to study bacterial community of polychlorinated biphenyl-polluted soil/Nogales B., Moore E.B., LlobetBrossa E. [et al.]//Appl. Environ. Microbiol. -2001. -Vol. 67, N. 4. -P. 1874-1884.
  15. Sambrook J. Molecular cloning: a laboratory manual Sambrook J., Fritsch E.F., Maniatis T. -NY.: Cold spring harbor laboratory press, 1989.
  16. Thompson J.D. The ClustalX windows interface: flexible strategies for multiple sequence alignment aided by quality analysis tools/Thompson J.D., Gibson T.J., Plewniak F.//Nucleic Acids Research. -1997. -Vol. 24. -P. 4876-4882.
  17. Torsvik V. Comparison of phenotypic diversity and DNA heterogeneity in a population of soil bacteria/Torsvik V., Salte K., Sorheim R. [et al.]//Appl. Environ. Microbiol. -1990. -Vol. 56, N 3. -P. 776-781.
  18. Weisburg W.G. 16S ribosomal DNA amplification for phylogenetic study/Weisburg W.G., Barns S.M., Pelletier D.A. [et al.]//J. Bacteriol. -1991. -Vol. 173, N 2. -P. 697-703.
  19. Yeates C. Methods for microbial DNA extraction from soil for PCR amplification/Yeates C., Gillings M.R., Davison A.D. [et al.]//Biological procedures online. -1998. -Vol. 1, N 1. -P. 40-47.
  20. Zhou J. Microbial diversity and heterogeneity in sandy subsurface/Zhou J., Xia B., Huang H. [et al.]//Appl. Environ. Microbiol. -2004. -Vol. 70, N 3. -P. 1723-1734.

Supplementary files

Supplementary Files
Action
1. JATS XML
Download

Copyright (c) 2006 Korostik E.V., Pinaev A.G., Akhtemova G.A., Andronov E.E.

Creative Commons License
This work is licensed under a Creative Commons Attribution 4.0 International License.
 


Согласие на обработку персональных данных с помощью сервиса «Яндекс.Метрика»

1. Я (далее – «Пользователь» или «Субъект персональных данных»), осуществляя использование сайта https://journals.rcsi.science/ (далее – «Сайт»), подтверждая свою полную дееспособность даю согласие на обработку персональных данных с использованием средств автоматизации Оператору - федеральному государственному бюджетному учреждению «Российский центр научной информации» (РЦНИ), далее – «Оператор», расположенному по адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А, со следующими условиями.

2. Категории обрабатываемых данных: файлы «cookies» (куки-файлы). Файлы «cookie» – это небольшой текстовый файл, который веб-сервер может хранить в браузере Пользователя. Данные файлы веб-сервер загружает на устройство Пользователя при посещении им Сайта. При каждом следующем посещении Пользователем Сайта «cookie» файлы отправляются на Сайт Оператора. Данные файлы позволяют Сайту распознавать устройство Пользователя. Содержимое такого файла может как относиться, так и не относиться к персональным данным, в зависимости от того, содержит ли такой файл персональные данные или содержит обезличенные технические данные.

3. Цель обработки персональных данных: анализ пользовательской активности с помощью сервиса «Яндекс.Метрика».

4. Категории субъектов персональных данных: все Пользователи Сайта, которые дали согласие на обработку файлов «cookie».

5. Способы обработки: сбор, запись, систематизация, накопление, хранение, уточнение (обновление, изменение), извлечение, использование, передача (доступ, предоставление), блокирование, удаление, уничтожение персональных данных.

6. Срок обработки и хранения: до получения от Субъекта персональных данных требования о прекращении обработки/отзыва согласия.

7. Способ отзыва: заявление об отзыве в письменном виде путём его направления на адрес электронной почты Оператора: info@rcsi.science или путем письменного обращения по юридическому адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А

8. Субъект персональных данных вправе запретить своему оборудованию прием этих данных или ограничить прием этих данных. При отказе от получения таких данных или при ограничении приема данных некоторые функции Сайта могут работать некорректно. Субъект персональных данных обязуется сам настроить свое оборудование таким способом, чтобы оно обеспечивало адекватный его желаниям режим работы и уровень защиты данных файлов «cookie», Оператор не предоставляет технологических и правовых консультаций на темы подобного характера.

9. Порядок уничтожения персональных данных при достижении цели их обработки или при наступлении иных законных оснований определяется Оператором в соответствии с законодательством Российской Федерации.

10. Я согласен/согласна квалифицировать в качестве своей простой электронной подписи под настоящим Согласием и под Политикой обработки персональных данных выполнение мною следующего действия на сайте: https://journals.rcsi.science/ нажатие мною на интерфейсе с текстом: «Сайт использует сервис «Яндекс.Метрика» (который использует файлы «cookie») на элемент с текстом «Принять и продолжить».