Overexpression of genes encoding asparagine-glutamine rich transcriptional factors causes nonsense suppression in Saccharomyces cerevisiae

Cover Page

Cite item

Full Text

Abstract

Previously, we have carried out a search for genes, whose overexpression causes nonsense suppression on the background of modified SUP35 variants expression in yeast Saccharomyces cerevisiae. Here we analyzed the influence of genes encoding N/Q-rich transcriptional factors on this process. We demonstrated that GLN3, MCM1, MOT3 and REB1 genes overexpression affects nonsense suppression in S. cerevisiae

About the authors

Anton Aleksandrovich Nizhnikov

St. Petersburg Branch of Vavilov Institute of General Genetics (Russian Academy of Science)

Email: ant.nizhnikov@gmail.com
Jounior Researcher, Postgraduete student, Deptartament of Genetics and Biotechnology, Saint-Petersburg State University

Aleksandra Mikhaylovna Kondrashkina

Saint-Petersburg State University

Email: alex_sandra2502@mail.ru
Student, Deptartament of Genetics and Biotechnology

Kirill Sergeyevich Antonets

Saint-Petersburg State University

Email: kir_ant@mail.ru
Student, Deptartament of Genetics and Biotechnology

Aleksey Petrovich Galkin

St. Petersburg Branch of Vavilov Institute of General Genetics (Russian Academy of Science)

Email: apgalkin@mail.ru
PhD. Head of Laboratory for Genetic Modeling of the Human and Mammalian Disorders, Vice-Director

References

  1. Захаров И. А., Кожин С. А., Кожина Т. Н., Фёдорова И. В, 1984. Сборник методик по генетике дрожжей-сахаромицетов // Л.: Наука., 143 с.
  2. Инге-Вечтомов С. Г., Адрианова В. М., 1970. Рецессивные суперсупрессоры дрожжей //Генетика. Т. 6. С. 103–115.
  3. Инге-Вечтомов С. Г., Тиходеев О. Н., Карпова Т. С., 1988. Селективные системы для получения рецессивных рибосомных супрессоров у дрожжей-сахаромицетов // Генетика. Т. 24. С. 1159–1165.
  4. Нижников А. А., Магомедова З. М., Сайфитдинова А. Ф. и др., 2011. Выявление генов, кодирующих потенциально амилоидогенные белки, участвующих в регуляции нонсенс-супрессии у дрожжей Saccharomyces cerevisiae // Эколог. генетика. Т. 9. С. 79–86.
  5. Рубель А. А., Сайфитдинова А. Ф., Лада А. Г. и др., 2008. Дрожжевой шаперон Hsp104 регулирует экспрессию генов на посттранскрипционном уровне //Мол. биол. Т. 42. № 1. С. 123–130.
  6. Alberti S., Halfmann R., King O. et al., 2009. A systematic survey identifies prions and illuminates sequence features of prionogenic proteins // Cell. Vol. 137. P. 146–158.
  7. Benn C. L., Sun T., Sadri-Vakili G. et al., 2008. Huntingtin modulates transcription, occupies gene promoters in vivo, and binds directly to DNA in a polyglutamine-dependent manner // J. Neurosci. Vol. 28. P. 10720–10733.
  8. Chernoff Y. O., Newnam G. P., Kumar J. et al., 2012. Evidence for a “protein mutator” in yeast: role of the Hsp70-related chaperone Ssb in formation, stability and toxicity of the [PSI] prion // Mol. Cell. Biol. Vol. 19. P. 8103–8112.
  9. Chiti F., Dobson C. M., 2006. Protein misfolding, functional amyloid, and human disease // Ann. Rev. Biochem. Vol. 75. P. 333–366.
  10. Cong S. Y., Pepers B. A., Zhou T. T. et al., 2012. Huntingtin with an expanded polyglutamine repeat affects the Jab1-p27 (Kip1) pathway // Neurobiol. Dis. Vol. 46. P. 673–681.
  11. Crow E. T., Li L., 2011. Newly identified prions in budding yeast, and their possible functions // Semin. Cell Dev. Biol. Vol. 22. P. 452–459.
  12. Dagkessamanskaya A., Ter-Avanesyan M., Mager W. H., 1997. Transcriptional regulation of SUP35 and SUP45 in Saccharomyces cerevisiae // Yeast. Vol. 13. P. 1265–1274.
  13. Derkatch I. L., Bradley M. E., Hong J. Y., Liebman S. W., 2001. Prions affect the appearance of other prions: The story of [PIN] // Cell. Vol. 106. P. 171–182.
  14. Derkatch I. L., Bradley M. E., Zhou P. et al., 1997. Genetic and environmental factors affecting the de novo appearance of the [PSI+] prion in Saccharomyces cerevisiae // Genetics. Vol. 147. P. 507–519.
  15. Hanahan D., 1985. DNA Cloning: A Practical Approach. // IRL Press, 109 p.
  16. Harrison P. M., Gerstein M., 2003. A method to assess compositional bias in biological sequences and its application to prion-like glutamine/asparagine-rich domains in eukaryotic proteomes // Genome Biology. Vol. 4. E. 40.
  17. Kaiser C., Michaelis S., Mitchell A., 1994. Methods in yeast genetics // NY: Cold Spring Harbor Lab. Press, 364 p.
  18. Lee T. I., Rinaldi N. J., Robert F. et al., 2002. Transcriptional regulatory networks in Saccharomyces cerevisiae // Science. Vol. 298. P. 799–804.
  19. Nizhnikov A. A., Magomedova Z. M., Rubel A. A. et al., 2012. [NSI+] determinant has a pleiotropic phenotypic manifestation that is modulated by SUP35, SUP45, and VTS1 genes // Curr. Genetics. Vol. 58. P. 35–47.
  20. Ong W., Ibrahim M., Town M., Johnson J., 1997. Functional differences among the six Saccharomyces cerevisiae tRNATrp genes // Yeast. Vol. 13. P. 1357–1362.
  21. Ono B., Yoshida R., Kamiya K., Sugimoto T., 2005. Suppression of termination mutations caused by defects of the NMD machinery in Saccharomyces cerevisiae // Genes Genet. Syst. Vol. 80. P. 311–316.
  22. Osherovich L. Z., Weissman J. S., 2001. Multiple Gln/Asn-rich prion domains confer susceptibility to induction of the yeast [PSI+] prion // Cell. Vol. 106. P. 183–194.
  23. Rogoza T., Goginashvili A., Rodionova S. et al., 2010. Non-Mendelian determinant [ISP+] in yeast is a nuclear-residing prion form of the global transcriptional regulator Sfp1 // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. Vol. 107. P. 10573–10577.
  24. Saifitdinova A. F., Nizhnikov A. A., Lada A. G. et al., 2010. [NSI+]: a novel non-Mendelian suppressor determinant in Saccharomyces cerevisiae. Curr. Genet. Vol. 56. P. 467–478.
  25. Sambrook J., Fritsch E. F., Maniatis T., 1989. Molecular cloning. A laboratory manual // N. Y.: Cold Spring Harbor Lab. Press., 1626 p.
  26. Sherman F., Fink G. R., Hancks J. B., 1986. Methods in yeast genetics // N. Y.: Cold Spring Harbor Lab. Press., 367 p.
  27. Stansfield I., Jones K. M., Kushnirov V. V. et al., 1995. The products of the SUP45 (eRF1) and SUP35 genes interact to mediate translation termination in Saccharomyces cerevisiae // EMBO J. Vol. 14. P. 4365–4373.
  28. Ter-Avanesyan M. D., Dagkesamanskaya A. R., Kushnirov V. V., Smirnov V. N., 1994. The SUP35 omnipotent suppressor gene is involved in the maintenance of the non-Mendelian determinant [PSI+] in the yeast Sacchoromyces cerevisiae // Genetics. Vol. 137. P. 671–676.
  29. Weiss W. A., Edelman I., Culbertson M. R., Friedberg E. C., 1987. Physiological levels of normal tRNA (CAGGln) can effect partial suppression of amber mutations in the yeast Saccharomyces cerevisiae // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. Vol. 84. P. 8031–8034.
  30. Wickner R. B., 1994. [URE3] as an altered Ure2 protein: evidence for a prion analog in Saccharomyces cerevisiae // Science. Vol. 264. P. 566–569.
  31. Workman C. T., Mac H. C., McCuine S., 2006. A systems approach to mapping DNA damage response pathways // Science. Vol. 19. P. 1054–1059.
  32. Zhouravleva G., Frolova L., Le Goff X. et al., 1995. Termination of translation in eukaryotes is governed by two interacting polypeptide chain release factors, eRF1 and eRF3 // EMBO J. Vol. 14. P. 4065–4072.

Supplementary files

Supplementary Files
Action
1. JATS XML
Download

Copyright (c) 2013 Nizhnikov A.A., Kondrashkina A.M., Antonets K.S., Galkin A.P.

Creative Commons License
This work is licensed under a Creative Commons Attribution 4.0 International License.
 


Согласие на обработку персональных данных с помощью сервиса «Яндекс.Метрика»

1. Я (далее – «Пользователь» или «Субъект персональных данных»), осуществляя использование сайта https://journals.rcsi.science/ (далее – «Сайт»), подтверждая свою полную дееспособность даю согласие на обработку персональных данных с использованием средств автоматизации Оператору - федеральному государственному бюджетному учреждению «Российский центр научной информации» (РЦНИ), далее – «Оператор», расположенному по адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А, со следующими условиями.

2. Категории обрабатываемых данных: файлы «cookies» (куки-файлы). Файлы «cookie» – это небольшой текстовый файл, который веб-сервер может хранить в браузере Пользователя. Данные файлы веб-сервер загружает на устройство Пользователя при посещении им Сайта. При каждом следующем посещении Пользователем Сайта «cookie» файлы отправляются на Сайт Оператора. Данные файлы позволяют Сайту распознавать устройство Пользователя. Содержимое такого файла может как относиться, так и не относиться к персональным данным, в зависимости от того, содержит ли такой файл персональные данные или содержит обезличенные технические данные.

3. Цель обработки персональных данных: анализ пользовательской активности с помощью сервиса «Яндекс.Метрика».

4. Категории субъектов персональных данных: все Пользователи Сайта, которые дали согласие на обработку файлов «cookie».

5. Способы обработки: сбор, запись, систематизация, накопление, хранение, уточнение (обновление, изменение), извлечение, использование, передача (доступ, предоставление), блокирование, удаление, уничтожение персональных данных.

6. Срок обработки и хранения: до получения от Субъекта персональных данных требования о прекращении обработки/отзыва согласия.

7. Способ отзыва: заявление об отзыве в письменном виде путём его направления на адрес электронной почты Оператора: info@rcsi.science или путем письменного обращения по юридическому адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А

8. Субъект персональных данных вправе запретить своему оборудованию прием этих данных или ограничить прием этих данных. При отказе от получения таких данных или при ограничении приема данных некоторые функции Сайта могут работать некорректно. Субъект персональных данных обязуется сам настроить свое оборудование таким способом, чтобы оно обеспечивало адекватный его желаниям режим работы и уровень защиты данных файлов «cookie», Оператор не предоставляет технологических и правовых консультаций на темы подобного характера.

9. Порядок уничтожения персональных данных при достижении цели их обработки или при наступлении иных законных оснований определяется Оператором в соответствии с законодательством Российской Федерации.

10. Я согласен/согласна квалифицировать в качестве своей простой электронной подписи под настоящим Согласием и под Политикой обработки персональных данных выполнение мною следующего действия на сайте: https://journals.rcsi.science/ нажатие мною на интерфейсе с текстом: «Сайт использует сервис «Яндекс.Метрика» (который использует файлы «cookie») на элемент с текстом «Принять и продолжить».