Biodiversity informatics: global trends, national perspective and regional progress in Khanty-Mansi Autonomous Okrug

Cover Page

Cite item

Full Text

Abstract

This paper briefly summarizes the history and the contemporary trends in biodiversity informatics, as well as the standards used for biodiversity databases construction. We provide the examples of modern global and local projects on data integration in biodiversity in Russia and worldwide. Finally we discuss the developing of the regional system in the Khanty-Mansi autonomous region - Yugra, where biological collections hasn’t been digitized and their data hasn’t been shared through global repositories such as  GBIF until recently.

About the authors

Nina V. Filippova

Yugra State University

Author for correspondence.
Email: filippova.courlee.nina@gmail.com
ORCID iD: 0000-0002-9506-0991
SPIN-code: 6117-6197
Russian Federation, Khanty-Mansiysk

Ilya V. Filippov

Yugra State University

Email: fillip.83.pov@yandex.ru
Russian Federation, Khanty-Mansiysk

Dmitry S. Schigel

Global Biodiversity Information Facility, Secretariat

Email: dschigel@gbif.org
Denmark, Copenhagen

Natalia V. Ivanova

Institute of Mathematical Problems of Biology

Email: Natalya.dryomys@gmail.com
Russian Federation, Pushchino, Moscow Region

Maxim P. Shashkov

Institute of Physicochemical and Biological Problems in Soil Science

Email: max.carabus@gmail.com
Russian Federation, Pushchino, Moscow Region

References

  1. Berendsohn W., Güntsch A., Röpert D. Survey of existing publicly distributed collection management and data capture software solutions used by the world’s natural history collections. GBIF. 2003. 44 p.
  2. Berendsohn W.F., Geoffroy M. Networking taxonomic concepts - uniting without 'Unitary-ism' // Biodiversity databases : techniques, politics, and applications. Boca Raton, London, New York: CRC Press, 2007. P. 13-22.
  3. Berendsohn W.G., Rissone A. (Eds) Taxonomic databases working group, 2005 annual meeting 11-18 september 2005, St.Petersburg, Russia: abstracts. SPb, 2005. 42 p.
  4. Canhos, V.P., Souza, S., Giovanni, R., Canhos, D.A.L. Global biodiversity informatics: setting the scene for a “new world” of ecological modeling // Biodiversity Informatics. 2004. V. 1. P. 1-13.
  5. Cardinale B.J., Duffy J.E., Gonzalez A., Hooper D.U., Perrings C., Venail P., Narwani A., Mace G.M., Tilman D., Wardle D.A., Kinzig A.P. 2012. Biodiversity loss and its impact on humanity // Nature. V. 486. No. 7401. P. 59-67.
  6. Chadin I., Dalke I., Zakhozhiy I., Malyshev R., Madi E., Kuzivanova O., Kirillov D., Elsakov V. Distribution of the invasive plant species Heracleum sosnowskyi Manden. in the Komi Republic (Russia) // PhytoKeys. 2017. V. 77. P. 71-80. doi: 10.3897/phytokeys.77.11186
  7. Egloff W., Agosti D., Kishor P., Patterson D., Miller J.A. Copyright and the Use of Images as Biodiversity Data // Research Ideas and Outcomes. 2016. V. 3. P. e12502. doi: https://doi.org/10.1101/087015
  8. Filippova N.V., Bulyonkova T.M., Karpov D.V., Lapshina E.D. 2017. Fungarium of Yugra state university and its database // Международная научно-практическая конференция «Использование современных информационных технологий в ботанических исследованиях». Апатиты, Мурманская область 28-31 марта 2017 г.: Тезисы докладов. С. 137-142.
  9. Ivanova N.V., Shashkov M.P. 2017. Biodiversity Databases in Russia: Towards a National Portal // Arctic Science. doi: 10.1139/AS-2016-0050
  10. Lane M.A., Edwards J.L. 2007. The Global Biodiversity Information Facility (GBIF) // Biodiversity databases : techniques, politics, and applications. Boca Raton, London, New York: CRC Press. P. 1-4.
  11. Los W., Hof C.H.J. 2007. The European Network for Biodiversity Information // Biodiversity databases: techniques, politics, and applications. Boca Raton, London, New York: CRC Press. P. 5-12.
  12. Muller M.R. 2004. An Analysis of the Implications of Intellectual Property Rights (IPR) on the Global Biodiversity Information Facility (GBIF). GBIF. 43 p.
  13. Pauls S.U., Nowak C., Bálint M., Pfenninger M. 2013. The impact of global climate change on genetic diversity within populations and species // Molecular Ecology. V. 22. No 4. P. 925-946.
  14. Penev L., Mietchen D., Chavan V., Hagedorn G., Smith V., Shotton D., Tuama É.Ó., Senderov V., Georgiev T., Stoev P., Groom Q., Remsen D., Edmunds S. 2017. Strategies and guidelines for scholarly publishing of biodiversity data // Research Ideas and Outcomes. V. 3. P. e12431. doi: 10.3897/rio.3.e12431
  15. Robertson T., Döring M., Guralnick R., Bloom D., Wieczorek J., Braak K., Otegui J., Russell L., Desmet, P. 2014. The GBIF Integrated Publishing Toolkit: Facilitating the Efficient Publishing of Biodiversity Data on the Internet // PLoS ONE. V. 9. № 8. P. e102623.
  16. Wieczorek J., Bloom D., Guralnick R., Blum S., Döring M., Giovanni R., Robertson T., Vieglais D. 2012. Darwin Core: An Evolving Community-Developed Biodiversity Data Standard // PLoS ONE. V. 7 (1). P. e29715. doi: 10.1371/journal.pone.0029715
  17. Алимов А.Ф. (под ред.) 2003. Информационные системы по биоразнообразию видов и экосистем: международный симпозиум, 1-4 Декабря 2003, Зоологический институт РАН, Санкт-Петербург, Россия: научная программа и тезисы докладов. СПб. 116 с.
  18. Белогай О.И., Скучас Ю.В. (под ред.) 2016. Биологические коллекции Югры: сбор, фиксация, хранение, введение в научный оборот. Материалы научно-методического семинара в Музее Природы и Человека. 150 с.
  19. Большаков С.Ю., Филиппова Н.В., Потапов К.О., Агеев Д.В., Волобуев С.В. 2017. Google Spreadsheets как базовый инструмент для управления данным о биоразнообразии // Международная научно-практическая конференция «Использование современных информационных технологий в ботанических исследованиях». Апатиты, Мурманская область 28-31 марта 2017 г.: Тезисы докладов. Апатиты. С. 21-23.
  20. Боровичев Е.А., Давыдов Д.А., Королева Н.Е. (под ред.) 2017. Международная научно-практическая конференция «Использование современных информационных технологий в ботанических исследованиях». Апатиты, Мурманская область 28-31 марта 2017 г.: Тезисы докладов. Апатиты. 148 c.
  21. Верхозина А.В., Фёдоров Р.К. 2017. Развитие информационно-аналитической системы по фиторазнообразию Байкальской Сибири // Международная научно-практическая конференция «Использование современных информационных технологий в ботанических исследованиях». Апатиты, Мурманская область 28-31 марта 2017 г.: Тезисы докладов. Апатиты. С. 26-28.
  22. Гельтман Д.В., Росков Ю.Р. (под ред.) 1997. Компьютерные базы данных в ботанических исследованиях : сб. науч. тр. С-Петербург: Ботанический институт РАН. 113 с.
  23. Давыдов Д.А., Мелехин А.В., Константинова Н.А., Боровичев Е.А. 2017. Возможности информационной системы Cryptogamic Russian Information System // Международная научно-практическая конференция «Использование современных информационных технологий в ботанических исследованиях». Апатиты, Мурманская область 28-31 марта 2017 г.: Тезисы докладов. Апатиты. С. 32-33.
  24. Иванова Н.В., Шашков М.П. 2017. Информационная система о распространении охраняемого лишайника Lobaria pulmonaria на основе стандартов GBIF // Международная научно-практическая конференция «Использование современных информационных технологий в ботанических исследованиях». Апатиты, Мурманская область 28-31 марта 2017 г.: Тезисы докладов. Апатиты. С. 48-49.
  25. Иванова Н.В., Шашков М.П. 2014. Перспективы создания открытого всероссийского информационного ресурса по биоразнообразию на основе международного стандарта GBIF // Математическая биология и биоинформатика. Т. 9. С. 396-405.
  26. Иванова Н.В., Шашков М.П., Щигель Д.С. 2016. Глобальная информационная система по биоразнообразию GBIF: перспективы развития в России // Современные концепции экологии биосистем и их роль в решении проблем сохранения природы и природопользования: материалы всерос. (с междунар. участием) науч. шк.-конф., посвящ. 115-летию со дня рождения А.А. Уранова (Г. Пенза, 10-14 Мая 2016 Г.). Пенза: Изд-во ПГУ. C. 368-369.
  27. Иванова, Н.В., Шашков, М.П. 2015. Использование обменного формата Darwin Core для создания web-ориентированной геоинформационной системы по распространению редких видов, совместимых с международной базой GBIF // Материалы четвертой национальной научной конференции с международным участием «Математическое моделирование в экологии» 18-22 Мая 2015, Пущино. С. 82-83.
  28. Мелехин А.В. 2017. CRIS как рабочая модель межрегиональной информационной системы для криптогамных ботаников // Международная научно-практическая конференция «Использование современных информационных технологий в ботанических исследованиях». Апатиты, Мурманская область 28-31 марта 2017 г.: Тезисы докладов. Апатиты. С. 88-90.
  29. Мелехин А.В., Давыдов Д.А., Шалыгин С.С., Боровичев Е.А. 2013. Общедоступная информационная система по Биоразнообразию цианопрокариот и лишайников CRIS (Cryptogamic Russian Information System) // Бюл. Моск. о-¬ва испытателей природы. Отд. Биол. Т. 118. Вып. 6. С. 51-¬56.
  30. Павлов Д.С., Дгебуадзе Ю.Ю., Петросян В.Г. (под ред.) 2006. Информационные системы и WEB-Порталы по разнообразию видов и экосистем. Материалы международного симпозиума. М.: Т-во научных изданий КМК. 261 с.
  31. Рысс А.Ю., Минтер Д. (под ред.) 2001. Информационные и телекоммуникационные ресурсы в зоологии и ботанике. Тезисы 2-го международного симпозиума. СПб.
  32. Рысс А.Ю., Смирнов И.С. (под ред.) 1999. Информационно-поисковые системы в зоологии и ботанике. Труды Зоологического института РАН. Т. 287.
  33. Смирнов И.С., Лобанов А.Л., Пугачев О.Н. Гельтман Д.В. (под ред.) 2006. К истории совещаний по биологическим (зоологическим и ботаническим) базам данных и информационно поисковым системам в СССР и России // Информационные системы и WEB-Порталы по разнообразию видов и экосистем. Материалы международного симпозиума / Павлов Д.С. др. (под ред.). М.: Т-во научных изданий КМК. С. 18-19.
  34. Степаньянц С.Д., Лобанов А.Л., Дианов М.Б. (под ред.) 1997. Базы данных и компьютерная графика в зоологических исследованиях. Труды Зоологического института РАН. Т. 269.
  35. Тетерюк Л.В., Чадин И.Ф., Федорова Е.В., Мади Е.Г., Кирпичев А.Н., Оплеснина Н.А. 2017. Электронный каталог и БД Гербария института биологии Коми НЦ УРО РАН (SYKO) // Международная научно-практическая конференция «Использование современных информационных технологий в ботанических исследованиях». Апатиты, Мурманская область 28-31 марта 2017 г.: Тезисы докладов. Апатиты. С. 119-120.
  36. Филиппов И.В. 2012. Итоговый отчет по договору № 038-2012: «Информационная система по объектам животного и растительного мира Ханты-Мансийского автономного округа». Москва. 31 с.
  37. Чадин И.Ф., Далькэ И.В., Захожий И.Г., Малышева Р.В., Мади Е.Г., Кузиванова О.А., Кириллов Д.В., Елсаков В.В. 2017. Информационная система «Распространение инвазивных видов растений»: опыт сбора данных о распространении борщевика сосновского (Heracleum sosnowskyi) и их публикации в GBIF // Международная научно-практическая конференция «Использование современных информационных технологий в ботанических исследованиях». Апатиты, Мурманская область 28-31 марта 2017 г.: Тезисы докладов. Апатиты. С. 127-128.
  38. Шашков М.П., Иванова Н.В. 2017. Российские данные в глобальной информационной системе по биоразнообразию - GBIF // Международная научно-практическая конференция «Использование современных информационных технологий в ботанических исследованиях». Апатиты, Мурманская область 28-31 марта 2017 г.: Тезисы докладов. Апатиты. С. 132-133.
  39. Шмаков А.И., Смирнов С.В., Яковлев Р.В., Ваганов А.В. 2009. Формирование баз данных по биоразнообразию - опыт, проблемы, решения: материалы Международной научно-практической конференции (Барнаул, 13-15 мая 2009 г.). Барнаул: Изд-во «ARТИКА». 284 с.

Supplementary files

Supplementary Files
Action
1. JATS XML
Download

Copyright (c) 2017 Filippova N.V., Filippov I.V., Schigel D.S., Ivanova N.V., Shashkov M.P.

Creative Commons License
This work is licensed under a Creative Commons Attribution-NoDerivatives 4.0 International License.

Согласие на обработку персональных данных с помощью сервиса «Яндекс.Метрика»

1. Я (далее – «Пользователь» или «Субъект персональных данных»), осуществляя использование сайта https://journals.rcsi.science/ (далее – «Сайт»), подтверждая свою полную дееспособность даю согласие на обработку персональных данных с использованием средств автоматизации Оператору - федеральному государственному бюджетному учреждению «Российский центр научной информации» (РЦНИ), далее – «Оператор», расположенному по адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А, со следующими условиями.

2. Категории обрабатываемых данных: файлы «cookies» (куки-файлы). Файлы «cookie» – это небольшой текстовый файл, который веб-сервер может хранить в браузере Пользователя. Данные файлы веб-сервер загружает на устройство Пользователя при посещении им Сайта. При каждом следующем посещении Пользователем Сайта «cookie» файлы отправляются на Сайт Оператора. Данные файлы позволяют Сайту распознавать устройство Пользователя. Содержимое такого файла может как относиться, так и не относиться к персональным данным, в зависимости от того, содержит ли такой файл персональные данные или содержит обезличенные технические данные.

3. Цель обработки персональных данных: анализ пользовательской активности с помощью сервиса «Яндекс.Метрика».

4. Категории субъектов персональных данных: все Пользователи Сайта, которые дали согласие на обработку файлов «cookie».

5. Способы обработки: сбор, запись, систематизация, накопление, хранение, уточнение (обновление, изменение), извлечение, использование, передача (доступ, предоставление), блокирование, удаление, уничтожение персональных данных.

6. Срок обработки и хранения: до получения от Субъекта персональных данных требования о прекращении обработки/отзыва согласия.

7. Способ отзыва: заявление об отзыве в письменном виде путём его направления на адрес электронной почты Оператора: info@rcsi.science или путем письменного обращения по юридическому адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А

8. Субъект персональных данных вправе запретить своему оборудованию прием этих данных или ограничить прием этих данных. При отказе от получения таких данных или при ограничении приема данных некоторые функции Сайта могут работать некорректно. Субъект персональных данных обязуется сам настроить свое оборудование таким способом, чтобы оно обеспечивало адекватный его желаниям режим работы и уровень защиты данных файлов «cookie», Оператор не предоставляет технологических и правовых консультаций на темы подобного характера.

9. Порядок уничтожения персональных данных при достижении цели их обработки или при наступлении иных законных оснований определяется Оператором в соответствии с законодательством Российской Федерации.

10. Я согласен/согласна квалифицировать в качестве своей простой электронной подписи под настоящим Согласием и под Политикой обработки персональных данных выполнение мною следующего действия на сайте: https://journals.rcsi.science/ нажатие мною на интерфейсе с текстом: «Сайт использует сервис «Яндекс.Метрика» (который использует файлы «cookie») на элемент с текстом «Принять и продолжить».