Функциональная роль доменов Bap170 в энхансер-зависимой активности генов у Drosophila Melanogaster

Обложка

Цитировать

Полный текст

Открытый доступ Открытый доступ
Доступ закрыт Доступ предоставлен
Доступ закрыт Только для подписчиков

Аннотация

Субъединица Bap170 ремоделера хроматина SWI/SNF демонстрирует функции активатора при ее искусственном привлечении на промотор репортера LacZ в энхансер-зависимой транскрипции. В данной работе проведен анализ функциональной значимости доменов белка Bap170 в активации репортера. Делеция ДНК-связывающего домена ARID не снижает активности Bap170. При привлечении формы Bap170 без области, включающей мотивы LXXLL, наблюдалось повышение экспрессии репортера LacZ. Делеции центральной (домен RFX и IDRs) и С-концевой области (цинковые пальцы) Bap170 приводят к существенному снижению экспрессии трансгена. По-видимому, данные области критически важны для функционирования этого белка в энхансер-зависимой транскрипции.

Полный текст

Доступ закрыт

Об авторах

В. К. Чмыхало

Институт биологии гена Российской академии наук

Автор, ответственный за переписку.
Email: vkchmykhalo@icloud.com

Лаборатория регуляции экспрессии генов в развитии

Россия, Москва

D. Amendola

Università di Napoli Federico II

Email: vkchmykhalo@icloud.com
Италия, Неаполь

Ю. В. Шидловский

Институт биологии гена Российской академии наук

Email: vkchmykhalo@icloud.com

Лаборатория регуляции экспрессии генов в развитии

Россия, Москва

Л. А. Лебедева

Институт биологии гена Российской академии наук

Email: vkchmykhalo@icloud.com

Лаборатория регуляции экспрессии генов в развитии

Россия, Москва

P. Schedl

Принстонский университет

Email: vkchmykhalo@icloud.com

иностранный член РАН

США, Принстон

E Giordano

Università di Napoli Federico II

Email: vkchmykhalo@icloud.com
Италия, Неаполь

Список литературы

  1. Reyes, A.A., R.D. Marcum, and Y. He. Structure and Function of Chromatin Remodelers // J Mol Biol. 2021. 433(14). Р. 166929.
  2. Singh, A., et al. SWI/SNF Chromatin Remodelers: Structural, Functional and Mechanistic Implications // Cell Biochem Biophys. 2023. 81(2). Р. 167–187.
  3. Hernández-García, J., et al. Comprehensive identification of SWI/SNF complex subunits underpins deep eukaryotic ancestry and reveals new plant components // Communications Biology. 2022. 5(1). Р. 549.
  4. Chmykhalo, V.K., et al. SWI/SNF Complex Connects Signaling and Epigenetic State in Cells of Nervous System // Mol Neurobiol. 2024.
  5. Chmykhalo, V.K., et al. Effects of Overexpression of Specific Subunits SAYP, Bap170 of the Chromatin Remodeling Complex in Drosophila Melanogaster // Doklady Biochemistry and Biophysics. 2024.
  6. Vorobyeva, N.E., et al. SAYP and Brahma are important for ‘repressive’ and ‘transient’ Pol II pausing // Nucleic Acids Res. 2012. 40(15). Р. 7319–31.
  7. Moshkin, Y.M., et al. Remodelers Organize Cellular Chromatin by Counteracting Intrinsic Histone-DNA Sequence Preferences in a Class-Specific Manner // Molecular and Cellular Biology. 2012. 32(3). Р. 675–688.
  8. Vorobyeva, N.E., et al. Transcription coactivator SAYP combines chromatin remodeler Brahma and transcription initiation factor TFIID into a single supercomplex // Proc Natl Acad Sci U S A. 2009. 106(27). Р. 11049–54.
  9. Panov, V.V., et al. Transcription co-activator SAYP mediates the action of STAT activator // Nucleic Acids Res. 2012. 40(6). Р. 2445–53.
  10. Carrera, I., J. Zavadil, and J.E. Treisman. Two subunits specific to the PBAP chromatin remodeling complex have distinct and redundant functions during drosophila development // Mol Cell Biol. 2008. 28(17). Р. 5238–50.
  11. Rendina, R., et al. Bap170, a subunit of the Drosophila PBAP chromatin remodeling complex, negatively regulates the EGFR signaling // Genetics. 2010. 186(1). Р. 167–81.
  12. Carcamo, S., et al. Altered BAF occupancy and transcription factor dynamics in PBAF-deficient melanoma // Cell Reports. 2022. 39(1). Р. 110637.
  13. Soshnikova, N.V., et al. A novel chromatin-remodeling complex variant, dcPBAF, is involved in maintaining transcription in differentiated neurons // Front Cell Dev Biol. 2023. 11. Р. 1271598.
  14. Li, M., et al. Inactivating mutations of the chromatin remodeling gene ARID2 in hepatocellular carcinoma // Nat Genet. 2011. 43(9). Р. 828–9.
  15. Akinjiyan, F.A., et al. ARID2 mutations may relay a distinct subset of cutaneous melanoma patients with different outcomes // Sci Rep. 2024. 14(1). Р. 3444.
  16. Shidlovskii, Y.V., et al. Subunits of the PBAP Chromatin Remodeler Are Capable of Mediating Enhancer-Driven Transcription in Drosophila // Int J Mol Sci. 2021. 22(6).
  17. Plevin, M.J., M.M. Mills, and M. Ikura. The LxxLL motif: a multifunctional binding sequence in transcriptional regulation // Trends Biochem Sci. 2005. 30(2). Р. 66–9.
  18. Bramswig, N.C., et al. Heterozygosity for ARID2 lossof- function mutations in individuals with a Coffin-Siris syndrome-like phenotype // Hum Genet. 2017. 136(3). Р. 297–305.

Дополнительные файлы

Доп. файлы
Действие
1. JATS XML
Скачать
2. Рис. 1. Структура белка Bap170 и его мутантных форм. а – Доменная структура Bap170. Указаны области, удаленные у проанализированных мутантов. Приведены номера аминокислотных остатков на границе областей. б – Схема используемой модели энхансер-зависимого трансгена LexAop::LacZ, экспрессирующегося под контролем слитного белка LexA-Bap170. в – Используемые генетические конструкции и кодируемые ими мутантные формы Bap170.

Скачать (238KB)
Метаданные
3. Рис. 2. Активность делеционных вариантов Bap170 в энхансер-зависимой экспрессии трансгена LacZ в антеннальных и крыловых имагинальных дисках личинок 3 возраста. Экспозиция при окрашивании одинакова для всех линий. wt – в данном случае LexA-Bap170. Слева указано, какой энхансер локализуется рядом со встройкой трансгена lacZ.

Скачать (239KB)
Метаданные

© Российская академия наук, 2025

Согласие на обработку персональных данных с помощью сервиса «Яндекс.Метрика»

1. Я (далее – «Пользователь» или «Субъект персональных данных»), осуществляя использование сайта https://journals.rcsi.science/ (далее – «Сайт»), подтверждая свою полную дееспособность даю согласие на обработку персональных данных с использованием средств автоматизации Оператору - федеральному государственному бюджетному учреждению «Российский центр научной информации» (РЦНИ), далее – «Оператор», расположенному по адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А, со следующими условиями.

2. Категории обрабатываемых данных: файлы «cookies» (куки-файлы). Файлы «cookie» – это небольшой текстовый файл, который веб-сервер может хранить в браузере Пользователя. Данные файлы веб-сервер загружает на устройство Пользователя при посещении им Сайта. При каждом следующем посещении Пользователем Сайта «cookie» файлы отправляются на Сайт Оператора. Данные файлы позволяют Сайту распознавать устройство Пользователя. Содержимое такого файла может как относиться, так и не относиться к персональным данным, в зависимости от того, содержит ли такой файл персональные данные или содержит обезличенные технические данные.

3. Цель обработки персональных данных: анализ пользовательской активности с помощью сервиса «Яндекс.Метрика».

4. Категории субъектов персональных данных: все Пользователи Сайта, которые дали согласие на обработку файлов «cookie».

5. Способы обработки: сбор, запись, систематизация, накопление, хранение, уточнение (обновление, изменение), извлечение, использование, передача (доступ, предоставление), блокирование, удаление, уничтожение персональных данных.

6. Срок обработки и хранения: до получения от Субъекта персональных данных требования о прекращении обработки/отзыва согласия.

7. Способ отзыва: заявление об отзыве в письменном виде путём его направления на адрес электронной почты Оператора: info@rcsi.science или путем письменного обращения по юридическому адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А

8. Субъект персональных данных вправе запретить своему оборудованию прием этих данных или ограничить прием этих данных. При отказе от получения таких данных или при ограничении приема данных некоторые функции Сайта могут работать некорректно. Субъект персональных данных обязуется сам настроить свое оборудование таким способом, чтобы оно обеспечивало адекватный его желаниям режим работы и уровень защиты данных файлов «cookie», Оператор не предоставляет технологических и правовых консультаций на темы подобного характера.

9. Порядок уничтожения персональных данных при достижении цели их обработки или при наступлении иных законных оснований определяется Оператором в соответствии с законодательством Российской Федерации.

10. Я согласен/согласна квалифицировать в качестве своей простой электронной подписи под настоящим Согласием и под Политикой обработки персональных данных выполнение мною следующего действия на сайте: https://journals.rcsi.science/ нажатие мною на интерфейсе с текстом: «Сайт использует сервис «Яндекс.Метрика» (который использует файлы «cookie») на элемент с текстом «Принять и продолжить».