Опыт применения импульсного УФ-излучения сплошного спектра плазменных ксеноновых ламп для деконтаминации продуктов ПЦР

Обложка

Цитировать

Полный текст

Открытый доступ Открытый доступ
Доступ закрыт Доступ предоставлен
Доступ закрыт Только для подписчиков

Аннотация

Цель исследования. Оценка эффективности разрушения коротких ПЦР-ампликонов с помощью импульсного источника излучения широкого спектра.

Материалы и методы. С помощью источника импульсного УФ-излучения проведены эксперименты на ампликонах ДНК длиной 117 п. н. Эффективность деконтаминации оценивали по остаточному количеству ампликонов в смывах с рабочих поверхностей, таких как пластик, стекло и металл.

Результаты. Была показана высокая эффективность импульсного УФ-излучения в борьбе с контаминацией ДНК, определено оптимальное время облучения (10–12 мин), достаточное для полного разрушения ампликонов на различных типах поверхности (пластик, стекло, металл). Полученные данные позволяют сократить время обработки помещений и снизить негативное воздействие от УФ-излучения на лабораторное оборудование и помещения.

Заключение. Продемонстрирована целесообразность использования импульсных установок, генерирующих высокоинтенсивные потоки УФ-излучения сплошного спектра, для разрушения ампликонов на различных поверхностях.

Об авторах

Алексей Викторович Тутельян

Центральный НИИ эпидемиологии Роспотребнадзора

Автор, ответственный за переписку.
Email: bio-tav@yandex.ru
ORCID iD: 0000-0002-2706-6689

чл.-корр. РАН, д.м.н., профессор, заведующий лабораторией инфекций, связанных с оказанием медицинской помощи

Россия, Москва

Евгений Александрович Черкашин

Центральный НИИ эпидемиологии Роспотребнадзора

Email: e.cherkashin@pcr.ms
ORCID iD: 0000-0002-3627-6047

к.х.н. руководитель. Центр разработки, развития продукции и инноваций

Россия, Москва

Татьяна Львовна Замотаева

Центральный НИИ эпидемиологии Роспотребнадзора

Email: zamotaevatat@gmail.com
ORCID iD: 0009-0003-9799-3749

научный сотрудник, Центр разработки, развития продукции и инноваций

Россия, Москва

Ольга Андреевна Абросимова

Центральный НИИ эпидемиологии Роспотребнадзора

Email: kvasova@cmd.su
ORCID iD: 0000-0002-4545-1804

врач-эпидемиолог, руководитель эпидемиологической службы

Россия, Москва

Алексей Олегович Потапенко

ООО «НПП «Мелитта»

Email: alexeu1999pt@gmail.com

научный сотрудник

Россия, Москва

Сергей Геннадьевич Шашковский

ООО «НПП «Мелитта»

Email: melitta916@gmail.com

к.т.н., главный конструктор

Россия, Москва

Яков Абраммерович Гольдштейн

ООО «НПП «Мелитта»

Email: yagmed@gmail.com

генеральный директор

Россия, Москва

Василий Геннадьевич Акимкин

Центральный НИИ эпидемиологии Роспотребнадзора

Email: vgakimkin@yandex.ru
ORCID iD: 0000-0003-4228-9044

академик РАН, д.м.н., профессор, директор

Россия, Москва

Список литературы

  1. Kleppe K., Ohtsuka E., Kleppe R., Molineux I., Khorana H.G. Studies on polynucleotides. XCVI. Repair replications of short synthetic DNA’s as catalyzed by DNA polymerases. J. Mol. Biol. 1971; 56: 341–361. doi: 10.1016/0022-2836(71)90469-4
  2. Saiki R., Scharf S., Faloona F., Mullis K., Horn G., Erlich H. Enzymatic amplification of beta-globin genomic sequences and restriction site analysis for diagnosis of sickle cell anemia. Science 1985; 230: 1350–1354. doi: 10.1126/science.2999980
  3. Краснов Я.М., Гусева Н.П., Шарапова Н.А., Черкасов А.В. Современные методы секвенирования ДНК. Проблемы особо опасных инфекций 2014; (2): 73–79. doi: 10.21055/0370-1069-2014-2/Krasnov Ya.M., Guseva N.P., Sharapova N.A., Cherkasov A.V. [Modern methods of DNA sequencing]. Problems of Particularly Dangerous Infections 2014; (2): 73–79. (In Russ.). doi: 10.21055/0370-1069-2014-2
  4. Wong Y., Othman S., Lau Y., Radu S., Chee H. Loop-mediated isothermal amplifcation (LAMP): a versatile technique for detection of micro-organisms. J. Appl. Microbiol. 2018; 124(3): 626–643. doi: 10.1111/jam.13647
  5. Zhou L., Chandrasekaran A.R., Punnoose J.A., Bonenfant G., Charles S., Levchenko O. et al. Programmable low-cost DNA-based platform for viral RNA detection. Sci. Adv. 2020; 6(39): eabc6246. doi: 10.1126/sciadv.abc6246
  6. Волков А.Н., Начева Л.В., Захарова Ю.В. Молекулярно-генетические методы в практике современных медико-биологических исследований. Часть II: использование ПЦР в диагностике инфекционных заболеваний человека. Фундаментальная и клиническая медицина 2021; 6(1): 77–85. doi: 10.23946/2500-0764-2021-6-1-77-85/Volkov A.N., Nacheva L.V., Zakharova Y.V. [Molecular genetic techniques in current biomedical research. Part II: PCR applications in diagnostics of human infectious diseases]. Fundamental and Clinical Medicine 2021; 6(1): 77–85. (In Russ.). doi: 10.23946/2500-0764-2021-6-1-77-85
  7. Кузин В.В., Колупаева Н.В., Щербакова О.А., Дятлов И.А. Деконтаминация поверхностей от нуклеиновых кислот аэрозолями дезинфицирующих средств. Microbiology Independent Research Journal 2023; 10(1): 1–12. doi: 10.18527/2500-2236-2023-10-1-1-12/Kuzin V.V., Kolupaeva N.V., Shcherbakova O.A., Dyatlov I.A. [Decontamination of surfaces from nucleic acids with aerosols of disinfectants]. Microbiology Independent Research Journal 2023; 10(1): 1–12. (In Russ.). doi: 10.18527/2500-2236-2023-10-1-1-12
  8. Jinno Y., Yoshiuraand K., Niikawa N. Use of psoralen as extinguisher of contaminated DNA in PCR. Nucleic Acids Res. 1990; 18(22): 6739 doi: 10.1093/nar/18.22.6739
  9. Алиев А.А., Шапиев Б.И., Алиев Н.А. Коррозионная активность дезинфицирующего средства для обработки помещений и объектов на основе нейтрального анолита. Известия Дагестанского государственного педагогического университета. Серия: Естественные и точные науки 2018; 12(4): 5–10. doi: 10.31161/1995-0675-2018-12-4-5-10/Aliev A.A., Shapiev B.I., Aliev N.A. [Corrosive activity of a disinfectant for treating premises and objects based on neutral anolyte]. News of the Dagestan State Pedagogical University. Series: Natural and Exact Sciences 2018; 12(4): 5–10. (In Russ.). doi: 10.31161/1995-0675-2018-12-4-5-10
  10. Mwangi P., Mogotsi M., Ogunbayo A., Mooko T., Maringa W. A decontamination strategy for resolving SARS-CoV-2 amplicon contamination in a next-generation sequencing laboratory. Arch. Virol. 2022; 167(4): 1175–1179. doi: 10.1007/s00705-022-05411-z
  11. Champlot S., Berthelot C., Pruvost M. An Efficient Multistrategy DNA Decontamination Procedure of PCR Reagents for Hypersensitive PCR Applications. PLoS One 2010; 5(9):e13042. doi: 10.1371/journal.pone.0013042
  12. Волынкина А.С., Рязанова А.Г., Русанова Д.В., Куличенко А.Н. Проблема ДНК (РНК)-контаминации в лаборатории при проведении диагностики COVID-19 методом ПЦР. Здоровье населения и среда обитания 2021; (7): 76–81. doi: 10.35627/2219-5238/2021-29-7-76-81/Volynkina A.S., Ryazanova A.G., Rusanova D.V., Kulichenko A.N. [The problem of DNA (RNA) contamination in the laboratory when diagnosing COVID-19 using the PCR method]. Population Health and Environment 2021; (7): 76–81. (In Russ.). doi: 10.35627/2219-5238/2021-29-7-76-81
  13. Karlen Y., McNair A., Perseguers S., Mazza C., Mermod N. Statistical significance of quantitative PCR. BMC Bioinformatics 2007; 20(8): 131. doi: 10.1186/1471-2105-8-131
  14. Sicairos-Ruelas E.E., Gerba C.P., Bright K.R. Efficacy of copper and silver as residual disinfectants in drinking water. J. Environ. Sci. Health A Tox. Hazard Subst. Environ. Eng. 2019; 54(2): 146–155. doi: 10.1080/10934529.2018.1535160
  15. Farrer A.G., Wright S., Skelly E., Eisenhofer R., Dobney K., Weyrich L. Effectiveness of decontamination protocols when analyzing ancient DNA preserved in dental calculus. Sci. Rep. 2021; 11(1): 7456. doi: 10.1038/s41598-021-86100-w
  16. Soro A., Ekhlas D., Shokri S., Yem M., Li R., Barroug S. The efficiency of UV light-emitting diodes (UV-LED) in decontaminating Campylobacter and Salmonella and natural microbiota in chicken breast, compared to a UV pilot-plant scale device. Food Microbiology 2023; 116: 104365. doi: 10.1016/j.fm.2023.104365

Дополнительные файлы

Доп. файлы
Действие
1. JATS XML
Скачать

Согласие на обработку персональных данных с помощью сервиса «Яндекс.Метрика»

1. Я (далее – «Пользователь» или «Субъект персональных данных»), осуществляя использование сайта https://journals.rcsi.science/ (далее – «Сайт»), подтверждая свою полную дееспособность даю согласие на обработку персональных данных с использованием средств автоматизации Оператору - федеральному государственному бюджетному учреждению «Российский центр научной информации» (РЦНИ), далее – «Оператор», расположенному по адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А, со следующими условиями.

2. Категории обрабатываемых данных: файлы «cookies» (куки-файлы). Файлы «cookie» – это небольшой текстовый файл, который веб-сервер может хранить в браузере Пользователя. Данные файлы веб-сервер загружает на устройство Пользователя при посещении им Сайта. При каждом следующем посещении Пользователем Сайта «cookie» файлы отправляются на Сайт Оператора. Данные файлы позволяют Сайту распознавать устройство Пользователя. Содержимое такого файла может как относиться, так и не относиться к персональным данным, в зависимости от того, содержит ли такой файл персональные данные или содержит обезличенные технические данные.

3. Цель обработки персональных данных: анализ пользовательской активности с помощью сервиса «Яндекс.Метрика».

4. Категории субъектов персональных данных: все Пользователи Сайта, которые дали согласие на обработку файлов «cookie».

5. Способы обработки: сбор, запись, систематизация, накопление, хранение, уточнение (обновление, изменение), извлечение, использование, передача (доступ, предоставление), блокирование, удаление, уничтожение персональных данных.

6. Срок обработки и хранения: до получения от Субъекта персональных данных требования о прекращении обработки/отзыва согласия.

7. Способ отзыва: заявление об отзыве в письменном виде путём его направления на адрес электронной почты Оператора: info@rcsi.science или путем письменного обращения по юридическому адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А

8. Субъект персональных данных вправе запретить своему оборудованию прием этих данных или ограничить прием этих данных. При отказе от получения таких данных или при ограничении приема данных некоторые функции Сайта могут работать некорректно. Субъект персональных данных обязуется сам настроить свое оборудование таким способом, чтобы оно обеспечивало адекватный его желаниям режим работы и уровень защиты данных файлов «cookie», Оператор не предоставляет технологических и правовых консультаций на темы подобного характера.

9. Порядок уничтожения персональных данных при достижении цели их обработки или при наступлении иных законных оснований определяется Оператором в соответствии с законодательством Российской Федерации.

10. Я согласен/согласна квалифицировать в качестве своей простой электронной подписи под настоящим Согласием и под Политикой обработки персональных данных выполнение мною следующего действия на сайте: https://journals.rcsi.science/ нажатие мною на интерфейсе с текстом: «Сайт использует сервис «Яндекс.Метрика» (который использует файлы «cookie») на элемент с текстом «Принять и продолжить».