Структура ОРВИ в Северо-Западном федеральном округе в период пандемии COVID-19 (2021–2022 гг.)

Обложка

Цитировать

Полный текст

Аннотация

Острые респираторные вирусные инфекции по-прежнему остаются актуальной проблемой здравоохранения, вызывая как сезонные вспышки и эпидемии, так и глобальные пандемии. Появление новой коронавирусной инфекции стало серьезным испытанием, повлекшим за собой более 776 млн случаев заболевания и более 7 млн смертей во всем мире, что не могло не отразиться на циркуляции уже существующих сезонных патогенов. В данной работе проведен ретроспективный анализ структуры ОРВИ в период разгара пандемии COVID-19 на примере отдельно взятого субъекта (Северо-Западного федерального округа) в осенне-зимние периоды 2021–2022 гг., представлена динамика заболеваемости ОРВИ и гриппом на территории России и СЗФО, выявлены и проанализированы случаи коинфекций. Показано, что в период с января 2021 г. по август 2022 г. присоединение новой коронавирусной инфекции увеличило общую заболеваемость респираторно-вирусными инфекциями, а также снижение заболеваемости COVID-19 к концу 2022 г. в сравнении с заболеваемостью другими респираторными вирусами. Были выявлены возбудители ОРВИ, циркулировавшие на фоне пандемии COVID-19, а именно: вирус гриппа А, аденовирусы, сезонные коронавирусы, риновирусы, бокавирусы, респираторно-синцитиальный вирус и вирус парагриппа 3 типа. Результаты исследования показали, что вирус гриппа А, бокавирусы и респираторно-синцитиальный вирус чаще выявляются в виде моноинфекций и могут влиять на распространение других респираторных вирусов. В то же время аденовирусы, риновирусы и вирусы парагриппа 3 типа чаще других встречаются в виде коинфекции с COVID-19, что создает дополнительную вирусную нагрузку у пациентов и может осложнять течение заболевания.

Об авторах

А. А. Шарова

ФБУН НИИ эпидемиологии и микробиологии имени Пастера

Автор, ответственный за переписку.
Email: sbarzaglia@pasteurorg.ru

аспирант, младший научный сотрудник лаборатории молекулярно-генетического мониторинга

Россия, Санкт-Петербург

Валерия Александровна Сбарцалья

ФБУН НИИ эпидемиологии и микробиологии имени Пастера

Email: sbarzaglia@pasteurorg.ru

к.б.н., научный сотрудник лаборатории молекулярно-генетического мониторинга

Россия, г. Санкт-Петербург

А. C. Гладких

ФБУН НИИ эпидемиологии и микробиологии имени Пастера

Email: sbarzaglia@pasteurorg.ru

к.б.н., зав. лабораторией молекулярно-генетического мониторинга

Россия, г. Санкт-Петербург

Д. М. Миличкина

ФБУН НИИ эпидемиологии и микробиологии имени Пастера

Email: sbarzaglia@pasteurorg.ru

лаборант-исследователь лаборатории молекулярно-генетического мониторинга

Россия, г. Санкт-Петербург

А. В. Бачевская

ФБУН НИИ эпидемиологии и микробиологии имени Пастера

Email: sbarzaglia@pasteurorg.ru

лаборант-исследователь лаборатории молекулярно-генетического мониторинга

Россия, г. Санкт-Петербург

М. Р. Попова

ФБУН НИИ эпидемиологии и микробиологии имени Пастера

Email: sbarzaglia@pasteurorg.ru

аспирант, младший научный сотрудник лаборатории молекулярно-генетического мониторинга

Россия, г. Санкт-Петербург

Е. А. Черепанова

ФБУЗ Федеральный центр гигиены и эпидемиологии Роспотребнадзора

Email: sbarzaglia@pasteurorg.ru

и.о. зав. отделом обеспечения эпидемиологического надзора

Россия, Москва

В. Г. Дедков

ФБУН НИИ эпидемиологии и микробиологии имени Пастера; Институт медицинской паразитологии, тропических и трансмиссивных заболеваний им. Е.И. Марциновского

Email: sbarzaglia@pasteurorg.ru

к.м.н., зам. директора по науке, ведущий научный сотрудник

Россия, г. Санкт-Петербург; Москва

А. А. Тотолян

ФБУН НИИ эпидемиологии и микробиологии имени Пастера

Email: sbarzaglia@pasteurorg.ru

академик РАН, д.м.н., профессор, зав. лабораторией молекулярной иммунологии, директор

Россия, г. Санкт-Петербург

Список литературы

  1. Киселева И.В., Ксенафонтов А.Д. Рино- и РС-вирусы в пандемию COVID-19 // Инфекция и иммунитет. 2022. Т. 12, № 5. C. 624–638. [Kiseleva I.V., Ksenafontov A.D. Rhino- and RS-viruses in the COVID-19 pandemic Infektsiya i immunitet = Russian Journal of Infection and Immunity, 2022, vol. 12, no. 4, pp. 624–638. (In Russ.)] doi: 10.15789/2220-7619-RAR-1826
  2. Кузнецов О.К. Условия, способствующие появлению вируса гриппа с пандемическим потенциалом. Профилактические меры // Эпидемиология и вакцинопрофилактика. 2003. № 3 (10). С. 5–12. [Kuznetsov O.K. The features of influenza vaccinal prevention. Epidemiologiya i vaktsinoprofilaktika = Epidemiology and Vaccine Prevention, 2003, no. 3 (10), pp. 5–12. (In Russ.)]
  3. Львов Д.К., Бурцева Е.И., Колобухина Л.В., Федякина И.Т., Бовин Н.В., Игнатьева А.В., Краснослободцев К.Г., Феодоритова Е.Л., Трушакова С.В., Бреслав Н.В., Меркулова Л.Н., Мукашева Е.А., Хлопова И.Н., Воронина О.Л., Аксенова Е.И., Кунда М.С., Рыжова Н.Н., Вартанян Н.В., Кистенева Л.Б., Кириллов И.М., Прошина Е.С., Росаткевич А.Г., Кружкова И.С., Заплатников А.Л., Базарова М.В., Сметанина С.В., Харламов М.В., Карпов Н.Л., Шихин А.В. Особенности циркуляции вирусов гриппа и ОРВИ в эпидемическом сезоне 2019–2020 гг. в отдельных регионах России // Вопросы вирусологии. 2020. Т. 65, № 6. С. 335–349. [L’vov D.K., Burtseva E.I., Kolobukhina L.V., Fedyakina I.T., Bovin N.V., Ignatjeva A.V., Krasnoslobodtsev K.G., Feodoritova E.L., Trushakova S.V., Breslav N.V., Merkulova L.N., Mukasheva E.A., Khlopova I.N, Voronina O.L., Aksyonova E.I., Kunda M.S., Ryzhova N.N., Vartanjan R.V., Kisteneva L.B., Kirillov I.M., Proshina E.S., Rosatkevich A.G., Kruzhkova I.S., Zaplatnikov A.L., Bazarova M.V., Smetanina S.V., Kharlamov М.V., Karpov N.L., Shikhin A.V. Peculiarities of the influenza and ARVI viruses during epidemic season 2019–2020 in some regions of Russia. Voprosy virusologii = Problems of Virology, 2020, vol. 65, no. 6, pp. 335–349 (In Russ.)]
  4. Писарева М.М., Едер В.А., Бузицкая Ж.В., Мусаева Т.Д., Афанасьева В.С., Го А.А., Образцова Е.А., Суховецкая В.Ф., Комиссаров А.Б. Этиологическая структура гриппа и других ОРВИ в Санкт-Петербурге в эпидемические сезоны 2012–2016 гг. // Вопросы вирусологии. 2018. Т. 63, № 5. С. 233–239. [Pisareva M.M., Eder V.A., Buzitskaya Zh.V., Musaeva T.D., Afanaseva V.S., Go A.A., Obraztsova E.A., Sukhovetskaya V.F., Komissarov A.B. Etiological structure of influenza and other ARVI in St. Petersburg during epidemic seasons 2012–2016. Voprosy virusologii = Problems of Virology, 2018, vol. 63, no. 5, pp. 233–239. (In Russ.)]
  5. Bai L., Zhao Y., Dong J., Liang S., Guo M., Liu X., Wang X., Huang Z., Sun X., Zhang Z., Dong L., Liu Q., Zheng Y., Niu D., Xiang M., Song K., Ye J., Zheng W., Tang Z., Tang M., Zhou Y., Shen C., Dai M., Zhou L., Chen Y., Yan H., Lan K., Xu K. Coinfection with influenza A virus enhances SARS-CoV-2 infectivity. Cell Res., 2021, vol. 31, no. 4, pp. 395–403. doi: 10.1038/s41422-021-00473-1
  6. Bedford T., Riley S., Barr I.G., Broor S., Chadha M., Cox N.J., Daniels R.S., Gunasekaran C.P., Hurt A.C., Kelso A., Klimov A., Lewis N.S., Li X., McCauley J.W., Odagiri T., Potdar V., Rambaut A., Shu Y., Skepner E., Smith D.J., Suchard M.A., Tashiro M., Wang D., Xu X., Lemey P., Russell C.A. Global circulation patterns of seasonal influenza viruses vary with antigenic drift. Nature, 2015, vol. 523, no. 7559, pp. 217–220. doi: 10.1038/nature14460
  7. Casalegno J.S., Ottmann M., Duchamp M.B., Escuret V., Billaud G., Frobert E., Morfin F., Lina B. Rhinoviruses delayed the circulation of the pandemic influenza A (H1N1) 2009 virus in France. Clin. Microbiol. Infect., 2010, vol. 16, no. 4, pp. 326–329. doi: 10.1111/j.1469-0691.2010.03167.x
  8. Chen R., Holmes E.C. The evolutionary dynamics of human influenza B virus. J. Mol. Evol., 2008, vol. 66, no. 6, pp. 655–663. doi: 10.1007/s00239-008-9119-z
  9. Country & Technical Guidance — Coronavirus disease (COVID-19). Geneva: World Health Organization, 2020. URL: https://www.who.int/emergencies/diseases/novel-coronavirus-2019/technical-guidance-publications
  10. Domenech de Cellès M., Casalegno J.S., Lina B., Opatowski L. Estimating the impact of influenza on the epidemiological dynamics of SARS-CoV-2. Peer J., 2021 vol. 9: e12566. doi: 10.7717/peerj.12566
  11. Gladkikh A., Dedkov V., Sharova A., Klyuchnikova E., Sbarzaglia V., Arbuzova T., Forghani M., Ramsay E., Dolgova A., Shabalina A., Tsyganova N., Totolian A. Uninvited guest: arrival and dissemination of omicron lineage SARS-CoV-2 in St. Petersburg, Russia. Microorganisms, 2022, vol. 10, no. 8: 1676. doi: 10.3390/microorganisms10081676
  12. Gladkikh A., Dedkov V., Sharova A., Klyuchnikova E., Sbarzaglia V., Kanaeva O., Arbuzova T., Tsyganova N., Popova A., Ramsay E., Totolian A. Epidemiological Features of COVID-19 in Northwest Russia in 2021. Viruses, 2022, vol. 14, no. 5: 931. doi: 10.3390/v14050931
  13. Goncharova E.A., Dedkov V.G., Dolgova A.S., Kassirov I.S., Safonova M.V., Voytsekhovskaya Y., Totolian A.A. One-step quantitative RT-PCR assay with armored RNA controls for detection of SARS-CoV-2. J. Med. Virol., 2021, vol. 93, no. 3, pp. 1694–1701. doi: 10.1002/jmv.26540
  14. Linde A., Rotzén-Ostlund M., Zweygberg-Wirgart B., Rubinova S., Brytting M. Does viral interference affect spread of influenza? Euro Surveill., 2009, vol. 14, no. 40: 19354
  15. Lowen A.C., Mubareka S., Steel J., Palese P. Influenza virus transmission is dependent on relative humidity and temperature. PLoS Pathog., 2007, vol. 3, no. 10, pp. 1470–1476. doi: 10.1371/journal.ppat.0030151
  16. Mak G.C., Wong A.H., Ho W.Y., Lim W. The impact of pandemic influenza A (H1N1) 2009 on the circulation of respiratory viruses 2009–2011. Influenza Other Respir Viruses, 2012, vol. 6, no. 3: e6-10. doi: 10.1111/j.1750-2659.2011.00323.x
  17. Olsen S.J., Azziz-Baumgartner E., Budd A.P., Brammer L., Sullivan S., Pineda R.F., Cohen C., Fry A.M. Decreased influenza activity during the COVID-19 pandemic-United States, Australia, Chile, and South Africa, 2020. Am. J. Transplant., 2020, vol. 20, no. 12, pp. 3681–3685. doi: 10.1111/ajt.16381
  18. Opatowski L., Baguelin M., Eggo R.M. Influenza interaction with cocirculating pathogens and its impact on surveillance, pathogenesis, and epidemic profile: a key role for mathematical modelling. PLoS Pathog., 2018, vol. 14, no. 2: e1006770. doi: 10.1371/journal.ppat.1006770
  19. Petrova V.N., Russell C.A. The evolution of seasonal influenza viruses. Nat. Rev. Microbiol., 2018, vol. 16, no. 1, pp. 47–60. doi: 10.1038/nrmicro.2017.118
  20. Smith D.J., Lapedes A.S., de Jong J.C., Bestebroer T.M., Rimmelzwaan G.F., Osterhaus A.D., Fouchier R.A. Mapping the antigenic and genetic evolution of influenza virus. Science, 2004, vol. 305, no. 5682, pp. 371–376. doi: 10.1126/science.1097211
  21. Soo R.J.J., Chiew C.J., Ma S., Pung R., Lee V. Decreased Influenza Incidence under COVID-19 Control Measures, Singapore. Emerg. Infect. Dis., 2020, vol. 26, no. 8, pp. 1933–1935. doi: 10.3201/eid2608.201229
  22. Stowe J., Tessier E., Zhao H., Guy R., Muller-Pebody B., Zambon M., Andrews N., Ramsay M., Lopez Bernal J. Interactions between SARS-CoV-2 and influenza, and the impact of coinfection on disease severity: a test-negative design. Int. J. Epidemiol., 2021, vol. 50, no. 4, pp. 1124–1133. doi: 10.1093/ije/dyab081
  23. Terajima M., Cruz J., Co M.D., Lee J.H., Kaur K., Wrammert J., Wilson P.C., Ennis F.A. Complement-dependent lysis of influenza a virus-infected cells by broadly cross-reactive human monoclonal antibodies. J. Virol., 2011, vol. 85, no. 24, pp. 13463–13467. doi: 10.1128/JVI.05193-11
  24. Vijaykrishna D., Holmes E.C., Joseph U., Fourment M., Su Y.C., Halpin R., Lee R.T., Deng Y.M., Gunalan V., Lin X., Stockwell T.B., Fedorova N.B., Zhou B., Spirason N., Kühnert D., Bošková V., Stadler T., Costa A.M., Dwyer D.E., Huang Q.S., Jennings L.C., Rawlinson W., Sullivan S.G., Hurt A.C., Maurer-Stroh S., Wentworth D.E., Smith G.J., Barr I.G. The contrasting phylodynamics of human influenza B viruses. Elife, 2015, vol. 4: e05055. doi: 10.7554/eLife.05055
  25. Wang M.H., Hu Z.X., Feng L.Z., Yu H.J., Yang J. [Epidemic trends and prevention and control of seasonal influenza in China after the COVID-19 pandemic]. Zhonghua Yi Xue Za Zhi., 2024, vol. 104, no. 8, pp. 559–565. (In Chinese). doi: 10.3760/cma.j.cn112137-20231220-01430
  26. WHO. Coronavirus disease (COVID-19) Epidemiological Updates and Monthly Operational Updates. URL: https://www.who.int/emergencies/diseases/novel-coronavirus-2019/situation-reports (30.08.2024)
  27. WHO. Global Influenza Strategy 2019–2030. URL: https://www.who.int/publications/i/item/9789241515320 (07.01.2024)
  28. WHO. Influenza (Seasonal). URL: https://www.who.int/news-room/fact-sheets/detail/influenza-(seasonal) (20.12.2023)
  29. WHO. Statement on the fifteenth meeting of the IHR (2005) Emergency Committee on the COVID-19 pandemic. URL: https://www.who.int/news/item/05-05-2023-statement-on-the-fifteenth-meeting-of-the-international-health-regulations-(2005)-emergency-committee-regarding-the-coronavirus-disease-(covid-19)-pandemic (15.03.2024)
  30. WHO. Up to 650 000 people die of respiratory diseases linked to seasonal flu each year. URL: https://www.who.int/news/item/13-12-2017-up-to-650-000-people-die-of-respiratory-diseases-linked-to-seasonal-flu-each-year (20.12.2023)
  31. Xie Y., Tian X., Zhang X., Yao H., Wu N. Immune interference in effectiveness of influenza and COVID-19 vaccination. Front. Immunol., 2023, no. 14: 1167214. doi: 10.3389/fimmu.2023.1167214

Дополнительные файлы

Доп. файлы
Действие
1. JATS XML
Скачать
2. Рисунок 1. Динамика заболеваемости ОРВИ на территории России и СЗФО в периоды циркуляции различных геновариантов SARS-CoV-2

Скачать (696KB)
Метаданные
3. Рисунок 2. Сравнительные данные по заболеваемости гриппом, ОРВИ и COVID-19 в СЗФО в 2021–2022 гг.

Скачать (655KB)
Метаданные
4. Рисунок 3. Динамика заболеваемости гриппом в Российской Федерации и СЗФО в эпидемиологические сезоны 2021–2022 гг. в условиях пандемии COVID-19 в периоды циркуляции различных геновариантов SARS-CoV-2

Скачать (686KB)
Метаданные
5. Рисунок 4. Ретроспективная оценка структуры ОРВИ в эпидемические осенне-зимние периоды 2021–2022 гг.

Скачать (466KB)
Метаданные
6. Рисунок 5. Оценка моно- и микст-инфекций в структуре ОРВИ за 2021–2022 гг.

Скачать (275KB)
Метаданные
7. Рисунок 6. Распределение случаев коинфекций у пациентов с положительным результатом на SARS-CoV-2

Скачать (462KB)
Метаданные

© Шарова А.А., Сбарцалья В.А., Гладких А.C., Миличкина Д.М., Бачевская А.В., Попова М.Р., Черепанова Е.А., Дедков В.Г., Тотолян А.А., 2024

Creative Commons License
Эта статья доступна по лицензии Creative Commons Attribution 4.0 International License.

Согласие на обработку персональных данных с помощью сервиса «Яндекс.Метрика»

1. Я (далее – «Пользователь» или «Субъект персональных данных»), осуществляя использование сайта https://journals.rcsi.science/ (далее – «Сайт»), подтверждая свою полную дееспособность даю согласие на обработку персональных данных с использованием средств автоматизации Оператору - федеральному государственному бюджетному учреждению «Российский центр научной информации» (РЦНИ), далее – «Оператор», расположенному по адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А, со следующими условиями.

2. Категории обрабатываемых данных: файлы «cookies» (куки-файлы). Файлы «cookie» – это небольшой текстовый файл, который веб-сервер может хранить в браузере Пользователя. Данные файлы веб-сервер загружает на устройство Пользователя при посещении им Сайта. При каждом следующем посещении Пользователем Сайта «cookie» файлы отправляются на Сайт Оператора. Данные файлы позволяют Сайту распознавать устройство Пользователя. Содержимое такого файла может как относиться, так и не относиться к персональным данным, в зависимости от того, содержит ли такой файл персональные данные или содержит обезличенные технические данные.

3. Цель обработки персональных данных: анализ пользовательской активности с помощью сервиса «Яндекс.Метрика».

4. Категории субъектов персональных данных: все Пользователи Сайта, которые дали согласие на обработку файлов «cookie».

5. Способы обработки: сбор, запись, систематизация, накопление, хранение, уточнение (обновление, изменение), извлечение, использование, передача (доступ, предоставление), блокирование, удаление, уничтожение персональных данных.

6. Срок обработки и хранения: до получения от Субъекта персональных данных требования о прекращении обработки/отзыва согласия.

7. Способ отзыва: заявление об отзыве в письменном виде путём его направления на адрес электронной почты Оператора: info@rcsi.science или путем письменного обращения по юридическому адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А

8. Субъект персональных данных вправе запретить своему оборудованию прием этих данных или ограничить прием этих данных. При отказе от получения таких данных или при ограничении приема данных некоторые функции Сайта могут работать некорректно. Субъект персональных данных обязуется сам настроить свое оборудование таким способом, чтобы оно обеспечивало адекватный его желаниям режим работы и уровень защиты данных файлов «cookie», Оператор не предоставляет технологических и правовых консультаций на темы подобного характера.

9. Порядок уничтожения персональных данных при достижении цели их обработки или при наступлении иных законных оснований определяется Оператором в соответствии с законодательством Российской Федерации.

10. Я согласен/согласна квалифицировать в качестве своей простой электронной подписи под настоящим Согласием и под Политикой обработки персональных данных выполнение мною следующего действия на сайте: https://journals.rcsi.science/ нажатие мною на интерфейсе с текстом: «Сайт использует сервис «Яндекс.Метрика» (который использует файлы «cookie») на элемент с текстом «Принять и продолжить».