Бактериальная микрофлора респираторного тракта, выявленная у больных внебольничной пневмонией в период продолжающегося распространения новой коронавирусной инфекции в г. Хабаровске (декабрь 2020 — март 2021 г.)

Обложка

Цитировать

Полный текст

Аннотация

Цель исследования — определить бактериальную микрофлору респираторного тракта больных внебольничной пневмонией (ВП) при их первичном и повторном обследовании, выявить локальные факторы, влияющие на показатели микрофлоры у наблюдаемого контингента. Объект наблюдения — 241 больной ВП из двух лечебных учреждений г. Хабаровска, различающихся по статусу и возрастному составу пациентов. Исследованы респираторные мазки. В ЛПУ № 1, в котором сосредоточены пациенты старше 61 года — 82,0% (74,3–88,6) с более тяжелым течением болезни, в том числе пациенты РАО, показатели выявления грамотрицательных энтеробактерий — 30,8% (22,6–39,7) и неферментирующих грамотрицательных бактерий — 14,5% (8,6–21,7) были выше по сравнению с ЛПУ № 2 — 19,8% (13,4–27,0) и 6,1% (2,7–10,8) соответственно группам возбудителей. Ведущий возбудитель в обоих ЛПУ — Klebsiella pneumoniae — 13,6% (7,8–20,6) и 10,7% (6,0–16,5). Следует отметить регистрацию Acinetobacter baumannii complex — 6,4% (2,6–11,7) и 3,1% (0,8–6,7). Характерна высокая доля участия лекарственноустойчивых вариантов — 66,7% (41,8–87,4) и 57,1% (32,2–80,2) для K. pneumoniae, в ЛПУ № 1 и ЛПУ № 2 соответственно, и для A. baumannii complex — в ЛПУ № 1 их вклад составил 85,7% (52,7–99,97), в ЛПУ № 2 все изоляты имели лекарственную устойчивость. В обоих ЛПУ у больных отмечены высокие показатели выявления грибов рода Candida — 54,5% (45,2–63,7) и 58,0% (49,5–66,3) соответственно, и минимальные уровни классических возбудителей: S. pneumoniae — 5,4% (2,0–10,4) и 5,3% (2,1–9,8) и H. influenzae — 3,6% (0,9–7,9) и 3,8% (1,2–7,7) соответственно. Через 7–10 дней при повторном обследовании 122 больных отмечено разнонаправленное изменение микрофлоры, независимое от статуса ЛПУ, и проявляющееся как по линии утраты лекарственноустойчивых вариантов, так и в приобретении их или одновременном присутствии разных вариантов одного возбудителя. Полученные результаты свидетельствуют о сложности и множественности механизмов формирования популяции микроорганизмов в динамике инфекционного процесса у больного. Выявлены локальные факторы, влияющие на показатели микрофлоры больных в двух лечебных учреждениях.

Об авторах

Ольга Евгеньевна Троценко

ФБУН Хабаровский НИИ эпидемиологии и микробиологии Роспотребнадзора

Автор, ответственный за переписку.
Email: trotsenko_oe@hniiem.ru
ORCID iD: 0000-0003-3050-4472

д.м.н., директор

Россия, 680000, Хабаровск, ул. Шевченко, 2

Альбина Павловна Бондаренко

ФБУН Хабаровский НИИ эпидемиологии и микробиологии Роспотребнадзора

Email: adm@hniiem.ru
ORCID iD: 0000-0002-9197-8519

к.м.н., зав. лабораторией бактериологии

Россия, 680000, Хабаровск, ул. Шевченко, 2

Влада Александровна Шмыленко

ФБУН Хабаровский НИИ эпидемиологии и микробиологии Роспотребнадзора

Email: adm@hniiem.ru
ORCID iD: 0000-0002-7170-3032

научный сотрудник лаборатории бактериологии

Россия, 680000, Хабаровск, ул. Шевченко, 2

Елена Анатольевна Базыкина

ФБУН Хабаровский НИИ эпидемиологии и микробиологии Роспотребнадзора

Email: alyonaf@yandex.ru
ORCID iD: 0000-0002-5695-6752

научный сотрудник

Россия, 680000, Хабаровск, ул. Шевченко, 2

Наталья Юрьевна Пшеничная

ФБУН Центральный НИИ Эпидемиологии Роспотребнадзора

Email: natalia-pshenichnaya@yandex.ru
ORCID iD: 0000-0003-2570-711X

д.м.н., профессор, зам. директора по клинико-аналитической работе

Россия, Москва

Татьяна Анатольевна Зайцева

Управление Роспотребнадзора по Хабаровскому краю

Email: root@sanepid.khv.ru
ORCID iD: 0000-0002-3531-4996

руководитель

Россия, Хабаровск

Наталья Константиновна Ткачева

ЛПУ № 2

Email: adm@hniiem.ru

госпитальный эпидемиолог

Россия, Хабаровск

Ольга Николаевна Огиенко

ФБУН Хабаровский НИИ эпидемиологии и микробиологии Роспотребнадзора

Email: adm@hniiem.ru
ORCID iD: 0000-0003-3872-0006

младший научный сотрудник лаборатории бактериологии

Россия, 680000, Хабаровск, ул. Шевченко, 2

Список литературы

  1. Бондаренко А.П., Шмыленко В.А., Троценко О.Е., Зайцева Т.А. Некоторые аспекты развития эпидемического процесса инфекций, связанных с оказанием медицинской помощи (обзор литературы) // Дальневосточный журнал инфекционной патологии. 2019. № 36. С. 92–97. [Bondarenko A.P., Shmylenko V.A., Trotsenko O.E., Zaitseva T.A. Some aspects of epidemic process of health care-associated infections (literature review). Dal’nevostochnyi zhurnal infektsionnoi patologii = Far Eastern Journal of Infectious Pathology, 2019, no. 36, pp. 92–97. (In Russ.)]
  2. Гончаров А.Е., Зуева Л.П., Мохов А.С., Колоджиева В.В., Мельцер М.В., Хавлина Т.В., Оришак Е.А. Распространение мультиантибиотикорезистентных возбудителей инфекций, связанных с оказанием медицинской помощи, в стационарах для лечения пациентов с COVID-19 // Практические аспекты эпидемиологии и вакцинопрофилактики. 2021. Т. 20, № 2. С. 68–73. [Goncharov A.E., Zueva L.P., Mokhov A.S., Kolodzhieva V.V., Mel’tser M.V., Khavlina T.V., Orishak E.A. Spread of multi-antibiotic-resistant health-care pathogens in hospitals to treat COVID-19 patients. Prakticheskie aspekty epidemiologii i vaktsinoprofilaktiki = Epidemiology and Vaccinal Prevention, 2021, vol. 20, no. 2, pp. 68–73. (In Russ.)] doi: 10.31631/2073-3046-2021-20-2-68-73
  3. Гороховский В.С., Слободенюк Е.В., Бобровникова М.Ю., Дьяченко С.В. Влияние сотовых телефонов медицинского персонала на распространение проблемных резистентных микроорганизмов // Клиническая микробиология и антимикробная химиотерапия. 2020. Т. 22, № 4. С. 302–305 [Gorokhovskii V.S., Slobodenyuk E.V., Bobrovnikova M.Yu., D’yachenko S.V. Impact of healthcare workers’ cell phones on the spread of multidrug-resistant microorganisms. Klinicheskaya mikrobiologiya i antimikrobnaya khimioterapiya = Clinical Microbiology and Antimicrobial Chemotherapy, 2020, vol. 22, no. 4, pp. 302–305. (In Russ.)] doi: 10.36488/cmac.2020.4.302-305
  4. Караулов А.В., Афанасьев С.С., Алешкин В.А., Бондаренко Н.Л., Воропаева Е.А., Афанасьев М.С., Несвижский Ю.В., Алешкин А.В., Борисова О.Ю., Овсянникова Е.Г., Рубальский О.В., Пылев А.Л., Бочкарева С.С., Сердюков В.Г., Рубальская Е.Е., Воропаев А.Д., Махмудов Р.С. Механизмы приобретения вирулентности условно-патогенными микроорганизмами и формирования пула нозокомиальных штаммов в микробиоценозах слизистых открытых полостей организма // Астраханский медицинский журнал. 2018. Т. 13, № 2. С. 17–31. [Karaulov A.V., Afanas’ev S.S., Aleshkin V.A., Bondarenko N.L., Voropaeva E.A., Afanas’ev M.S., Nesvizhskii Yu.V., Aleshkin A.V., Borisova O.Yu., Ovsyannikova E.G., Rubal’skii O.V., Pylev A.L., Bochkareva S.S., Serdyukov V.G., Rubal’skaya E.E., Voropaev A.D., Makhmudov R.S. Mechanisms of virulence acquisition of opportunistic microorganisms and nosocomial strains pool formation in mucosal microbiocenoses of open cavities of the body. Astrakhanskii meditsinskii zhurnal = Astrakhan Medical Journal, 2018, vol. 13, no. 2, pp. 17–31. (In Russ.)] doi: 10.17021/2018.13.2.17.31
  5. Куцевалова О.Ю., Козель Ю.Ю., Розенко Д.А., Мартынов Д.В., Коршунова О.В. Анализ антибиотикорезистентности основных грамотрицательных патогенов в стационарах Ростова-на-Дону и области // Клиническая микробиология и антимикробная химиотерапия. 2020. Т. 22, № 2. С. 143–148. [Kutsevalova O.Yu., Kozel’ Yu.Yu., Rozenko D.A., Martynov D.V., Korshunova O.V. Antimicrobial resistance of gram-negative pathogens isolated from hospitalized patients in Rostov region. Klinicheskaya mikrobiologiya i antimikrobnaya khimioterapiya = Clinical Microbiology and Antimicrobial Chemotherapy, 2020, vol. 22, no. 2, pp. 143–148. (In Russ.)] doi: 10.36488/cmac.2020.2.143-148
  6. Павлович Н.В., Цимбалистова М.В., Аронова Н.В., Анисимова А.С., Водопьянов С.О., Водопьянов А.С., Гудуева Е.Н., Сагакянц М.М., Ковалев Е.В., Носков А.К. Внебольничные пневмонии бактериальной этиологии и спектр чувствительности возбудителей к антибиотикам у коронапозитивных и коронанегативных больных г. Ростова-на-Дону // Антибиотики и химиотерапия. 2021. Т. 66, № 1–2. С. 26–32. [Pavlovich N.V., Tsimbalistova M.V., Aronova N.V., Anisimova A.S., Vodop’yanov S.O., Vodop’yanov A.S., Gudueva E.N., Sagakyants M.M., Kovalev E.V., Noskov A.K. Community-acquired pneumonia of bacterial etiology and the spectrum of pathogen sensitivity to antibiotics in corona-positive and corona-negative patients in Rostov-on-Don. Antibiotiki i Khimioterapiya = Antibiotics and Chemotherapy, 2021, vol. 66, no. 1–2, pp. 26–32. (In Russ.)] doi: 10.37489/0235-2990-2021-66-1-2-26-32
  7. Попова А.Ю., Ежлова Е.Б., Демина Ю.В., Носков А.К., Ковалев Е.В., Карпущенко Г.В., Чемисова О.С., Пичурина Н.Л., Павлович Н.В., Водопьянов С.О., Гудуева Е.Н., Слись С.С., Пшеничная Н.Ю., Литовко А.Р., Асмолова Н.Ю. Этиология внебольничных пневмоний в период эпидемического распространения COVID-19 и оценка риска возникновения пневмоний, связанных с оказанием медицинской помощи // Здоровье населения и среда обитания. 2021. № 7. С. 67–75. [Popova A.Yu., Ezhlova E.B., Demina Yu.V., Noskov A.K., Kovalev E.V., Karpushchenko G.V., Chemisova O.S., Pichurina N.L., Pavlovich N.V., Vodop’yanov S.O., Gudueva E.N., Slis’ S.S., Pshenichnaya N.Yu., Litovko A.R., Asmolova N.Yu. Etiology of community-acquired pneumonia during the epidemic spread of COVID-19 and healthcare-associated pneumonia risk assessment. Zdorov’e naseleniya i sreda obitaniya = Public Health and Life Environment, 2021, no. 7, pp. 67–75. (In Russ.)] doi: 10.35627/2219-5238/2021-29-7-67-75
  8. Скачкова Т.С., Шипулина О.Ю., Шипулин Г.А., Шеленков А.А., Янушевич Ю.Г., Михайлова Ю.В., Замятин М.Н., Гусаров В.Г., Петрова Н.В., Лашенкова Н.Н., Фомина В.С., Шагин Д.А. Изучение генетического разнообразия штаммов Klebsiella pneumoniae, выделенных в многофункциональном медицинском центре г. Москвы, с помощью секвенирования нового поколения // Клиническая микробиология и антимикробная химиотерапия. 2019. Т. 21, № 1. С. 69–74. [Skachkova T.S., Shipulina O.Yu., Shipulin G.A., Shelenkov A.A., Yanushevich Yu.G., Mikhailova Yu.V., Zamyatin M.N., Gusarov V.G., Petrova N.V., Lashenkova NN., Fomina V.S., Shagin D.A. Characterization of genetic diversity of the Klebsiella pneumoniae strains in a Moscow tertiary care center using next-generation sequencing. Klinicheskaya mikrobiologiya i antimikrobnaya khimioterapiya = Clinical Microbiology and Antimicrobial Chemotherapy, 2019, vol. 21, no. 1, pp. 69–74. (In Russ.)] doi: 10.36488/cmac.2019.1.69-74
  9. Тапальский Д.В., Осипов В.А., Евсеенко Е.О., Савельева А.К., Козловская И.В., Козик А.П. Металло-бета-лактамазы и карбапенемазы экстремально-антибиотикорезистентных Klebsiella pneumoniae: распространение в Беларуси // Здравоохранение. 2017. № 3. С. 40–47. [Tapal’skii D.V., Osipov V.A., Evseenko E.O., Savel’eva A.K., Kozlovskaya I.V., Kozik A.P. New deli metallo-beta-lactamase and other carbapenemases among extreme antibiotic-resistant klebsiella pneumoniae: occurrence in Belarus. Zdravookhranenie = Healthcare, 2017, no. 3, pp. 40–47. (In Russ.)]
  10. Тапальский Д.В., Петровская Т.А., Козлова А.И., Эйдельштейн М.В. Потенцирование антибактериальной активности колистина в отношении множественно- и экстремально-резистентных клинических изолятов Klebsiella pneumoniae, Acinetobacter baumannii и Pseudomonas aeruginosa антибиотиками разных групп // Клиническая микробиология и антимикробная химиотерапия. 2020. Т. 22, № 2. С. 128–136. [Tapal’skii D.V., Petrovskaya T.A., Kozlova A.I., Eidel’shtein M.V. Potentiation of antimicrobial activity of colistin with antibiotics of different groups against multidrug- and extensively drug-resistant strains of Klebsiella pneumoniae, Acinetobacter baumannii and Pseudomonas aeruginosa. Klinicheskaya mikrobiologiya i antimikrobnaya khimioterapiya = Clinical Microbiology and Antimicrobial Chemotherapy, 2020, vol. 22, no. 2, pp. 128–136. (In Russ.)]
  11. Чезганова Е.А., Ефимова О.С., Созинов С.А., Ефимова А.Р., Сахарова В.М., Кутихин А.Г., Основа М.В., Исмагилов З.Р., Брусина Е.Б. Больничная пыль как потенциальный резервуар госпитальных штаммов // Эпидемиология и вакцинопрофилактика. 2019. Т. 19, № 4. С. 82–92. [Chezganova E.A., Efimova O.S., Sozinov S.A., Efimova A.R., Sakharova V.M., Kutikhin A.G., Osnova M.V., Ismagilov Z.R., Brusina E.B. Particulate Matter in a Hospital Environment: as Potential Reservoir for Hospital Strains. Epidemiologiya i vaktsinoprofilaktika = Epidemiology and Vaccinal Prevention, 2019, vol. 19, no. 4, pp. 82–92. (In Russ.)]
  12. Шек Е.А., Тапальский Д.В., Склеенова Е.Ю., Сухорукова М.В., Карпов И.А., Эйдельштейн М.В. Генетическое разнообразие штаммов Acinetobacter baumannii, продуцирующих карбапенемазы, в Беларуси: роль «международных клонов высокого риска» в распространении устойчивости к карбапенемам // Иммунопатология, аллергология, инфектология. 2018. № 2. С. 59–64. [Shek E.A., Tapal’skii D.V., Skleenova E.Yu., Sukhorukova M.V., Karpov I.A., Eidel’shtein M.V. Genetic diversity of Acinetobacter baumannii strains producing carbapenemases in Belarus: the role of “international high-risk clones” in the spread of resistance to carbapenems. Immunopatologiya, allergologiya, infektologiya = International Journal of Immunopathology, Allergology, Infectology, 2018, no. 2, pp. 59–64. (In Russ.)] doi: 10.14427/jipai.2018.2.59
  13. Izaguirre-Anariba D.E., Sivapalan V. Chryseobacterium indologenes, an emerging bacteria: a case report and review of literature. Cureus, 2020, vol. 12, no. 1: e6720. doi: 10.7759/cureus.6720
  14. Mani S., Nair J. Pantoea Infections in the neonatal intensive care unit. Cureus, 2021, vol. 13, no. 2: e13103. doi: 10.7759/cureus.13103

Дополнительные файлы

Доп. файлы
Действие
1. JATS XML

© Троценко О.Е., Бондаренко А.П., Шмыленко В.А., Базыкина Е.А., Пшеничная Н.Ю., Зайцева Т.А., Ткачева Н.К., Огиенко О.Н., 2022

Creative Commons License
Эта статья доступна по лицензии Creative Commons Attribution 4.0 International License.

Согласие на обработку персональных данных с помощью сервиса «Яндекс.Метрика»

1. Я (далее – «Пользователь» или «Субъект персональных данных»), осуществляя использование сайта https://journals.rcsi.science/ (далее – «Сайт»), подтверждая свою полную дееспособность даю согласие на обработку персональных данных с использованием средств автоматизации Оператору - федеральному государственному бюджетному учреждению «Российский центр научной информации» (РЦНИ), далее – «Оператор», расположенному по адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А, со следующими условиями.

2. Категории обрабатываемых данных: файлы «cookies» (куки-файлы). Файлы «cookie» – это небольшой текстовый файл, который веб-сервер может хранить в браузере Пользователя. Данные файлы веб-сервер загружает на устройство Пользователя при посещении им Сайта. При каждом следующем посещении Пользователем Сайта «cookie» файлы отправляются на Сайт Оператора. Данные файлы позволяют Сайту распознавать устройство Пользователя. Содержимое такого файла может как относиться, так и не относиться к персональным данным, в зависимости от того, содержит ли такой файл персональные данные или содержит обезличенные технические данные.

3. Цель обработки персональных данных: анализ пользовательской активности с помощью сервиса «Яндекс.Метрика».

4. Категории субъектов персональных данных: все Пользователи Сайта, которые дали согласие на обработку файлов «cookie».

5. Способы обработки: сбор, запись, систематизация, накопление, хранение, уточнение (обновление, изменение), извлечение, использование, передача (доступ, предоставление), блокирование, удаление, уничтожение персональных данных.

6. Срок обработки и хранения: до получения от Субъекта персональных данных требования о прекращении обработки/отзыва согласия.

7. Способ отзыва: заявление об отзыве в письменном виде путём его направления на адрес электронной почты Оператора: info@rcsi.science или путем письменного обращения по юридическому адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А

8. Субъект персональных данных вправе запретить своему оборудованию прием этих данных или ограничить прием этих данных. При отказе от получения таких данных или при ограничении приема данных некоторые функции Сайта могут работать некорректно. Субъект персональных данных обязуется сам настроить свое оборудование таким способом, чтобы оно обеспечивало адекватный его желаниям режим работы и уровень защиты данных файлов «cookie», Оператор не предоставляет технологических и правовых консультаций на темы подобного характера.

9. Порядок уничтожения персональных данных при достижении цели их обработки или при наступлении иных законных оснований определяется Оператором в соответствии с законодательством Российской Федерации.

10. Я согласен/согласна квалифицировать в качестве своей простой электронной подписи под настоящим Согласием и под Политикой обработки персональных данных выполнение мною следующего действия на сайте: https://journals.rcsi.science/ нажатие мною на интерфейсе с текстом: «Сайт использует сервис «Яндекс.Метрика» (который использует файлы «cookie») на элемент с текстом «Принять и продолжить».