Способ фенотипической идентификации бактерий Acinetobacter nosocomialis

Обложка

Цитировать

Полный текст

Аннотация

Цель исследования — разработка способа идентификации бактерий вида Acinetobacter nosocomialis по совокупности фенотипических признаков группы Acinetobacter baumannii (Ab) с использованием признака уреазной активности. Объектами исследования были клинические штаммы группы Ab, выделенные в 2018—2019 гг. в бактериологической лаборатории Военно-медицинской академии (Санкт-Петербург), из них A. baumannii — 85, A. nosocomialis — 12, A. pittii — 10 штаммов. Еще 9 штаммов A. nosocomialis были выделены из воды реки Невы и 2 штамма A. calcoaceticus — из цианобактеральных матов. Принадлежность штаммов к группе Ab устанавливали по совокупности метаболических и физиологических признаков таксономическими тестами для данной группы. Видовая принадлежность всех штаммов была установлена методом матрично-ассоциированной лазерной десорбции/ионизации времяпролетной (MALDI-TOF) масс-спектрометрии. Уреазную активность бактерий определяли микрообъемным методом. Использовали среду с мочевиной следующего состава (г/л): Na2HPO4 — 1,1; KH2PO4 — 1,1; NaCI — 5,0; 0,4%-ный водно-щелочной раствор фенолового красного — 5 мл; мочевина — 10,0—15,0; вода дистиллированная — 1 л. Ингредиенты, кроме мочевины, растворяли в дистиллированной воде, разливали во флаконы, стерилизовали 20 мин при 121°С, затем добавляли во флаконы мочевину в расчетном количестве. Среду с мочевиной вносили по 0,1 мл в лунки планшета, затем засевали по полной петле (диаметром 2 мм) суточной агаровой культуры исследуемых и контрольных штаммов и инкубировали в аэробных условиях при 37°С. Результаты реакции на уреазу быстрой активности учитывали через 3 часа инкубации по изменению исходной окраски среды. Для выявления уреазы слабой активности реакцию учитывали через 7—24 часа. Было установлено, что у бактерий группы Ab уреазную активность имели 100% штаммов A. nosocomialis и 18,82% штаммов A. baumannii. При этом уреазу быстрой активности имели все штаммы A. nosocomialis и только один штамм A. baumannii (1,17%). Следовательно, уреаза быстрой активности имеет таксономическое значение как маркер бактерий вида A. nosocomialis, отличающий этот вид от других видов группы A. baumannii. Чувствительность и специфичность указанного способа идентификации бактерий вида A. nosocomialis относительно идентификации методом MALDI-TOF масс-спектрометрии составили 100 и 98,83% (х2 = 103,2; p < 0,0001).

Об авторах

Е. П. Сиволодский

Военно-медицинская академия имени С.М. Кирова МО РФ; НИИ эпидемиологии и микробиологии имени Пастера

Email: es279@yandex.ru

Доктор медицинских наук, профессор кафедры микробиологии ВМА им. С.М. Кирова МО РФ; старший научный сотрудник лаборатории молекулярно-биологических технологий НИИ эпидемиологии и микробиологии имени Пастера.

197101, Санкт-Петербург, ул. Мира, 14.

Россия

Е. В. Зуева

НИИ эпидемиологии и микробиологии имени Пастера

Автор, ответственный за переписку.
Email: elenazueva9@gmail.com

Зуева Елена Викторовна - кандидат биологических наук, старший научный сотрудник лаборатории молекулярной иммунологии ФБУН НИИ эпидемиологии и микробиологии имени Пастера.

197101, Санкт-Петербург, ул. Мира, 14.

Тел.: 8 (921) 382-50-07

Россия

Список литературы

  1. Патент № 2712895 Российская Федерация, МПК C12Q 1/04 (2006.01), C12N 1/20 (2006.01), C12R 1/01 (2006.01). Способ идентификации бактерий Acinetobacter nosocomialis: № 2019129885; заявлено 2019.09.23: опубликовано 2020.01.31 / Сиволодский Е.П. Патентообладатель: Сиволодский Евгений Петрович. 9 с.
  2. Сиволодский Е.П. Пероксидводородный микрообъемный метод ОФ-теста: экспрессное определение окисления и ферментации глюкозы грамотрицательными бактериями // Журнал микробиологии, эпидемиологии и иммунобиологии. 1991. № 1. С. 14—17.
  3. Сиволодский Е.П., Кудакаев М.Т. Ускоренное определение нитратредуктазы неферментирующих грамотрицатель-ных бактерий // Лабораторное дело. 1991. № 1. С. 61—63.
  4. Bouvet P.J., Grimont P.A. Identification and biotyping of clinical isolates of Acinetobacter. Ann. Inst. Pasteur Microbiol., 1987, vol. 138, no. 2, pp. 569—578.
  5. Espinal P., Seifert H., Dijkshoorn L., Vila J., Roca I. Rapid and accurate identification of genjmic species from the Acinetobacter baumannii (Ab) group by MALDI-TOF MS. Clin. Microbiol. Infect., 2012, vol. 18, no. 11, pp. 1097—1103. doi: 10.1111/j.1469-0691.2011.03696.x
  6. Gerner-Smidt P., Tjernberg I., Ursing J. Reliablity of phenotypic tests for identification of Acinetobacter species. J. Clin. Microbiol, 1991, vol. 29, no. 2, pp. 277-282. doi: 10.1128/JCM.29.2.277-282.1991
  7. Nemec A., Krizova L., Maixnerova M., Van der Reijden T.J., Deschaght P., Passet V., Veneechoutte M., Brisse S., Dijkshoorn L. Genotypic and phenotypic characterization of the Acinetobacter calcoaceticus — Acinetobacter baumannii complex with the proposal of Acinetobacter pittii sp. nov. (formeily Acinetobacter genomic species 3) and Acinetobacter nosocomialis sp. nov. (formerly Acinetobacter genomic species 13 TU). Res. Microbiol., 2011, vol. 162, pp. 393-404. doi: 10.1016/j.resmic.2011.02.006
  8. Park G.N., Kang H.S., Kim H.R., Jung B.K., Kim D.H., Chang K.S. A comparison of genospecies of clinical isolates in the Acinetobacter spp. complex obtained fuom hospitalized patiens in Busan, Korea. Biomed. Sci. Letters, 2019, vol. 25, no. 1, pp. 4053. doi: 10.15616/bsl.2019.25.1.40
  9. Sedo O., Nemec A., Krizova L., Kacalova M., Zdrahal Z. Improvement of MALDI-TOF MS hrofilling for the differtntiation of species within the Acinetobacter calcoaceticus—Acinetobacter baumannii complex. Syst. Appl. Microbiol., 2013, vol. 36, no. 8, pp. 572-578. doi: 10.1016/j.syapm.2013.08.001
  10. Wang J., Ruan Z., Feng Y., Fu Y., Jiang Y., Wang H., Yu Y. Species distribution of clinical Acinetobacter isolates revealed by different identification techniques. PLoS One, 2014, vol. 9, no. 8: e104882. doi: 10.1371/journal.pone.0104882

Дополнительные файлы

Доп. файлы
Действие
1. JATS XML

© Сиволодский Е.П., Зуева Е.В., 2020

Creative Commons License
Эта статья доступна по лицензии Creative Commons Attribution 4.0 International License.

Согласие на обработку персональных данных с помощью сервиса «Яндекс.Метрика»

1. Я (далее – «Пользователь» или «Субъект персональных данных»), осуществляя использование сайта https://journals.rcsi.science/ (далее – «Сайт»), подтверждая свою полную дееспособность даю согласие на обработку персональных данных с использованием средств автоматизации Оператору - федеральному государственному бюджетному учреждению «Российский центр научной информации» (РЦНИ), далее – «Оператор», расположенному по адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А, со следующими условиями.

2. Категории обрабатываемых данных: файлы «cookies» (куки-файлы). Файлы «cookie» – это небольшой текстовый файл, который веб-сервер может хранить в браузере Пользователя. Данные файлы веб-сервер загружает на устройство Пользователя при посещении им Сайта. При каждом следующем посещении Пользователем Сайта «cookie» файлы отправляются на Сайт Оператора. Данные файлы позволяют Сайту распознавать устройство Пользователя. Содержимое такого файла может как относиться, так и не относиться к персональным данным, в зависимости от того, содержит ли такой файл персональные данные или содержит обезличенные технические данные.

3. Цель обработки персональных данных: анализ пользовательской активности с помощью сервиса «Яндекс.Метрика».

4. Категории субъектов персональных данных: все Пользователи Сайта, которые дали согласие на обработку файлов «cookie».

5. Способы обработки: сбор, запись, систематизация, накопление, хранение, уточнение (обновление, изменение), извлечение, использование, передача (доступ, предоставление), блокирование, удаление, уничтожение персональных данных.

6. Срок обработки и хранения: до получения от Субъекта персональных данных требования о прекращении обработки/отзыва согласия.

7. Способ отзыва: заявление об отзыве в письменном виде путём его направления на адрес электронной почты Оператора: info@rcsi.science или путем письменного обращения по юридическому адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А

8. Субъект персональных данных вправе запретить своему оборудованию прием этих данных или ограничить прием этих данных. При отказе от получения таких данных или при ограничении приема данных некоторые функции Сайта могут работать некорректно. Субъект персональных данных обязуется сам настроить свое оборудование таким способом, чтобы оно обеспечивало адекватный его желаниям режим работы и уровень защиты данных файлов «cookie», Оператор не предоставляет технологических и правовых консультаций на темы подобного характера.

9. Порядок уничтожения персональных данных при достижении цели их обработки или при наступлении иных законных оснований определяется Оператором в соответствии с законодательством Российской Федерации.

10. Я согласен/согласна квалифицировать в качестве своей простой электронной подписи под настоящим Согласием и под Политикой обработки персональных данных выполнение мною следующего действия на сайте: https://journals.rcsi.science/ нажатие мною на интерфейсе с текстом: «Сайт использует сервис «Яндекс.Метрика» (который использует файлы «cookie») на элемент с текстом «Принять и продолжить».