Математическое моделирование тканеобразования на основе систем дифференциальных уравнений


Цитировать

Полный текст

Аннотация

Ация Предложена математическая модель для описания популяционной динамики клеточных скоплений на основе систем обыкновенных дифференциальных уравнений первого порядка. Главным требованием при построении уравнений модели являлось наличие формального биологического обоснования для их вывода, а также доказательство их корректности. Дополнительно к этому для всех параметров, задействованных в уравнениях, было потребовано наличие биологического смысла, а также возможность их оценки либо в ходе эксперимента, либо с помощью моделей внутриклеточной биохимии. При построении искомой модели в качестве основного механизма для координации роста ткани и выбора клетками новых типов при делении был выбран межклеточный обмен специальными сигнальными молекулами. Для упрощения все сигнальные молекулы, которые способны создавать клетки одного типа, не рассматривались по отдельности в модели, а объединялись в виде единого комплекса молекул - «обобщенного сигнала». Подобный подход позволяет в итоге задавать сигналы как функции от типов клеток и вводить в модели их воздействия в виде матриц, где строки отвечают за типы клеток, принимающих сигналы, а столбцы - за типы клеток, испускающих сигналы.

Об авторах

Максим Николаевич Назаров

Национальный исследовательский университет «МИЭТ»

Email: nazarov-maximilian@yandex.ru
старший преподаватель; каф. высшей математики-1 Россия, 124498, Москва, Зеленоград, пл. Шокина, 1

Список литературы

  1. Urdy S. Principles of morphogenesis: the contribution of cellular automata models (Book Review) // Acta Zoologica, 2009. vol. 90, no. 2. pp. 205-208. doi: 10.1111/j.1463-6395.2008.00333.x.
  2. Palsson E. A three-dimensional model of cell movement in multicellular systems // Future Generation Computer Systems, 2001. vol. 17, no. 7. pp. 835-852. doi: 10.1016/S0167-739X(00)00062-5.
  3. Drasdo D., Höhme S. A single-cell-based model of tumor growth in vitro: monolayers and spheroids // Physical Biology, 2005. vol. 2, no. 3. pp. 133-147. doi: 10.1088/1478-3975/2/3/001.
  4. Drasdo D. Center-based Single-cell Models: An Approach to Multi-cellular Organization Based on a Conceptual Analogy to Colloidal Particles / Single-Cell-Based Models in Biology and Medicine / Mathematics and Biosciences in Interaction. Basel: Birkhäuser, 2007. pp. 171-196. doi: 10.1007/978-3-7643-8123-3_8.
  5. Bauer A. L., Jackson T. L., Jiang Y. A cell-based model exhibiting branching and anastomosis during tumor-induced angiogenesis // Biophysical Journal, 2007. vol. 92, no. 9. pp. 3105-3121. doi: 10.1529/biophysj.106.101501.
  6. Hirashima T., Iwasa Y., Morishita Y. Dynamic modeling of branching morphogenesis of ureteric bud in early kidney development // Journal of Theoretical Biology, 2009. vol. 259, no. 1. pp. 58-66. doi: 10.1016/j.jtbi.2009.03.017.
  7. Szabó A., Czirók A. The Role of Cell-Cell Adhesion in the Formation of Multicellular Sprouts // Math. Model. Nat. Phenom., 2010. vol. 5, no. 1. pp. 106-122. doi: 10.1051/mmnp/20105105.
  8. Taber L. A. Towards a unified theory for morphomechanics // Philos. Trans. Ser. A, 2009. vol. 367, no. 1902. pp. 3555-3583. doi: 10.1098/rsta.2009.0100.
  9. Wyczalkowski M. A., Chen Z., Filas B. A., Varner V. D., Taber L. A. Computational models for mechanics of morphogenesis // Birth Defects Res. C, 2012. vol. 96, no. 2. pp. 132-152. doi: 10.1002/bdrc.21013.
  10. Forgacs G., Foty R. A., Shafrir Y., Steinberg M. S. Viscoelastic properties of living embryonic tissues: a quantitative study // Biophysical Journal, 1998. vol. 74, no. 5. pp. 2227-2234. doi: 10.1016/S0006-3495(98)77932-9.
  11. Ranft J., Basan M., Elgeti J., Joanny J.-F., Prost J., Jülicher F. Fluidization of tissues by cell division and apoptosis // Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 2010. vol. 107, no. 49. pp. 20863-20868. doi: 10.1073/pnas.1011086107.
  12. Dillon R., Othmer H. G. A Mathematical Model for Outgrowth and Spatial Patterning of the Vertebrate Limb Bud // Journal of Theoretical Biology, 1999. vol. 197, no. 3. pp. 295-330. doi: 10.1006/jtbi.1998.0876.
  13. Keller E. F., Segel L. A. Initiation of slime mold aggregation viewed as an instability // Journal of Theoretical Biology, 1970. vol. 26, no. 3. pp. 399-415. doi: 10.1016/0022-5193(70)90092-5.
  14. Tanaka S. Simulation Frameworks for Morphogenetic Problems // Computation, 2015. vol. 3, no. 2. pp. 197-221. doi: 10.3390/computation3020197.
  15. Brauer F., Castillo-Chavez C. Mathematical Models in Population Biology and Epidemiology / Texts in Applied Mathematics. vol. 40. New York: Springer Verlag, 2012. xxiv+508 pp. doi: 10.1007/978-1-4614-1686-9.
  16. Назаров М. Н. Моделирование роста ткани с учётом возможности внешнего воздействия на её форму // ПДМ, 2013. № 4(22). С. 103-113.
  17. Назаров М. Н. Базовая математическая модель для описания процессов регуляции биосинтеза белков // Вестн. Удмуртск. ун-та. Матем. Мех. Компьют. науки, 2016. Т. 26, № 4. С. 515-524. doi: 10.20537/vm160406.
  18. Finch-Edmondson M., Sudol M. Framework to function: mechanosensitive regulators of gene transcription // Cellular and Molecular Biology Letters, 2016. vol. 21, 28. 23 pp. doi: 10.1186/s11658-016-0028-7.

Дополнительные файлы

Доп. файлы
Действие
1. JATS XML

© Самарский государственный технический университет, 2017

Creative Commons License
Эта статья доступна по лицензии Creative Commons Attribution 4.0 International License.

Согласие на обработку персональных данных с помощью сервиса «Яндекс.Метрика»

1. Я (далее – «Пользователь» или «Субъект персональных данных»), осуществляя использование сайта https://journals.rcsi.science/ (далее – «Сайт»), подтверждая свою полную дееспособность даю согласие на обработку персональных данных с использованием средств автоматизации Оператору - федеральному государственному бюджетному учреждению «Российский центр научной информации» (РЦНИ), далее – «Оператор», расположенному по адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А, со следующими условиями.

2. Категории обрабатываемых данных: файлы «cookies» (куки-файлы). Файлы «cookie» – это небольшой текстовый файл, который веб-сервер может хранить в браузере Пользователя. Данные файлы веб-сервер загружает на устройство Пользователя при посещении им Сайта. При каждом следующем посещении Пользователем Сайта «cookie» файлы отправляются на Сайт Оператора. Данные файлы позволяют Сайту распознавать устройство Пользователя. Содержимое такого файла может как относиться, так и не относиться к персональным данным, в зависимости от того, содержит ли такой файл персональные данные или содержит обезличенные технические данные.

3. Цель обработки персональных данных: анализ пользовательской активности с помощью сервиса «Яндекс.Метрика».

4. Категории субъектов персональных данных: все Пользователи Сайта, которые дали согласие на обработку файлов «cookie».

5. Способы обработки: сбор, запись, систематизация, накопление, хранение, уточнение (обновление, изменение), извлечение, использование, передача (доступ, предоставление), блокирование, удаление, уничтожение персональных данных.

6. Срок обработки и хранения: до получения от Субъекта персональных данных требования о прекращении обработки/отзыва согласия.

7. Способ отзыва: заявление об отзыве в письменном виде путём его направления на адрес электронной почты Оператора: info@rcsi.science или путем письменного обращения по юридическому адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А

8. Субъект персональных данных вправе запретить своему оборудованию прием этих данных или ограничить прием этих данных. При отказе от получения таких данных или при ограничении приема данных некоторые функции Сайта могут работать некорректно. Субъект персональных данных обязуется сам настроить свое оборудование таким способом, чтобы оно обеспечивало адекватный его желаниям режим работы и уровень защиты данных файлов «cookie», Оператор не предоставляет технологических и правовых консультаций на темы подобного характера.

9. Порядок уничтожения персональных данных при достижении цели их обработки или при наступлении иных законных оснований определяется Оператором в соответствии с законодательством Российской Федерации.

10. Я согласен/согласна квалифицировать в качестве своей простой электронной подписи под настоящим Согласием и под Политикой обработки персональных данных выполнение мною следующего действия на сайте: https://journals.rcsi.science/ нажатие мною на интерфейсе с текстом: «Сайт использует сервис «Яндекс.Метрика» (который использует файлы «cookie») на элемент с текстом «Принять и продолжить».