В 2002 году Институт проблем управления им. В.А. Трапезникова РАН учредил научно-технический журнал «Проблемы управления». Инициатива создания нового журнала принадлежит дирекции Института. Главным редактором стал директор Института И.В. Прангишвили.
Журнал начал выходить в свет в 2003 году, сначала четыре выпуска в год, а с 2005 года – шесть.
Наряду с традиционными разделами теории и практики управления в журнале значительное внимание уделяется управлению в социально-экономических и организационных системах, управлению развитием крупномасштабных систем, обработке больших массивов информации в иерархических системах, проблемам решения управленческих задач в слабоструктурированных системах и плохо формализуемых ситуациях, АСУ в непромышленной сфере и др., обращается внимание на возможности практического применения излагаемых научных результатов. Редакция стремится к обеспечению комплексности тематики журнала, равномерности охвата проблем современной теории управления, а также такой подаче материалов, чтобы статья имела «дружественный интерфейс к читателю», т. е. чтобы её содержание было понятно не только автору и его ближайшим коллегам, но и читателям, работающим в данном или смежном направлении теории управления и её приложений.
В число авторов журнала входят как известные, так и начинающие учёные и аспиранты. Обширна география авторов – Москва, многие регионы России, страны ближнего и дальнего зарубежья. В ряде городов России при крупных научных и образовательных центрах созданы и работают региональные редсоветы журнала. Редколлегия и редакция стараются обеспечить высокий научный уровень публикуемых материалов их строгим отбором, высококвалифицированным рецензированием и тщательным редактированием.
Включение в 2004 году журнала в перечень ВАК (перечень рецензируемых научных журналов и изданий, в которых должны быть опубликованы основные научные результаты диссертаций на соискание ученой степени доктора и кандидата наук) способствовало повышению престижа журнала и пополнению его портфеля.
С 2006 года главным редактором стал чл.-корр. РАН (с 2022 г. - академик РАН) Д.А. Новиков. В 2006 году журнал получил международный индекс периодического издания ISSN и вошёл в Российский индекс научного цитирования и Russian Science Citation Index (RSCI) на платформе Web of Science., его электронная версия представлена на платформе Научной электронной библиотеки www.elibrary.ru, журнал адекватно отражен в Интернете - http://pu.mtas.ru . Повысился научный уровень публикаций, укрупнились основные рубрики журнала.
С 2021 г. издаётся англоязычная версия журнала - "Control Sciences".