Maldi-Tof массспектрометрический анализ с молекулярно-генетической идентификацией Vibrio spp. В системе мониторинга вибриофлоры поверхностных водоемов


Цитировать

Полный текст

Аннотация

Проведена оценка эффективности применения прямого белкового профилирования на основе MALDI-ToF масс-спектрометрии для идентификации микроорганизмов рода Vibrio при мониторинге вибриофлоры поверхностных водоемов, осуществляемом в рамках эпидемиологического надзора за холерой. Сопоставление результатов MALDI-ToF масс-спектрометрического и бактериологического определения таксономической принадлежности 583 морфологически сходных с холерным вибрионом колоний (отобранных при бактериологическом исследовании проб из объектов окружающей среды Иркутска в 2012-2013 гг.) с последующей выборочной идентификацией на основании анализа структуры генов 16S rRNA и rpoB показало высокую диагностическую чувствительность и специфичность масс-спектрометрии. Полученные данные определяют целесообразность включения MALDI-ToF масс-спектрометрического анализа в схему микробиологического исследования при мониторинге вибриофлоры поверхностных водоемов.

Об авторах

Лилия Валерьевна Миронова

ФКУЗ «Иркутский научно-исследовательский противочумный институт» Роспотребнадзора

Email: mironova-lv@yandex.ru
канд. мед. наук, зав. лаб. холеры 664047, Иркутск, Россия

Евгений Александрович Басов

ФКУЗ «Иркутский научно-исследовательский противочумный институт» Роспотребнадзора

врач-бактериолог лаборатории холеры 664047, Иркутск, Россия

Максим Владимирович Афанасьев

ФКУЗ «Иркутский научно-исследовательский противочумный институт» Роспотребнадзора

канд. биол. наук, вед. науч. сотр. отдела эпидемиологии 664047, Иркутск, Россия

Жанна Юрьевна Хунхеева

ФКУЗ «Иркутский научно-исследовательский противочумный институт» Роспотребнадзора

врач-бактериолог лаборатории холеры 664047, Иркутск, Россия

Светлана Карловна Миткеева

ФКУЗ «Иркутский научно-исследовательский противочумный институт» Роспотребнадзора

лаборант- исследователь лаб. холеры 664047, Иркутск, Россия

Владислав Степанович Ганин

ФКУЗ «Иркутский научно-исследовательский противочумный институт» Роспотребнадзора

канд. мед. наук, ст. науч. сотр. лаборатории холеры 664047, Иркутск, Россия

Людмила Яковлевна Урбанович

ФКУЗ «Иркутский научно-исследовательский противочумный институт» Роспотребнадзора

доктор мед. наук, ст. науч. сотр. лаб. холеры 664047, Иркутск, Россия

Елена Станиславовна Куликалова

ФКУЗ «Иркутский научно-исследовательский противочумный институт» Роспотребнадзора

канд. мед. наук, ст. науч. сотр. лаборатории холеры 664047, Иркутск, Россия

Эдуард Геннадьевич Гольдапель

ФКУЗ «Иркутский научно-исследовательский противочумный институт» Роспотребнадзора

врач-бактериолог лаборатории холеры 664047, Иркутск, Россия

Сергей Владимирович Балахонов

ФКУЗ «Иркутский научно-исследовательский противочумный институт» Роспотребнадзора

доктор мед. наук, проф., директор института. 664047, Иркутск, Россия

Список литературы

  1. Брико Н.И., Покровский В.И. Глобализация и эпидемический процесс. Эпидемиол. инфекц. болезни. 2010; 4: 4-11.
  2. Марамович А.С., Урбанович Л.Я., Миронова Л.В., Куликалова Е.С. Эволюция эпидемиологии холеры. Журнал микробиологии, эпидемиологии и иммунобиологии. 2006; 6: 63-71.
  3. Москвитина Э.А., Мазрухо А.Б., Адаменко О.Л., Арешина О.А., Назаретян А.А., Кругликов В.Д. и др. Характеристика эпидемиологической обстановки в мире (2003-2012 гг.) и прогноз на 2013 г. Пробл. особо опасных инфекций. 2013; 1: 11-6.
  4. Safa A., Nair G.B., Kong R.Y.C. Evolution of new variants of Vibrio cholerae O1. Trends in Microbiol. 2009; 18(1): 46-54.
  5. Weekly epidemiological record. 2013; 88 (31): 321-36. Available at: http://www.who.int/wer.
  6. Онищенко Г.Г., Ежлова Е.Б., Демина Ю.В., Мельникова А.А. О мерах по совершенствованию эпидемиологического надзора в части индикации возбудителей инфекционных заболеваний. Эпидемиология и инфекционные болезни. Актуальные вопросы. 2013; 2: 4-13.
  7. Шарова И.Н., Казакова Е.С., Портенко С.А., Красовская Т.Ю., Осина Н.А., Куклев В.Е. и др. Совершенствование и стандартизация лабораторной диагностики особо опасных, «новых» и «возвращающихся» инфекционных болезней. Проблемы особо опасных инфекций. 2013; 2: 46-8.
  8. Sauer S., Freiwald A., Maier T., Kube M., Reinhardt R., Kostrzewa M. et al. Classification and identification of bacteria by mass spectrometry and computational analysis. PLoS One. 2008; 3(7): e2843.
  9. Clark A.E., Kaleta E.J., Arora A., Wolk D.M. Matrix-assisted laser desorption ionization-time of flight mass spectrometry: A fundamental shift in the routine practice of clinical microbiology. Clin. Microbiol. Rev. 2013; 26: 547-603.
  10. Fournier P.-E., Drancourt M., Colson P., Rolain J.-M., La Scola B. , Raoult D. Modern clinical microbiology: new challenges and solutions. Nat. Rev. Microbiol. 2013; 11: 574-85.
  11. Hazen T.H., Martinez R.J., Chen Y., Lafon P.C., Garrett N.M., Parsons M.B. et al. Rapid identification of Vibrio parahaemolyticus by whole-cell matrix-assisted laser desorption ionizationtime of flight mass spectrometry. Appl. Environ. Microbiol. 2009; 75(21): 6745-56.
  12. Dieckmann R., Strauch E., Alter T. Rapid identification and characterization of Vibrio species using whole-cell MALDI-ToF mass spectrometry. J. Appl. Microbiol. 2010; 109: 199-211.
  13. Eddabra R., Prevost G., Scheftel J.-M. Rapid discrimination of environmental Vibrio by matrix-assisted laser desorption ionization time-of-flight mass spectrometry. Microbiol. Res. 2012; 167: 226-30.
  14. Миронова Л.В., Афанасьев М.В., Остяк А.С., Басов Е.А., Куликалова Е.С., Хунхеева Ж.Ю. и др. MALDI-ToF масс-спектрометрический анализ в экспресс-идентификации микроорганизмов рода Vibrio. В кн.: Материалы XI Межгосударственной научно-практической конференции «Современные технологии в совершенствовании мер предупреждения и ответных действий на ЧС в области общественного здравоохранения санитарно-эпидемиологического характера». Саратов; 2012: 160-2.
  15. Afanas’ev M., Mironova L., Ostyak A., Basov E., Kulikalova E., Urbanovich L. et al. Matrix-assisted laser desorption/ionisation time-of-flight mass spectrometry (MALDI-ToF MS) for rapid, easy and reliable Vibrio cholerae identification. 23rd ECCMlD. 27-30 April 2013, Berlin, Germany. Available at: http://registration.akm.ch/einsicht.php?XNABSTRACT_ID=163193&XNSPRACHE_ID=2&XNKONGRESS_ID=180&XNMASKEN_ID=900.
  16. Афанасьев М.В., Миронова Л.В., Басов Е.А., Остяк А.С., Куликалова Е.С., Урбанович Л.Я., Балахонов С.В. MALDI-ToF масс-спектрометрический анализ в ускоренной идентификации микроорганизмов рода Vibrio. Молекулярная генетика, микробиология и вирусология. 2014; 3: 22-9.
  17. Телесманич Н.Р., Чайка И.А., Агафонова В.В., Сеина С.О., Чемисова О.С., Гончаренко Е.В. и др. MALDI масс-спектрометрический анализ в типировании и внутривидовой дифференциации холерных вибрионов на основе создания референс-библиотеки протеомных профилей. В кн.: Материалы Совещания специалистов Роспотребнадзора «Холера и патогенные для человека вибрионы». 5-6 июня 2013 г. Ростов н/Д: Дониздат; 2013; 26: 143-8.
  18. Emami K., Askari V., Ullrich M., Mohinudeen K., Anil A.C., Khandeparker L. et al. Characterization of bacteria in ballast water using maldi-tof mass spectrometry. PLoS One. 2012; 7(6): e38515.
  19. Лабораторная диагностика холеры: Методические указания МУК 4.2.2218-07. М.: Федеральный центр гигиены и эпидемиологии; Роспотребнадзора; 2007.
  20. Janda J.M., Abbott S.L. 16S rRNA gene sequencing for bacterial identification in the diagnostic laboratory: pluses, perils, and pitfalls. J. Clin Microbiol. 2007; 45 (9): 2761-4.
  21. Suzuki M.T., Giovannoni S.J. Bias caused by template annealing in the amplification of mixtures of 16S rRNA genes by PCR. Appl. Environ. Microbiol. 1996, 62(2): 625-30.
  22. Tarr C.L., Patel J.S., Puhr N.D., Sowers E.G., Bopp C.A., Strockbine N.A. Identification of Vibrio isolates by a multiplex pcr assay and rpob sequence determination. J. Clin. Microbiol. 2007; 45(1): 134-40.
  23. Drancourt M., Bollet C., Carlioz A., Martelin R., Gayral J.P., Raoult D. 16S ribosomal dna sequence analysis of a large collection of environmental and clinical unidentifiable bacterial isolates. J. Clin. Microbiol. 2000; 38 (10): 3623-30.
  24. Oberbeckmann S., Wichels A., Maier T., Kostrzewa M., Raffelberg S., Gerdts G. A polyphasic approach for the differentiation of environmental Vibrio isolates from temperate waters. FEMS Microbiol. Ecol. 2011; 75: 145-62.
  25. Mollet C., Drancourt M., Raoult D. rpoB sequence analysis as a novel basis for bacterial identification. Mol. Microbiol. 1997; 26 (5): 1005-11.
  26. Schirmeister F., Dieckmann R., Bechlars S., Bier N., Faruque S.M., Strauch E. Genetic and phenotypic analysis of Vibrio cholerae non-O1, non-O139 isolated from German and Austrian patients. Eur. J. Clin. Microbiol. Infect. Dis. 2014; 33: 767-78.
  27. Adekambi T., Drancourt M., Raoult D. The rpoB gene as a tool for clinical microbiologists. Trends in Microbiol. 2008; 17(1): 37-45.

Дополнительные файлы

Доп. файлы
Действие
1. JATS XML
Скачать

© ООО "Эко-вектор", 2014


 


Согласие на обработку персональных данных с помощью сервиса «Яндекс.Метрика»

1. Я (далее – «Пользователь» или «Субъект персональных данных»), осуществляя использование сайта https://journals.rcsi.science/ (далее – «Сайт»), подтверждая свою полную дееспособность даю согласие на обработку персональных данных с использованием средств автоматизации Оператору - федеральному государственному бюджетному учреждению «Российский центр научной информации» (РЦНИ), далее – «Оператор», расположенному по адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А, со следующими условиями.

2. Категории обрабатываемых данных: файлы «cookies» (куки-файлы). Файлы «cookie» – это небольшой текстовый файл, который веб-сервер может хранить в браузере Пользователя. Данные файлы веб-сервер загружает на устройство Пользователя при посещении им Сайта. При каждом следующем посещении Пользователем Сайта «cookie» файлы отправляются на Сайт Оператора. Данные файлы позволяют Сайту распознавать устройство Пользователя. Содержимое такого файла может как относиться, так и не относиться к персональным данным, в зависимости от того, содержит ли такой файл персональные данные или содержит обезличенные технические данные.

3. Цель обработки персональных данных: анализ пользовательской активности с помощью сервиса «Яндекс.Метрика».

4. Категории субъектов персональных данных: все Пользователи Сайта, которые дали согласие на обработку файлов «cookie».

5. Способы обработки: сбор, запись, систематизация, накопление, хранение, уточнение (обновление, изменение), извлечение, использование, передача (доступ, предоставление), блокирование, удаление, уничтожение персональных данных.

6. Срок обработки и хранения: до получения от Субъекта персональных данных требования о прекращении обработки/отзыва согласия.

7. Способ отзыва: заявление об отзыве в письменном виде путём его направления на адрес электронной почты Оператора: info@rcsi.science или путем письменного обращения по юридическому адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А

8. Субъект персональных данных вправе запретить своему оборудованию прием этих данных или ограничить прием этих данных. При отказе от получения таких данных или при ограничении приема данных некоторые функции Сайта могут работать некорректно. Субъект персональных данных обязуется сам настроить свое оборудование таким способом, чтобы оно обеспечивало адекватный его желаниям режим работы и уровень защиты данных файлов «cookie», Оператор не предоставляет технологических и правовых консультаций на темы подобного характера.

9. Порядок уничтожения персональных данных при достижении цели их обработки или при наступлении иных законных оснований определяется Оператором в соответствии с законодательством Российской Федерации.

10. Я согласен/согласна квалифицировать в качестве своей простой электронной подписи под настоящим Согласием и под Политикой обработки персональных данных выполнение мною следующего действия на сайте: https://journals.rcsi.science/ нажатие мною на интерфейсе с текстом: «Сайт использует сервис «Яндекс.Метрика» (который использует файлы «cookie») на элемент с текстом «Принять и продолжить».