Гетерогенность по признаку антибиотикочувствительности и генотипу штаммов холерных вибрионов Эль-Тор, выделенных из объектов окружающей среды на территории России

Обложка

Цитировать

Полный текст

Аннотация

Ежегодно в мире регистрируется до 4 млн случаев этой инфекции, из них более чем 100 тыс. заканчиваются летальным исходом. Пластичность генома возбудителя холеры, мобильность генетических элементов, несущих факторы патогенности и антибиотикорезистентности, способствуют вариабельности и непредсказуемости спектра устойчивости, формированию новых фено- и генотипов. Один изолят Vibrio cholerae может содержать до 40 различных генов, которые могут придавать устойчивость к 22 антибиотикам, представляющим 9 различных классов противомикробных препаратов. Способность холерного вибриона к долгосрочному выживанию в водных экосистемах, в которых активно идёт обмен генетической информацией и могут возникать новые, имеющие потенциальные преимущества в адаптации микроорганизмов к неблагоприятным условиям экологические линии, подчёркивает сложность путей передачи этой инфекции и необходимость проведения исследований на уровне окружающей среды. Периодические завозы холеры на территорию Российской Федерации с/без распространения возбудителя инфекции, контаминация V. cholerae поверхностных водоёмов, используемых в качестве источников водоснабжения и с целью рекреационного водопользования, возможность реализации основного при холере (водного) пути распространения возбудителя инфекции свидетельствуют о необходимости проведения ежегодного мониторинга антимикробной резистентности в рамках эпидемиологического надзора за холерой с целью получения информации о распространении, характере и динамике резистентности в конкретный период времени на данной территории.

Цель исследования ― анализ спектра антибиотикорезистентности штаммов холерных вибрионов серогруппы О1, выделенных из объектов окружающей среды на различных территориях Российской Федерации в 2020 г.

Материал и методы. Чувствительность/устойчивость 25 штаммов V. cholerae О1 El Tor, выделенных из объектов окружающей среды в Российской Федерации в 2020 г., к 13 антибактериальным препаратам определяли методом серийных разведений на плотной питательной среде в соответствии с МУК 4.2.2495-09. Генотипирование штаммов V. cholerae El Tor методом полимеразной цепной реакции проводили по 14 генам-мишеням с последующим кластерным анализом.

Результаты. У штаммов выявлены маркеры устойчивости к фуразолидону, триметоприму/сульфаметоксазолу, ампициллину, налидиксовой кислоте, цефтриаксону, которые образовали 5 фенотипов. ПЦР-генотипирование 14 генов-мишеней распределило штаммы на 5 генотипов (А1–А5), соответствующих определённым территориям. Профили антибиотикорезистентности в пределах одного генотипа у V. cholerae О1 El Tor, принадлежащих к разным территориям, были как одинаковыми, так и разными.

Заключение. Выявлены генотипическое разнообразие изолированных штаммов, вариабельность маркеров резистентности даже в одном регионе, что свидетельствует как об изменениях в популяции холерного вибриона, так и возможности циркуляции различных гено- и фенотипов, и подчёркивает важность постоянного наблюдения за данными патогенами.

Об авторах

Надежда Александровна Селянская

Ростовский-на-Дону ордена Трудового Красного Знамени научно-исследовательский противочумный институт Федеральной службы по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человека

Email: ppdn@inbox.ru
ORCID iD: 0000-0002-0008-4705
SPIN-код: 7920-3340

кандидат медицинских наук, старший научный сотрудник лаборатории экспериментально-биологических моделей

Россия, 344002, Россия, Ростов-на-Дону, ул. М. Горького, 117/40

Дарья Александровна Левченко

Ростовский-на-Дону ордена Трудового Красного Знамени научно-исследовательский противочумный институт Федеральной службы по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человека

Email: levchenko_da@antiplague.ru
ORCID iD: 0000-0002-4676-0377
SPIN-код: 7896-9092

кандидат медицинских наук, старший научный сотрудник лаборатории микробиологии холеры

Россия, 344002, Ростов-на-Дону, ул. М. Горького, д. 117/40

Лиана Альбертовна Егиазарян

Ростовский-на-Дону ордена Трудового Красного Знамени научно-исследовательский противочумный институт Федеральной службы по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человека

Email: caturyanliana@mail.ru
ORCID iD: 0000-0001-6350-065X
SPIN-код: 1300-9523

младший научный сотрудник лаборатории биологической безопасности и лечения ООИ

Россия, 344002, Россия, Ростов-на-Дону, ул. М. Горького, 117/40

Нина Ивановна Пасюкова

Ростовский-на-Дону ордена Трудового Красного Знамени научно-исследовательский противочумный институт Федеральной службы по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человека

Автор, ответственный за переписку.
Email: ppdn@inbox.ru
ORCID iD: 0000-0002-1525-5693
SPIN-код: 9950-9439

научный сотрудник лаборатории  экспериментально-биологических моделей

Россия, 344002, Ростов-на-Дону, ул. М. Горького, д. 117/40

Список литературы

  1. Moehling T.J., Lee D.H., Henderson M.E., et al. A smartphone-based particle diffusometry platform for sub-attomolar detection of Vibrio cholerae in environmental water // Biosens Bioelectron. 2020. Vol. 167. P. 112497. doi: 10.1016/j.bios.2020.112497
  2. Ali M., Nelson A.R., Lopez A.L., Sack D. Updated global burden of cholera in endemic countries // PLoS Negl Trop Dis. 2015. Vol. 9, N 6. Р. e0003832. doi: 10.1371/journal.pntd.0003832
  3. Wozniak R.A., Waldor M.K. Integrative and conjugative elements: mosaic mobile genetic elements enabling dynamic lateral gene flow // Nat Rev Microbiol. 2010. Vol. 8, N 8. P. 552–563. doi: 10.1038/nrmicro2382
  4. Mavian C., Paisie T.K., Alam M.T., et al. Toxigenic Vibrio choleraе evolution and establishment of reservoirs in aquatic ecosystems // Proc Natl Acad Sci USA. 2020. Vol. 117, N 14. P. 7897–7904. doi: 10.1073/pnas.1918763117
  5. Москвитина Э.А., Янович Е.Г., Куриленко М.Л., и др. Холера: мониторинг эпидемиологической обстановки в мире и России (2010–2019 гг.). Прогноз на 2020 г. // Проблемы особо опасных инфекций. 2020. № 2. С. 38–47. doi: 10.21055/0370-1069-2020-2-38-47
  6. Методические указания 4.2.2495-09 «Определение чувствительности возбудителей опасных бактериальных инфекций (чума, сибирская язва, холера, туляремия, бруцеллез, сап, мелиоидоз) к антибактериальным препаратам». Москва, 2009. 59 с.
  7. Кругликов В.Д., Левченко Д.А., Водопьянов А.С., Непомнящая Н.Б. ПЦР-генотипирование нетоксигенных штаммов холерных вибрионов как один из подходов их актуализации в плане эпиднадзора за холерой // Эпидемиология и инфекционные болезни. Актуальные вопросы. 2018. № 2. С. 28–35. doi: 10.18565/epidem.2018.2.28-35
  8. Селянская Н.А., Егиазарян Л.А., Ежова М.И., и др. Анализ устойчивости к антибактериальным препаратам холерных вибрионов, выделенных из объектов окружающей среды в России в 2019 г. // Антибиотики и химиотерапия. 2021. Т. 66, № 3-4. С. 4–11. doi: 10.37489/0235-2990-2021-66-3-4-4-11
  9. Abana D., Gyamfi E., Dogbe M., et al. Investigating the virulence genes and antibiotic susceptibility patterns of Vibrio cholerae O1 in environmental and clinical isolates in Accra, Ghana // BMC Infect Dis. 2019. Vol. 19, N 1. P. 76. doi: 10.1186/s12879-019-3714-z
  10. Fu H., Yu P., Liang W., et al. Virulence, resistance, and genomic fingerprint traits of vibrio cholerae isolated from 12 species of aquatic products in shanghai, China // Microb Drug Resist. 2020. Vol. 26, N 12. P. 1526–1539. doi: 10.1089/mdr.2020.0269
  11. Verma J., Bag S., Saha B., et al. Genomic plasticity associated with antimicrobial resistance in Vibrio cholerae // Proc Natl Acad Sci USA. 2019. Vol. 116, N 13. P. 6226–6231. doi: 10.1073/pnas.1900141116
  12. Das B., Verma J., Kumar P., et al. Antibiotic resistance in Vibrio cholerae: Understanding the ecology of resistance genes and mechanisms // Vaccine. 2020. Vol. 38, Suppl. 1. P. A83–A92. doi: 10.1016/j.vaccine.2019.06.031
  13. Imamura D., Morita M., Sekizuka T., et al. Comparative genome analysis of VSP-II and SNPs reveals heterogenic variation in contemporary strains of Vibrio cholerae O1 isolated from cholera patients in Kolkata, India // PLoS Negl Trop Dis. 2017. Vol. 11, N 2. P. e0005386. doi: 10.1371/journal.pntd.0005386

Дополнительные файлы

Доп. файлы
Действие
1. JATS XML
2. Рис. Чувствительность к антибактериальным препаратам культур холерных вибрионов Эль-Тор, выделенных в 2020 г.

Скачать (144KB)

© ООО "Эко-вектор", 2020


 


Согласие на обработку персональных данных с помощью сервиса «Яндекс.Метрика»

1. Я (далее – «Пользователь» или «Субъект персональных данных»), осуществляя использование сайта https://journals.rcsi.science/ (далее – «Сайт»), подтверждая свою полную дееспособность даю согласие на обработку персональных данных с использованием средств автоматизации Оператору - федеральному государственному бюджетному учреждению «Российский центр научной информации» (РЦНИ), далее – «Оператор», расположенному по адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А, со следующими условиями.

2. Категории обрабатываемых данных: файлы «cookies» (куки-файлы). Файлы «cookie» – это небольшой текстовый файл, который веб-сервер может хранить в браузере Пользователя. Данные файлы веб-сервер загружает на устройство Пользователя при посещении им Сайта. При каждом следующем посещении Пользователем Сайта «cookie» файлы отправляются на Сайт Оператора. Данные файлы позволяют Сайту распознавать устройство Пользователя. Содержимое такого файла может как относиться, так и не относиться к персональным данным, в зависимости от того, содержит ли такой файл персональные данные или содержит обезличенные технические данные.

3. Цель обработки персональных данных: анализ пользовательской активности с помощью сервиса «Яндекс.Метрика».

4. Категории субъектов персональных данных: все Пользователи Сайта, которые дали согласие на обработку файлов «cookie».

5. Способы обработки: сбор, запись, систематизация, накопление, хранение, уточнение (обновление, изменение), извлечение, использование, передача (доступ, предоставление), блокирование, удаление, уничтожение персональных данных.

6. Срок обработки и хранения: до получения от Субъекта персональных данных требования о прекращении обработки/отзыва согласия.

7. Способ отзыва: заявление об отзыве в письменном виде путём его направления на адрес электронной почты Оператора: info@rcsi.science или путем письменного обращения по юридическому адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А

8. Субъект персональных данных вправе запретить своему оборудованию прием этих данных или ограничить прием этих данных. При отказе от получения таких данных или при ограничении приема данных некоторые функции Сайта могут работать некорректно. Субъект персональных данных обязуется сам настроить свое оборудование таким способом, чтобы оно обеспечивало адекватный его желаниям режим работы и уровень защиты данных файлов «cookie», Оператор не предоставляет технологических и правовых консультаций на темы подобного характера.

9. Порядок уничтожения персональных данных при достижении цели их обработки или при наступлении иных законных оснований определяется Оператором в соответствии с законодательством Российской Федерации.

10. Я согласен/согласна квалифицировать в качестве своей простой электронной подписи под настоящим Согласием и под Политикой обработки персональных данных выполнение мною следующего действия на сайте: https://journals.rcsi.science/ нажатие мною на интерфейсе с текстом: «Сайт использует сервис «Яндекс.Метрика» (который использует файлы «cookie») на элемент с текстом «Принять и продолжить».