Разработка модели нейронной сети для выявления патологических митозов в гистологических препаратах

Обложка

Цитировать

Полный текст

Открытый доступ Открытый доступ
Доступ закрыт Доступ предоставлен
Доступ закрыт Только для подписчиков

Аннотация

Обоснование. Современные компьютерные системы позволяют оцифровывать и исследовать изображения гистологических препаратов, что натолкнуло авторов на идею использования инструментов машинного обучения в цифровой патогистологии. Возможности нейронных сетей находить субвизуальные особенности изображения на оцифрованных гистологических препаратах создают основу для лучшего качественного и количественного анализа изображений. Существующие методы машинного обучения дают хорошие показатели по точности и скорости при распознавании различных изображений, что позволяет надеяться на их широкое применение, в том числе и в онкологической диагностике.

Цель. Использовать методы математического моделирования для выявления патологических митозов в гистологических препаратах как основного признака различия злокачественного и доброкачественного опухолевого процесса.

Материалы и методы. В качестве набора данных для модели нейронной сети применялись гистологические изображения НМИЦ травматологии и ортопедии им. Н.Н. Приорова. Тестирование модели выполнено с помощью 188 гистологических стёкол 67 пациентов, проходивших лечение в институте. Гистологические препараты были отсканированы на микроскопе Leica Aperio CS2 с разрешением ×400 и преобразованы в формат JPEG с последующей обработкой. Далее в потоковом режиме был выполнен анализ тестовых изображений с использованием созданной модели нейронной сети с целью получения координат искомого объекта диагностики — патологического митоза и вероятности, с которой модель находила объект данной категории. Полученные изображения были проанализированы врачом-патологоанатомом на предмет соответствия выявленного объекта патологическому митозу.

Результаты. Авторы выбрали архитектуру, разработали методологию обучения нейронной сети и создали модель, которую можно использовать для обнаружения патологических митозов в гистологических препаратах. Авторы не пытаются заменить врача, а показывают возможность комплексного подхода к анализу данных компьютерной системой и врачом-патологоанатомом.

Заключение. Разработанная математическая модель нейронной сети, используемая в составе технологического решения для распознавания патологических митозов в отсканированных гистологических препаратах, может применяться как инструмент для сокращения времени исследования и повышения точности диагностики врача-патологоанатома.

Об авторах

Геннадий Николаевич Берченко

Национальный медицинский исследовательский центр травматологии и ортопедии им. Н.Н. Приорова

Автор, ответственный за переписку.
Email: berchenko@cito-bone.ru
ORCID iD: 0000-0002-7920-0552
SPIN-код: 3367-2493

доктор медицинских наук, профессор, заведующий отделением, врачь-патологоанатом, цитолог

Россия, 127299, Москва, ул. Приорова, 10

Нина Вениаминовна Федосова

Национальный медицинский исследовательский центр травматологии и ортопедии им. Н.Н. Приорова

Email: hard_sign@mail.ru
ORCID iD: 0000-0002-0829-9188
SPIN-код: 5380-3194
Россия, 127299, Москва, ул. Приорова, 10

Михаил Геннадьевич Кочан

Национальный медицинский исследовательский центр травматологии и ортопедии им. Н.Н. Приорова

Email: mk_system@mail.ru
ORCID iD: 0009-0002-0699-1370
Россия, 127299, Москва, ул. Приорова, 10

Дмитрий Викторович Машошин

Национальный медицинский исследовательский центр травматологии и ортопедии им. Н.Н. Приорова

Email: dima_mash@mail.ru
ORCID iD: 0009-0003-5442-5055
SPIN-код: 7612-1311
Россия, 127299, Москва, ул. Приорова, 10

Список литературы

  1. Dorfman H.D., Czerniak B. Bone tumors. 2nd edition. St. Louis: Mosby, 2015. 1261 p.
  2. Girshick R. Fast R-CNN. In: IEEE International Conference on Computer Vision (ICCV), 2015.
  3. Ren S., He K., Girshick R., Sun J. Faster R-CNN: Towards Real-Time Object Detection with Region Proposal Networks // IEEE Trans Pattern Anal Mach Intell. 2017. Vol. 39, № 6. Р. 1137–1149. doi: 10.1109/TPAMI.2016.2577031
  4. Ren S., He K., Girshick R., Zhang X., Sun J. Object Detection Networks on Convolutional Feature Maps // IEEE Trans Pattern Anal Mach Intell. 2017. Vol. 39, № 7. Р. 1476–1481. doi: 10.1109/TPAMI.2016.2601099
  5. Lin T-Y., Dollár P., Girshick R., He K., Hariharan B., Belongie S. Feature Pyramid Networks for Object Detection, Computer Science > Computer Vision and Pattern Recognition [Submitted on 9 Dec 2016 (v1), last revised 19 Apr 2017 (this version, v2)]. Режим доступа: https://arxiv.org/abs/1612.03144
  6. Girshick R., Donahue J., Darrell T., Malik J. Rich feature hierarchies for accurate object detection and semantic segmentation. In: CVPR, 2014. arXiv: 1311.2524.
  7. Girshick R., Donahue J., Darrell T., Malik J. Region-Based Convolutional Networks for Accurate Object Detection and Segmentation // IEEE Trans Pattern Anal Mach Intell. 2016. Vol. 38, № 1. Р. 142–58. doi: 10.1109/TPAMI.2015.2437384
  8. Uijlings J., van de Sande K., Gevers T., Smeulders A. Selective search for object recognition // International Journal of Computer Vision. 2013. Vol. 104, № 2. P. 154–171. doi: 10.1007/s11263-013-0620-5
  9. He K., Gkioxari G., Dollar P., Girshick R., Mask R-CNN // IEEE Trans Pattern Anal Mach Intell. 2020. Vol. 42, № 2. Р. 386–397. doi: 10.1109/TPAMI.2018.2844175
  10. Detectron [Интернет]. Режим доступа: https://github.com/facebookresearch/Detectron
  11. Pantanowitz L., Quiroga-Garza G.M., BienRonen L., et al. An artificial intelligence algorithm for prostate cancer diagnosis in whole slide images of core needle biopsies: a blinded clinical validation and deployment study // Lancet Digital Health. 2020. Vol. 2, № 8. Р. e407–e416. doi: 10.1016/S2589-7500(20)30159-X
  12. Pantanowitz L., Hartman D., Yan Qi, Eun Yoon Cho, et al. Accuracy and efficiency of an artificial intelligence tool when counting breast mitoses // Diagn Pathol. 2020. Vol. 15, № 1. Р. 80. doi: 10.1186/s13000-020-00995-z
  13. Van EttenIn A. Satellite Imagery Multiscale Rapid Detection with Windowed Networks. arXiv: 1809.09978v1. Режим доступа: https://arxiv.org/pdf/1809.09978.pdf
  14. Simonyan K., Zisserman A. Very deep convolutional networks for large-scale image recognition. 10 Apr 2015. arXiv: 1409.1556. Режим доступа: https://arxiv.org/pdf/1409.1556.pdf
  15. Barisonia L., Hodgin J.B. Digital pathology in nephrology clinical trials, research, and pathology practice // Curr Opin Nephrol Hypertens. 2017. Vol. 26, № 6. Р. 450–459. doi: 10.1097/MNH.0000000000000360
  16. Burt J.R., Torosdagli N., Khosravan N., et al. Deep learning beyond cats and dogs: recent advances in diagnosing breast cancer with deep neural networks // Br J Radiol. 2018. Vol. 91, № 1089. Р. 20170545. doi: 10.1259/bjr.20170545
  17. Mermel C., Kunal Nagpal M.S. Using AI to identify the aggressiveness of prostate cancer // Google Health. 2020. Режим доступа: https://blog.google/technology/health/using-ai-identify-aggressiveness-prostate-cancer
  18. Nagpal K., Foote D., Tan F., et al. Development and Validation of a Deep Learning Algorithm for Gleason Grading of Prostate Cancer from Biopsy Specimens // JAMA Oncol. 2020. Vol. 6, № 9. Р. 1–9. doi: 10.1001/jamaoncol.2020.2485

Дополнительные файлы

Доп. файлы
Действие
1. JATS XML
2. Рис. 1. Фотография гистологического изображения фрагмента злокачественной опухоли с наличием патологического митоза, выполненная при увеличении ×1000, разрешение 1632×1229 пикселей.

3. Рис. 2. Фрагмент изображения «патологический митоз», выделенный для опознавания моделью при увеличении ×1000, разрешение 90×87 пикселей.

Скачать (138KB)
4. Рис. 3. Фотография патологического митоза при увеличении ×400, разрешение 1632×1229 пикселей.

5. Рис. 4. Фрагмент изображения «патологический митоз», выделенный для опознавания моделью при увеличении ×400, разрешение 30×40 пикселей.

Скачать (146KB)
6. Рис. 5. Модель вернула ответ об успешном нахождении объекта «митоз».

Скачать (234KB)
7. Рис. 6. Результат работы программы прорисовки объекта на изображении. Модель выявила патологический митоз с вероятностью 97,4%.

Скачать (182KB)
8. Рис. 7. Модель определила один объект как несколько.

Скачать (220KB)
9. Рис. 8. Модель нашла объект «патологический митоз» с вероятностью 99,2%.

Скачать (168KB)

© Эко-Вектор, 2024

Creative Commons License
Эта статья доступна по лицензии Creative Commons Attribution-NonCommercial-NoDerivatives 4.0 International License.

Согласие на обработку персональных данных с помощью сервиса «Яндекс.Метрика»

1. Я (далее – «Пользователь» или «Субъект персональных данных»), осуществляя использование сайта https://journals.rcsi.science/ (далее – «Сайт»), подтверждая свою полную дееспособность даю согласие на обработку персональных данных с использованием средств автоматизации Оператору - федеральному государственному бюджетному учреждению «Российский центр научной информации» (РЦНИ), далее – «Оператор», расположенному по адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А, со следующими условиями.

2. Категории обрабатываемых данных: файлы «cookies» (куки-файлы). Файлы «cookie» – это небольшой текстовый файл, который веб-сервер может хранить в браузере Пользователя. Данные файлы веб-сервер загружает на устройство Пользователя при посещении им Сайта. При каждом следующем посещении Пользователем Сайта «cookie» файлы отправляются на Сайт Оператора. Данные файлы позволяют Сайту распознавать устройство Пользователя. Содержимое такого файла может как относиться, так и не относиться к персональным данным, в зависимости от того, содержит ли такой файл персональные данные или содержит обезличенные технические данные.

3. Цель обработки персональных данных: анализ пользовательской активности с помощью сервиса «Яндекс.Метрика».

4. Категории субъектов персональных данных: все Пользователи Сайта, которые дали согласие на обработку файлов «cookie».

5. Способы обработки: сбор, запись, систематизация, накопление, хранение, уточнение (обновление, изменение), извлечение, использование, передача (доступ, предоставление), блокирование, удаление, уничтожение персональных данных.

6. Срок обработки и хранения: до получения от Субъекта персональных данных требования о прекращении обработки/отзыва согласия.

7. Способ отзыва: заявление об отзыве в письменном виде путём его направления на адрес электронной почты Оператора: info@rcsi.science или путем письменного обращения по юридическому адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А

8. Субъект персональных данных вправе запретить своему оборудованию прием этих данных или ограничить прием этих данных. При отказе от получения таких данных или при ограничении приема данных некоторые функции Сайта могут работать некорректно. Субъект персональных данных обязуется сам настроить свое оборудование таким способом, чтобы оно обеспечивало адекватный его желаниям режим работы и уровень защиты данных файлов «cookie», Оператор не предоставляет технологических и правовых консультаций на темы подобного характера.

9. Порядок уничтожения персональных данных при достижении цели их обработки или при наступлении иных законных оснований определяется Оператором в соответствии с законодательством Российской Федерации.

10. Я согласен/согласна квалифицировать в качестве своей простой электронной подписи под настоящим Согласием и под Политикой обработки персональных данных выполнение мною следующего действия на сайте: https://journals.rcsi.science/ нажатие мною на интерфейсе с текстом: «Сайт использует сервис «Яндекс.Метрика» (который использует файлы «cookie») на элемент с текстом «Принять и продолжить».