Том 69, № 5 (2024)

Обложка

Весь выпуск

ОБЗОРЫ

Дефектные провирусы ВИЧ: возможное участие в патогенезе ВИЧ-инфекции

Бобкова М.Р.

Аннотация

Обзорная статья содержит анализ информации, полученной в результате поиска литературы по теме «дефектные геномы ВИЧ (ВИЧ, Human immunodeficiency virus-1, Lentivirus, Orthoretrovirinae, Retroviridae)». Рассматриваются вопросы происхождения дефектных геномов ВИЧ, возможность их транскрипции и трансляции, участие дефектных РНК и белков в стимуляции естественного и адаптивного иммунитета, вклад в патогенез ВИЧ-инфекции и гиперактивацию иммунной системы в условиях успешной антиретровирусной терапии (АРТ), эволюционные процессы в популяции провирусов ВИЧ под действием АРТ, возможные проблемы разработок элиминации резервуаров и эрадикации ВИЧ, связанные с существованием дефектных ВИЧ.

Вопросы вирусологии. 2024;69(5):399-414
pages 399-414 views

Гладконосые летучие мыши (семейство Vespertilionidae) как возможный резервуар лисса- и коронавирусов в Западной Сибири и на юге европейской части России

Охлопкова О.В., Кононова Ю.В., Тюменцева М.А., Тюменцев А.И., Шестопалов А.М., Акимкин В.Г.

Аннотация

В обзоре приведены современные данные относительно хироптерофауны, обитающей в Западной Сибири и на юге европейской части России. Дана общая характеристика рода лиссавирусов и семейства коронавирусов. Рассмотрен потенциал вирусоносительства в отношении лисса- и коронавирусов в популяциях рукокрылых двух географически отдаленных регионов.

Вопросы вирусологии. 2024;69(5):415-428
pages 415-428 views

ОРИГИНАЛЬНЫЕ ИССЛЕДОВАНИЯ

Пререгистрированный мета-метаанализ глобального распространения гепатотропных вирусов

Adeiza S., Islam M., Mungadi H., Shuaibu A., Sah R.

Аннотация

Введение. Гепатотропные вирусы (ВГА, ВГВ, ВГС, ВГD и ВГЕ) значительно влияют на мировое здравоохранение при их различной распространенности в разных регионах мира.

Цель исследования. Настоящее исследование направлено на систематическую консолидацию данных из разных метаанализов для оценки распределения и распространенности гепатотропных вирусов.

Материалы и методы. Следуя рекомендациям PRISMA, в исследовании использовали модель смешанных эффектов для интеграции данных. Оценку качества проводили с использованием инструментов QUOROM и AMSTAR, с оценкой гетерогенности по статистикам I2 Хиггинса, Q-статистике и значениям тау квадрат (τ2).

Результаты. В исследование проанализированы 86 метаанализов из 56 исследований (2017–2022 гг.) с минимальным перекрытием. Распространенность по регионам была следующей: MENA – 29,2%, Афганистан – 9,14%, Африка – 8,10%. Распространенность подгрупп вирусов: ВГА – 82,5%, ВГВ – 8,6%, ВГС – 15,1%, ВГD – 8,9%, ВГЕ – 13,9%, двойная коинфекция ВГВ/ВГС – 2,2%. Распространенность по группам риска: общее население – 8,3%, медицинские работники – 4,0%. Распространенность ВГВ/ВГС по континентам: Африка – 9,2%, Китай – 6,9% и др. Распространенность ВГС среди групп риска: медицинские работники – 5,58%, пациенты на гемодиализе – 34,8%. Региональные показатели распространенности ВГС: Африка – 7,42%, Ближний Восток – 25,30%.

Заключение. Различия паттернов распространенности гепатотропных вирусов в разных регионах мира обусловлены вляинием многих факторов. Для стран MENA более высокие показатели распространенности связаны с проблемами в здравоохранении, в то время как для Африки наибольшей проблемой являются ограниченные ресурсы. Необходимы индивидуализированные стратегии общественного здравоохранения, включая вакцинацию и информационно-просветительские кампании, для смягчения бремени и улучшения мирового здравоохранения. Полученные консолидированные данные о распространенности гепатотропных вирусов послужат ценным источником информации для принятия обоснованных решений.

Вопросы вирусологии. 2024;69(5):429-440
pages 429-440 views

Оценка анти-ВИЧ-1 (Retroviridae: Orthoretrovirinae: Lentivirus: Human immunodeficiency virus type 1) активности 6НР и 3ТС in vitro с использованием вариантов клеточной линии МТ-4 с различной репликативной активностью

Калнина Л.Б., Селимова Л.М., Носик Д.Н.

Аннотация

Введение. Химиотерапия ВИЧ-инфекции остается единственным средством лечения болезни. Процесс создания новых и усовершенствование созданных ранее препаратов являются по-прежнему приоритетным направлением. Одним из доклинических этапов испытания эффективности лекарственных средств является исследование in vitro в модельной системе «вирус‒клетка».

Цель исследования. Изучить противовирусную эффективность нуклеозидных ингибиторов обратной транскриптазы (НИОТ) 6НР и 3ТС при репликации ВИЧ-1 в неопластической линии клеток МТ-4.

Материалы и методы. Использовали два варианта клеточной линии CD4+ Т-лимфоцитов МТ-4 (МТ-4/1 и МТ-4/2), трансформированных Т-лимфотропным вирусом человека 1-го типа (Retroviridae: Orthoretrovirinae: Deltaretrovirus: HTLV-1), с разным уровнем репликации ВИЧ-1. Для подавления вируса использовали препараты аммоний-3’-азидо-3’-дезокситимидин-5’-карбомоилфосфонат (6НР) и 2´,3´-дидезокси-3´-тиацитидин (3ТС).

Результаты и обсуждение. Репликативная активность ВИЧ-1 для разных штаммов вируса была выше в линии МТ-4/2, чем в линии МТ-4/1. Использование каждого из противовирусных веществ по отдельности показало более существенное ингибирование вирусной активности в клетках МТ-4/1, чем в клетках МТ-4/2. При комбинированном использовании антивирусный эффект был во всех случаях практически одинаков и колебался в пределах 87‒96% для линии МТ-4/1 и 83‒89% для линии МТ-4/2. Высокая эффективность наблюдалась при совместном использовании меньших концентраций препаратов по сравнению с индивидуальным применением.

Заключение. Сочетанное использование НИОТ 6НР и 3ТС является перспективным для лечения ВИЧ-инфицированных пациентов на разных сроках инфекции и с различным уровнем вирусной нагрузки.

Вопросы вирусологии. 2024;69(5):441-448
pages 441-448 views

Мутации в гене UL97 цитомегаловируса (Orthoherpesviridae: Herpesvirales: Cytomegalovirus: Cytomegalovirus humanbeta 5) увеличивают продолжительность виремии и снижают противовирусный ответ у реципиентов аллогенных гемопоэтических стволовых клеток

Тихомиров Д.С., Демин М.В., Серикова А.А., Бидерман Б.В., Судариков А.Б., Филатов Ф.П., Туполева Т.А.

Аннотация

Введение. Цитомегаловирус (Orthoherpesviridae: Herpesvirales: Cytomegalovirus: Cytomegalovirus humanbeta 5) (ЦМВ) является одним из наиболее распространенных вирусов, детектируемых у реципиентов аллогенных гемопоэтических стволовых клеток (алло-ГСК). При этом возможность развития резистентности вируса к противовирусным препаратам, таким как ганцикловир (GCV), создает сложности при проведении противовирусной терапии (ПВТ). Настоящее исследование позволяет обосновать необходимость внедрения новых диагностических подходов для улучшения результатов лечения у реципиентов алло-ГСК.

Цель исследования – изучение распространенности и влияния мутаций в гене UL97 ЦМВ, ассоциированных с устойчивостью к действию GCV, на характер течения инфекции у реципиентов алло-ГСК.

Материалы и методы. В исследование вошли 14 реципиентов алло-ГСК с подозрением на устойчивую ЦМВ-инфекцию. Проводили амплификацию участка гена UL97 методом гнездовой полимеразной цепной реакции, осуществляли секвенирование по Сэнгеру, последовательности сравнивали со штаммом Merlin (дикий тип).

Результаты и обсуждение. Выявлено 6 мутаций (D490A, T502A, C592G, C592F, E596G и C603W), из которых 4 (C592G, C592F, E596G и C603W) ранее были описаны как ассоциированные с устойчивостью к действию противовирусных препаратов, а D490A и T502A обнаружены впервые. При сравнении параметров пациентов – носителей вируса дикого типа и носителей мутантного варианта, установлено, что основные показатели периферической крови у первых были достоверно ниже. Медиана срока наступления пика вирусной нагрузки после трансплантации алло-ГСК, продолжительность виремии и скорость вирусологический ответа на ПВТ также имели достоверные различия в исследуемых группах.

Заключение. Показано, что почти у 1/3 (4 из 14) реципиентов алло-ГСК выявлены мутации, ассоциированные с устойчивостью к действию GCV. У реципиентов – носителей мутантного варианта ЦМВ наблюдались более длительные виремия и срок получения отрицательного результата вирусологического исследования после начала ПВТ. Проведение генотипирования может способствовать принятию более обоснованного терапевтического решения.

Вопросы вирусологии. 2024;69(5):449-458
pages 449-458 views

Оценка эффективности химической инактивации и иммуногенности варианта Омикрон вируса SARS-CoV-2

Жаппарова Г.А., Мырзахметова Б.Ш., Тленчиева Т.М., Тусипова А.А., Бисенбаева К.Б., Тойтанова А.С., Кутумбетов Л.Б.

Аннотация

Введение. Быстрое распространение новой коронавирусной инфекции (COVID-19) среди населения многих стран мира способствовало появлению множества генетических вариантов вируса SARS-CoV-2. По сравнению с предыдущими вариантами коронавируса, новые субварианты варианта Омикрон продемонстрировали заметную степень мутации. Инактивация вируса является одним из наиболее важных этапов разработки инактивированных вакцин. В качестве химического инактиванта в настоящее время используют β-пропиолактон и формальдегид, однако не существует единого стандарта для проектирования и определения процесса инактивации.

Цель работы. Оценка и сравнение эффективности химической инактивации двух агентов: формальдегида и β-пропиолактона в отношении иммуногенности варианта Омикрон вируса SARS-CoV-2.

Материалы и методы. Для получения варианта Омикрон вируса SARS-CoV-2 использованы назофарингеальные мазки. Для выделения, репродукции, титрования вируса, а также постановки реакции нейтрализации использовали культуру клеток Vero. Проведена кинетика изучения инактивации вируса химическими агентами: формальдегидом и β-пропиолактоном.

Результаты. Проведены исследования по сравнительной оценке эффективности химических инактивантов, используемых для инактивации варианта Омикрон вируса SARS-CoV-2, планируемого для использования в изготовлении инактивированной цельновирионной вакцины. В качестве инактивантов использованы формальдегид и β-пропиолактон в концентрациях 0,05, 0,1, 0,5% от общего объема суспензии вируса. Установлено, что полная инактивация вируса формальдегидом в использованных концентрациях при температуре 37 °С происходит в течение 2 ч, а при использовании β-пропиолактона ‒ в течение 12 ч.

Заключение. Образцы вируса, инактивированные использованными инактивантами, обладают разной антигенной активностью в зависимости от концентрации инактивантов. Наиболее выраженная антигенная активность проявляется у образцов возбудителя, которые подвергались обработке инактивантом в щадящей концентрации, равной 0,05%. Повышение концентрации инактивантов в 5 раз и более кратно приводит к значимому снижению антигенности вируса SARS-CoV-2. При использованных режимах инактивации потеря биологической активности вируса происходит быстрее, антигенность сохраняется в большей степени при обработке формальдегидом.

Вопросы вирусологии. 2024;69(5):459-469
pages 459-469 views

Вариабельность неструктурных белков у вариантов ВИЧ-1 суб-субтипа А6 (Retroviridae: Orthoretrovirinae: Lentivirus: Human immunodeficiency virus-1, sub-subtype A6), циркулирующих в разных регионах Российской Федерации

Антонова А.А., Лебедев А.В., Ожмегова Е.Н., Шлыкова А.В., Лаповок И.А., Кузнецова А.И.

Аннотация

Введение. Неструктурные белки ВИЧ-1 являются перспективными мишенями для разработки вакцин и для создания подходов персонализированной медицины. На протяжении многих лет на территории Российской Федерации доминирует суб-субтип А6 ВИЧ-1. Однако имеющиеся географические, экономические и демографические особенности страны могут способствовать формированию различий между вариантами вируса, циркулирующими в разных регионах России.

Цель работы: провести сравнительный анализ консенсусных последовательностей неструктурных белков ВИЧ-1 вариантов А6, циркулирующих в Амурской области, в гг. Архангельске, Иркутске и Мурманске.

Материалы и методы. Исследовали 48 образцов цельной крови, которые были получены от ВИЧ-инфицированных пациентов без опыта приема терапии, наблюдавшихся в центрах по профилактике и борьбе со СПИДом в гг. Архангельске, Иркутске, Мурманске и в Амурской области. Получали полногеномные нуклеотидные последовательности ВИЧ-1, субтипировали. Формировали консенсусные последовательности каждого неструктурного белка ВИЧ-1 для каждого анализируемого региона. Дополнительно формировали референсные последовательности неструктурных белков ВИЧ-1 суб-субтипа А6 на основе полногеномных последовательностей, загруженных из международной базы данных Los Alamos. Сравнение консенсусных и референсных последовательностей осуществляли с помощью программ MEGA v.10.2.2 и PSIPRED.

Результаты. Впервые представлены референсные последовательности белков Vif, Vpr и Nef ВИЧ-1 суб-субтипа А6. Для белка Vpr различий в консенсусных последовательностях вариантов вируса, циркулирующих в разных регионах РФ, не обнаружено. Для консенсусных последовательностей белков Tat, Rev, Vpu, Vif и Nef вариантов ВИЧ-1 из разных регионов РФ определены характерные особенности.

Заключение. Ограничением проведенного исследования является небольшая выборка образцов. В целом полученные результаты указывают на существующее разнообразие неструктурных белков ВИЧ-1 суб-субтипа А6 в разных регионах страны и обозначают актуальность исследования полиморфизма неструктурных белков вариантов вируса в разных регионах в будущем.

Вопросы вирусологии. 2024;69(5):470-480
pages 470-480 views

Сравнительный анализ полногеномных последовательностей изолятов вируса африканской чумы свиней (Asfarviridae: Asfivirus), выделенных на территории левобережья Днепра в 2023 году

Чернышев Р.С., Иголкин А.С., Зиняков Н.Г., Чвала И.А.

Аннотация

Введение. Отсутствие данных о полногеномных последовательностях возбудителя африканской чумы свиней (АЧС), циркулирующего на территории левобережья Днепра, ограничивает понимание динамики молекулярной эволюции вируса и характера развития текущего эпизоотического процесса в центральной России и Украине. Определение степени генетической дивергентности и филогенетического родства вируса АЧС во многом может скорректировать стратегию общей и специфической профилактики болезни.

Цель работы поиск и описание уникальных точечных мутаций (делеций/инсерций/замен) у изолятов, выделенных от домашних свиней на территории Донецкого, Луганского и Запорожского регионов в 2023 г.; установление родства и уровня гомологии с референтными штаммами вируса АЧС генотипа II; субгенотипирование на основе маркерных областей генома.

Материалы и методы. В качестве образцов использовали культуральную суспензию костного мозга свиньи, содержащую вирус АЧС. Подготовку геномной ДНК выполняли методом очистки и концентрирования вируса с последующей экстракцией тотальной нуклеиновой кислоты фенол-хлороформным методом. Процесс высокопроизводительного секвенирования осуществляли с помощью технологии MGI. Сборку консенсусных последовательностей проводили методом картирования прочтений на референс-геном штамма Georgia 2007/1.

Результаты. Все изоляты отнесены к генотипу II, имеют монофилетическое происхождение, филогенетически относятся к кластерам «Европа» (4/5) и «Брянск 2021» (1/5), а также являются дивергентными от исходных родительских генетических вариантов, составляющих укрупненные клады. Кроме того, обнаружены многочисленные замены в локусах мультигенного семейства MGF 110, 505 и 360, кодирующих факторы вирулентности.

Заключение. На примере изучения филогении показана достоверная для дифференциации вариабельность вируса АЧС генотипа II, происходящего от референс-штамма Georgia 2007/1. Представленные данные обладают теоретической и практической значимостью при усовершенствовании национального и международного надзора за АЧС.

Вопросы вирусологии. 2024;69(5):481-494
pages 481-494 views

Согласие на обработку персональных данных с помощью сервиса «Яндекс.Метрика»

1. Я (далее – «Пользователь» или «Субъект персональных данных»), осуществляя использование сайта https://journals.rcsi.science/ (далее – «Сайт»), подтверждая свою полную дееспособность даю согласие на обработку персональных данных с использованием средств автоматизации Оператору - федеральному государственному бюджетному учреждению «Российский центр научной информации» (РЦНИ), далее – «Оператор», расположенному по адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А, со следующими условиями.

2. Категории обрабатываемых данных: файлы «cookies» (куки-файлы). Файлы «cookie» – это небольшой текстовый файл, который веб-сервер может хранить в браузере Пользователя. Данные файлы веб-сервер загружает на устройство Пользователя при посещении им Сайта. При каждом следующем посещении Пользователем Сайта «cookie» файлы отправляются на Сайт Оператора. Данные файлы позволяют Сайту распознавать устройство Пользователя. Содержимое такого файла может как относиться, так и не относиться к персональным данным, в зависимости от того, содержит ли такой файл персональные данные или содержит обезличенные технические данные.

3. Цель обработки персональных данных: анализ пользовательской активности с помощью сервиса «Яндекс.Метрика».

4. Категории субъектов персональных данных: все Пользователи Сайта, которые дали согласие на обработку файлов «cookie».

5. Способы обработки: сбор, запись, систематизация, накопление, хранение, уточнение (обновление, изменение), извлечение, использование, передача (доступ, предоставление), блокирование, удаление, уничтожение персональных данных.

6. Срок обработки и хранения: до получения от Субъекта персональных данных требования о прекращении обработки/отзыва согласия.

7. Способ отзыва: заявление об отзыве в письменном виде путём его направления на адрес электронной почты Оператора: info@rcsi.science или путем письменного обращения по юридическому адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А

8. Субъект персональных данных вправе запретить своему оборудованию прием этих данных или ограничить прием этих данных. При отказе от получения таких данных или при ограничении приема данных некоторые функции Сайта могут работать некорректно. Субъект персональных данных обязуется сам настроить свое оборудование таким способом, чтобы оно обеспечивало адекватный его желаниям режим работы и уровень защиты данных файлов «cookie», Оператор не предоставляет технологических и правовых консультаций на темы подобного характера.

9. Порядок уничтожения персональных данных при достижении цели их обработки или при наступлении иных законных оснований определяется Оператором в соответствии с законодательством Российской Федерации.

10. Я согласен/согласна квалифицировать в качестве своей простой электронной подписи под настоящим Согласием и под Политикой обработки персональных данных выполнение мною следующего действия на сайте: https://journals.rcsi.science/ нажатие мною на интерфейсе с текстом: «Сайт использует сервис «Яндекс.Метрика» (который использует файлы «cookie») на элемент с текстом «Принять и продолжить».