Особенности циркуляции вирусов гриппа и ОРВИ в эпидемическом сезоне 2019–2020 гг. в отдельных регионах России

Обложка

Цитировать

Полный текст

Аннотация

Введение. Мониторинг циркуляции вирусов гриппа в структуре возбудителей ОРВИ и изучение их свойств в эпидемическом сезоне 2019–2020 гг. в Российской Федерации представляют актуальные направления исследований и соответствуют задачам Глобальной стратегии по борьбе с гриппом, выдвинутой ВОЗ в 2019 г.

Материал и методы. Использованы данные эпидемиологического надзора за заболеваемостью и госпитализацией при гриппе и ОРВИ в разных возрастных группах населения; вирусологические, молекулярно-генетические и статистические методы.

Результаты. Наиболее вовлечёнными в эпидемический процесс были дети дошкольного возраста, в то же время для лиц 18–40 лет показана бóльшая частота госпитализаций. Отмечена доминирующая роль вируса гриппа A(H1N1)pdm09 у госпитализированных, в том числе в этиологии пневмоний. Показана роль возбудителей ОРВИ в утяжелении течения пневмонии и бронхообструктивного синдрома у детей. Установлены различия по спектру циркулирующих возбудителей ОРВИ в разных регионах России. Этиологию эпидемического подъёма определили вирусы гриппа A(H1N1)pdm09 и В/Виктория-подобные, долевое участие которых в структуре ОРВИ составило 7,3 и 8,0% соответственно. По антигенным свойствам выявлены отличия эпидемических штаммов вирусов гриппа A(H3N2) и В по отношению к вирусам, входившим в состав вакцин. Доминирующими генетическими группами в популяции штаммов вируса гриппа A(H1N1)pdm09 были представители 6B1.A5/183P, A(H3N2) – 3С.2а1b+137F и В – V1A.3 линии В/Виктория-подобных. Сохранён благоприятный профиль чувствительности эпидемических штаммов к препаратам с антинейраминидазной активностью. Большинство из изученных штаммов возбудителей гриппа обладали рецепторной специфичностью, характерной для вирусов гриппа человека.

Заключение. Полученные результаты определили особенности циркуляции вирусов гриппа и ОРВИ в эпидемическом сезоне 2019–2020 гг. на различных территориях России. Результаты подтверждают роль вируса гриппа A(H1N1)pdm09 в развитии тяжёлых форм течения заболевания у лиц 18–40 лет, а также в качестве этиологического фактора пневмоний. Отмечен продолжающийся дрейф вирусов гриппа, что, по-видимому, не могло не сказаться на эффективности вакцинопрофилактики, а также было учтено в рекомендациях экспертов ВОЗ по составу гриппозных вакцин для стран Северного полушария на период 2020–2021 гг.

Об авторах

Д. К. Львов

ФГБУ «Национальный исследовательский центр эпидемиологии и микробиологии им. почётного академика Н.Ф. Гамалеи» Минздрава России

Автор, ответственный за переписку.
Email: dk_lvov@mail.ru
ORCID iD: 0000-0001-8176-6582

д.м.н., профессор, академик РАН, руководитель отдела экологии вирусов с научно-практическим центром по экологии и эпидемиологии гриппа, Институт вирусологии им. Д.И. Ивановского ФГБУ

123098, Москва

Россия

Е. И. Бурцева

ФГБУ «Национальный исследовательский центр эпидемиологии и микробиологии им. почётного академика Н.Ф. Гамалеи» Минздрава России

Email: elena-burtseva@yandex.ru
ORCID iD: 0000-0003-2518-6801

д.м.н., заведующая лабораторией этиологии и эпидемиологии гриппа, Институт вирусологии им. Д.И. Ивановского

123098, Москва

Россия

Л. В. Колобухина

ФГБУ «Национальный исследовательский центр эпидемиологии и микробиологии им. почётного академика Н.Ф. Гамалеи» Минздрава России

Email: lkolobuchina@yandex.ru
ORCID iD: 0000-0001-5775-3343

 д.м.н.. профессор, руководитель отдела Институт вирусологии им. Д.И. Ивановского

123098, Москва

Россия

И. Т. Федякина

ФГБУ «Национальный исследовательский центр эпидемиологии и микробиологии им. почётного академика Н.Ф. Гамалеи» Минздрава России

Email: irfed2@mail.ru
ORCID iD: 0000-0001-6421-9632

к.б.н.. руководитель лаборатории, Институт вирусологии им. Д.И. Ивановского

123098, Москва

Россия

Н. В. Бовин

ФГБУН «Институт биоорганической химии им. академиков М.М. Шемякина и Ю.А. Овчинникова РАН»

Email: professorbovin@yandex.ru
ORCID iD: 0000-0001-8669-4477

д.б.н., профессор

117997, Москва

Россия

А. В. Игнатьева

ФГБУ «Национальный исследовательский центр эпидемиологии и микробиологии им. почётного академика Н.Ф. Гамалеи» Минздрава России

Email: valgella@yandex.ru
ORCID iD: 0000-0001-6206-2299

к.б.н., старший научный сотрудник, Институт вирусологии им. Д.И. Ивановского

123098, Москва

Россия

К. Г. Краснослободцев

ФГБУ «Национальный исследовательский центр эпидемиологии и микробиологии им. почётного академика Н.Ф. Гамалеи» Минздрава России

Email: kkg_87@mail.ru
ORCID iD: 0000-0003-1745-9128

научный сотрудник, Институт вирусологии им. Д.И. Ивановского

123098, Москва

Россия

Е. Л. Феодоритова

ФГБУ «Национальный исследовательский центр эпидемиологии и микробиологии им. почётного академика Н.Ф. Гамалеи» Минздрава России

Email: flulab@mail.ru
ORCID iD: 0000-0002-1472-1357

научный сотрудник, Институт вирусологии им. Д.И. Ивановского

123098, Москва

Россия

С. В. Трушакова

ФГБУ «Национальный исследовательский центр эпидемиологии и микробиологии им. почётного академика Н.Ф. Гамалеи» Минздрава России

Email: s.trushakova@gmail.com
ORCID iD: 0000-0002-9610-3041

к.б.н., старший научный сотрудник, Институт вирусологии им. Д.И. Ивановского

123098, Москва

Россия

Н. В. Бреслав

ФГБУ «Национальный исследовательский центр эпидемиологии и микробиологии им. почётного академика Н.Ф. Гамалеи» Минздрава России

Email: n.belyakova1983@gmail.com
ORCID iD: 0000-0002-6946-5119

к.б.н., старший научный сотрудник, Институт вирусологии им. Д.И. Ивановского

123098, Москва

Россия

Л, Н. Меркулова

ФГБУ «Национальный исследовательский центр эпидемиологии и микробиологии им. почётного академика Н.Ф. Гамалеи» Минздрава России

Email: flulab@mail.ru
ORCID iD: 0000-0002-7260-0879

к.м.н., ведущий научный сотрудник, Институт вирусологии им. Д.И. Ивановского

123098, Москва

Россия

Е. А. Мукашева

ФГБУ «Национальный исследовательский центр эпидемиологии и микробиологии им. почётного академика Н.Ф. Гамалеи» Минздрава России

Email: mukasheva_evgeniya@mail.ru
ORCID iD: 0000-0002-5688-5309

научный сотрудник, Институт вирусологии им. Д.И. Ивановского

123098, Москва

Россия

И. Н. Хлопова

ФГБУ «Национальный исследовательский центр эпидемиологии и микробиологии им. почётного академика Н.Ф. Гамалеи» Минздрава России

Email: flulab@mail.ru
ORCID iD: 0000-0002-7419-590X

к.м.н., ведущий научный сотрудник, Институт вирусологии им. Д.И. Ивановского

123098, Москва

Россия

О. Л. Воронина

ФГБУ «Национальный исследовательский центр эпидемиологии и микробиологии им. почётного академика Н.Ф. Гамалеи» Минздрава России

Email: olv550@gmail.com
ORCID iD: 0000-0001-7206-3594

к.б.н.. руководитель лаборатории

123098, Москва

Россия

Е. И. Аксёнова

ФГБУ «Национальный исследовательский центр эпидемиологии и микробиологии им. почётного академика Н.Ф. Гамалеи» Минздрава России

Email: olv550@gmail.com
ORCID iD: 0000-0003-2704-6730

к.б.н., старший научный сотрудник

123098, Москва

Россия

М. С. Кунда

ФГБУ «Национальный исследовательский центр эпидемиологии и микробиологии им. почётного академика Н.Ф. Гамалеи» Минздрава России

Email: olv550@gmail.com
ORCID iD: 0000-0003-1945-0397

к.б.н., старший научный сотрудник

123098, Москва

Россия

Н. Н. Рыжова

ФГБУ «Национальный исследовательский центр эпидемиологии и микробиологии им. почётного академика Н.Ф. Гамалеи» Минздрава России

Email: olv550@gmail.com
ORCID iD: 0000-0001-5361-870X

, старший научный сотрудник

123098, Москва

Россия

Н. В. Вартанян

ФГБУ «Национальный исследовательский центр эпидемиологии и микробиологии им. почётного академика Н.Ф. Гамалеи» Минздрава России

Email: flulab@mail.ru
ORCID iD: 0000-0003-1656-3716

к.м.н.. ведущий научный сотрудник, Институт вирусологии им. Д.И. Ивановского

123098, Москва

Россия

Л. Б. Кистенёва

ФГБУ «Национальный исследовательский центр эпидемиологии и микробиологии им. почётного академика Н.Ф. Гамалеи» Минздрава России

Email: lborisovna2007@yandex.ru
ORCID iD: 0000-0001-7336-409X

руководитель лаборатории, Институт вирусологии им. Д.И. Ивановского

123098, Москва

Россия

И. М. Кириллов

ФГБУ «Национальный исследовательский центр эпидемиологии и микробиологии им. почётного академика Н.Ф. Гамалеи» Минздрава России

Email: irfed2@mail.ru
ORCID iD: 0000-0002-4933-850X

старший научный сотрудник, Институт вирусологии им. Д.И. Ивановского

123098, Москва

Россия

Е. С. Прошина

ФГБУ «Национальный исследовательский центр эпидемиологии и микробиологии им. почётного академика Н.Ф. Гамалеи» Минздрава России

Email: irfed2@mail.ru
ORCID iD: 0000-0003-2348-141X

научный сотрудник, Институт вирусологии им. Д.И. Ивановского

123098, Москва

Россия

А. Г. Росаткевич

ФГБУ «Национальный исследовательский центр эпидемиологии и микробиологии им. почётного академика Н.Ф. Гамалеи» Минздрава России

Email: rosatkevich@icloud.com
ORCID iD: 0000-0003-0008-8711

младший научный сотрудник, Институт вирусологии им. Д.И. Ивановского

123098, Москва

Россия

И. С. Кружкова

ФГБУ «Национальный исследовательский центр эпидемиологии и микробиологии им. почётного академика Н.Ф. Гамалеи» Минздрава России

Email: lkolobuchina@yandex.ru
ORCID iD: 0000-0002-1983-481X

младший научный сотрудник, , Институт вирусологии им. Д.И. Ивановского

123098, Москва

Россия

А. Л. Заплатников

ФГБОУ ДПО «Российская медицинская академия непрерывного профессионального образования» Минздрава России

Email: zaplatnikov@mail.ru
ORCID iD: 0000-0003-1303-8318

д.м.н.. профессор,   заведующий кафедрой

125993, Москва, Россия

Россия

М. В. Базарова

ГБУЗ «Инфекционная клиническая больница №1 Департамента здравоохранения города Москвы» (ГБУЗ «ИКБ №1 ДЗМ»)

Email: 03bmv@mail.ru
ORCID iD: 0000-0001-7322-7896

к.м.н., эпидемиолог

125310, Москва

Россия

С. В. Сметанина

ГБУЗ «Инфекционная клиническая больница №1 Департамента здравоохранения города Москвы» (ГБУЗ «ИКБ №1 ДЗМ»)

Email: 03bmv@mail.ru
ORCID iD: 0000-0003-3763-697X

к.м.н., главный врач

125310, Москва

Россия

М. В. Харламов

ФБУЗ «Центр гигиены и эпидемиологии в Новгородской области»

Email: info@cgevnov.ru

главный врач

173002, Великий Новгород

Россия

Н. Л. Карпов

ФБУЗ «Центр гигиены и эпидемиологии в Ярославской области»

Email: pautova@fguz.yar.ru

главный врач

150054, Ярославль

Россия

А. В. Шихин

ФБУЗ «Центр гигиены и эпидемиологии в Томской области»

Email: virsesto@mail.tomsknet.ru

главный врач

634012, Томск

Россия

Список литературы

  1. King A.M., Adams M.J., Carstens E.B., Lefkowitz E.J., eds. Virus Taxonomy. London: Academic Press Elsevier; 2012.
  2. Львов Д.К., ред. Руководство по вирусологии. Вирусы и вирусные инфекции человека и животных. М.: МИА; 2013.
  3. WHO. Global Influenza Strategy 2019–2020. Available at: https://apps.who.int/iris/handle/10665/311184.
  4. WHO. Avian and other zoonotic influenza. Available at: http://www.who.int/influenza/human_animal_interface/.
  5. Dawood F.S., Jain S., Finelli L., Shaw M.W., Lindstrom S., Garten R.J., et al. Emergence of a novel swine-origin influenza A(H1N1) virus in humans. N. Engl. J. Med. 2009; 360(25): 2605–15. https://doi.org/10.1056/nejmoa0903810.
  6. Львов Д.К., Альховский С.В., Колобухина Л.В., Бурцева Е.И. Этиология эпидемической вспышки COVID-19 в г. Ухань (провинция Хубэй, Китайская Народная Республика), ассоциированной с вирусом 2019-nCoV (Nodovirales, Coronaviridae, Coronavirinae, Betacoronavirus, подрод Sarbecovirus): уроки эпидемии SARS-CoV. Вопросы вирусологии. 2020; 65(1): 6–15. https://doi.org/10.36233/0507-4088-2020-65-1-6-15.
  7. Львов Д.К., Альховский С.В. Истоки пандемии COVID-19: экология и генетика коронавирусов (Betacoronavirus: Coronaviridae) SARS-CoV, SARS-CoV-2 (подрод Sarbecovirus), MERSCoV (подрод Merbecovirus). Вопросы вирусологии. 2020; 65(2):62–70. https://doi.org/10.36233/0507-4088-2020-65-2-62-70.
  8. Львов Д.К., Бурцева Е.И., Мукашева Е.А., Колобухина Л.В., Трушакова С.В., Бреслав Н.В. и др. Активность вирусов гриппа в сезоне 2017–2018 гг. в России и странах Северного полушария: конфликт по В-вирусному компоненту вакцин. Эпидемиология и вакцинопрофилактика. 2019; 18(3): 13–21. https://doi.org/10.31631/2073-3046-2019-18-3-13-21.
  9. Львов Д.К., Щелканов М.Ю., Бовин Н.В., Малышев Н.А., Чучалин А.Г., Колобухина Л.В. и др. Корреляция между рецепторной специфичностью штаммов пандемического вируса гриппа A(H1N1)pdm09, изолированных в 2009–2011 гг., структурой рецептор-связывающего сайта и вероятностью развития летальной первичной вирусной пневмонии. Вопросы вирусологии. 2012; 57(1): 14–20.
  10. Rogers G.N., Paulson J.C. Receptor determinants of human and animal influenza virus isolates: differences in receptor specificity of the H3 hemagglutinin based on species of origin. Virology. 1983; 127(2): 361–73. https://doi.org/10.1016/0042-6822(83)90150-2.
  11. Zhou B., Donnelly M.E., Scholes D.T., Hatta M., Kawaoka Y., Wentworth D.E. Single-reaction genomic amplification accelerates sequencing and vaccine production for classical and Swine origin human influenza A viruses. J. Virol. 2009; 83(19): 10309–13. https://doi.org/10.1128/JVI.01109-09.
  12. Zhou B., Lin X., Wang W., Halpin R.A., Stockwell T.B., Barr I.G., et al. Universal Influenza B Virus Genomic Amplification Facilitates Sequencing, Diagnostics, and Reverse Genetics. J. Clin. Microbiol. 2014; 52(5): 1330–7. https://doi.org/10.1128/JCM.03265-13.
  13. Tamura K., Stecher G., Peterson D., Filipski A., Kumar S. MEGA6: Molecular Evolutionary Genetics Analysis Version 6.0. Mol. Biol. Evol. 2013; 30(12): 2725–9. https://doi.org/10.1093/molbev/mst197.
  14. Hadfield J., Megill C., Bell S.M., Huddleston J., Potter B., Callender C., et al. Nextstrain: real-time tracking of pathogen evolution. Bioinformatics. 2018; 34(23): 4121–3. https://doi.org/10.1093/bioinformatics/bty407.
  15. Lakdawala S.S., Jayaraman A., Halpin R.A., Lamirande E.W., Shih A.R., Stockwell T.B., et al. The soft palate is an important site of adaptation for transmissible influenza viruses. Nature. 2015; 526(7571): 122–5. https://doi.org/10.1038/nature15379.
  16. Walther T., Karamanska R., Chan R.W., Chan M.C., Jia N., Air G., et al. Glycomic analysis of human respiratory tract tissues and correlation with influenza virus infection. PLoS Pathog. 2013; 9(3):e1003223. https://doi.org/10.1371/journal.ppat.1003223.
  17. Львов Д.К., Богданова В.С., Кириллов И.М., Щелканов М.Ю., Бурцева Е.И., Бовин Н.В. и др. Эволюция пандемического вируса гриппа A(H1N1)pdm09 в 2009–2016 гг.: динамика рецепторной специфичности первой субъединицы гемагглютинина (НА1). Вопросы вирусологии. 2019; 64(2): 63–72. https://doi.org/10.18821/0507-4088-2019-64-2-63-72.
  18. Finkelstein D.B., Mukatira S., Mehta P.K., Obenauer J.C., Su X., Webster R.G., et al. Persistent host markers in pandemic and H5N1 influenza viruses. J. Virol. 2007; 81(19): 10292–9. https://doi.org/10.1128/JVI.00921-07.
  19. Miotto O., Heiny A., Tan T.W., August J.T., Brusic V. Identification of human-to-human transmissibility factors in PB2 proteins of influenza A by large-scale mutual information analysis. BMC Bioinformatics. 2008; 9(Suppl. 1): S18. https://doi.org/10.1186/1471-2105-9-S1-S18.
  20. WHO. Influenza updates. Available at: https://www.who.int/influenza/surveillance_monitoring/updates/.
  21. WHO. FluNet Summary. Available at: https://www.who.int/influenza/gisrs_laboratory/updates/summaryreport/.
  22. Joint ECDC-WHO/Europe weekly influenza updates. Available at: https://www.flunewseurope.org/.
  23. Weekly U.S. Influenza Surveillance Reports (FluView). Available at: https://www.cdc.gov/flu/weekly/index.htm.
  24. Kawaguchi N., Koshimichi H., Wajimer T. Evaluation of drug-drug interaction potential between baloxavir marboxil and oseltamivir in health subjects. Clin. Drug. Investig. 2018; 38(1): 1053–60. https://doi.org/10.1007/s40261-018-0697-2.
  25. Hayden F.G., Sugaya N., Hirotsu N., Lee N., de Jong M.D., Hurt A.C., et al. Baloxavir marboxil for uncomplicated influenza in adults and adolescents. N. Eng. J. Med. 2018; 379(10): 913–23. https://doi.org/10.1056/nejmoa1716197.
  26. FDA prescribing information: XOFLUZATM (baloxavir marboxil) tablets for oral use. Initial U.S. Approval: 2018. Available at: https://www.accessdata.fda.gov/drugsatfda_docs/label/2018/210854s000lbl.pdf.
  27. WHO. Recommended composition of influenza virus vaccines for use in the 2020–2021 northern hemisphere influenza season. Available at: https://www.who.int/influenza/vaccines/virus/recommendations/2020-21_north/.
  28. ВОЗ. Коронавирус Ближневосточного респираторного синдрома (БВРС-КоВ). Available at: https://www.who.int/features/qa/mers-cov/ru/.
  29. ВОЗ. Коронавирус COVID-19. Available at: https://www.who.int/ru/emergencies/diseases/novel-coronavirus-2019.

Дополнительные файлы

Доп. файлы
Действие
1. JATS XML
Скачать

© Львов Д.К., Бурцева Е.И., Колобухина Л.В., Федякина И.Т., Бовин Н.В., Игнатьева А.В., Краснослободцев К.Г., Феодоритова Е.Л., Трушакова С.В., Бреслав Н.В., Меркулова Л.Н., Мукашева Е.А., Хлопова И.Н., Воронина О.Л., Аксёнова Е.И., Кунда М.С., Рыжова Н.Н., Вартанян Н.В., Кистенёва Л.Б., Кириллов И.М., Прошина Е.С., Росаткевич А.Г., Кружкова И.С., Заплатников А.Л., Базарова М.В., Сметанина С.В., Харламов М.В., Карпов Н.Л., Шихин А.В., 2020

Creative Commons License
Эта статья доступна по лицензии Creative Commons Attribution 4.0 International License.

Согласие на обработку персональных данных с помощью сервиса «Яндекс.Метрика»

1. Я (далее – «Пользователь» или «Субъект персональных данных»), осуществляя использование сайта https://journals.rcsi.science/ (далее – «Сайт»), подтверждая свою полную дееспособность даю согласие на обработку персональных данных с использованием средств автоматизации Оператору - федеральному государственному бюджетному учреждению «Российский центр научной информации» (РЦНИ), далее – «Оператор», расположенному по адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А, со следующими условиями.

2. Категории обрабатываемых данных: файлы «cookies» (куки-файлы). Файлы «cookie» – это небольшой текстовый файл, который веб-сервер может хранить в браузере Пользователя. Данные файлы веб-сервер загружает на устройство Пользователя при посещении им Сайта. При каждом следующем посещении Пользователем Сайта «cookie» файлы отправляются на Сайт Оператора. Данные файлы позволяют Сайту распознавать устройство Пользователя. Содержимое такого файла может как относиться, так и не относиться к персональным данным, в зависимости от того, содержит ли такой файл персональные данные или содержит обезличенные технические данные.

3. Цель обработки персональных данных: анализ пользовательской активности с помощью сервиса «Яндекс.Метрика».

4. Категории субъектов персональных данных: все Пользователи Сайта, которые дали согласие на обработку файлов «cookie».

5. Способы обработки: сбор, запись, систематизация, накопление, хранение, уточнение (обновление, изменение), извлечение, использование, передача (доступ, предоставление), блокирование, удаление, уничтожение персональных данных.

6. Срок обработки и хранения: до получения от Субъекта персональных данных требования о прекращении обработки/отзыва согласия.

7. Способ отзыва: заявление об отзыве в письменном виде путём его направления на адрес электронной почты Оператора: info@rcsi.science или путем письменного обращения по юридическому адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А

8. Субъект персональных данных вправе запретить своему оборудованию прием этих данных или ограничить прием этих данных. При отказе от получения таких данных или при ограничении приема данных некоторые функции Сайта могут работать некорректно. Субъект персональных данных обязуется сам настроить свое оборудование таким способом, чтобы оно обеспечивало адекватный его желаниям режим работы и уровень защиты данных файлов «cookie», Оператор не предоставляет технологических и правовых консультаций на темы подобного характера.

9. Порядок уничтожения персональных данных при достижении цели их обработки или при наступлении иных законных оснований определяется Оператором в соответствии с законодательством Российской Федерации.

10. Я согласен/согласна квалифицировать в качестве своей простой электронной подписи под настоящим Согласием и под Политикой обработки персональных данных выполнение мною следующего действия на сайте: https://journals.rcsi.science/ нажатие мною на интерфейсе с текстом: «Сайт использует сервис «Яндекс.Метрика» (который использует файлы «cookie») на элемент с текстом «Принять и продолжить».