THE E-STORY NEVER ENDS

封面

如何引用文章

全文:

开放存取 开放存取
受限制的访问 ##reader.subscriptionAccessGranted##
受限制的访问 订阅存取

详细

In this review article, the functional role of the E-site of the ribosome is discussed in the light of modern structural data. According to traditional concepts, this site is intended only for binding deacylated tRNA (E-tRNA) preceding the dissociation of this molecule from the protein synthesizing complex. Specific contacts of E-tRNA with rRNA of large ribosome subunits from different sources, as well as the sequence of their formation and destruction are considered. The mechanism of translation suppression by inhibitors whose binding site is the E-site of the ribosome is considered. Based on modern data on the localization of aminoacyl-tRNA synthetases (APC) in the immediate vicinity of the ribosome, a hypothesis is formulated that one of the main purposes of the E-site of the ribosome is the modulated preparation of tRNA for the formation of a specific complex with APC, in the form of which it leaves the ribosome.

作者简介

V. Metelev

Lomonosov Moscow State University

119991 Moscow, Russia

A. Bogdanov

Lomonosov Moscow State University; Belozersky Institute of Physico-Chemical Biology, Lomonosov Moscow State University; Shemyakin-Ovchinnikov Institute of Bioorganic Chemistry

Email: bogdanov@belozersky.msu.ru
119991 Moscow, Russia; 119992 Moscow, Russia; 117997 Moscow, Russia

参考

  1. Voorhees, R. M., and Ramakrishnan, V. (2013) Structural basis of the translational elongation cycle, Annu. Rev. Biochem., 82, 203-236, https://doi.org/10.1146/annurev-biochem-113009-092313.
  2. Nierhaus, K. H. (1990) The allosteric 3-Site model for the ribosomal elongation cycle features and future, Biochemistry, 29, 4997-5008, https://doi.org/10.1021/bi00473a001.
  3. Semenkov, Y. P., Rodnina, M. V., and Wintermeyer, W. (1996) The “allosteric three-site model” of elongation cannot be confirmed in a well-defined ribosome system from Escherichia coli, Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 93, 12183-12188, https://doi.org/10.1073/pnas.93.22.12183.
  4. Wilson, D. N., and Nierhaus, K. H. (2006) The E-site story: the importance of maintaining two tRNAs on the ribosome during protein synthesis, Cell. Mol. Life Sci., 63, 2725-2737, https://doi.org/10.1007/s00018-006-6125-4.
  5. Ban, N., Nissen, P., Hansen, J., Moore, P. B., and Steitz, T. A. (2000) The complete atomic structure of the large ribosomal subunit at 2.4 Å resolution, Science, 289, 905-920, https://doi.org/10.1126/science.289.5481.905.
  6. Schluenzen, F., Tocilj, A., Zarivach, R., Harms, J., Gluehmann, M., Janell, D., Bashan, A., Bartels, H., Agmon, I., Franceschi, F., and Yonath, A. (2000) Structure of functionally activated small ribosomal subunit at 3.3 Å resolution, Cell, 102, 615-623, https://doi.org/10.1016/S0092-8674(00)00084-2.
  7. Wimberly, B. T., Brodersen, D. E., Clemons, W. M., Jr., Morgan-Warren, R. J., Carter, A. P., Vonrhein, C., Hartsch, T., and Ramakrishnan, V. (2000) Structure of the 30S ribosomal subunit, Nature, 407, 327-339, https://doi.org/10.1038/35030006.
  8. Yusupov, M. M., Yusupova, G. Z., Baucom, A., Lieberman, K., Earnest, T. N., Cate, J. H., and Noller, H. F. (2001) Crystal structure of the ribosome at 5.5 Å resolution, Science, 292, 883-896, https://doi.org/10.1126/science.1060089.
  9. Frank, J. (2017) Time-resolved cryo-electron microscopy: recent progress, J. Struct. Biol., 200, 303-306, https://doi.org/10.1016/j.jsb.2017.06.005.
  10. Frank, J. (2018) New opportunities created by single-particle cryo-EM: the mapping of conformational space, Biochemistry, 57, 888, https://doi.org/10.1021/acs.biochem.8b00064.
  11. Jobe, A., Liu, Z., Gutierrez-Vargas, C., and Frank, J. (2019) New insights into ribosome structure and function, Cold Spring Harb. Perspect. Biol., 11, a032615, https://doi.org/10.1101/cshperspect.a032615.
  12. Flis, J., Holm, M., Rundlet, E.J., Loerke, J., Hilal, T., Dabrowski, M., Burger, J., Mielke, T., Blanchard, S. C., Spahn, C. M. T., and Budkevich, T. V. (2018) tRNA translocation by the eukaryotic 80S ribosome and the impact of GTP hydrolysis, Cell Rep., 25, 2676-2688, https://doi.org/10.1016/j.celrep.2018.11.040.
  13. Nishima, W., Girodat, D., Holm, M., Rundlet, E. J., Alejo, J. L., Fischer, K., Blanchard, S. C., and Sanbonmatsu, K. Y. (2022) Hyper-swivel head domain motions are required for complete mRNA-tRNA translocation and ribosome resetting, Nucleic Acids Res., 50, 8302-8320, https://doi.org/10.1093/nar/gkac597.
  14. Lodmell, J. S., and Dahlberg, A. E. (1997) A conformational switch in Escherichia coli 16S ribosomal RNA during decoding of messenger RNA, Science, 277, 1262-1267, https://doi.org/10.1126/science.277.5330.1262.
  15. Dorner, S., Brunelle, J. L., Sharma, D., and Green, R. (2006) The hybrid state of tRNA binding is an authentic translation elongation intermediate, Nat. Struct. Mol. Biol., 13, 234-241, https://doi.org/10.1038/nsmb1060.
  16. Noller, H. F., Lancaster, L., Mohan, S., and Zhou, J. (2017) Ribosome structural dynamics in translocation: yet another functional role for ribosomal RNA, Quart. Rev. Biophys., 50, e12, https://doi.org/10.1017/S0033583517000117.
  17. Korostelev, A. A. (2022) The structural dynamics of translation, Annu. Rev. Biochem., 91, 245-267, https://doi.org/10.1146/annurev-biochem-071921-122857.
  18. Lindahl, L. (2024) Ribosome structural changes dynamically affect ribosome function, Int. J. Mol. Sci., 25, 11186, https://doi.org/10.3390/ijms252011186.
  19. Hassan, A., Byju, S., Freitas, F. C., Roc, C., Pender, N., Nguyen, K., Kimbrough, E. M., Mattingly, J. M., Gonzalez, R. L. Jr., Oliveira, R. J., Dunham, C. M., and Whitford, P. C. (2023) Ratchet, swivel, tilt and roll: a complete description of subunit rotation in the ribosome, Nucleic Acids Res., 51, 919-934, https://doi.org/10.1093/nar/gkac1211.
  20. Gao, Y. G., Selmer, M., Dunham, C. M., Weixlbaumer, A., Kelley, A. C., and Ramakrishnan, V. (2009) The structure of the ribosome with elongation factor G trapped in the posttranslocational state, Science, 30, 694-699, https://doi.org/10.1126/science.1179709.
  21. Seely, S. M., Parajuli, N. P., De Tarafder, A., Ge, X., Sanyal, S., and Gagnon, M. G. (2023) Molecular basis of the pleiotropic effects by the antibiotic amikacin on the ribosome, Nat. Commun., 14, 4666-4666, https://doi.org/10.1038/s41467-023-40416-5.
  22. Rundlet, E. J., Holm, M., Schacherl, M., Natchiar, S. K., Altman, R. B., Spahn, C. M. T., Myasnikov, A. G., and Blanchard, S. C. (2021) Structural basis of early translocation events on the ribosome, Nature, 595, 741-745, https://doi.org/10.1038/s41586-021-03713-x.
  23. Mattingly, J. M., Nguyen, H. A., Roy, B., Fredrick, K., and Dunham, C. M. (2024) Structural analysis of noncanonical translation initiation complexes, J. Biol. Chem., 300, 107743, https://doi.org/10.1016/j.jbc.2024.107743.
  24. Mohan, S., and Noller, H. F. (2017) Recuring RNA structural motifs underlie the mechanics of L1 stalk movement, Nat. Commun., 8, 14285, https://doi.org/10.1038/ncomms14285.
  25. Lehmann, J., Jossinet, F., and Gautheret, D. (2013) A universal RNA structural motif docking the elbow of tRNA in the ribosome, RNAse P and T-box leaders, Nucleic Acids Res., 41, 5494-5502, https://doi.org/10.1093/nar/gkt219.
  26. Baulin, E., Metelev, V., and Bogdanov, A. (2020) Base-intercalated and base-wedged stacking elements in 3D-structure of RNA and RNA-protein complexes, Nucleic Acids Res., 48, 8675-8685, https://doi.org/10.1093/nar/gkaa610.
  27. Metelev, V. G., Baulin, E. F., and Bogdanov, A. A. (2023) Multiple non-canonical base-stacking interactions as one of the major determinants of RNA tertiary structure organization, Biochemistry (Moscow), 88, 792-800, https://doi.org/10.1134/S000629792306007X.
  28. Metelev, V. G., Baulin, E. F., and Bogdanov, A. A. (2024) Role of non-canonical stacking interactions of heterocyclic RNA bases in ribosome function, Biochemistry (Moscow), 89, 2252-2262, https://doi.10.1134/S0006297924120137.
  29. Carbone, C. E., Loveland, A. B., Gamper Jr., H. B., Hou, Y. M., Demo, G., and Korostelev, A. A. (2021) Time-resolved cryo-EM visualizes ribosomal translocation with EF-G and GTP, Nat Commun., 12, 7236-7236, https://doi.org/10.1038/s41467-021-27415-0.
  30. Tourigny, D. S., Fernández, I. S., Kelley, A. C., and Ramakrishnan, V. (2013) Elongation factor G bound to the ribosome in an intermediate state of translocation, Science, 28, 1235490, https://doi.org/10.1126/science.1235490.
  31. Lill, R., Lepier, A., Schwagele, F., Sprinzl, M., Vogt, H., and Wintermeyer, W. (1988) Specific recognition of the3′-terminal adenosine of tRNAPhe in the exit site of Escherichia coli ribosomes, J. Mol. Biol., 203, 699-705, https://doi.org/10.1016/0022-2836(88)90203-3.
  32. Moazed, D., and Noller, H. F. (1989) Interaction of tRNA with 23S rRNA in the ribosomal A, P, and E sites, Cell, 19, 585-597, https://doi.org/10.1016/0092-8674(89)90128-1.
  33. Lill, R., Robertson, J. M., and Wintermeyer, W. (1989) Binding of the 3′ terminus of tRNA to 23S RNA in the ribosomal exit site actively promotes translocation, EMBO J., 8, 3933-3938, https://doi.org/10.1002/j.1460-2075.1989.tb08574.x.
  34. Bocchetta, M., Xiong, L., Shah, S., and Mankin, A. S. (2001) Interactions between 23S rRNA and tRNA in the ribosomal E site, RNA, 7, 54-63, https://doi.org/10.1017/s1355838201001650.
  35. Schmeing, T. M., Moore, P. B., and Steitz, T. A. (2003) Structures of deacylated tRNA mimics bound to the E site of the large ribosomal subunit, RNA, 9, 1345-1352, https://doi.org/10.1261/rna.5120503.
  36. Koch, M., Clementi, N., Rusca, N., Vögele, P., Erlacher, M., and Polacek, N. (2015) The integrity of the G2421-C2395 base pair in the ribosomal E-site is crucial for protein synthesis, RNA Biol., 12, 70-81, https://doi.org/10.1080/15476286.2015.1017218.
  37. Sergiev, P. V., Lesnyak, D. V., Kiparisov, S. V., Burakovsky, D. E., Leonov, A. A., Bogdanov, A. A., Brimacombe, R., and Dontsova, O. A. (2005) Function of the ribosomal E-site: a mutagenesis study, Nucleic Acids Res., 33, 6048-6056, https://doi.org/10.1093/nar/gki910.
  38. Watson, Z. L., Ward, F. R., Méheust, R., Ad, O., Schepartz, A., Banfield, J. F., and Cate, J. H. (2020) Structure of the bacterial ribosome at 2 Å resolution, Elife, 9, e60482, https://doi.org/10.7554/eLife.60482.
  39. Wilson, D. N. (2014) Ribosome-targeting antibiotics and bacterial resistance mechanisms, Nat. Rev. Microbiol., 12, 35-48, https://doi.org/10.1038/nrmicro3155
  40. Dmitriev, S. E., Vladimirov, D. O., and Lashkevich, K. A. (2020) A quick guide to small-molecule inhibitors of eukaryotic protein synthesis, Biochemistry (Moscow), 85, 1389-1421, 10.1134/S0006297920110097' target='_blank'>https://doi: 10.1134/S0006297920110097.
  41. Safdari, H. A., Morici, M., Sanchez-Castro, A., Dallapè, A., Paternoga, H., Giuliodori, A. M., Fabbretti, A., Milón, P., and Wilson, D. N. (2025) The translation inhibitors kasugamycin, edeine and GE81112 target distinct steps during 30S initiation complex formation, Nat. Commun., 16, 2470, https://doi.org/10.1038/s41467-025-57731-8.
  42. Polikanov, Y. S., Osterman, I. A., Szal, T., Tashlitsky, V. N., Serebryakova, M. V., Kusochek, P., Bulkley, D., Malanicheva, I. A., Efimenko, T. A., Efremenkova, O. V., Konevega, A. L., Shaw, K. J., Bogdanov, A. A., Rodnina, M. V., Dontsova, O. A., Mankin, A. S., Steitz, T. A., and Sergiev, P. V. (2014) Amicoumacin A inhibits translation by stabilizing mRNA interaction with the ribosome, Mol. Cell, 56, 531-540, https://doi.org/10.1016/j.molcel.2014.09.020.
  43. Maksimova, E. M., Vinogradova, D. S., Osterman, I. A., Kasatsky, P. S., Nikonov, O. S., Milón, P., Dontsova, O. A., Sergiev, P. V., Paleskava, A., and Konevega, A. L. (2021) Multifaceted mechanism of amicoumacin A inhibition of bacterial translation front, Microbiol., 12, 8857, https://doi.org/10.3389/fmicb.2021.618857.
  44. Prokhorova, I. V., Akulich, K. A., Makeeva, D. S., Osterman, I. A., Skvortsov, D. A., Sergiev, P. V., Dontsova, O. A., Yusupova, G., Yusupov, M. M., and Dmitriev, S. E. (2016) Amicoumacin A induces cancer cell death by targeting the eukaryotic ribosome, Sci Rep., 6, 27720, https://doi.org/10.1038/srep27720.
  45. Schneider-Poetsch, T., Ju, J., Eyler, D. E., Dang, Y., Bhat, S., Merrick, W. C., Green, R., Shen, B., and Liu, J. O. (2010) Inhibition of eukaryotic translation elongation by cycloheximide and lactimidomycin, Nat Chem Biol., 6, 209-217, https://doi.org/10.1038/nchembio.304.
  46. Zgadzay, Y., Kolosova, O., Stetsenko, A., Wu, C., Bruchlen, D., Usachev, K., Validov, S., Jenner, L., Rogachev, A., Yusupova, G., Sachs, M. S., Guskov, A., and Yusupov, M. (2022) E-site drug specificity of the human pathogen ribosome, Sci. Adv., 8, eabn1062, https://doi.org/10.1126/sciadv.abn1062.
  47. Shen, L. D., Su, Z. M., Yang, K. L., Wu, C., Becker, T., Bell-Pedersen, D., Zhang, J. J., and Sachs, M. S. (2021) Structure of the translating Neurospora ribosome arrested by cycloheximide, Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 118, e2111862118, https://doi.org/10.1073/pnas.2111862118.
  48. Goldstein, M., Wang, Y., Byju, S., Mohanty, U., and Whitford, P. S. (2025) Characterization of a potential antibiotic target site on the ribosome, bioRxiv, https://doi.org/10.1101/2025.05.02.651724.
  49. Wright, G., Kaur, M., Travin, D., Berger, M., Jangra, M., Morici, M., Safdari, H. A., Klepacki, D., Wang, W., Cook, M., Chou, S., Guitor, A., Koteva, K., Xu, M., Ejim, L., Macneil, L., Vázquez-Laslop, N., Mankin, A., and Wilson, D. (2025) A natural depsipeptide antibiotic that targets the E site of the bacteria ribosome, Res. Sq., https://doi.org/10.21203/rs.3.rs-6925047/v1.
  50. Golubev, A. A., Validov, Sh. Z., Usachev, K. S., and Yusupov, M. M. (2019) Elongation factor P: new mechanisms of function and an evolutionary diversity of translation regulation, Mol. Biol., 53, 501-512, https://doi.org/10.1134/S0026893319040034.
  51. Blaha, G. R., Stanley, R. E., and Steitz, T. A. (2009) Formation of the first peptide bond: the structure of EF-P bound to the 70S ribosome, Science, 325, 966-970, https://doi.org/10.1126/science.1175800.
  52. Wiechert, F., Unbehaun, A., Sprink, Th., Seibel, H., Bürger, J., Loerke, J., Mielke, Th., Diebolder, C., Schacherl, M., and Spahn, C. (2025) Visualizing the modification landscape of the human 60S ribosomal subunit at close to atomic resolution, Nucleic Acids Res., 53, gkae1191, https://doi.org/10.1093/nar/gkae1191.
  53. Li, L., Rybak, M. Y., Lin, J., and Gagnon, M. G. (2024) The ribosome termination complex remodels release factor RF3 and ejects GDP, Nat. Struct. Mol. Biol., 31, 1909-1920, https://doi.org/10.1038/s41594-024-01360-0.
  54. Loveland, A. B., Koh, C. S., Ganesan, R., Jacobson, A., and Korostelev, A. A. (2024) Structural mechanism of angiogenin activation by the ribosome, Nature, 630, 769-776, https://doi.org/10.1038/s41586-024-07508-8.
  55. Simsek, D., Tiu, D. C., Flynn, R. A., Byeon, G. W., Leppek, K., Xu, A. F., Chang, H.Y., and Barna, M. (2017) The mammalian ribo-interactome reveals ribosome functional diversity and heterogeneity, Cell, 169, 1051-1065.e18, https://doi.org/10.1016/j.cell.2017.05.022.
  56. Irvin, J. D., and Hardesty, B. (1972) Binding of aminoacyl transfer ribonucleic acid synthetases to ribosomes from rabbit reticulocytes, Biochemistry, 11, 1915-1920, https://doi.org/10.1021/bi00760a028.
  57. Raina, M., Elgamal, S., Santangelo, T. J., and Ibba, M. (2012) Association of a multi-synthetase complex with translating ribosomes in the archaeon Thermococcus kodakarensis, FEBS Lett., 586, 2232-2238, https://doi.org/10.1016/j.febslet.2012.05.039.
  58. Godinic-Mikulcic, V., Jaric, J., Greber, B. J., Franke, V., Hodnik, V., Anderluh, G., Ban, N., and Weygand-Durasevic, I. (2014) Archaeal aminoacyl-tRNA synthetases interact with the ribosome to recycle tRNAs, Nucleic Acids Res., 42, 5191-5201, https://doi.org/10.1093/nar/gku164.
  59. Mleczko, A. M., Celichowski, P., and Bakowska-Zywicka, K. (2018) Transfer RNA-derived fragments target and regulate ribosome-associated aminoacyl-transfer RNA synthetases, Biochim. Biophys. Acta, 1862, 647-656, https://doi.org/10.1016/j.bbagrm.2018.06.001.
  60. Gómez Ramos, L. M., Smeekens, J. M., Kovacs, N. A., Bowman, J. C., Wartell, M., Wu, R., and Williams, L. D. (2016) Yeast rRNA expansion segments: folding and function, J. Mol. Biol., 428, 4048-4059, https://doi.org/10.1016/j.jmb.2016.08.008.
  61. Ibba, M., and Soll, D. (2000) Aminoacyl-tRNA synthesis, Annu. Rev. Biochem., 69, 617-650, https://doi.org/10.1146/annurev.biochem.69.1.617.

补充文件

附件文件
动作
1. JATS XML
下载

版权所有 © Russian Academy of Sciences, 2025

Согласие на обработку персональных данных с помощью сервиса «Яндекс.Метрика»

1. Я (далее – «Пользователь» или «Субъект персональных данных»), осуществляя использование сайта https://journals.rcsi.science/ (далее – «Сайт»), подтверждая свою полную дееспособность даю согласие на обработку персональных данных с использованием средств автоматизации Оператору - федеральному государственному бюджетному учреждению «Российский центр научной информации» (РЦНИ), далее – «Оператор», расположенному по адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А, со следующими условиями.

2. Категории обрабатываемых данных: файлы «cookies» (куки-файлы). Файлы «cookie» – это небольшой текстовый файл, который веб-сервер может хранить в браузере Пользователя. Данные файлы веб-сервер загружает на устройство Пользователя при посещении им Сайта. При каждом следующем посещении Пользователем Сайта «cookie» файлы отправляются на Сайт Оператора. Данные файлы позволяют Сайту распознавать устройство Пользователя. Содержимое такого файла может как относиться, так и не относиться к персональным данным, в зависимости от того, содержит ли такой файл персональные данные или содержит обезличенные технические данные.

3. Цель обработки персональных данных: анализ пользовательской активности с помощью сервиса «Яндекс.Метрика».

4. Категории субъектов персональных данных: все Пользователи Сайта, которые дали согласие на обработку файлов «cookie».

5. Способы обработки: сбор, запись, систематизация, накопление, хранение, уточнение (обновление, изменение), извлечение, использование, передача (доступ, предоставление), блокирование, удаление, уничтожение персональных данных.

6. Срок обработки и хранения: до получения от Субъекта персональных данных требования о прекращении обработки/отзыва согласия.

7. Способ отзыва: заявление об отзыве в письменном виде путём его направления на адрес электронной почты Оператора: info@rcsi.science или путем письменного обращения по юридическому адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А

8. Субъект персональных данных вправе запретить своему оборудованию прием этих данных или ограничить прием этих данных. При отказе от получения таких данных или при ограничении приема данных некоторые функции Сайта могут работать некорректно. Субъект персональных данных обязуется сам настроить свое оборудование таким способом, чтобы оно обеспечивало адекватный его желаниям режим работы и уровень защиты данных файлов «cookie», Оператор не предоставляет технологических и правовых консультаций на темы подобного характера.

9. Порядок уничтожения персональных данных при достижении цели их обработки или при наступлении иных законных оснований определяется Оператором в соответствии с законодательством Российской Федерации.

10. Я согласен/согласна квалифицировать в качестве своей простой электронной подписи под настоящим Согласием и под Политикой обработки персональных данных выполнение мною следующего действия на сайте: https://journals.rcsi.science/ нажатие мною на интерфейсе с текстом: «Сайт использует сервис «Яндекс.Метрика» (который использует файлы «cookie») на элемент с текстом «Принять и продолжить».