Deuterium Substitution and Charge Retention in Ions of Organic and Bioorganic Compounds. Part 2. Apamin Complex

Cover Page

Cite item

Full Text

Open Access Open Access
Restricted Access Access granted
Restricted Access Subscription Access

Abstract

The correspondence between the mass spectral components obtained by the separation of hydrogen/deuterium exchange (HDX) mass spectra of multiply charged ions of the apamin complex and specific structural forms of these ions has been confirmed. As in the case of apamin, the separation method is based on the best approximation of HDX mass spectra of multiply charged ions by a linear combination of several H/D/z peak distributions. These distributions assume independent replacement of exchangeable hydrogen atoms with deuterium and independent retention of z charge carriers. Based on the analysis of the complete set of HDX data for the apamin complex, including cases where the spectra of ions with certain charges were excluded, it is shown that the ion charge has no significant effect on the HDX processes of the major components (with contributions above 3%) during residual deuterium exchange in the apamin complex. In the presence of an ND3 gas flow, the observed changes for ions with different charges are minor and affect only the contributions of the major HDX mass spectral components, without taking into account the presence and localization of minor components with contributions below 10%.

About the authors

V. V. Raznikov

Semenov Federal Research Center for Chemical Physics, Russian Academy of Sciences

Email: raznikova.mari@yandex.ru
Moscow, Russia

M. O. Raznikova

Federal Research Center of Problems of Chemical Physics and Medicinal Chemistry, Russian Academy of Sciences

Email: raznikova.mari@yandex.ru
Chernogolovka, Russia

A. V. Chudinov

Semenov Federal Research Center for Chemical Physics, Russian Academy of Sciences

Email: raznikova.mari@yandex.ru
Moscow, Russia

I. V. Sulimenkov

Semenov Federal Research Center for Chemical Physics, Russian Academy of Sciences

Author for correspondence.
Email: raznikova.mari@yandex.ru
Moscow, Russia

References

  1. Dodonov A.F., Chernushevich I.V., Dodonova T.F., Raznikov V.V., Talroze V.L. Method of mass spectrometric analysis by time of flight of a continuous ion beam: А.C. 1681340. USSR // B.I.1991 № 236.
  2. Dodonov A.F., Kozlovski V.I., Soulimenkov I.V. et al. // Eur. J. Mass Spectrom. 2000. V. 6. № 6. P. 481. https://doi.org/10.1255/ejms.378
  3. Raznikov V.V., Raznikova M.O., Sulimenkov I.V., Zelenov V.V. // Anal. Bioanal. Chem. 2023. V. 415. № 12. P. 2193. https://doi.org/10.1007/s00216-023-04625-7
  4. Raznikov V.V., Raznikova M.O., Sulimenkov I.V., Zelenov V.V. // Mass-Spectrometry. 2023. V. 20. № 2. P. 77. https://doi.org/10.25703/MS.2023.20.08
  5. Raznikov V.V., Raznikova M.O., Pridatchenko M.L. // Mass-Spectrometry. 2016. V. 13. № 2. P. 124.
  6. Kuzmenkov A.I., Peigneur S., Nasburg J.A. et al. // Front. Pharmacol. 2022. V. 13. 977440. https://doi.org/10.3389/fphar.2022.977440
  7. Kramer G. Mathematical Methods of Statistics. Moscow: Mir, 1975.
  8. Abzalimov R.R., Kaltashov I.A. // J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2006. V. 17. № 11. P. 1543. https://doi.org/10.1016/j.jasms.2006.07.017
  9. Shishkina L.N., Kozlov M.V., Konstantinova T.V., Smirnova A.N., Shvydkiy V.O. // Russ. J. Phys. Chem. B. 2023. V. 17. № 1. P. 141. https://doi.org/10.1134/S1990793123010104
  10. Smirnova A.N., Shvydkiy V.O., Shishkina L.N. // Russ. J. Phys. Chem. B. 2021. V. 15. № 4. P. 710. https://doi.org/10.1134/S1990793121040102
  11. Stepanov V.M. Molecular biology. Structure and functions of proteins. Moscow: Nauka, 2005.
  12. Shaitan K.V. // Russ. J. Phys. Chem. B. 2023. V. 17. № 3. P. 550. https://doi.org/10.1134/s1990793123030259
  13. Moskalenko I.V., Tikhonov I.V. // Russ. J. Phys. Chem. B. 2022. V. 16. № 4. P. 602. https://doi.org/10.1134/S1990793122040121
  14. Raznikov V.V., Pikhtelev A.R., Dodonov A.F., Raznikova M.O. // Rapid Commun. Mass Spectrom. 2001. V. 15. № 8. P. 570.
  15. Yakovleva M.A., Radchenko A.S., Kostyukov A.A. et al. // Russ. J. Phys. Chem. B. 2022. V. 16. № 1. P. 90. https://doi.org/10.1134/S199079312201033X
  16. Vasilieva A.D., Yurina L.V., Azarova D.Y. et al. // Russ. J. Phys. Chem. B. 2022. V. 16. № 1. P. 118. https://doi.org/10.1134/S1990793122010316
  17. Zelenov V.V., Aparina E.V. // Russ. J. Phys. Chem. B. 2024. V. 18. № 3. P. 821. https://doi.org/10.1134/S1990793124700246
  18. Eganov A.A., Kardonsky D.A., Sulimenkov I.V. et al. // Russ. J. Phys. Chem. B. 2023. V. 17. № 2. P. 503. https://doi.org/10.1134/S1990793123020240

Supplementary files

Supplementary Files
Action
1. JATS XML
Download

Copyright (c) 2025 Russian Academy of Sciences

Согласие на обработку персональных данных с помощью сервиса «Яндекс.Метрика»

1. Я (далее – «Пользователь» или «Субъект персональных данных»), осуществляя использование сайта https://journals.rcsi.science/ (далее – «Сайт»), подтверждая свою полную дееспособность даю согласие на обработку персональных данных с использованием средств автоматизации Оператору - федеральному государственному бюджетному учреждению «Российский центр научной информации» (РЦНИ), далее – «Оператор», расположенному по адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А, со следующими условиями.

2. Категории обрабатываемых данных: файлы «cookies» (куки-файлы). Файлы «cookie» – это небольшой текстовый файл, который веб-сервер может хранить в браузере Пользователя. Данные файлы веб-сервер загружает на устройство Пользователя при посещении им Сайта. При каждом следующем посещении Пользователем Сайта «cookie» файлы отправляются на Сайт Оператора. Данные файлы позволяют Сайту распознавать устройство Пользователя. Содержимое такого файла может как относиться, так и не относиться к персональным данным, в зависимости от того, содержит ли такой файл персональные данные или содержит обезличенные технические данные.

3. Цель обработки персональных данных: анализ пользовательской активности с помощью сервиса «Яндекс.Метрика».

4. Категории субъектов персональных данных: все Пользователи Сайта, которые дали согласие на обработку файлов «cookie».

5. Способы обработки: сбор, запись, систематизация, накопление, хранение, уточнение (обновление, изменение), извлечение, использование, передача (доступ, предоставление), блокирование, удаление, уничтожение персональных данных.

6. Срок обработки и хранения: до получения от Субъекта персональных данных требования о прекращении обработки/отзыва согласия.

7. Способ отзыва: заявление об отзыве в письменном виде путём его направления на адрес электронной почты Оператора: info@rcsi.science или путем письменного обращения по юридическому адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А

8. Субъект персональных данных вправе запретить своему оборудованию прием этих данных или ограничить прием этих данных. При отказе от получения таких данных или при ограничении приема данных некоторые функции Сайта могут работать некорректно. Субъект персональных данных обязуется сам настроить свое оборудование таким способом, чтобы оно обеспечивало адекватный его желаниям режим работы и уровень защиты данных файлов «cookie», Оператор не предоставляет технологических и правовых консультаций на темы подобного характера.

9. Порядок уничтожения персональных данных при достижении цели их обработки или при наступлении иных законных оснований определяется Оператором в соответствии с законодательством Российской Федерации.

10. Я согласен/согласна квалифицировать в качестве своей простой электронной подписи под настоящим Согласием и под Политикой обработки персональных данных выполнение мною следующего действия на сайте: https://journals.rcsi.science/ нажатие мною на интерфейсе с текстом: «Сайт использует сервис «Яндекс.Метрика» (который использует файлы «cookie») на элемент с текстом «Принять и продолжить».