Deuterium substitution and charge retention in ions of organic and bioorganic compounds. Part 1. Apamin

Capa

Citar

Texto integral

Acesso aberto Acesso aberto
Acesso é fechado Acesso está concedido
Acesso é fechado Somente assinantes

Resumo

This work continues the development of a new method for detecting different structural forms of biomolecules or organic compounds by analyzing hydrogen/deuterium exchange mass spectra of multiply charged (z > 1) or singly charged (z = 1) ions. The method is based on the best approximation of experimental mass spectra obtained by electrospray ionization of electrolyte solutions using a linear combination of several H/D/z distributions, assuming independent substitution of exchangeable hydrogen atoms with deuterium and independent retention of a certain number of charge carriers. The method is tested using apamin, an 18-amino acid polypeptide with a molecular mass of about 2025.886 Da. The relation between the obtained mass spectral components and the structural forms of apamin formed during hydrogen/deuterium exchange is analyzed. The comparison is made for conditions with and without the addition of ND3-containing gas.

Sobre autores

V. Raznikov

Semenov Federal Research Center for Chemical Physics, Russian Academy of Sciences

Email: raznikova.mari@yandex.ru
Moscow, Russia

M. Raznikova

Federal Research Center of Problems of Chemical Physics and Medicinal Chemistry, Russian Academy of Sciences

Email: raznikova.mari@yandex.ru
Chernogolovka, Russia

A. Pihtelev

Semenov Federal Research Center for Chemical Physics, Russian Academy of Sciences

Email: raznikova.mari@yandex.ru
Moscow, Russia

S. Filatov

Semenov Federal Research Center for Chemical Physics, Russian Academy of Sciences

Email: raznikova.mari@yandex.ru
Moscow, Russia

I. Sulimenkov

Semenov Federal Research Center for Chemical Physics, Russian Academy of Sciences

Autor responsável pela correspondência
Email: raznikova.mari@yandex.ru
Moscow, Russia

Bibliografia

  1. Kaltashov I.A., Abzalimov R.R. // J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2008. V. 19. № 8. P. 1239. https://doi.org/10.1016/j.jasms.2008.05.018
  2. Frimpong A.K., Abzalimov R.R., Uversky V.N., Kaltashov I.A. // Proteins. 2010. V. 78. № 3. P. 714. https://doi.org/10.1002/prot.22604
  3. Raznikova M.O., Raznikov V.V. // Khim. Fizika. 2001. V. 20. № 4. P. 13.
  4. Raznikov V.V., Raznikova M.O., Sulimenkov I.V. // Anal. Bioanal. Chem. 2019. V. 411. № 24. P. 6409. https://doi.org/10.1007/s00216-019-02019-2
  5. Stepanov V.M. Molecular biology. Structure and functions of proteins. Moscow: Nauka, 2005.
  6. Masson G.R., Burke J.E., Ahn N.G. et al. // Nature Methods. 2019. V. 596. P. 595. https://doi.org/10.1038/s41592-019-0459-y
  7. Abzalimov R.R., Kaltashov I.A. // J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2006. V. 17. № 11. P. 1543. https://doi.org/10.1016/j.jasms.2006.07.017.
  8. Xiao H., Hoerner J.K., Eyles S.J. et al. // Protein Sci. 2005. V. 14. № 2. P. 543. https://doi.org/10.1110/ps.041001705
  9. Kostyukevich Y., Acter T., Zherebker A. et al. // Mass Spectrom. Rev. 2018. V. 37. № 6. P. 1. https://doi.org/10.1002/mas.21565
  10. Raznikova M.O., Raznikov V.V. // Khim. Fizika. 2005. V. 24. № 1. P. 13.
  11. Raznikov V.V., Raznikova M.O. // Eur. J. Mass Spectrom. 2009. V. 15. P. 367.
  12. Raznikova M.O., Raznikov V.V. // Molecular Biology. 2015. V. 49. № 5. P. 728. https://doi.org/10.1134/S0026893315050143
  13. Raznikova M.O., Raznikov V.V. // Russ. J. Phys. Chem. B. 2018. V. 12. № 2. P. 271. https://doi.org/10.1134/S1990793118020252
  14. Raznikov V.V., Raznikova M.O., Pridatchenko M.L. // Mass-Spectrometry. 2016. V.13. № 2. P. 124.
  15. Raznikov V.V., Zelenov V.V., Aparina E.V., Sulimenkov I.V., Raznikova M.O. // Mass-Spectrometry. 2020. V. 17. №. 2. P. 103. https://doi.org/10.25703/MS.2020.17.26
  16. Kostyukevich Y., Kononikhin A., Popov I., Nikolaev E. // Anal. Chem. 2013. V. 85. P. 5330. https://doi.org/10.1021/ac4006606
  17. Dodonov A.F., Kozlovski V.I., Soulimenkov I.V. et al. // Eur. J. Mass Spectrom. 2000. V. 6. № 6. P. 481. https://doi.org/10.1255/ejms.378
  18. Raznikov V.V., Raznikova M.O., Sulimenkov I.V., Zelenov V.V. // Anal. Bioanal. Chem. 2023. V.415. № 12. P.2193. https://doi.org/10.1007/s00216-023-04625-7
  19. Dempsey C.E. // Biochemistry. 1986. V. 25. P. 3904. https://doi.org/10.1021/bi00361a025
  20. Suvorina M.Y., Surin A.K., Dovidchenko N.V., Lobanov M.Y., Galzitskaya O.V. // Biochemistry (Moscow). 2012. V. 77. P. 616. https://doi.org/10.1134/S0006297912060089
  21. Wang F, Tang X. // Biochemistry. 1996. V.35. P. 4069. https://doi.org/10.1021/bi9521304
  22. Kramer G. Mathematical Methods of Statistics. Moscow: Mir, 1975.
  23. Raznikov V.V., Raznikova M.O. // Int. J. Mass Spectrom. Ion Processes. 1985. V.63. P. 157. https://doi.org/10.1016/0168-1176(85)80023-9
  24. Raznikov V.V., Raznikova M.O. // Int. J. Mass Spectrom. Ion Processes. 1991. V.103. P. 67. https://doi.org/10.1016/0168-1176(91)80079-3
  25. Dubovitskii V.A., Irzhak V.I. // Polym. Sci. B. 2005. V.47. № 1. P. 22.
  26. Kuzmenkov A.I., Peigneur S., Nasburg J.A. et al. // Front. Pharmacol. 2022. V. 13. 977440. https://doi.org/10.3389/fphar.2022.977440
  27. Raznikov V.V., Raznikova M.O., Sulimenkov I.V., Zelenov V.V. // Mass-Spectrometry. 2023. V. 20. № 2. P. 77. https://doi.org/10.25703/MS.2023.20.08
  28. Chen S.H., Russell D.H. // J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2015. V. 26. № 9. P. 1433. https://doi.org/10.1007/s13361-015-1191-1
  29. Purves R.W., Barnett D.A., Guevremont R. // Int. J. Mass Spectrom. 2000. V. 197. P. 163. https://doi.org/10.1016/S1387-3806(99)00240-7
  30. Moskalenko I.V., Tikhonov I.V. // Russ. J. Phys. Chem. B. 2022. V. 16. № 4. P. 602. https://doi.org/10.1134/S1990793122040121
  31. Shaitan K.V. // Russ. J. Phys. Chem. B. 2023. V. 17. № 3. P. 550. https://doi.org/10.1134/s1990793123030259
  32. Shishkina L.N., Kozlov M.V., Konstantinova T.V., Smirnova A.N., Shvydkiy V.O. // Russ. J. Phys. Chem. B. 2023. V. 17. № 1. P. 141. https://doi.org/10.1134/S1990793123010104
  33. Smirnova A.N., Shvydkiy V.O., Shishkina L.N. // Russ. J. Phys. Chem. B. 2021. V. 15. № 4. P. 710. https://doi.org/10.1134/S1990793121040102
  34. Yakovleva M.A., Radchenko A.S., Kostyukov A.A. et al. // Russ. J. Phys. Chem. B. 2022. V. 16. № 1. P. 90. https://doi.org/10.1134/S199079312201033X
  35. Vasilieva A.D., Yurina L.V., Azarova D.Y. et al. // Russ. J. Phys. Chem. B. 2022. V. 16. № 1. P. 118. https://doi.org/10.1134/S1990793122010316
  36. Zelenov V.V., Aparina E.V. // Russ. J. Phys. Chem. B. 2024. V. 18. № 3. P. 821. https://doi.org/10.1134/S199079312470024

Arquivos suplementares

Arquivos suplementares
Ação
1. JATS XML
Baixar

Declaração de direitos autorais © Russian Academy of Sciences, 2025

Согласие на обработку персональных данных с помощью сервиса «Яндекс.Метрика»

1. Я (далее – «Пользователь» или «Субъект персональных данных»), осуществляя использование сайта https://journals.rcsi.science/ (далее – «Сайт»), подтверждая свою полную дееспособность даю согласие на обработку персональных данных с использованием средств автоматизации Оператору - федеральному государственному бюджетному учреждению «Российский центр научной информации» (РЦНИ), далее – «Оператор», расположенному по адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А, со следующими условиями.

2. Категории обрабатываемых данных: файлы «cookies» (куки-файлы). Файлы «cookie» – это небольшой текстовый файл, который веб-сервер может хранить в браузере Пользователя. Данные файлы веб-сервер загружает на устройство Пользователя при посещении им Сайта. При каждом следующем посещении Пользователем Сайта «cookie» файлы отправляются на Сайт Оператора. Данные файлы позволяют Сайту распознавать устройство Пользователя. Содержимое такого файла может как относиться, так и не относиться к персональным данным, в зависимости от того, содержит ли такой файл персональные данные или содержит обезличенные технические данные.

3. Цель обработки персональных данных: анализ пользовательской активности с помощью сервиса «Яндекс.Метрика».

4. Категории субъектов персональных данных: все Пользователи Сайта, которые дали согласие на обработку файлов «cookie».

5. Способы обработки: сбор, запись, систематизация, накопление, хранение, уточнение (обновление, изменение), извлечение, использование, передача (доступ, предоставление), блокирование, удаление, уничтожение персональных данных.

6. Срок обработки и хранения: до получения от Субъекта персональных данных требования о прекращении обработки/отзыва согласия.

7. Способ отзыва: заявление об отзыве в письменном виде путём его направления на адрес электронной почты Оператора: info@rcsi.science или путем письменного обращения по юридическому адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А

8. Субъект персональных данных вправе запретить своему оборудованию прием этих данных или ограничить прием этих данных. При отказе от получения таких данных или при ограничении приема данных некоторые функции Сайта могут работать некорректно. Субъект персональных данных обязуется сам настроить свое оборудование таким способом, чтобы оно обеспечивало адекватный его желаниям режим работы и уровень защиты данных файлов «cookie», Оператор не предоставляет технологических и правовых консультаций на темы подобного характера.

9. Порядок уничтожения персональных данных при достижении цели их обработки или при наступлении иных законных оснований определяется Оператором в соответствии с законодательством Российской Федерации.

10. Я согласен/согласна квалифицировать в качестве своей простой электронной подписи под настоящим Согласием и под Политикой обработки персональных данных выполнение мною следующего действия на сайте: https://journals.rcsi.science/ нажатие мною на интерфейсе с текстом: «Сайт использует сервис «Яндекс.Метрика» (который использует файлы «cookie») на элемент с текстом «Принять и продолжить».