Фактор рибонуклеопротеиновых комплексов Ybx1 стабилизирует материнскую мРНК гена ssx2ip, кодирующего белок созревания центросом, в эмбриональном развитии лягушки Xenopus laevis

Обложка

Цитировать

Полный текст

Открытый доступ Открытый доступ
Доступ закрыт Доступ предоставлен
Доступ закрыт Только для подписчиков

Аннотация

Данная работа – продолжение наших исследований механизмов регуляции экспрессии генов раннего развития с использованием модельного организма – эмбрионов лягушки Xenopus laevis. Ранее мы обнаружили, что материнская мРНК двух важных для развития генов – pou5f3 (ген фактора плюрипотентности семейства) и rxrg (ген ядерного рецептора ретиноевой кислоты) – образует комплексы с белком рибонуклеопротеиновых комплексов Ybx1, который стабилизирует эти мРНК. В настоящей работе мы показали, что стабильность материнской мРНК ssx2ip, кодирующей консервативный белок Ssx2ip (известный также как Msd1 или ADIP, компонент созревания центросом), также регулируется РНК-связывающим фактором Ybx1. В частности, мы выяснили, что Ybx1 образует рибонуклеопротеиновый комплекс с мРНК ssx2ip, в котором участвует домен холодового шока (CSD) фактора Ybx1. Полученные результаты подтверждают предложенную нами гипотезу о селективном связывании фактора Ybx1 c материнскими транскриптами и открывают возможности для поиска возможных цис-мотивов для узнавания транс-регуляторами, подобными Ybx1, что важно для изучения подобных механизмов регуляции генной экспрессии.

Полный текст

Доступ закрыт

Об авторах

Е. А. Паршина

ФГБУН “Институт биоорганической химии им. акад. М.М. Шемякина и Ю.А. Овчинникова” РАН

Email: martnat61@gmail.com
Россия, 117997 Москва, ул. Миклухо-Маклая, 16/10

А. Г. Зарайский

ФГБУН “Институт биоорганической химии им. акад. М.М. Шемякина и Ю.А. Овчинникова” РАН

Email: martnat61@gmail.com
Россия, 117997 Москва, ул. Миклухо-Маклая, 16/10

Н. Ю. Мартынова

ФГБУН “Институт биоорганической химии им. акад. М.М. Шемякина и Ю.А. Овчинникова” РАН

Автор, ответственный за переписку.
Email: martnat61@gmail.com
Россия, 117997 Москва, ул. Миклухо-Маклая, 16/10

Список литературы

  1. Sun J., Yan L., Shen W., Meng A. // Development. 2018. V. 145. P. dev166587. https://doi.org/10.1242/dev.166587
  2. Abrams E.W., Mullins M.C. // Curr. Opin. Genet. Dev. 2009. V. 19. P. 396–403. https://doi.org/10.1016/j.gde.2009.06.002
  3. Bazzini A.A., Del Viso F., Moreno-Mateos M.A., Johnstone T.G., Vejnar C.E., Qin Y., Yao J., Khokha M.K., Giraldez A.J. // EMBO J. 2016. V. 35. P. 2087–2103. https://doi.org/10.15252/embj.201694699
  4. Chen J., Torcia S., Xie F., Lin C.J., Cakmak H., Franciosi F., Horner K., Onodera C., Song J.S., Cedars M.I., Ramalho-Santos M., Conti M. // Nat. Cell. Biol. 2013. V. 15. P. 1415–1423. https://doi.org/10.1038/ncb2873
  5. Miao L., Yuan Y., Cheng F., Fang J., Zhou F., Ma W., Jiang Y., Huang X., Wang Y., Shan L., Chen D., Zhang J. // Development. 2017. V. 144. P. 128–138. https://doi.org/10.1242/dev.144642
  6. Sha Q.Q., Dai X.X., Dang Y., Tang F., Liu J., Zhang Y.L., Fan H.Y. // Development. 2017. V. 144. P. 452–463. https://doi.org/10.1242/dev.144410
  7. Tadros W., Goldman A.L., Babak T., Menzies F., Vardy L., Orr-Weaver T., Hughes T.R., Westwood J.T., Smibert C.A., Lipshitz H.D. // Dev. Cell. 2007. V. 12. P. 143–155. https://doi.org/10.1016/j.devcel.2006.10.005
  8. Winata C.L., Łapiński M., Pryszcz L., Vaz C., Bin Ismail M.H., Nama S., Hajan H.S., Lee S.G.P., Korzh V., Sampath P., Tanavde V., Mathavan S. // Development. 2018. V. 145. P. dev159566. https://doi.org/10.1242/dev.159566
  9. Giraldez A.J., Mishima Y., Rihel J., Grocock R.J., Van Dongen S., Inoue K., Enright A.J., Schier A.F. // Science. 2006. V. 312. P. 75–79. https://doi.org/10.1126/science.112268910
  10. Evdokimova V., Ruzanov P., Imataka H., Raught B., Svitkin Y., Ovchinnikov L.P., Sonenberg N. // EMBO J. 2001. V. 20. P. 5491–5502. https://doi.org/10.1093/emboj/20.19.5491
  11. Medvedev S., Pan H., Schultz R.M. // Biol. Reprod. 2011. V. 85. P. 575–583. https://doi.org/10.1095/biolreprod.111.091710
  12. Medvedev S., Yang J., Hecht N.B., Schultz R.M. // Dev. Biol. 2008. V. 321. P. 205–215. https://doi.org/10.1016/j.ydbio.2008.06.016
  13. Kumari P., Gilligan P.C., Lim S., Tran L.D., Winkler S., Philp R., Sampath K. // ELife. V. 2. P. e00683. https://doi.org/10.7554/eLife.00683
  14. Asada M., Irie K., Morimoto K., Yamada A., Ikeda W., Takeuchi M., Takai Y. // J. Biol. Chem. 2003. V. 278. P. 4103–4111. https://doi.org/10.1074/jbc.M209832200
  15. Hori A., Ikebe C., Tada M., Toda T. // EMBO Rep. 2014. V. 15. P. 175–184. https://doi.org/10.1002/embr.201337929
  16. Reis A.H., Xiang B., Ossipova O., Itoh K., Sokol S.Y. // PLoS One. 2021. V. 16. P. e0259068. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0259068
  17. Parshina E.A., Eroshkin F.M., Оrlov E.E., Gyoeva F.K., Shokhina A.G., Staroverov D.B., Belousov V.V., Zhigalova N.A., Prokhortchouk E.B., Zaraisky A.G., Martynova N.Y. // Cell Rep. 2020. V. 33. P. 108396. https://doi.org/10.1016/j.celrep.2020.108396
  18. Parshina E.A., Orlov E.E., Zaraisky A.G., Martynova N.Y. // Int. J. Mol. Sci. 2022. V. 23. P. 5627. https://doi.org/10.3390/ijms23105627
  19. Eliseeva I.A., Kim E.R., Guryanov S.G., Ovchinnikov L.P., Lyabin D.N. // Biochemistry (Moscow). 2011. V. 76. P. 1402–1433. https://doi.org/10.1134/S0006297911130049
  20. Martynova N.Y., Parshina E.A., Zaraisky A.G. // STAR Protoc. 2021. V. 2. P. 100552. https://doi.org/10.1016/j.xpro.2021.100552
  21. Martynova N.Y., Parshina E.A., Eroshkin F.M., Zaraisky A.G. // Russ. J. Bioorg. Chem. 2020. V. 46. P. 530–536. https://doi.org/10.31857/S013234232004020X
  22. Livak K.J., Schmittgen T.D. // Methods. 2001. V. 25. P. 402–408. https://doi.org/10.1006/meth.2001.1262

Дополнительные файлы

Доп. файлы
Действие
1. JATS XML
Скачать
2. Рис. 1. (а) – Профиль экспрессии материнского гена ssx2ip (L-гомолог – зеленый, S-гомолог – синий) по стадиям развития лягушки X. laevis (по Xenbase); (б) – схема эксперимента по микроинъекциям в эмбрионы X. laevis; (в) – влияние экзогенных белков 6Myc-Ybx1 и 6Myc-C-Ybx1 на уровень мРНК гена ssx2ip в сравнении с ранее обнаруженными [17, 18] генами pou5f3.3 и rxrg, выявленное методом ОТ-ПЦР (* р < 0.05, ns – статистически незначимо); (г) – влияние подавления трансляции морфолиновыми олигонуклеотидами (МО) мРНК ybx1 на количество мРНК материнских генов pou5f3.3, rxrg, ssx2ip и восстановление нормального уровня этих транскриптов инъекцией синтетической РНК 6myc-ybx1, выявленное методом ОТ-ПЦР (* р < 0.01, ns – статистически незначимо); (д) – уровень мРНК ssx2ip в ответ на микроинъекции синтетической мРНК 6myc-ybx1 в условиях блокирования транскрипции актиномицином D, выявленное методом ОТ-ПЦР (* р < 0.05, ns – статистически незначимо). Для нормализации данных использовали ОТ-ПЦР c мРНК гена домашнего хозяйства odc1. Все вышеприведенные данные, выявленные методом ОТ-ПЦР, представлены в виде кратного изменения экспрессии генов в опытных эмбрионах по сравнению с экспрессией в контрольных эмбрионах. Во всех случаях для нормализации данных использовали гены odc1 и eef1a1, показаны стандартные отклонения, полученные в результате трех независимых экспериментов; (е) – результаты РНК-иммунопреципитации: осаждение факторами 6Myc-Ybx1 и 6Myc-C-Ybx1 мРНК ssx2ip в сравнении с ранее изученными мРНК rxrg и pou5f3.3 [17, 18] (* р < 0.01, ns – статистически незначимо). В качестве контроля использовали смолу с антителами анти-Flag. Данные представлены в виде процентного соотношения связавшихся мРНК к общему количеству данной мРНК в лизате. Во всех случаях показаны стандартные отклонения, полученные в результате трех независимых экспериментов; (ж) – эффект от подавления трансляции мРНК цитоскелетного белка зиксина морфолиновыми олигонуклеотидами (* р < 0.05, ns – статистически незначимо). Количество мРНК ssx2ip уменьшается, в то время как уровень мРНК генов pou5f3.3 и rxrg возрастает в ответ на нокдаун гена zyxin.

Скачать (216KB)
Метаданные

© Российская академия наук, 2024

Согласие на обработку персональных данных с помощью сервиса «Яндекс.Метрика»

1. Я (далее – «Пользователь» или «Субъект персональных данных»), осуществляя использование сайта https://journals.rcsi.science/ (далее – «Сайт»), подтверждая свою полную дееспособность даю согласие на обработку персональных данных с использованием средств автоматизации Оператору - федеральному государственному бюджетному учреждению «Российский центр научной информации» (РЦНИ), далее – «Оператор», расположенному по адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А, со следующими условиями.

2. Категории обрабатываемых данных: файлы «cookies» (куки-файлы). Файлы «cookie» – это небольшой текстовый файл, который веб-сервер может хранить в браузере Пользователя. Данные файлы веб-сервер загружает на устройство Пользователя при посещении им Сайта. При каждом следующем посещении Пользователем Сайта «cookie» файлы отправляются на Сайт Оператора. Данные файлы позволяют Сайту распознавать устройство Пользователя. Содержимое такого файла может как относиться, так и не относиться к персональным данным, в зависимости от того, содержит ли такой файл персональные данные или содержит обезличенные технические данные.

3. Цель обработки персональных данных: анализ пользовательской активности с помощью сервиса «Яндекс.Метрика».

4. Категории субъектов персональных данных: все Пользователи Сайта, которые дали согласие на обработку файлов «cookie».

5. Способы обработки: сбор, запись, систематизация, накопление, хранение, уточнение (обновление, изменение), извлечение, использование, передача (доступ, предоставление), блокирование, удаление, уничтожение персональных данных.

6. Срок обработки и хранения: до получения от Субъекта персональных данных требования о прекращении обработки/отзыва согласия.

7. Способ отзыва: заявление об отзыве в письменном виде путём его направления на адрес электронной почты Оператора: info@rcsi.science или путем письменного обращения по юридическому адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А

8. Субъект персональных данных вправе запретить своему оборудованию прием этих данных или ограничить прием этих данных. При отказе от получения таких данных или при ограничении приема данных некоторые функции Сайта могут работать некорректно. Субъект персональных данных обязуется сам настроить свое оборудование таким способом, чтобы оно обеспечивало адекватный его желаниям режим работы и уровень защиты данных файлов «cookie», Оператор не предоставляет технологических и правовых консультаций на темы подобного характера.

9. Порядок уничтожения персональных данных при достижении цели их обработки или при наступлении иных законных оснований определяется Оператором в соответствии с законодательством Российской Федерации.

10. Я согласен/согласна квалифицировать в качестве своей простой электронной подписи под настоящим Согласием и под Политикой обработки персональных данных выполнение мною следующего действия на сайте: https://journals.rcsi.science/ нажатие мною на интерфейсе с текстом: «Сайт использует сервис «Яндекс.Метрика» (который использует файлы «cookie») на элемент с текстом «Принять и продолжить».