ПРОСТРАНСТВЕННАЯ ОРГАНИЗАЦИЯ ОРАНЖЕВО-КРАСНОГО ФЛУОРЕСЦЕНТНОГО БИОМАРКЕРА DiB3-F53L

Обложка

Цитировать

Полный текст

Открытый доступ Открытый доступ
Доступ закрыт Доступ предоставлен
Доступ закрыт Только для подписчиков

Аннотация

Расчетным методом молекулярной динамики (МД) изучена пространственная организация флуоресцентного белка DiB3-F53L – оранжево-красного флуоресцентного нековалентного комплекса генно-инженерного варианта бактериального белка липокалина Blc в комплексе с синтетическим GFP-подобным хромофором M739. Показано, что хромофор сильнее взаимодействует с мутированным белком DiB3-F53L по сравнению с нативным белком DiB3. Расчеты позволили установить аминокислотные остатки из окружения хромофора в сайте связывания, вносящие наибольший вклад в энергию взаимодействия хромофор–белок. Комплекс белка DiB3-F53L с хромофором M739 обладает повышенной яркостью флуоресценции по отношению к известному родительскому биомаркеру DiB3, что выдвигает его в число перспективных маркеров для лечения биологических объектов в клеточной биологии, а также в качестве стартового объекта для последующего дизайна новых более ярких биологических маркеров.

Об авторах

А. В Россохин

ФГБУН ГНЦ "Институт биоорганической химии им. академиков М.М. Шемякина и Ю.А. Овчинникова" РАН; Научный центр неврологии, Институт мозга

Email: altrossokhin@yandex.ru
Россия, Москва; Россия, Москва

И. В Артемьев

ФГБУН ГНЦ "Институт биоорганической химии им. академиков М.М. Шемякина и Ю.А. Овчинникова" РАН

Россия, Москва

С. Ф Архипова

ФГБУН ГНЦ "Институт биоорганической химии им. академиков М.М. Шемякина и Ю.А. Овчинникова" РАН

Россия, Москва

В. З Плетнев

ФГБУН ГНЦ "Институт биоорганической химии им. академиков М.М. Шемякина и Ю.А. Овчинникова" РАН

Email: vzpletnev@gmail.com
Россия, Москва

Н. В Плетнева

ФГБУН ГНЦ "Институт биоорганической химии им. академиков М.М. Шемякина и Ю.А. Овчинникова" РАН

Россия, Москва

Список литературы

  1. Rothe C., Skerra A. // BioDrugs. 2018. V. 32. P. 233–243. https://doi.org/10.1007/s40259-018-0278-1
  2. Campanacci V., Bishop R.E., Blangy S., Tegoni M., Cambillau C. // FEBS Lett. 2006. V. 580. P. 877–883. https://doi.org/10.1016/j.febslet.2006.07.086
  3. Muslinkina L., Gavrikov A.S., Bozhanova N.G., Mishin A.S., Baranov M.S., Meiler J., Pletneva N.V., Pletnev VZ., Pletnev S. // ACS Chem. Biol. 2020. V. 15. P. 2456–2465. https://doi.org/10.1021/acschenbio.0c00440
  4. Bozhanova N.G., Baranov M.S., Klementieva N.V., Sarkisyan K.S., Gavrikov A.S., Yampolsky I.V., Zagaynova E.V., Lukyanov S.A., Lukyanov K.A., Mishin A.S. // Chem. Sci. 2017. V. 8. P. 7138–7142. https://doi.org/10.1039/C7SC016281
  5. Emsley P., Lohkamp B., Scott W.G., Cowtan K. // Acta Crystal. Section D. Biol. Crystal. 2010. V. 66. P. 486–501. https://doi.org/10.1107/S0907444910007493
  6. Phillips J.C., Braun R., Wang W., Gumbart J., Tajkhorshid E., Villa E., Chipot C., Skeel R.D., Kale L., Schulten K. // J. Computat. Chem. 2005. V. 26. P. 1781–1802.
  7. Humphrey W., Dalke A., Schulten K. // J. Mol. Graph. 1996. V. 14. P. 33–38. https://doi.org/10.1016/0263-7855(96)00018-5
  8. Lee J., Cheng X., Swails J.M., Yeom M.S., Eastman P.K., Lemkal J.A., Wei S., Buckner J., Jeong J.C., Qi Y., Jo S., Pande Y.S., Cass D.A., Brooks C.L., 3rd, MacKerell A.D., Jr., Klauda J.B., Im W. // J. Chem. Theory Computat. 2016. V. 12. P. 405–413. https://doi.org/10.1021/acs.jctc.5b00935
  9. Darden T., York D., Pedersen L. // J. Chem. Phys. 1993. V. 103. P. 8577–8593. https://doi.org/10.1063/1.464397
  10. Essmann U., Perera L., Berkowitz M.L., Darden T., Lee H., Pedersen L.G. // J. Chem. Phys. 1995. V. 98. P. 10089–10092. https://doi.org/10.1063/1.470117
  11. Karplus M., Petsko G.A. // Mol. Dynam. Simulat. Biol. Nat. 1990. V. 347. P. 631–639. https://doi.org/10.1038/347631a0
  12. Isralewitz B., Baudry J., Gullingsrud J., Kosztin D., Schulten K. // J. Mol. Graph. Model. 2001. V. 19. P. 13–25. https://doi.org/10.1016/s1093-3263(00)00133-9

Дополнительные файлы

Доп. файлы
Действие
1. JATS XML
Скачать

© Российская академия наук, 2025

Согласие на обработку персональных данных

 

Используя сайт https://journals.rcsi.science, я (далее – «Пользователь» или «Субъект персональных данных») даю согласие на обработку персональных данных на этом сайте (текст Согласия) и на обработку персональных данных с помощью сервиса «Яндекс.Метрика» (текст Согласия).