ИНТЕГРАЦИЯ ПРОГРАММНОГО ОБЕСПЕЧЕНИЯ ДЛЯ 3D-РЕКОНСТРУКЦИИ ТКАНЕЙ НА ОСНОВЕ ДАННЫХ ОПТИКО-ЗОНДОВОЙ НАНОТОМОГРАФИИ

Обложка

Цитировать

Полный текст

Открытый доступ Открытый доступ
Доступ закрыт Доступ предоставлен
Доступ закрыт Только для подписчиков

Аннотация

Задача 3D-реконструкции тканей на уровне клеток и их компонентов – неотъемлемая часть современных биомедицинских исследований. Разработка методов 3D-реконструкции на основе изображений атомно-силовой и оптической микроскопии позволит получить более детальное представление о морфологии и структуре биологических объектов на наноуровне. В настоящей работе мы интегрировали специальное программное обеспечение в методику оптико-зондовой нанотомографии (ОЗНТ) для оптимизации и унификации процесса объемной реконструкции и продемонстрировали возможности усовершенствованного метода на 3D-реконструкции фрагмента астроцита. Интеграция программы 3D Slicer в методику ОЗНТ обеспечивает надежную и высокоточной платформу для 3D-реконструкции сложных биологических объектов. Предложенная методика имеет прикладную значимость для решения частных задач, например, оценки синаптического окружения отдельных нейронов, а также для широкого круга исследований в областях биомедицины и материаловедения.

Об авторах

Д. О Соловьева

ФГБУН ГНЦ “Институт биоорганической химии им. академиков М.М. Шемякина и Ю.А. Овчинникова” РАН

Email: d.solovieva@mail.ru
Россия, Москва

О. Я Попадинец

ФГАОУ ВО “Национальный исследовательский ядерный университет “МИФИ”

Россия, Москва

И. С Колпашников

ФГАОУ ВО “Национальный исследовательский ядерный университет “МИФИ”

Россия, Москва

А. В Алтунина

ФГБУН ГНЦ “Институт биоорганической химии им. академиков М.М. Шемякина и Ю.А. Овчинникова” РАН; ФГАОУ ВО “Московский физико-технический институт (национальный исследовательский университет)”

Россия, Москва; Россия, Долгопрудный

В. А Олейников

ФГБУН ГНЦ “Институт биоорганической химии им. академиков М.М. Шемякина и Ю.А. Овчинникова” РАН; ФГАОУ ВО “Национальный исследовательский ядерный университет “МИФИ”

Россия, Москва

Список литературы

  1. Jacquemet G., Carisey A.F., Hamidi H., Henriques R., Letterrier C. // J. Cell Sci. 2020. V. 133. P. jcs240713. https://doi.org/10.1242/jcs.240713
  2. Mochalov K.E., Korzhov D.S., Altunina A.V., Agapova O.I., Oleinikov V.A. // Act. Nat. 2024. V. 16. P. 14–29. https://doi.org/10.32607/actanaturae.27323
  3. Solovyevа D.О., Altuninа А.V., Tretyak M.V., Mochalov К.Е., Oleinikov V.А. // Russ. J. Bioorg. Chem. 2024. V. 50. P. 1215–1236. https://doi.org/10.1134/S1068162024040356
  4. Mochalov K.E., Chistyakov A.A., Solovyeva D.O., Mezin A.V., Oleinikov V.A., Vaskan I.S., Molinari M., Agapov I.I., Nabiev I., Efimov F.E. // Ultramicroscopy. 2017. V. 182. P. 118–123. https://doi.org/10.1016/j.ultramic.2017.06.022
  5. Агапова О.И., Ефимов А.Е., Мочалов К.Е., Соловьева Д.О., Гилева А.М., Марквичева Е.А., Яковлев Д.В., Люндуп А.В., Олейников В.А., Агапов И.И., Готье С.В. // Доклады РАН. Науки о жизни. 2023. Т. 509. С. 119–123. https://doi.org/10.31857/S2686738923700178
  6. Агапова О.И., Ефимов А.Е., Мочалов К.Е., Соловьева Д.О., Свирщевская Е.В., Климентов С.М., Попов А.А., Олейников В.А., Агапов И.И., Готье С.В. // Доклады РАН. Науки о жизни. 2022. T. 504. C. 219–222. https://doi.org/10.31857/S2686738922030027
  7. Balashov V., Efimov A., Agapova O., Pogorelov A., Agapov I., Agladze K. // Acta Biomaterialia. 2018. V. 68. P. 214–222. https://doi.org/10.1016/j.actbio.2017.12.031
  8. Fedorov A., Beichel R., Kalpathy-Cramer J., Finet J., Fillion-Robin J-C., Pujol S., Bauer C., Jennings D., Fennessy F.M., Sonka M., Buatti J., Aylward S.R., Miller J.V., Pieper S., Kikinis R. // Magnetic Resonance Imaging. 2012. V. 30. P. 1323–1341. https://doi.org/10.1016/j.mri.2012.05.001
  9. 3D Slicer image computing platform. https://www.slicer.org/
  10. ImageJ. Image Processing and Analysis in Java. https://imagej.net/ij/index.html

Дополнительные файлы

Доп. файлы
Действие
1. JATS XML
Скачать

© Российская академия наук, 2025

Согласие на обработку персональных данных с помощью сервиса «Яндекс.Метрика»

1. Я (далее – «Пользователь» или «Субъект персональных данных»), осуществляя использование сайта https://journals.rcsi.science/ (далее – «Сайт»), подтверждая свою полную дееспособность даю согласие на обработку персональных данных с использованием средств автоматизации Оператору - федеральному государственному бюджетному учреждению «Российский центр научной информации» (РЦНИ), далее – «Оператор», расположенному по адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А, со следующими условиями.

2. Категории обрабатываемых данных: файлы «cookies» (куки-файлы). Файлы «cookie» – это небольшой текстовый файл, который веб-сервер может хранить в браузере Пользователя. Данные файлы веб-сервер загружает на устройство Пользователя при посещении им Сайта. При каждом следующем посещении Пользователем Сайта «cookie» файлы отправляются на Сайт Оператора. Данные файлы позволяют Сайту распознавать устройство Пользователя. Содержимое такого файла может как относиться, так и не относиться к персональным данным, в зависимости от того, содержит ли такой файл персональные данные или содержит обезличенные технические данные.

3. Цель обработки персональных данных: анализ пользовательской активности с помощью сервиса «Яндекс.Метрика».

4. Категории субъектов персональных данных: все Пользователи Сайта, которые дали согласие на обработку файлов «cookie».

5. Способы обработки: сбор, запись, систематизация, накопление, хранение, уточнение (обновление, изменение), извлечение, использование, передача (доступ, предоставление), блокирование, удаление, уничтожение персональных данных.

6. Срок обработки и хранения: до получения от Субъекта персональных данных требования о прекращении обработки/отзыва согласия.

7. Способ отзыва: заявление об отзыве в письменном виде путём его направления на адрес электронной почты Оператора: info@rcsi.science или путем письменного обращения по юридическому адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А

8. Субъект персональных данных вправе запретить своему оборудованию прием этих данных или ограничить прием этих данных. При отказе от получения таких данных или при ограничении приема данных некоторые функции Сайта могут работать некорректно. Субъект персональных данных обязуется сам настроить свое оборудование таким способом, чтобы оно обеспечивало адекватный его желаниям режим работы и уровень защиты данных файлов «cookie», Оператор не предоставляет технологических и правовых консультаций на темы подобного характера.

9. Порядок уничтожения персональных данных при достижении цели их обработки или при наступлении иных законных оснований определяется Оператором в соответствии с законодательством Российской Федерации.

10. Я согласен/согласна квалифицировать в качестве своей простой электронной подписи под настоящим Согласием и под Политикой обработки персональных данных выполнение мною следующего действия на сайте: https://journals.rcsi.science/ нажатие мною на интерфейсе с текстом: «Сайт использует сервис «Яндекс.Метрика» (который использует файлы «cookie») на элемент с текстом «Принять и продолжить».