Открытый доступ Открытый доступ  Доступ закрыт Доступ предоставлен  Доступ закрыт Только для подписчиков

Том 85, № 4 (2024)

Обложка

Весь выпуск

Открытый доступ Открытый доступ
Доступ закрыт Доступ предоставлен
Доступ закрыт Только для подписчиков

Статьи

Генетическая концепция вида в приложении к мультилокусным ядерным данным

Лебедев В.Л., Косушкин С.А., Банникова А.А.

Аннотация

На примере целого ряда видовых групп и сложных видовых комплексов млекопитающих эмпирически показано, что для изучения их генетической дифференциации разрешающей способности набора из 10–20 ядерных локусов недостаточно. Для удовлетворительного анализа филогенетических отношений (включая события ретикуляций) и определения уровня дивергенции в пределах таких групп близкородственных видов необходимо умножение числа ядерных локусов и переход на уровень глубокого секвенирования нового поколения. Однако вопрос о том, какая часть исследуемого генома позволит достигнуть желаемого результата, иными словами, какое именно количество генов необходимо для того, чтобы получить генетическую дистанцию, разрешающую отношения ветвей филогенетического дерева комплекса близкородственных видов, остается открытым. В качестве стандартного набора маркеров мы выбрали белок-кодирующие участки генов. Дистанции для 160–180 генов общей длиной 270–300 тыс. п. н. использовали для оценки уровня дивергенции близких видов млекопитающих. Выяснено, что в большинстве случаев дистанции между видами находятся в диапазоне от 0.15 до 0.75% (медиана 0.33%). Диапазон дистанций между полувидами составляет от 0.12 до 0.28% (медиана 0.14%). Внутривидовые дистанции всегда меньше 0.11%. У грызунов наблюдаются более высокие значения межвидовых дистанций – от 0.25 до 2.3% (медиана 0.72%); дистанции между полувидами находятся в диапазоне от 0.1 до 0.35%. Для определения числа ядерных локусов и их совокупной длины, необходимых для расчета генетической дистанции, использовали симуляции на основании модели, включавшей следующие параметры: средняя скорость эволюции генов, ее дисперсия, уровень полиморфизма в современных и предковых популяциях. Предварительно был проведен анализ распределения скоростей локусов среди таксонов млекопитающих на основе ранее опубликованных данных по ~50 тыс. ядерных маркеров. Показано, что относительная ошибка в 10–15%, сопоставимая с аналогичной величиной для митохондриальных дистанций по отдельным генам (длиной примерно 1000 п. н.) между близкими видами, достигается при использовании около 100 локусов длиной 300 п. н. На основе этих данных выдвинуто следующее предположение: порог межвидовой/внутривидовой генетической дистанции, рассчитываемой по наиболее часто используемым в молекулярной филогенетике млекопитающих экзонам, составляет около 0.15%. Данная гипотеза предполагает признание за формами in statu nascendi видовой ранг. Следует заметить, что не все “хорошие” виды имеют значительные генетические дистанции в связи с тем, что репродуктивные барьеры иногда формируются быстрее, чем накапливаются замены по геному.

Журнал общей биологии. 2024;85(4):269-283
pages 269-283 views

Роль микроядер в элиминации хроматина

Ахмадуллина Ю.Р., Хоменко П.О.

Аннотация

Микроядра представляют собой внеядерные хроматиновые компартменты, отделенные от основного ядра и окруженные собственной ядерной оболочкой. Долгое время считалось, что микроядра являются конечным этапом патологических процессов в клетке, и поэтому они использовались только в качестве биомаркеров влияния генотоксических факторов, а также нестабильности генома при различных заболеваниях. В настоящее время показано, что микроядра могут участвовать в процессе жизнедеятельности клеток, оказывать воздействие на ядерный геном и приводить к изменениям физиологии клеток и тканей. Известно, что образование микроядер является одним из этапов избирательной элиминации хроматина в онтогенезе некоторых видов растений и животных. При этом на уровне генома происходит узнавание участков, которые подлежат маркировке и удалению из ядра клеток; часто этот процесс сопровождается модификациями с образованием гетерохроматина, изменением конденсации хромосом и их положения в ядре. Процессы, наблюдаемые при избирательной и неизбирательной элиминации хроматина, во многом схожи. Поскольку роль микроядер в функционировании клеток еще плохо изучена, а состав микроядер и способы элиминации хроматина могут влиять на их роль в развитии патогенеза, это подчеркивает важность дополнительных исследований в этой области.

Журнал общей биологии. 2024;85(4):284-298
pages 284-298 views

Влияние нейрохронаксической теории Рауля Юссона (Raoul Husson) на развитие исследований физиологических механизмов голосообразования в Советском Союзе (1950–1970-е годы)

Никольский А.А.

Аннотация

Обсуждается влияние нейрохронаксической теории фонации французского физиолога Рауля Юссона (Raoul Husson, 1901–1967) на развитие исследований голосообразования в Советском Союзе, главным образом в 1950–1970-е годы. Юссон противопоставил нейрохронаксическую теорию традиционной миоэластической теории голосообразования. Миоэластическая теория рассматривает голосовые складки как автоколебательную систему. Колебания вызывает энергия потока воздуха. Согласно концепции Юссона, колебания голосовых связок не зависят от подсвязочного давления. Частота колебаний голосовых связок соответствует частоте импульсации, поступающей по возвратному нерву. Для объяснения высокой частоты колебания голосовых связок Юссон использовал “Залповый принцип” (Volley principle) Вевера. Согласно этому принципу, активность каждого последующего нервного волокна приходится на рефрактерную фазу предыдущего волокна. Отклики всех нервных волокон суммируются в общее колебание высокой частоты. В 1950–1970-е годы советские физиологии приняли активное участие в проверке новой концепции, предложенной Юссоном. Они пришли к выводу, что в работе голосового аппарата участвуют оба механизма, миоэластический и нейрохронаксический. Но по возвратному нерву осуществляется не прямое управление колебаниями голосовых связок, а косвенное. Н. И. Жинкин назвал эту систему управления “кодовый принцип”, когда на голосовые связки поступает команда об изменении их физических характеристик, меняющих свойства автоколебательной системы.

Журнал общей биологии. 2024;85(4):299-312
pages 299-312 views

Моделирование современного климатического ареала Cydalima perspectalis (Lepidoptera, Crambidae) в Евразии

Попов И.О., Попова Е.Н.

Аннотация

Проведено моделирование современного климатического ареала опасного вредителя растений рода самшит (Buxus L.) самшитовой огневки (Cydalima perspectalis Walker, 1859) в Евразии с целью определения возможных территорий его дальнейшей экспансии. Из разных источников (базы данных о распространении видов и публикации) собраны сведения о локусах фактического обнаружения самшитовой огневки как в нативной (Восточная и Южная Азия), так и в инвазионной (Европа и Западная Азия) частях ареала. В качестве предикторов распространения использовали шесть биоклиматических параметров: три температурных и три влажностных. Разработаны и применены оригинальные методики определения числа точек псевдо-отсутствия и их селективной генерации. Окончательная классификация и разбиение пространства биоклиматических факторов осуществлялись с помощью градиентного бустинга. Рассчитан и картографирован современный евразийский климатический ареал самшитовой огневки. Показано, что инвазия еще не достигла своих пределов и имеется ряд территорий в Евразии, где климатические условия благоприятны для появления популяций этого вида как в нативной части ареала (отдельные южные и восточные регионы Китая, КНДР и южные предгорья Гималаев), так и в инвазионной его части (в Северной и Восточной Европе, на Кавказе, в Турции). Дана сравнительная оценка важности разных климатических факторов в определении территории распространения данного вида. Установлено, что наибольшей важностью для построения модели климатического ареала C. perspectalis обладает сумма осадков самого сухого месяца (47.6%). Выявлено различие в климатических условиях между нативной и инвазионной частями ареала и сделаны предположения о возможных причинах его возникновения.

Журнал общей биологии. 2024;85(4):313-331
pages 313-331 views

Успешность размножения межвидовых гибридов: пониженная плодовитость в гибридогенной популяции сорок (Pica pica × Pica serica, Aves)

Крюков А.П., Горошко О.А.

Аннотация

Данные об успешности размножения гибридов, получаемые путем прямых наблюдений в природе, принципиально важны для понимания причин нарушения видовых репродуктивных барьеров и прогнозирования судьбы гибридогенных популяций. В формирующейся на наших глазах зоне вторичного контакта между евразийской сорокой Pica pica и восточной сорокой Pica serica происходит ограниченная гибридизация, обнаруженная нами ранее по анализу однонуклеотидного полиморфизма ядерной ДНК. В данной работе представлен сравнительный анализ состава 119 гнездящихся пар и содержимого 89 гнезд в гибридогенной популяции P. p. leucoptera х P. s. jankowskii Северо-Восточной Монголии, в молодой зоне контакта в Восточном Забайкалье и относительно чистых популяциях P. p. leucoptera Центрального Забайкалья и P. s. jankowskii Северо-Восточного Китая. В гибридогенной популяции Монголии обнаружены достоверно повышенные доли полностью нежизнеспособных кладок, а также кладок с отдельными нежизнеспособными яйцами по сравнению с показателями относительно чистых популяций P. p. leucoptera и P. s. jankowskii. В Восточном Забайкалье идет менее интенсивная гибридизация, доля полностью нежизнеспособных кладок и кладок с частью мертвых яиц значительно ниже, чем в Монголии. Рассмотрены возможные механизмы генетической несовместимости и нарушения постзиготической изоляции. Обсуждены перспективы дальнейшей судьбы зоны контакта ареалов сорок с учетом отбора против гибридизации, в том числе вероятность усиления различий по видоспецифической звуковой коммуникации. Возможно формирование здесь мозаичной гибридной зоны с признаками “зоны напряжения”. Уникальная ситуация формирующейся зоны контакта и гибридизации двух молодых видов сорок нуждается в мониторинге, как дополнение и продолжение геномных исследований.

Журнал общей биологии. 2024;85(4):332-342
pages 332-342 views

Согласие на обработку персональных данных с помощью сервиса «Яндекс.Метрика»

1. Я (далее – «Пользователь» или «Субъект персональных данных»), осуществляя использование сайта https://journals.rcsi.science/ (далее – «Сайт»), подтверждая свою полную дееспособность даю согласие на обработку персональных данных с использованием средств автоматизации Оператору - федеральному государственному бюджетному учреждению «Российский центр научной информации» (РЦНИ), далее – «Оператор», расположенному по адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А, со следующими условиями.

2. Категории обрабатываемых данных: файлы «cookies» (куки-файлы). Файлы «cookie» – это небольшой текстовый файл, который веб-сервер может хранить в браузере Пользователя. Данные файлы веб-сервер загружает на устройство Пользователя при посещении им Сайта. При каждом следующем посещении Пользователем Сайта «cookie» файлы отправляются на Сайт Оператора. Данные файлы позволяют Сайту распознавать устройство Пользователя. Содержимое такого файла может как относиться, так и не относиться к персональным данным, в зависимости от того, содержит ли такой файл персональные данные или содержит обезличенные технические данные.

3. Цель обработки персональных данных: анализ пользовательской активности с помощью сервиса «Яндекс.Метрика».

4. Категории субъектов персональных данных: все Пользователи Сайта, которые дали согласие на обработку файлов «cookie».

5. Способы обработки: сбор, запись, систематизация, накопление, хранение, уточнение (обновление, изменение), извлечение, использование, передача (доступ, предоставление), блокирование, удаление, уничтожение персональных данных.

6. Срок обработки и хранения: до получения от Субъекта персональных данных требования о прекращении обработки/отзыва согласия.

7. Способ отзыва: заявление об отзыве в письменном виде путём его направления на адрес электронной почты Оператора: info@rcsi.science или путем письменного обращения по юридическому адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А

8. Субъект персональных данных вправе запретить своему оборудованию прием этих данных или ограничить прием этих данных. При отказе от получения таких данных или при ограничении приема данных некоторые функции Сайта могут работать некорректно. Субъект персональных данных обязуется сам настроить свое оборудование таким способом, чтобы оно обеспечивало адекватный его желаниям режим работы и уровень защиты данных файлов «cookie», Оператор не предоставляет технологических и правовых консультаций на темы подобного характера.

9. Порядок уничтожения персональных данных при достижении цели их обработки или при наступлении иных законных оснований определяется Оператором в соответствии с законодательством Российской Федерации.

10. Я согласен/согласна квалифицировать в качестве своей простой электронной подписи под настоящим Согласием и под Политикой обработки персональных данных выполнение мною следующего действия на сайте: https://journals.rcsi.science/ нажатие мною на интерфейсе с текстом: «Сайт использует сервис «Яндекс.Метрика» (который использует файлы «cookie») на элемент с текстом «Принять и продолжить».