Evaluation of gut microbial diversity of the domestic goat Capra hircus

Cover Page

Cite item

Full Text

Abstract

Domestic goats remain important as farm animals, whose health influences the quality and yield of livestock products. Animal health depends on housing conditions and nutrition, including effective digestion, which is significantly influenced by microorganisms inhabiting the pathways of the gastrointestinal tract. Ruminants, such as goats, host a unique community of bacteria, that varies depending on age and region of residence. One major challenge is identifying the normal members of the goat gut microbiome, and distinguishing these from members that may vary in goats without indicating disease. This study synthesizes available published data to address this issue.

About the authors

V. V. Volodin

Engelhardt Institute of Molecular Biology, Russian Academy of Sciences

Moscow, Russia

N. S. Gladysh

Engelhardt Institute of Molecular Biology, Russian Academy of Sciences

Email: natalyagladish@gmail.com
Moscow, Russia

A. K. Piskunov

Vavilov Institute of General Genetic, Russian Academy of Sciences

Moscow, Russia

Yu. A. Stolpovsky

Vavilov Institute of General Genetic, Russian Academy of Sciences

Moscow, Russia

Zh. V. Samsonova

Lomonosov Moscow State University

Moscow, Russia

N. Yu. Saushkin

Lomonosov Moscow State University

Moscow, Russia

A. A. Kudryavtsev

Razumovsky Moscow State University of Technologies and Management (First Cossack University)

Moscow, Russia

A. V. Kudryavtseva

Engelhardt Institute of Molecular Biology, Russian Academy of Sciences

Moscow, Russia

References

  1. Arjun S., Neha P., Mohith Sai S.R., Ravi L. Microbial symbionts in ruminants // Microbial symbionts: functions and molecular interactions on host. Ch. 27 / Ed. D. Dharumadurai. N.Y.: Acad. Press, 2023. P. 493–509.
  2. Arshad M.A., Hassan F., Rehman M.S. et al. Gut microbiome colonization and development in neonatal ruminants: strategies, prospects, and opportunities // Anim. Nutr. 2021. V. 7 (3). P. 883–895.
  3. Betancur-Murillo C.L., Aguilar-Marín S.B., Jovel J. Prevotella: a key player in ruminal metabolism // Microorganisms. 2023. V. 11 (1). 1.
  4. Chiantera V., Laganà A.S., Basciani S. et al. A critical perspective on the supplementation of Akkermansia muciniphila: benefits and harms // Life. 2023. V. 13 (6). 1247.
  5. Cholewińska P., Czyż K., Nowakowski P., Wyrostek A. The microbiome of the digestive system of ruminants – a review // Anim. Health Res. Rev. 2020. V. 21 (1). P. 3–14.
  6. Cholewińska P., Górniak W., Wojnarowski K. Impact of selected environmental factors on microbiome of the digestive tract of ruminants // BMC Vet. Res. 2021. V. 17 (1). 25.
  7. Doughari H.J., Ndakidemi P.A., Human I.S., Benade S. The ecology, biology and pathogenesis of Acinetobacter spp.: an overview // Microbes Environ. 2011. V. 26 (2). P. 101–112.
  8. Flint H.J., Bayer E.A., Rincon M.T. et al. Polysaccharide utilization by gut bacteria: potential for new insights from genomic analysis // Nat. Rev. Microbiol. 2008. V. 6 (2). P. 121–131.
  9. Graf J. The family Rikenellaceae // The prokaryotes: other major lineages of bacteria and the archaea / Eds E. Rosenberg et al. Berlin, Heidelberg: Springer, 2014. P. 857–859.
  10. Guo J., Li P., Zhang K. et al. Distinct stage changes in early-life colonization and acquisition of the gut microbiota and its correlations with volatile fatty acids in goat kids // Front. Microbiol. 2020. V. 11. P. 584742.
  11. Ley R.E. Prevotella in the gut: choose carefully // Nat. Rev. Gastroenterol. Hepatol. 2016. V. 13 (2). P. 69–70.
  12. Lohani M., Bhandari D. The importance of goats in the world // Profe. Agric. Work. J. 2021. V. 6 (2). 9.
  13. Lu C.D. The role of goats in the world: society, science, and sustainability // Small Rumin. Res. 2023. V. 227. 107056.
  14. McMurdie P.J., Holmes S. Phyloseq: an R package for reproducible interactive analysis and graphics of microbiome census data // PLoS One. 2013. V. 8 (4). e61217.
  15. Nordhoff M., Taras D., Macha M. et al. Treponema berlinense sp. nov. and Treponema porcinum sp. nov., novel spirochaetes isolated from porcine faeces // Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 2005. V. 55 (4). P. 1675–1680.
  16. Parker B.J., Wearsch P.A., Veloo A.C.M., Rodriguez-Palacios A. The genus Alistipes: gut bacteria with emerging implications to inflammation, cancer, and mental health // Front. Immunol. 2020. V. 11. P. 906.
  17. Quast C., Pruesse E., Yilmaz P. et al. The SILVA ribosomal RNA gene database project: improved data processing and web-based tools // Nucl. Acids Res. 2013. V. 41. P. D590–D596.
  18. Seshadri R., Leahy S.C., Attwood G.T. et al. Cultivation and sequencing of rumen microbiome members from the Hungate1000 Collection // Nat. Biotechnol. 2018. V. 36 (4). P. 359–367.
  19. Wessels A.G. Influence of the gut microbiome on feed intake of farm animals // Microorganisms. 2022. V. 10 (7). 1305.
  20. Wood D.E., Lu J., Langmead B. Improved metagenomic analysis with Kraken 2 // Gen. Biol. 2019. V. 20 (1). 257.
  21. Wu G.D., Chen J., Hoffmann C. et al. Linking long-term dietary patterns with gut microbial enterotypes // Science. 2011. V. 334 (6052). P. 105–108.
  22. Zafar H., Saier M.H.Jr. Gut Bacteroides species in health and disease // Gut Microbes. 2021. V. 13 (1). P. 1–20.
  23. Zhang H., Rehman M.U., Chang Y.-F., Zhaoxin T. Editorial: the potential role of gut microbiome in animal gut-linked diseases // Front. Microbiol. 2023. V. 14. 1179481.

Supplementary files

Supplementary Files
Action
1. JATS XML
Download

Copyright (c) 2025 Russian Academy of Sciences

Согласие на обработку персональных данных с помощью сервиса «Яндекс.Метрика»

1. Я (далее – «Пользователь» или «Субъект персональных данных»), осуществляя использование сайта https://journals.rcsi.science/ (далее – «Сайт»), подтверждая свою полную дееспособность даю согласие на обработку персональных данных с использованием средств автоматизации Оператору - федеральному государственному бюджетному учреждению «Российский центр научной информации» (РЦНИ), далее – «Оператор», расположенному по адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А, со следующими условиями.

2. Категории обрабатываемых данных: файлы «cookies» (куки-файлы). Файлы «cookie» – это небольшой текстовый файл, который веб-сервер может хранить в браузере Пользователя. Данные файлы веб-сервер загружает на устройство Пользователя при посещении им Сайта. При каждом следующем посещении Пользователем Сайта «cookie» файлы отправляются на Сайт Оператора. Данные файлы позволяют Сайту распознавать устройство Пользователя. Содержимое такого файла может как относиться, так и не относиться к персональным данным, в зависимости от того, содержит ли такой файл персональные данные или содержит обезличенные технические данные.

3. Цель обработки персональных данных: анализ пользовательской активности с помощью сервиса «Яндекс.Метрика».

4. Категории субъектов персональных данных: все Пользователи Сайта, которые дали согласие на обработку файлов «cookie».

5. Способы обработки: сбор, запись, систематизация, накопление, хранение, уточнение (обновление, изменение), извлечение, использование, передача (доступ, предоставление), блокирование, удаление, уничтожение персональных данных.

6. Срок обработки и хранения: до получения от Субъекта персональных данных требования о прекращении обработки/отзыва согласия.

7. Способ отзыва: заявление об отзыве в письменном виде путём его направления на адрес электронной почты Оператора: info@rcsi.science или путем письменного обращения по юридическому адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А

8. Субъект персональных данных вправе запретить своему оборудованию прием этих данных или ограничить прием этих данных. При отказе от получения таких данных или при ограничении приема данных некоторые функции Сайта могут работать некорректно. Субъект персональных данных обязуется сам настроить свое оборудование таким способом, чтобы оно обеспечивало адекватный его желаниям режим работы и уровень защиты данных файлов «cookie», Оператор не предоставляет технологических и правовых консультаций на темы подобного характера.

9. Порядок уничтожения персональных данных при достижении цели их обработки или при наступлении иных законных оснований определяется Оператором в соответствии с законодательством Российской Федерации.

10. Я согласен/согласна квалифицировать в качестве своей простой электронной подписи под настоящим Согласием и под Политикой обработки персональных данных выполнение мною следующего действия на сайте: https://journals.rcsi.science/ нажатие мною на интерфейсе с текстом: «Сайт использует сервис «Яндекс.Метрика» (который использует файлы «cookie») на элемент с текстом «Принять и продолжить».