Молекулярно-эпидемиологический анализ вариантов ВИЧ-1, циркулировавших в России в 1987—2015 гг.

Резюме Цель исследования. Одновременный анализ образцов ВИЧ-1 из всех российских регионов для характеристики эпидемиологии ВИЧ-инфекции в стране в целом. Материалы и методы. Выполнено наиболее обширное исследование нуклеотидных последовательностей гена pol образцов ВИЧ-1, выделенных от позитивных по ВИЧ лиц из разных регионов России с датой установления диагноза 1987—2015 гг. Нуклеотидные последовательности генома ВИЧ-1 анализировали с помощью компьютерных программ и открытых он-лайн-приложений для определения подтипа вируса и выявления новых рекомбинантных форм. Результаты. Проведен анализ нуклеотидных последовательностей гена pol 1697 образцов ВИЧ-1 и получены данные о доминировании в России генетического варианта IDU-A подтипа А1 на всей территории России (более 80% всех случаев инфекции). Проведен анализ других вариантов вируса, циркулирующих в России, в том числе подтверждено ранее описанное в литературе явление увеличения степени распространения рекомбинанта CRF63_02A1 в Сибири. Выявлены 4 новые рекомбинантные формы, сформированные вирусами подтипа A1 (IDU-A) и B, а также две AG-рекомбинантные формы. Обнаружено увеличение генетической дистанции между вирусами варианта IDU-A, циркулирующими в среде потребителей инъекционных наркотиков и в среде лиц, инфицированных в результате гетеросексуальных контактов, а также изменение вируса подтипа G, вызвавшего вспышку на юге страны в 1988—1989 гг., с течением времени. Заключение. Полученные данные демонстрируют непрерывность процесса генетической изменчивости и рекомбинации ВИЧ-1 в России с течением времени, а также увеличение генетического разнообразия с увеличением степени пораженности населения ВИЧ-инфекцией.

Ключевые слова ВИЧ-1, ген pol, филогенетический анализ, подтип, рекомбинант