STRUCTURAL STUDIES OF THE DYNAMICS OF BINDING OF MIF TO PHENYLISOTHIOCYANATE

Cover Page

Cite item

Full Text

Open Access Open Access
Restricted Access Access granted
Restricted Access Subscription Access

Abstract

The intermediate states of the macrophage migration inhibition factor (MIF) complex with phenylisothiocyanate (PITC), a covalent inhibitor of the protein under study, were studied by X-ray diffraction analysis. It has been shown that prior to covalent modification of the N-terminal proline, non-covalent binding of the inhibitor occurs at the retention site, which was discovered for the first time. The retention site was identified by using the technique of short-term infusion of a MIF crystal in a cryosolution containing a ligand, followed by instant freezing in a nitrogen jet to collect diffraction data at 100 K. A comparison of the structure with the structure obtained using the crystallization of a pre-modified protein revealed details of the dynamics of PITC binding.

About the authors

A. R Nemchinova

Shubnikov Institute of Crystallography of the Kurchatov Complex Crystallography and Photonics of the NRC "Kurchatov Institute"

Moscow, Russia

A. G Ivanova

Shubnikov Institute of Crystallography of the Kurchatov Complex Crystallography and Photonics of the NRC "Kurchatov Institute"

Moscow, Russia

A. V Sokolov

Smorodentsev Influenza Research Institute of the Russian Ministry of Health

St. Petersburg, Russia

V. R Samygina

Shubnikov Institute of Crystallography of the Kurchatov Complex Crystallography and Photonics of the NRC "Kurchatov Institute"

Email: lera@crys.ras.ru
Moscow, Russia

References

  1. Bloom B.R., Bennett B.M. // Science. 1966. V. 153. № 3731. P. 80. https://doi.org/10.1126/science.153.3731.80
  2. Sumaiya K., Langford D., Natarajaseenivasan K. et al. // Pharmacol. Ther. 2022. V. 233. P. 108024. https://doi.org/10.1016/j.pharmthera.2021.108024
  3. Aryuzina M.A., Vetrova E.S. // Food Systems. 2021. V. 4. № 3S. P. 8. https://doi.org/10.21323/2618–9771-2021-4-3S-8-11
  4. Liang J., Lei K., Liang R. et al. // Cell. Signalling. 2024. V. 117. P. 111093. https://doi.org/10.1016/j.cellsig.2024.111093
  5. Huang G., Ma L., Shen L. et al. // J. Cell. Mol. Med. 2022. V. 26. № 12. P. 3410. https://doi.org/10.1111/jcmm.17352
  6. Gaynitdinova V.V., Avdeev S.N. // Kardiologiia. 2019. V. 59. № 7. P. 84. https://doi.org/10.18087/cardio.2019.7.10259
  7. Emonts M., Sweep F.C., Grebenchtchikov N. et al. // Clin. Infect. Dis. 2007. V. 44. № 10. P. 1321. https://doi.org/10.1086/514344
  8. Sain N., Hooda V., Singh A. et al. // Cytokine. 2024. V. 176. P. 156516. https://doi.org/10.1016/j.cyto.2024.156516
  9. Noels H., Bernhagen J., Weber C. // Trends Cardiovasc. Med. 2009. V. 19. № 3. P. 76. https://doi.org/10.1016/j.tcm.2009.05.002
  10. Meyer-Siegier K., Iczkowski K., Vera P. // J. Urol. 2006. V. 175. № 4. P. 1523. https://doi.org/10.1016/S0022-5347(05)00650-6
  11. Petoukhov M.V., Sokolov A.V., Dadinova L.A. et al. // Crystallography Reports. 2018. V. 63. P. 589. https://doi.org/10.1134/S106377451804020X
  12. Lue H., Kapurniotu A., Fingerle-Rowson G. et al. // Cell. Signalling. 2006. V. 18. № 5. P. 688. https://doi.org/10.1016/j.cellsig.2005.06.013
  13. Yoo S.A., Leng L., Kim B.J. et al. // PNAS. 2016. V. 113. № 49. P. E7917. https://doi.org/10.1073/pnas.1612717113
  14. Sokolov A.V., Dadinova L.A., Petoukhov M.V. et al. // Biochemistry (Moscow). 2018. V. 83. P. 701. https://doi.org/10.1134/S000629791806007X
  15. Timofeev V., Samygina V. // Crystals. 2023. V. 13. № 1. P. 71. https://doi.org/10.3390/cryst13010071
  16. Bijak V., Szczygiel M., Lenkiewicz J. et al. // Expert Opin. Drug Discovery. 2023. V. 18. № 11. P. 1221. https://doi.org/10.1080/17460441.2023.2246881
  17. Wei H., McCammon J.A. // npj Drug Discovery. 2024. V. 1. № 1. P. 1. https://doi.org/10.1038/s44386-024-00001-2
  18. Samygina V.R. // Russ. Chem. Rev. 2016. V. 85. № 5. P. 464. https://doi.org/10.1070/RCR4529
  19. Zhu S., Yang S., Chen Y. et al. // J. Enzyme Inhib. Med. Chem. 2025. V. 40. № 1. P. 2501378. https://doi.org/10.1080/14756366.2025.2501378
  20. Lubetsky J., Dios A., Han J. et al. // J. Biol. Chem. 2002. V. 277. № 28. P. 24976. https://doi.org/10.1074/jbc.M203220200
  21. Dziedzic P., Cisneros J., Robertson M. et al. // JACS. 2015. V. 137. № 8. P. 2996. https://doi.org/10.1021/ja512112j
  22. McLean L., Zhang Y., Li H. et al. // Bioorg. Med. Chem. Lett. 2010. V. 20. № 6. P. 1821. https://doi.org/10.1016/j.bmcl.2010.02.009
  23. Crichlow G., Cheng K., Dabideen D. et al. // J. Biol. Chem. 2007. V. 282. № 32. P. 23089. https://doi.org/10.1074/jbc.M701825200
  24. McLean L., Zhang Y., Li H. et al. // Bioorg. Med. Chem. Lett. 2009. V. 19. № 23. P. 6717. https://doi.org/10.1016/j.bmcl.2009.09.106
  25. Crichlow G., Fan C., Keeler C. et al. // Biochem. 2012. V. 51. № 38. P. 7506. https://doi.org/10.1021/bi3005494
  26. Spencer E.S., Dale E.G., Gommans A.L. et al. // Eur. J. Med. Chem. 2015. V. 93. P. 501. https://doi.org/10.1016/j.ejmech.2015.02.012
  27. Dubova K., Sokolov A., Gorbunov N. et al. // Crystallography Reports. 2018. V. 63. P. 951. https://doi.org/10.1134/S1063774518060111
  28. Boyko K.M., Timofeev V.I., Samygina V.R. et al. // Crystallography Reports. 2016. V. 61. № 5. P. 691. https://doi.org/10.7868/S0023476116050052
  29. Rigaku Oxford Diffraction. CrysAlis PRO; Oxford Diffraction Ltd.: Oxfordshire, UK, 2017. https://rigaku.com/products/crystallography/x-ray-diffraction/crysalispro
  30. Kabsch W. // Acta Cryst. D. 2010. V. 66. P. 133. https://doi.org/10.1107/S0907444909047374
  31. Vagin A., Teplyakov A. // J. Appl. Cryst. 1997. V. 30. № 6. P. 1022. https://doi.org/10.1107/S0021889897006766
  32. Kovalevskiy O., Nicholls R.A., Long F. et al. // Acta Cryst. D. 2018. V. 74. № 3. P. 215. https://doi.org/10.1107/S2059798318000979
  33. Agirre J., Atanasova M., Bagdonas H. et al. // Acta Cryst. D. 2023. V. 79. № 6. P. 449. https://doi.org/10.1107/ S2059798323003595
  34. Emsley P., Cowtan K. // Acta Cryst. D. 2004. V. 60. № 12. P. 2126. https://doi.org/10.1107/S0907444904019158
  35. Schrödinger L., DeLano W. 2020. PyMOL. http://www.pymol.org/pymol
  36. Dubovskii P.V., Dubova K.M., Bourenkov G. et al. // Toxins. 2022. V. 14. № 2. P. 149. https://doi.org/10.3390/toxins14020149
  37. Shabalin I.G., Serov A.E., Skirgello O.E. et al. // Crystallography Reports. 2010. V. 55. № 5. P. 806. https://doi.org/10.1134/S1063774510050159

Supplementary files

Supplementary Files
Action
1. JATS XML
Download

Copyright (c) 2025 Russian Academy of Sciences

Согласие на обработку персональных данных с помощью сервиса «Яндекс.Метрика»

1. Я (далее – «Пользователь» или «Субъект персональных данных»), осуществляя использование сайта https://journals.rcsi.science/ (далее – «Сайт»), подтверждая свою полную дееспособность даю согласие на обработку персональных данных с использованием средств автоматизации Оператору - федеральному государственному бюджетному учреждению «Российский центр научной информации» (РЦНИ), далее – «Оператор», расположенному по адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А, со следующими условиями.

2. Категории обрабатываемых данных: файлы «cookies» (куки-файлы). Файлы «cookie» – это небольшой текстовый файл, который веб-сервер может хранить в браузере Пользователя. Данные файлы веб-сервер загружает на устройство Пользователя при посещении им Сайта. При каждом следующем посещении Пользователем Сайта «cookie» файлы отправляются на Сайт Оператора. Данные файлы позволяют Сайту распознавать устройство Пользователя. Содержимое такого файла может как относиться, так и не относиться к персональным данным, в зависимости от того, содержит ли такой файл персональные данные или содержит обезличенные технические данные.

3. Цель обработки персональных данных: анализ пользовательской активности с помощью сервиса «Яндекс.Метрика».

4. Категории субъектов персональных данных: все Пользователи Сайта, которые дали согласие на обработку файлов «cookie».

5. Способы обработки: сбор, запись, систематизация, накопление, хранение, уточнение (обновление, изменение), извлечение, использование, передача (доступ, предоставление), блокирование, удаление, уничтожение персональных данных.

6. Срок обработки и хранения: до получения от Субъекта персональных данных требования о прекращении обработки/отзыва согласия.

7. Способ отзыва: заявление об отзыве в письменном виде путём его направления на адрес электронной почты Оператора: info@rcsi.science или путем письменного обращения по юридическому адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А

8. Субъект персональных данных вправе запретить своему оборудованию прием этих данных или ограничить прием этих данных. При отказе от получения таких данных или при ограничении приема данных некоторые функции Сайта могут работать некорректно. Субъект персональных данных обязуется сам настроить свое оборудование таким способом, чтобы оно обеспечивало адекватный его желаниям режим работы и уровень защиты данных файлов «cookie», Оператор не предоставляет технологических и правовых консультаций на темы подобного характера.

9. Порядок уничтожения персональных данных при достижении цели их обработки или при наступлении иных законных оснований определяется Оператором в соответствии с законодательством Российской Федерации.

10. Я согласен/согласна квалифицировать в качестве своей простой электронной подписи под настоящим Согласием и под Политикой обработки персональных данных выполнение мною следующего действия на сайте: https://journals.rcsi.science/ нажатие мною на интерфейсе с текстом: «Сайт использует сервис «Яндекс.Метрика» (который использует файлы «cookie») на элемент с текстом «Принять и продолжить».