Polymorphism of the NIPAL1 gene rs135173498 as a marker of embryonic lethality in auliekol cattle

Мұқаба

Дәйексөз келтіру

Толық мәтін

Ашық рұқсат Ашық рұқсат
Рұқсат жабық Рұқсат берілді
Рұқсат жабық Тек жазылушылар үшін

Аннотация

It was found that in Auliekol cattle, SNP G/A rs135173498 associated with live weight at birth (p-value = 2.71E-06) is characterized by the absence of live-born calves homozygous for the rare genotype with a significant sample size of 497 animals. At the same time, calves with a heterozygous genotype were not characterized by a decrease in live weight at birth relative to the values of this indicator for the sample as a whole. The article analyzes possible mechanisms for the development of the phenotypic effect of SNP rs135173498 of the NIPAL1 gene as a factor of embryonic lethality in Auliekol cattle, and, presumably, in the Kazakh Whitehead, Aberdeen Angus and Charolais breeds.

Толық мәтін

Рұқсат жабық

Авторлар туралы

A. Belaya

Belarusian State Pedagogical University named after Maxim Tank

Хат алмасуға жауапты Автор.
Email: Kolyuchka005@rambler.ru
Белоруссия, Minsk

Е. Klimanova

Novosibirsk State Agrarian University

Email: Kolyuchka005@rambler.ru
Ресей, Novosibirsk

V. Norkina

Novosibirsk State Agrarian University

Email: Kolyuchka005@rambler.ru
Ресей, Novosibirsk

I. Beishova

Zhangir Khan West Kazakhstan Agrarian Technical University

Email: Kolyuchka005@rambler.ru
Қазақстан, Uralsk

Әдебиет тізімі

  1. Шайдуллин Р.Р., Фаизов Т.Х., Ганиев А.С. Характер распространения летальных генов у молочного скота // Уч. записки КГАВМ им. Н. Э. Баумана. 2015. № 2. C. 242–244. https://doi.org/cyberleninka.ru/article/n/harakter-rasprostraneniya-letalnyh-genov-u-molochnogo-skota
  2. Charlier C., Coppieters W., Rollin F. et al. Highly effective snp-based association mapping and management of recessive defects in livestock // Nat. Genet. 2008. V. 40. P. 449–454. https://doi.org/10.1038/ng.96
  3. Van Raden P.M., Olson K.M., Null D.J. et al. Harmful recessive effects on fertility detected by absence of homozygous haplotypes // J. Dairy Sci. 2011. № 94. P. 6153–6161. https://doi.org/10.3168/jds.2011-4624
  4. Fritz S., Capitan A., Djari A. et al. Detection of haplotypes associated with prenatal death in dairy cattle and identification of deleterious mutations in gart, shbg and slc37a2 // PLoS One. 2013. V. 8. № 6. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0065550
  5. Cooper T.A., Wiggans G.R., Van Raden P.M. et al. Genomic evaluation of ayrshire dairy cattle and new haplotypes affecting fertility and stillbirth in holstein, brown swiss and ayrshire breeds // http://aipl.arsusda.gov
  6. Sonstegard T.S., Cole J.B., Van Raden P.M. et al. Identification of a nonsense mutation in cwc15 associated with decreased reproductive efficiency in jersey cattle // PLoS One. 2013. V. 8. № 1. P. 1–6. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0054872
  7. McClure M., Kim E., Bickhart D. et al. Fine mapping for weaver syndrome in brown swiss cattle and the identification of 41 concordant mutations across nrcam, pnpla8 and cttnbp2 // PLoS One. 2013. V. 8. № 3. P. 1–16. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0059251
  8. Kadri N.K., Sahana G., Charlier C. et al. A 660-Kb deletion with antagonistic effects on fertility and milk production segregates at high frequency in nordic red cattle: Additional evidence for the common occurrence of balancing selection in livestock // PLoS Genet. 2014. V. 10. № 1. P. 1–11. https://doi.org/10.1371/journal.pgen.1004049
  9. Häfliger I.M., Spengeler M., Seefried F.R. et al. Four novel candidate causal variants for deficient homozygous haplotypes in holstein cattle // Sci. Rep. 2022. № 12. P. 1–13. https://doi.org/10.1038/s41598-022-09403-6
  10. Cooper T.A., Wiggans G.R., Null D.J. et al. Genomic evaluation, breed identification, and discovery of a haplotype affecting fertility for ayrshire dairy cattle // J. Dairy Sci. 2014. V. 97. № 6. P. 3878–3882. https://doi.org/10.3168/jds.2013-7427
  11. Гладырь Е.А., Терновская О.А., Костюнина О.В. Скрининг гаплотипа фертильности АН1 айрширской породы крупного рогатого скота Центрального и Северо-Западного регионов России // АгроЗооТехника. 2018. Т. 1. № 4. С. 1–13. https://doi.org/10.15838/alt.2018.1.4.1
  12. Зиновьева Н.А. Гаплотипы фертильности голштинского скота // С.-х. биология. 2016. Т. 51. № 4. C. 423–435. https://doi.org/10.15389/agrobiology.2016.4.423rus
  13. Белая Е.В., Наметов А.М., Шамшидин А.С. Полногеномный поиск ассоциаций c QTL мясной продуктивности у скота казахской белоголовой и аулиекольской пород // Главный зоотехник. 2022. № 7. С. 3–11. https://doi.org/10.33920/sel-03-2207-01
  14. Белая Е.В. Биологические функции породоспецифичных SNP-маркеров мясной продуктивности у крупного рогатого скота казахской белоголовой и аулиекольской пород // Генетика и разведение животных. 2022. № 2. С. 33–39. https://doi.org/10.31043/2410-2733-2022-2-33-39
  15. Белая Е.В., Бейшова И.С., Селионова М.И. и др. Полногеномный поиск QLT-ассоциированных SNP для прогнозирования наследственного потенциала продуктивности у казахского белоголового скота // Вестник АПК Ставрополья. 2022. № 3(47). С. 18–25. https://doi.org/10.31279/2222-9345-2022-11-47-18-25
  16. Purcell S.M., Neale B., Todd-Brown K. et al. PLINK: A tool set for whole-genome association and population-based linkage analyses // Am. J. Hum. Genet. 2007. V. 81. P. 559–575. https://doi.org/10.1086/519795
  17. Manialawy Y., Khan S.R., Bhattacharjee A. et al. The magnesium transporter nipal1 is a pancreatic islet-expressed protein that conditionally impacts insulin secretion // J. Biol. Chem. 2020. V. 295. P. 9879–9892. https://doi.org/10.1074/jbc.RA120.013277
  18. Dadousis C., Somavilla A., Ilska J.J. et al. A genome-wide association analysis for body weight at 35 days measured on 137,343 broiler chickens // Genet. Sel. Evol. 2021. V. 53(1). P. 1–14. https://doi.org/10.1186/s12711-021-00663-w
  19. Wei W., Gao W., Li Q. et al. Comprehensive characterization of posttranscriptional impairment-related 3′-utr mutations in 2413 whole genomes of cancer patients // NPJ Genom. Med. 2022. V. 7. P. 1–12. https://doi.org/10.1038/s41525-022-00305-0
  20. Mayr C. What are 3’ utrs doing? // Cold. Spring. Harb. Perspect Biol. 2019. № 10. P. 1–15. https://doi.org/10.1101/cshperspect.a034728
  21. Duff M.O., Olson S., Wei X. et al. Genome-wide identification of zero nucleotide recursive splicing in drosophila // Nature. 2015. №. 521(7552). P. 376–379. https://doi.org/10.1038/nature14475
  22. Beishova I., Dossybayev K., Shamshidin A. et al. Distribution of homozygosity regions in the genome of Кazakh cattle breeds // Diversity. 2022. V. 14(4). P. 1–11. https://doi.org/10.3390/d14040279

Қосымша файлдар

Қосымша файлдар
Әрекет
1. JATS XML
Жүктеу
2. Fig. 1. Quantile-quantile graphs (QQ plot). On the Y-axis are the observed values of p (converted using the inverse decimal logarithm of p, [15]).

Жүктеу (92KB)
Метадеректер
3. 2. Intracellular localization of NIPAL1 (GeneCards). The confidence scale is color-coded: from light green (1) for low confidence to dark green (5) for high confidence; white (0) indicates no signs of localization.

Жүктеу (317KB)
Метадеректер
4. Fig. 3. Protein–protein interactions of the protein product of the NIPAL1 gene, constructed using string-db.org (in cattle).

Жүктеу (174KB)
Метадеректер
5. 4. The level of NIPAL1 expression in 20 different human tissues (cited in [20]).

Жүктеу (146KB)
Метадеректер

© Russian Academy of Sciences, 2025

Согласие на обработку персональных данных с помощью сервиса «Яндекс.Метрика»

1. Я (далее – «Пользователь» или «Субъект персональных данных»), осуществляя использование сайта https://journals.rcsi.science/ (далее – «Сайт»), подтверждая свою полную дееспособность даю согласие на обработку персональных данных с использованием средств автоматизации Оператору - федеральному государственному бюджетному учреждению «Российский центр научной информации» (РЦНИ), далее – «Оператор», расположенному по адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А, со следующими условиями.

2. Категории обрабатываемых данных: файлы «cookies» (куки-файлы). Файлы «cookie» – это небольшой текстовый файл, который веб-сервер может хранить в браузере Пользователя. Данные файлы веб-сервер загружает на устройство Пользователя при посещении им Сайта. При каждом следующем посещении Пользователем Сайта «cookie» файлы отправляются на Сайт Оператора. Данные файлы позволяют Сайту распознавать устройство Пользователя. Содержимое такого файла может как относиться, так и не относиться к персональным данным, в зависимости от того, содержит ли такой файл персональные данные или содержит обезличенные технические данные.

3. Цель обработки персональных данных: анализ пользовательской активности с помощью сервиса «Яндекс.Метрика».

4. Категории субъектов персональных данных: все Пользователи Сайта, которые дали согласие на обработку файлов «cookie».

5. Способы обработки: сбор, запись, систематизация, накопление, хранение, уточнение (обновление, изменение), извлечение, использование, передача (доступ, предоставление), блокирование, удаление, уничтожение персональных данных.

6. Срок обработки и хранения: до получения от Субъекта персональных данных требования о прекращении обработки/отзыва согласия.

7. Способ отзыва: заявление об отзыве в письменном виде путём его направления на адрес электронной почты Оператора: info@rcsi.science или путем письменного обращения по юридическому адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А

8. Субъект персональных данных вправе запретить своему оборудованию прием этих данных или ограничить прием этих данных. При отказе от получения таких данных или при ограничении приема данных некоторые функции Сайта могут работать некорректно. Субъект персональных данных обязуется сам настроить свое оборудование таким способом, чтобы оно обеспечивало адекватный его желаниям режим работы и уровень защиты данных файлов «cookie», Оператор не предоставляет технологических и правовых консультаций на темы подобного характера.

9. Порядок уничтожения персональных данных при достижении цели их обработки или при наступлении иных законных оснований определяется Оператором в соответствии с законодательством Российской Федерации.

10. Я согласен/согласна квалифицировать в качестве своей простой электронной подписи под настоящим Согласием и под Политикой обработки персональных данных выполнение мною следующего действия на сайте: https://journals.rcsi.science/ нажатие мною на интерфейсе с текстом: «Сайт использует сервис «Яндекс.Метрика» (который использует файлы «cookie») на элемент с текстом «Принять и продолжить».