Анализ геномных ассоциаций местных и селекционных сортов культурного нута

Обложка

Цитировать

Полный текст

Аннотация

Нут (Cicer arientinum) является важной зернобобовой культурой, особо распространенной на Ближнем Востоке. Из-за сильной подверженности нута при влажной погоде таким грибковым заболеваниям, как аскохитоз и фузариоз, важна селекция устойчивых, а также скороспелых сортов. В данной работе мы исследуем геномные ассоциации для 171 образца нута, выращенных на двух опытных станциях - в Краснодарском крае (Кубанская опытная станция) и Астрахани (Астраханская опытная станция), их связь с двенадцатью фенотипическими признаками, а также с тремя признаками устойчивости к трем патогенам: фузариозу, аскохитозу и совке. При исследовании методами полногеномного анализа ассоциаций были выявлены варианты, ассоциированные с различными фенотипическими признаками.

Об авторах

М. А Дук

Санкт-Петербургский политехнический университет Петра Великого;Физико-Технический институт им. А.Ф. Иоффе

Email: duk@mail.ioffe.ru
Санкт-Петербург, Россия

А. А Канапин

Санкт-Петербургский политехнический университет Петра Великого

Санкт-Петербург, Россия

М. П Банкин

Санкт-Петербургский политехнический университет Петра Великого

Санкт-Петербург, Россия

М. А Вишнякова

Всероссийский институт генетических ресурсов растений им. Н.И. Вавилова

Санкт-Петербург, Россия

С. В Булынцев

Всероссийский институт генетических ресурсов растений им. Н.И. Вавилова

Санкт-Петербург, Россия

М. Г Самсонова

Санкт-Петербургский политехнический университет Петра Великого

Санкт-Петербург, Россия

Список литературы

  1. R. J. Redden and J. D., Berger, In Chickpea Breeding & Management (CABI: Wallingford, UK, 2007), pp. 113.
  2. R. K. Varshney, M. Thudi, M. Roorkiwal, et al, Nat. Genet., 51 (5), 857 (2019).
  3. M. Thudi, et al., Sci. Rep., 6, 38636 (2016).
  4. J. Kumar and S. Abbo, Adv. Agronomy, 72, 107 (2001).
  5. V. V. Gursky, K. N. Kozlov, S. V. Nuzhdin, and M. G. Samsonova, Front. Genetics, 9, 547 (2018)
  6. U. Ch. Jha, P. Ch. Kole, and N. P. Singh, Legume Res., 44 (4), 382 (2019)
  7. A. Sokolkova, S. V. Bulyntsev, P.L. Chang, et al., Int. J. Mol. Sci., 21, 3952 (2020)
  8. R. K. Varshney, et al., Nature, 599, 622 (2021)
  9. P. J. Bradbury, Z. Zhang, D. E. Kroon, et al., Bioinformatics 23, 2633 (2007)
  10. Sh. Purcell, et al., Am. J. Hum. Genet., 81 (3), 559 (2007)
  11. X. Zheng, D. Levine, J. Shen, et al., Bioinformatics, 28 (24), 3326 (2012)
  12. D. H. Alexander, J. Novembre, and K. Lange, Genome Res., 19, 1655 (2009)
  13. J. Wang and Z. Zhang, Genomics Proteomics Bioinformatics, 19 (4), 629 (2021)
  14. P. Danecek, A. Auton, G. Abecasis, et al., Bioinformatics, 27 (15), 2156 (2011)
  15. Ch. Zhang, Sh.-Sh. Dong, J.-Y. Xu, et al., Bioinformatics, 35, 1786 (2019)

Дополнительные файлы

Доп. файлы
Действие
1. JATS XML
Скачать

© Российская академия наук, 2023

Согласие на обработку персональных данных с помощью сервиса «Яндекс.Метрика»

1. Я (далее – «Пользователь» или «Субъект персональных данных»), осуществляя использование сайта https://journals.rcsi.science/ (далее – «Сайт»), подтверждая свою полную дееспособность даю согласие на обработку персональных данных с использованием средств автоматизации Оператору - федеральному государственному бюджетному учреждению «Российский центр научной информации» (РЦНИ), далее – «Оператор», расположенному по адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А, со следующими условиями.

2. Категории обрабатываемых данных: файлы «cookies» (куки-файлы). Файлы «cookie» – это небольшой текстовый файл, который веб-сервер может хранить в браузере Пользователя. Данные файлы веб-сервер загружает на устройство Пользователя при посещении им Сайта. При каждом следующем посещении Пользователем Сайта «cookie» файлы отправляются на Сайт Оператора. Данные файлы позволяют Сайту распознавать устройство Пользователя. Содержимое такого файла может как относиться, так и не относиться к персональным данным, в зависимости от того, содержит ли такой файл персональные данные или содержит обезличенные технические данные.

3. Цель обработки персональных данных: анализ пользовательской активности с помощью сервиса «Яндекс.Метрика».

4. Категории субъектов персональных данных: все Пользователи Сайта, которые дали согласие на обработку файлов «cookie».

5. Способы обработки: сбор, запись, систематизация, накопление, хранение, уточнение (обновление, изменение), извлечение, использование, передача (доступ, предоставление), блокирование, удаление, уничтожение персональных данных.

6. Срок обработки и хранения: до получения от Субъекта персональных данных требования о прекращении обработки/отзыва согласия.

7. Способ отзыва: заявление об отзыве в письменном виде путём его направления на адрес электронной почты Оператора: info@rcsi.science или путем письменного обращения по юридическому адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А

8. Субъект персональных данных вправе запретить своему оборудованию прием этих данных или ограничить прием этих данных. При отказе от получения таких данных или при ограничении приема данных некоторые функции Сайта могут работать некорректно. Субъект персональных данных обязуется сам настроить свое оборудование таким способом, чтобы оно обеспечивало адекватный его желаниям режим работы и уровень защиты данных файлов «cookie», Оператор не предоставляет технологических и правовых консультаций на темы подобного характера.

9. Порядок уничтожения персональных данных при достижении цели их обработки или при наступлении иных законных оснований определяется Оператором в соответствии с законодательством Российской Федерации.

10. Я согласен/согласна квалифицировать в качестве своей простой электронной подписи под настоящим Согласием и под Политикой обработки персональных данных выполнение мною следующего действия на сайте: https://journals.rcsi.science/ нажатие мною на интерфейсе с текстом: «Сайт использует сервис «Яндекс.Метрика» (который использует файлы «cookie») на элемент с текстом «Принять и продолжить».