Genome-wide association analysis in chickpea landraces and cultivars

Capa

Citar

Texto integral

Acesso aberto Acesso aberto
Acesso é fechado Acesso está concedido
Acesso é fechado Somente assinantes

Resumo

Chickpea (Cicer arientinum) is an important leguminous crop, which is widely grown especially in the Near East. In wet weather conditions, the susceptibility of chickpeas to fungal diseases such as Ascochyta blight and Fusarium blight increases. Thus, selection of disease-resistant and early-ripening varieties is critically needed. The present study was conducted to investigate genome associations in 171 samples of chickpea plants, grown in two experimental stations in Krasnodar (Kuban experimental station) and Astrakhan (Astrakhan experimental station), examine relationship between genes and 12 phenotypic traits as well as explore the association between genes and 3 hallmarks of resistance to pathogenes: Fusarium blight, Ascochyta blight and Noctuidae. Variants associated with different phenotypic traits were identified using a genome-wide association study (GWAS).

Sobre autores

M. Duk

Peter the Great St. Petersburg Polytechnic University;Ioffe Institute

Email: duk@mail.ioffe.ru
St. Petersburg, Russia

A. Kanapin

Peter the Great St. Petersburg Polytechnic University

St. Petersburg, Russia

M. Bankin

Peter the Great St. Petersburg Polytechnic University

St. Petersburg, Russia

M. Vishnyakova

Federal Research Center N. I. Vavilov All-Russian Institute of Plant Genetic Resources (VIR)

St. Petersburg, Russia

S. Bulyntsev

Federal Research Center N. I. Vavilov All-Russian Institute of Plant Genetic Resources (VIR)

St. Petersburg, Russia

M. Samsonova

Peter the Great St. Petersburg Polytechnic University

St. Petersburg, Russia

Bibliografia

  1. R. J. Redden and J. D., Berger, In Chickpea Breeding & Management (CABI: Wallingford, UK, 2007), pp. 113.
  2. R. K. Varshney, M. Thudi, M. Roorkiwal, et al, Nat. Genet., 51 (5), 857 (2019).
  3. M. Thudi, et al., Sci. Rep., 6, 38636 (2016).
  4. J. Kumar and S. Abbo, Adv. Agronomy, 72, 107 (2001).
  5. V. V. Gursky, K. N. Kozlov, S. V. Nuzhdin, and M. G. Samsonova, Front. Genetics, 9, 547 (2018)
  6. U. Ch. Jha, P. Ch. Kole, and N. P. Singh, Legume Res., 44 (4), 382 (2019)
  7. A. Sokolkova, S. V. Bulyntsev, P.L. Chang, et al., Int. J. Mol. Sci., 21, 3952 (2020)
  8. R. K. Varshney, et al., Nature, 599, 622 (2021)
  9. P. J. Bradbury, Z. Zhang, D. E. Kroon, et al., Bioinformatics 23, 2633 (2007)
  10. Sh. Purcell, et al., Am. J. Hum. Genet., 81 (3), 559 (2007)
  11. X. Zheng, D. Levine, J. Shen, et al., Bioinformatics, 28 (24), 3326 (2012)
  12. D. H. Alexander, J. Novembre, and K. Lange, Genome Res., 19, 1655 (2009)
  13. J. Wang and Z. Zhang, Genomics Proteomics Bioinformatics, 19 (4), 629 (2021)
  14. P. Danecek, A. Auton, G. Abecasis, et al., Bioinformatics, 27 (15), 2156 (2011)
  15. Ch. Zhang, Sh.-Sh. Dong, J.-Y. Xu, et al., Bioinformatics, 35, 1786 (2019)

Arquivos suplementares

Arquivos suplementares
Ação
1. JATS XML
Baixar

Declaração de direitos autorais © Russian Academy of Sciences, 2023

Согласие на обработку персональных данных с помощью сервиса «Яндекс.Метрика»

1. Я (далее – «Пользователь» или «Субъект персональных данных»), осуществляя использование сайта https://journals.rcsi.science/ (далее – «Сайт»), подтверждая свою полную дееспособность даю согласие на обработку персональных данных с использованием средств автоматизации Оператору - федеральному государственному бюджетному учреждению «Российский центр научной информации» (РЦНИ), далее – «Оператор», расположенному по адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А, со следующими условиями.

2. Категории обрабатываемых данных: файлы «cookies» (куки-файлы). Файлы «cookie» – это небольшой текстовый файл, который веб-сервер может хранить в браузере Пользователя. Данные файлы веб-сервер загружает на устройство Пользователя при посещении им Сайта. При каждом следующем посещении Пользователем Сайта «cookie» файлы отправляются на Сайт Оператора. Данные файлы позволяют Сайту распознавать устройство Пользователя. Содержимое такого файла может как относиться, так и не относиться к персональным данным, в зависимости от того, содержит ли такой файл персональные данные или содержит обезличенные технические данные.

3. Цель обработки персональных данных: анализ пользовательской активности с помощью сервиса «Яндекс.Метрика».

4. Категории субъектов персональных данных: все Пользователи Сайта, которые дали согласие на обработку файлов «cookie».

5. Способы обработки: сбор, запись, систематизация, накопление, хранение, уточнение (обновление, изменение), извлечение, использование, передача (доступ, предоставление), блокирование, удаление, уничтожение персональных данных.

6. Срок обработки и хранения: до получения от Субъекта персональных данных требования о прекращении обработки/отзыва согласия.

7. Способ отзыва: заявление об отзыве в письменном виде путём его направления на адрес электронной почты Оператора: info@rcsi.science или путем письменного обращения по юридическому адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А

8. Субъект персональных данных вправе запретить своему оборудованию прием этих данных или ограничить прием этих данных. При отказе от получения таких данных или при ограничении приема данных некоторые функции Сайта могут работать некорректно. Субъект персональных данных обязуется сам настроить свое оборудование таким способом, чтобы оно обеспечивало адекватный его желаниям режим работы и уровень защиты данных файлов «cookie», Оператор не предоставляет технологических и правовых консультаций на темы подобного характера.

9. Порядок уничтожения персональных данных при достижении цели их обработки или при наступлении иных законных оснований определяется Оператором в соответствии с законодательством Российской Федерации.

10. Я согласен/согласна квалифицировать в качестве своей простой электронной подписи под настоящим Согласием и под Политикой обработки персональных данных выполнение мною следующего действия на сайте: https://journals.rcsi.science/ нажатие мною на интерфейсе с текстом: «Сайт использует сервис «Яндекс.Метрика» (который использует файлы «cookie») на элемент с текстом «Принять и продолжить».