Уточнение позиций нуклеосом внутри отдельных генов с использованием методов молекулярногомоделирования и данных mnase-секвенирования

Обложка

Цитировать

Полный текст

Открытый доступ Открытый доступ
Доступ закрыт Доступ предоставлен
Доступ закрыт Только для подписчиков

Аннотация

Организация хроматина играет важную роль в регуляции работы генетического аппарата клетки. Основной единицей упаковки хроматина является нуклеосома, хранящая на себе ДНК длиной около 145 пар нуклеотидов. Упаковка генетического материала и его доступность для ферментов транскрипции и других регуляторных хроматиновых белков зависят от позиции нуклеосом. Для исследования позиций нуклеосом в геноме применяют MNase-секвенирование. Данные MNase-секвенирования позволяют детектировать факт наличия нуклеосом на последовательности, однако их точное позиционирование сложно установить по этим данным. Для уточнения положений нуклеосом необходимо дополнительно фильтровать и обрабатывать данные. В данной работе предлагается комбинированный метод отбора возможных позиций нуклеосом по данным MNase-секвенирования, основанный на геометрическом анализе молекулярных моделей нуклеосомных цепочек. Разработанный алгоритм позволяет эффективно отсеивать недоступные комбинации нуклеосомных цепочек и конформационно запрещенные позиции нуклеосом.

Об авторах

В. А Васильев

Московский государственный университет имени М.В. Ломоносова

Москва, Россия

Д. М Рябов

Московский государственный университет имени М.В. Ломоносова

Москва, Россия

А. К Шайтан

Московский государственный университет имени М.В. Ломоносова

Москва, Россия

Г. А Армеев

Московский государственный университет имени М.В. Ломоносова

Email: armeev@intbio.org
Москва, Россия

Список литературы

  1. G. S. Omenn, Mol. Cell. Proteomics, 20, 100062 (2021).
  2. P. T. Lowary and J. Widom, J. Mol. Biol., 276 (1), 19 (1998).
  3. J. Ocampo, et al., Nucl/ Acids Res., 44 (10), 4625 (2016).
  4. G.-C. Yuan, et al., Science, 309 (5734), 626 (2005).
  5. W. Lee, et al., Nature Genet., 39 (10), 1235 (2007).
  6. D. S. Saxton and J. Rine, Proc. Natl. Acad. USA, 117 (44), 27493 (2020).
  7. J. Feser and J. Tyler, FEBS Lett., 585 (13), 2041 (2011).
  8. G. A. Armeev, et al., Nature Commun., 12 (1), 2387 (2021).
  9. C. Dingwall, G. P. Lomonossoff, and R. A. Laskey, Nucl. Acids Res., 9 (12), 2659 (1981).
  10. T.-H. S. Hsieh, et al., Cell, 162 (1), 108 (2015).
  11. R. Schopflin, et al., Bioinformatics, 29 (19), 2380 (2013).
  12. X. Zhou, et al., eLife, 5, e16970 (2016).
  13. H. A. Cole, et al., Nucl. Acids Res., 44 (2), 573 (2016).
  14. R. Leinonen, H. Sugawara, and M. Shumway, Nucl. Acids Res., 39 (Database issue), D19 (2011).
  15. B. Langmead and S. L. Salzberg, Nature Methods, 9 (4), 357 (2012).
  16. K. Waern and M. Snyder, G3: Genes, Genomes, Genetics, 3 (2), 343 (2013).
  17. D. Vasudevan, E. Y. D. Chua, and C. A. Davey, J. Mol. Biol., 403 (1), 1 (2010).
  18. T. Tsukiyama, et al., Genes Dev., 13 (6), 686 (1999).
  19. N. Kepper, et al., Biophys. J., 95 (8), 3692 (2008).
  20. D. Norouzi, et al., AIMS Biophys., 2 (4), 613 (2015).
  21. V. B. Zhurkin and D. Norouzi, Biophys. J., 120 (4), 577 (2021).
  22. R. V. Chereji, T. D. Bryson, and S. Henikoff, Genome Biol., 20 (1), 198 (2019).
  23. J. S. Mitchell, et al., J. Chem. Theory Comput., 13 (4), 1539 (2017).

Дополнительные файлы

Доп. файлы
Действие
1. JATS XML
Скачать

© Российская академия наук, 2023

Согласие на обработку персональных данных с помощью сервиса «Яндекс.Метрика»

1. Я (далее – «Пользователь» или «Субъект персональных данных»), осуществляя использование сайта https://journals.rcsi.science/ (далее – «Сайт»), подтверждая свою полную дееспособность даю согласие на обработку персональных данных с использованием средств автоматизации Оператору - федеральному государственному бюджетному учреждению «Российский центр научной информации» (РЦНИ), далее – «Оператор», расположенному по адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А, со следующими условиями.

2. Категории обрабатываемых данных: файлы «cookies» (куки-файлы). Файлы «cookie» – это небольшой текстовый файл, который веб-сервер может хранить в браузере Пользователя. Данные файлы веб-сервер загружает на устройство Пользователя при посещении им Сайта. При каждом следующем посещении Пользователем Сайта «cookie» файлы отправляются на Сайт Оператора. Данные файлы позволяют Сайту распознавать устройство Пользователя. Содержимое такого файла может как относиться, так и не относиться к персональным данным, в зависимости от того, содержит ли такой файл персональные данные или содержит обезличенные технические данные.

3. Цель обработки персональных данных: анализ пользовательской активности с помощью сервиса «Яндекс.Метрика».

4. Категории субъектов персональных данных: все Пользователи Сайта, которые дали согласие на обработку файлов «cookie».

5. Способы обработки: сбор, запись, систематизация, накопление, хранение, уточнение (обновление, изменение), извлечение, использование, передача (доступ, предоставление), блокирование, удаление, уничтожение персональных данных.

6. Срок обработки и хранения: до получения от Субъекта персональных данных требования о прекращении обработки/отзыва согласия.

7. Способ отзыва: заявление об отзыве в письменном виде путём его направления на адрес электронной почты Оператора: info@rcsi.science или путем письменного обращения по юридическому адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А

8. Субъект персональных данных вправе запретить своему оборудованию прием этих данных или ограничить прием этих данных. При отказе от получения таких данных или при ограничении приема данных некоторые функции Сайта могут работать некорректно. Субъект персональных данных обязуется сам настроить свое оборудование таким способом, чтобы оно обеспечивало адекватный его желаниям режим работы и уровень защиты данных файлов «cookie», Оператор не предоставляет технологических и правовых консультаций на темы подобного характера.

9. Порядок уничтожения персональных данных при достижении цели их обработки или при наступлении иных законных оснований определяется Оператором в соответствии с законодательством Российской Федерации.

10. Я согласен/согласна квалифицировать в качестве своей простой электронной подписи под настоящим Согласием и под Политикой обработки персональных данных выполнение мною следующего действия на сайте: https://journals.rcsi.science/ нажатие мною на интерфейсе с текстом: «Сайт использует сервис «Яндекс.Метрика» (который использует файлы «cookie») на элемент с текстом «Принять и продолжить».