BearBase: БАЗА ДАННЫХ МУЗЕЙНОЙ КОЛЛЕКЦИИ ОБРАЗЦОВ БЕЛОГО МЕДВЕДЯ

Обложка

Цитировать

Полный текст

Открытый доступ Открытый доступ
Доступ закрыт Доступ предоставлен
Доступ закрыт Только для подписчиков

Аннотация

Вклад музейных коллекций в современные научные исследования существенно вырос благодаря развитию современных омиксных технологий и методов генетического анализа. Однако, несмотря на переход к цифровым форматам хранения данных, управление ими и менеджмент коллекций попрежнему сопряжен с трудностями. Существующие программные инструменты разработаны для решения конкретных задач и часто требуют развитых технических навыков, что ограничивает сферу их применимости. Для решения этих проблем мы разработали BearBase – удобную и портативную систему управления базами данных, не требующую продвинутой экспертизы в сфере информационных технологий. Она имеет как серверные, так и клиентские компоненты, поддерживает работу в автономном режиме, а также синхронизиронизацию с мобильными устройствами для работы в полевых условиях. Пользователи могут легко импортировать данные из таких форматов, как MS Excel, и изменять структуру баз данных по мере необходимости. Программное обеспечение с открытым исходным кодом доступно на GitHub. В настоящее время в BearBase хранятся данные примерно о 500 образцах белого медведя (Ursus maritimus) из коллекции Зоологического института РАН (Санкт-Петербург), охватывающих временной интервал активных исследований и промышленного освоения арктического региона с середины XIX века по наши дни. Кроме того, система может быть использована для управления коллекциями любых биологических или медицинских образцов.

Об авторах

И. В Бездворных

Санкт-Петербургский политехнический университет Петра Великого

Санкт-Петербург, Россия

А. А Канапин

Санкт-Петербургский политехнический университет Петра Великого

Санкт-Петербург, Россия

А. А Самсонова

Санкт-Петербургский политехнический университет Петра Великого

Санкт-Петербург, Россия

Е. А Орлова

Санкт-Петербургский политехнический университет Петра Великого

Санкт-Петербург, Россия

М. В Саблин

Зоологический институт РАН

Санкт-Петербург, Россия

А. В Абрамов

Зоологический институт РАН

Санкт-Петербург, Россия

В. В Платонов

Зоологический институт РАН

Санкт-Петербург, Россия

Д. Хирата

Санкт-Петербургский политехнический университет Петра Великого

Email: dhirata59@gmail.com
Санкт-Петербург, Россия

Список литературы

  1. Benham P. M. and Bowie R. C. K. Natural history collections as a resource for conservation genomics: Understanding the past to preserve the future. J. Heredity, 114 (4), 367–384 (2023). doi: 10.1093/jhered/esac066, PMID: 36512345
  2. Card D. C., Shapiro B., Giribet G., Moritz C., and Edwards S. V. Museum genomics. Annu. Rev. Genet., 55, 633–659 (2021). doi: 10.1146/annurev-genet-071719-020506, PMID: 34555285
  3. Raxworthy C. J. and Smith B. T. Mining museums for historical DNA: advances and challenges in museomics. Trends Ecol Evol., 36 (11), 1049–1060 (2021). doi: 10.1016/j.tree.2021.07.009, PMID: 34456066
  4. Crescente J. M., Guidobaldi F., Demichelis M., Formica M. B., Helguera M., and Vanzetti L. S. Phenobook: an open-source software for phenotypic data collection. Gigascience, 6 (4), 1–5 (2017). doi: 10.1093/gigascience/giw019, PMID: 28327910
  5. Raubach S., Schreiber M., and Shaw P. D. GridScore: a tool for accurate, cross-platform phenotypic data collection and visualization. BMC Bioinformatics, 23 (1), 214 (2022). doi: 10.1186/s12859-022-04755-2, PMID: 35668357
  6. Bán M., Boné G. M., Bérces S., Barta Z., Kovács I., Ecsedi K., and Sipos K. OpenBioMaps – self-hosted data management platform and distributed service for biodiversity related data. Earth Sci. Inform., 15, 2007–2016 (2022). doi: 10.1007/s12145-022-00818-3
  7. Kimble M., Allers S., Campbell K., Chen C., Jackson L. M., King B. L., Silverbrand S., York G., and Beard K. medna-metadata: an open-source data management system for tracking environmental DNA samples and metadata. Bioinformatics, 38 (19), 4589–4597 (2022). doi: 10.1093/bioinformatics/btac556, PMID: 35960154
  8. Timón-Reina S., Rincón M., and Martínez-Tomás R. An overview of graph databases and their applications in the biomedical domain. Database (Oxford), 2021, baab026 (2021). doi: 10.1093/database/baab026, PMID: 34003247
  9. Page R. D. M. Ozymandias: a biodiversity knowledge graph. PeerJ. 7, e6739 (2019). doi: 10.7717/peerj.6739, PMID: 30993051

Дополнительные файлы

Доп. файлы
Действие
1. JATS XML

© Российская академия наук, 2025

Согласие на обработку персональных данных с помощью сервиса «Яндекс.Метрика»

1. Я (далее – «Пользователь» или «Субъект персональных данных»), осуществляя использование сайта https://journals.rcsi.science/ (далее – «Сайт»), подтверждая свою полную дееспособность даю согласие на обработку персональных данных с использованием средств автоматизации Оператору - федеральному государственному бюджетному учреждению «Российский центр научной информации» (РЦНИ), далее – «Оператор», расположенному по адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А, со следующими условиями.

2. Категории обрабатываемых данных: файлы «cookies» (куки-файлы). Файлы «cookie» – это небольшой текстовый файл, который веб-сервер может хранить в браузере Пользователя. Данные файлы веб-сервер загружает на устройство Пользователя при посещении им Сайта. При каждом следующем посещении Пользователем Сайта «cookie» файлы отправляются на Сайт Оператора. Данные файлы позволяют Сайту распознавать устройство Пользователя. Содержимое такого файла может как относиться, так и не относиться к персональным данным, в зависимости от того, содержит ли такой файл персональные данные или содержит обезличенные технические данные.

3. Цель обработки персональных данных: анализ пользовательской активности с помощью сервиса «Яндекс.Метрика».

4. Категории субъектов персональных данных: все Пользователи Сайта, которые дали согласие на обработку файлов «cookie».

5. Способы обработки: сбор, запись, систематизация, накопление, хранение, уточнение (обновление, изменение), извлечение, использование, передача (доступ, предоставление), блокирование, удаление, уничтожение персональных данных.

6. Срок обработки и хранения: до получения от Субъекта персональных данных требования о прекращении обработки/отзыва согласия.

7. Способ отзыва: заявление об отзыве в письменном виде путём его направления на адрес электронной почты Оператора: info@rcsi.science или путем письменного обращения по юридическому адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А

8. Субъект персональных данных вправе запретить своему оборудованию прием этих данных или ограничить прием этих данных. При отказе от получения таких данных или при ограничении приема данных некоторые функции Сайта могут работать некорректно. Субъект персональных данных обязуется сам настроить свое оборудование таким способом, чтобы оно обеспечивало адекватный его желаниям режим работы и уровень защиты данных файлов «cookie», Оператор не предоставляет технологических и правовых консультаций на темы подобного характера.

9. Порядок уничтожения персональных данных при достижении цели их обработки или при наступлении иных законных оснований определяется Оператором в соответствии с законодательством Российской Федерации.

10. Я согласен/согласна квалифицировать в качестве своей простой электронной подписи под настоящим Согласием и под Политикой обработки персональных данных выполнение мною следующего действия на сайте: https://journals.rcsi.science/ нажатие мною на интерфейсе с текстом: «Сайт использует сервис «Яндекс.Метрика» (который использует файлы «cookie») на элемент с текстом «Принять и продолжить».