Analysis of the secondary structure of chromatin linker proteins HMGB1, H1 and their complexes

Мұқаба

Дәйексөз келтіру

Толық мәтін

Ашық рұқсат Ашық рұқсат
Рұқсат жабық Рұқсат берілді
Рұқсат жабық Тек жазылушылар үшін

Аннотация

The nonhistone chromosomal protein HMGB1 and histone H1 are chromatin linker proteins. The functions of linker proteins are closely related to their conformational state. Currently, the structure of proteins that play a key role in the formation of higher levels of chromatin structural organization is being actively studied. In this work, a comparative analysis of the secondary structure of the linker histone H1 and the nonhistone protein HMGB1 was carried out. By using UV-circular dichroism and FTIR spectroscopy it was shown that the positively charged histone H1 binds to the C-terminal fragment of HMGB1, stabilizing the resulting complex and inducing the formation of additional a-helical regions in both proteins.

Авторлар туралы

E. Chikhirzhina

Institute of Cytology, Russian Academy of Sciences

Saint-Petersburg, Russia

A. Polyanichko

Institute of Cytology, Russian Academy of Sciences;St Petersburg State University

Email: a.polyanichko@spbu.ru
Saint-Petersburg, Russia

Әдебиет тізімі

  1. C. L. Woodcock and R. P. Ghosh, Cold Spring Harb. Perspect. Biol., 2, a000296 (2010).
  2. K. Luger, M. L. Dechassa, and D. J. Tremethick, Nat. Rev. Mol. Cell Biol., 13, 436 (2012).
  3. A. E. White, A. R. Hieb, and K. Luger, Sci. Rep., 6, 19122 (2016).
  4. Е. В. Чихиржина, Т. Ю. Старкова и А. М. Поляничко, Биофизика, 63, 1070 (2018).
  5. E. V. Chikhirzhina, T. Y. Starkova, A. Beljajev, et al., Int. J. Mol. Sci., 21, 7948 (2020).
  6. Е. В. Чихиржина, Т. Ю. Старкова и А. М. Поляничко, Биофизика, 65, 237 (2020).
  7. R. Reeves, DNA Repair, 36, 122 (2015).
  8. Е. В. Чихиржина, А. М. Поляничко и Т. Ю. Старкова, Цитология, 62, 716 (2020).
  9. E. V. Chikhirzhina, T. Yu. Starkova, and A. M. Polyanichko, Biophysics, 66, 373 (2021).
  10. A. Raucci, S. Di Maggio, F. Scavello, et al., Cell Mol. Life Sci., 76, 211 (2019)
  11. V. Ramakrishnan, J. T. Fich, V. Graziano, et al., Nature, 362, 219 (1993).
  12. C. Cerf, G. Lippens, V. Ramakrishnan, et al., Biochemistry, 33, 11079 (1994).
  13. Y. V. Postnikov and M. Bustin, Biochim. Biophys. Acta, 1859, 462 (2016).
  14. F. Totsingan and A. J. Jr. Bell, Prot. Sci., 22, 1552 (2013).
  15. Е. В. Чихиржина, Е. И. Костылева, А. М. Поляничко и В. И. Воробьев, Цитология, 40, 883 (1998).
  16. M. Watson, K. Stottm, and J. O. Thomas, Mol. Biol., 374, 1286 (2007).
  17. K. Stott, M. Watson, F. S. Howe, et al., J. Mol. Biol., 403, 706 (2010).
  18. J. Zlatanova and J. Yaneva, DNA Cell Biol., 10, 239 (1991).
  19. Е. И. Рамм, Е. В. Чихиржина, Е. И. Костылева и В. И. Воробьев, Биохимия, 59, 150 (1995).
  20. N. J. Greenfield, Nature Protocols, 1, 2876 (2006).
  21. Е. В. Чихиржина, А. М. Поляничко, Е. И. Костылева и В. И. Воробьев, Молекуляр. биология, 45, 356 (2011).
  22. A. M. Polyanichko, V. V. Andrushchenko, P. Bour, et al., In Circular Dichroism: Theory and Spectroscopy, ed. by D. S. Rodgers (Nova Science Publishers, N.-Y., 2012), pp. 67-126.
  23. A. Micsonai, F. Wien, L. Kernya, and J. Kardos, Biophys.Comput. Biol., 112, E3095 (2015).
  24. Е. В. Чихиржина, Е. И. Костылева, В. И. Воробьев и А. М. Поляничко, Цитология 60, 923 (2018).
  25. Y. Izumi, K. Matsuo, K. Fujii, et al., J. Radiat. Res., 59, 108 (2018).
  26. A. J. Miles, R. W. Janes, and B. A. Wallace, Chem. Soc. Rev., 50, 8400 (2021).
  27. A. Polyanichko and H. Wieser, Biopolymers, 78, 329 (2005).
  28. A. Polyanichko and E. Chikhirzhina, J. Mol. Struct., 1044, 167 (2013).
  29. А. М. Поляничко, В. И. Воробьев и Е. В. Чихиржина, Молекуляр. биология, 47, 338 (2013).
  30. Е. В. Чихиржина, А. М. Поляничко, А. Н. Скворцов и др., Молекуляр. биология, 36, 525 (2002).
  31. U. K. Laemmli, Nature, 227, 680 (1970).
  32. A. Louis-Jeune, M. A. Andrade-Navarro, and C. Perez-Iratxeta, Proteins, 80, 374 (2012).
  33. J. A. Morrow, M. L. Segall, S. Lund-Katz et al., Biochemistry, 39 (38), 11657 (2000).
  34. Е. Е. Тымченко, А. А. Солдатова, Е. В. Чихиржина и А. М. Поляничко, Биофизика, 67, 22 (2022).
  35. A. M. Read, P. D. Cary, C. Crane-Robinson, et al., Nucl. Acids Res., 21, 3427 (1993).
  36. J. Jumper, R. Evans, A. Pritzel, et al., Nature, 596, 583 (2021).
  37. M. Varadi, S. Anyango, M. Deshpande, et al., Nucl. Acids Res., 50 (D1), D439 (2022).
  38. https://www.uniprot.org/uniprotkb/P10103.
  39. https://www.uniprot.org/uniprotkb/Q0IIJ2.
  40. Т. Ю. Родионова, Е. В. Чихиржина, В. И. Воробьев и А. М. Поляничко, Журн. структур. химии 50, 1009 (2009).
  41. M. Polyanichko, E. V. Chikhirzhina, A. N. Skvortsov, et al., J. Biomolec. Struct. Dyn., 19, 1053 (2002).
  42. L. A. Kohlstaedt and R. D. Cole, Biochemistry, 3, 570 (1994).
  43. S. Kint and Y. A. Tomimatsu, Biopolimers, 18, 1073 (1979).
  44. A. Barth, Biochim. Biophys. Acta, 1767, 1073 (2007).
  45. А. М. Поляничко, Н. М. Романов, Т. Ю. Старкова и др., Цитология, 56, 316 (2014).
  46. Е. А. Тельная, Л. В. Плотникова, А. Д. Гарифуллин и др., Биофизика, 65, 1154 (2020).
  47. Л. В. Плотникова, А. М. Поляничко, М. В. Успенская и др., Вестн. Санкт-Петербургского ун-та, 4, 34 (2017).
  48. Л. В. Плотникова, М. О. Кобелева, Е. В. Борисов и др., Цитология, 60, 1037 (2018).
  49. J. Allan, T. Mitchell, and N. Harborne, J. Mol. Biol., 187, 591 (1986).
  50. R. Vila, I. Ponte, M. Collado, et al., J. Biol. Chem., 276, 46429 (2001).
  51. Е. И. Рамм, Е. В. Чихиржина, Е. И. Костылева и В. И. Воробьев, Биохимия, 59, 150 (1995).

Қосымша файлдар

Қосымша файлдар
Әрекет
1. JATS XML
Жүктеу

© Russian Academy of Sciences, 2023

Согласие на обработку персональных данных с помощью сервиса «Яндекс.Метрика»

1. Я (далее – «Пользователь» или «Субъект персональных данных»), осуществляя использование сайта https://journals.rcsi.science/ (далее – «Сайт»), подтверждая свою полную дееспособность даю согласие на обработку персональных данных с использованием средств автоматизации Оператору - федеральному государственному бюджетному учреждению «Российский центр научной информации» (РЦНИ), далее – «Оператор», расположенному по адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А, со следующими условиями.

2. Категории обрабатываемых данных: файлы «cookies» (куки-файлы). Файлы «cookie» – это небольшой текстовый файл, который веб-сервер может хранить в браузере Пользователя. Данные файлы веб-сервер загружает на устройство Пользователя при посещении им Сайта. При каждом следующем посещении Пользователем Сайта «cookie» файлы отправляются на Сайт Оператора. Данные файлы позволяют Сайту распознавать устройство Пользователя. Содержимое такого файла может как относиться, так и не относиться к персональным данным, в зависимости от того, содержит ли такой файл персональные данные или содержит обезличенные технические данные.

3. Цель обработки персональных данных: анализ пользовательской активности с помощью сервиса «Яндекс.Метрика».

4. Категории субъектов персональных данных: все Пользователи Сайта, которые дали согласие на обработку файлов «cookie».

5. Способы обработки: сбор, запись, систематизация, накопление, хранение, уточнение (обновление, изменение), извлечение, использование, передача (доступ, предоставление), блокирование, удаление, уничтожение персональных данных.

6. Срок обработки и хранения: до получения от Субъекта персональных данных требования о прекращении обработки/отзыва согласия.

7. Способ отзыва: заявление об отзыве в письменном виде путём его направления на адрес электронной почты Оператора: info@rcsi.science или путем письменного обращения по юридическому адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А

8. Субъект персональных данных вправе запретить своему оборудованию прием этих данных или ограничить прием этих данных. При отказе от получения таких данных или при ограничении приема данных некоторые функции Сайта могут работать некорректно. Субъект персональных данных обязуется сам настроить свое оборудование таким способом, чтобы оно обеспечивало адекватный его желаниям режим работы и уровень защиты данных файлов «cookie», Оператор не предоставляет технологических и правовых консультаций на темы подобного характера.

9. Порядок уничтожения персональных данных при достижении цели их обработки или при наступлении иных законных оснований определяется Оператором в соответствии с законодательством Российской Федерации.

10. Я согласен/согласна квалифицировать в качестве своей простой электронной подписи под настоящим Согласием и под Политикой обработки персональных данных выполнение мною следующего действия на сайте: https://journals.rcsi.science/ нажатие мною на интерфейсе с текстом: «Сайт использует сервис «Яндекс.Метрика» (который использует файлы «cookie») на элемент с текстом «Принять и продолжить».