Структура лед-связывающего белка из myoxocephalus octodecemspinosus, полученная методом молекулярной динамики и на основе спектров кругового дихроизма

Обложка

Цитировать

Полный текст

Открытый доступ Открытый доступ
Доступ закрыт Доступ предоставлен
Доступ закрыт Только для подписчиков

Аннотация

Одна из стратегий, разработанных организмами для выживания в холодных экосистемах, где есть риск замерзания - наработка белков, способных связывать лед. Эти белки обладают важной способностью - связываться с поверхностью льда, влиять на его рост и предотвращать повреждение и гибель клеток. Для понимания механизма взаимодействия таких белков со льдом, необходимо знать их структуру. Данное исследование вносит вклад в изучение структурно-динамических механизмов действия лед-связывающих белков, которые обеспечивают адаптацию организмов в критических условиях. Изучение вклада белков, способных связывать лед, в адаптацию к холоду открывает широкие возможности в решении ряда интересных задач медицины, включая разработку эффективных клеточных и органных криопротекторов, а также долгосрочного хранения продуктов питания без потери их потребительских свойств в пищевой промышленности.

Об авторах

Г. А Олейник

Институт химической биологии и фундаментальной медицины

Новосибирск, Россия

П. Жданова

Институт химической биологии и фундаментальной медицины

Новосибирск, Россия

В. В Коваль

Институт химической биологии и фундаментальной медицины;Новосибирский национальный исследовательский государственный университет

Новосибирск, Россия

А. А Черноносов

Институт химической биологии и фундаментальной медицины

Новосибирск, Россия

С. В Баранова

Институт химической биологии и фундаментальной медицины

Email: swb@niboch.nsc.ru
Новосибирск, Россия

Список литературы

  1. H. Kawahara, in Psychrophiles: From Biodiversity to Biotechnology, Ed. by R. Margesin (Springer International Publishing, Cham, 2017), PP. 237-257.
  2. J. S. H. Lorv, D. R. Rose, and B. R. Glick, Scientifica (Cairo), 2014, 976895 (2014).
  3. M. Bar Dolev, I. Braslavsky, and P. L. Davies, Annu. Rev. Biochem., 85, 515 (2016).
  4. A. Biaikowska, E. Majewska, A. Olczak, and A. Twarda-Clapa, Biomolecules, 10 (2), 274 (2020).
  5. A. L. DeVries and D. E. Wohlschlag, Science, 163 (3871), 1073 (1969).
  6. C.-H. C. Cheng, Curr. Opin. Genetics & Development, 8 (6), 715 (1998).
  7. C. Deng, C.-H. C. Cheng, H. Ye, et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 107 (50), 21593 (2010).
  8. D. Doucet, V. K. Walker, and W. Qin, Cell. Mol. Life Sci., 66 (8), 1404 (2009).
  9. M. Bredow, V. K. Walker, Ice-Binding Proteins in Plants. Front Plant Sci 8, S. 2153 (2017).
  10. G. Deng, D. W. Andrews, and R. A. Laursen, FEBS Lett., 402, 17 (1997).
  11. W. K. Low, Q. Lin, C. Stathakis, et al., J. Biol. Chem., 276 (15), 11582 (2001).
  12. Z. Zhao, G. Deng, Q. Lui, and R. A. Laursen, Biochim. Biophys. Acta - Prot. Structure and Mol. Enzy-mol., 1382 (2), 177 (1998).
  13. A. Y. Chang, V. W. Chau, J. A. Landas, and Y. Pang, JEMI-methods, 1, 22 (2017).
  14. ProteaseMAX(TM) Surfactant, Trypsin Enhancer Technical Bulletin TB373 (Promega Corporation, 2015).
  15. A. Shevchenko, M. Wilm, O. Vorm, and M. Mann, Anal. Chem., 68 (5), 850 (1996).
  16. J. Jumper, R. Evans, A. Pritzel, et al., Nature, 596 (7873), 583 (2021).
  17. A. Waterhouse, M. Bertoni, S. Bienert, et al., Nucl. Acids Res., 46 (W1), W296 (2018).
  18. D. Case, K. Belfon, S. Ben-Shalom, et al., Amber20 (University of California, San Francisco, 2020).
  19. A. W. Gotz, M. J. Williamson, D. Xu, et al., J. Chem. Theory Comput., 8 (5), 1542 (2012).
  20. R. Salomon-Ferrer, A. W. Gotz, D. Poole, et al., J. Chem. Theory Comput., 9 (9), 3878 (2013).
  21. Y. Khalak, B. Baumeier, and M. Karttunen, J. Chem. Phys., 149 (22), 224507 (2018).
  22. M. Matsumoto, T. Yagasaki, and H. Tanaka, J.Comput. Chem., 39 (1), 61 (2018).
  23. E. F. Pettersen, T. D. Goddard, and C. C. Huang, J.Comput. Chem., 25 (13), 1605 (2004).
  24. D. R. Roe and T. E. Cheatham, J. Chem. Theory Com-put., 9 (7), 3084 (2013).
  25. B. Bogdanov and R. D. Smith, Mass Spectrom. Rev., 24 (2), 168 (2005).
  26. G. Deng and R. A. Laursen, Biochim. Biophys. Acta, 1388 (2), 305 (1998).
  27. C. Tian, K. Kasavajhala, K. A. A. Belfon, et al., J. Chem. Theory Comput., 16 (1), 528 (2020).
  28. C. Vega, E. Sanz, and J. L. F. Abascal, J. Chem. Phys., 122 (11), 114507 (2005).
  29. A. S. Oude Vrielink, A. Aloi, L. L. C. Olijve, and I. K. Voets, Biointerphases, 11 (1), 18906 (2016).

Дополнительные файлы

Доп. файлы
Действие
1. JATS XML
Скачать

© Российская академия наук, 2023

Согласие на обработку персональных данных с помощью сервиса «Яндекс.Метрика»

1. Я (далее – «Пользователь» или «Субъект персональных данных»), осуществляя использование сайта https://journals.rcsi.science/ (далее – «Сайт»), подтверждая свою полную дееспособность даю согласие на обработку персональных данных с использованием средств автоматизации Оператору - федеральному государственному бюджетному учреждению «Российский центр научной информации» (РЦНИ), далее – «Оператор», расположенному по адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А, со следующими условиями.

2. Категории обрабатываемых данных: файлы «cookies» (куки-файлы). Файлы «cookie» – это небольшой текстовый файл, который веб-сервер может хранить в браузере Пользователя. Данные файлы веб-сервер загружает на устройство Пользователя при посещении им Сайта. При каждом следующем посещении Пользователем Сайта «cookie» файлы отправляются на Сайт Оператора. Данные файлы позволяют Сайту распознавать устройство Пользователя. Содержимое такого файла может как относиться, так и не относиться к персональным данным, в зависимости от того, содержит ли такой файл персональные данные или содержит обезличенные технические данные.

3. Цель обработки персональных данных: анализ пользовательской активности с помощью сервиса «Яндекс.Метрика».

4. Категории субъектов персональных данных: все Пользователи Сайта, которые дали согласие на обработку файлов «cookie».

5. Способы обработки: сбор, запись, систематизация, накопление, хранение, уточнение (обновление, изменение), извлечение, использование, передача (доступ, предоставление), блокирование, удаление, уничтожение персональных данных.

6. Срок обработки и хранения: до получения от Субъекта персональных данных требования о прекращении обработки/отзыва согласия.

7. Способ отзыва: заявление об отзыве в письменном виде путём его направления на адрес электронной почты Оператора: info@rcsi.science или путем письменного обращения по юридическому адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А

8. Субъект персональных данных вправе запретить своему оборудованию прием этих данных или ограничить прием этих данных. При отказе от получения таких данных или при ограничении приема данных некоторые функции Сайта могут работать некорректно. Субъект персональных данных обязуется сам настроить свое оборудование таким способом, чтобы оно обеспечивало адекватный его желаниям режим работы и уровень защиты данных файлов «cookie», Оператор не предоставляет технологических и правовых консультаций на темы подобного характера.

9. Порядок уничтожения персональных данных при достижении цели их обработки или при наступлении иных законных оснований определяется Оператором в соответствии с законодательством Российской Федерации.

10. Я согласен/согласна квалифицировать в качестве своей простой электронной подписи под настоящим Согласием и под Политикой обработки персональных данных выполнение мною следующего действия на сайте: https://journals.rcsi.science/ нажатие мною на интерфейсе с текстом: «Сайт использует сервис «Яндекс.Метрика» (который использует файлы «cookie») на элемент с текстом «Принять и продолжить».