Полиморфизм генов карнитин-ацилтрансфераз у коренного населения Cибири

Обложка

Цитировать

Полный текст

Аннотация

Полиморфизм экзомов служит богатым источником информации о структуре и функционировании белков и метаболических путей. Традиционная диета коренного населения Северо-Востока Азии (эскимосов, чукчей и коряков) обогащена жирными кислотами, что предполагает наличие у северных аборигенов адаптивных перестроек системы метаболизма липидов. Карнитин-ацилтрансферазы являются важнейшей группой ферментов, метаболизирующих жирные кислоты. Для исследования адаптивных изменений генов, кодирующих карнитин-ацилтрансферазы, нами проведен скрининг полиморфизма в экзонах генов CPT1A, CPT1B, CPT1C, CPT2, CRAT и CROT в различных популяциях коренного населения Сибири. В экзонах пяти генов (за исключением CROT) выявлено 16 несинонимичных замен. Из них три замены обнаружены с высокими частотами в популяциях Северо-Восточной Азии (у эскимосов, чукчей и коряков): в локусах rs80356779 гена CPT1A (замена P479L) и rs763273578 гена CPT1C (T740A), а также новый вариант полиморфизма в позиции 131866581 хромосомы 9 гена CRAT (S99F). Анализ экзомов показал, что среди коренного населения Северо-Востока Азии распространены новые несинонимичные замены с высокими индексами патогенности, появившиеся в генах энергетического метаболизма и липидного обмена (гены GK2, ABHD6, NCOA2, OSPL3, LRP10, TTN, PTTG2). Предполагается, что новые варианты несинонимичного полиморфизма возникли в результате адаптации коренного населения к экстремальным условиям природной среды и специфической «арктической» диете аборигенов Крайнего Севера.

Об авторах

Борис Аркадьевич Малярчук

ФГБУН «Институт биологических проблем Севера» Дальневосточного отделения РАН

Автор, ответственный за переписку.
Email: malyarchuk@ibpn.ru

доктор биологических наук, заведующий лабораторией генетики

Россия, 685000, г. Магадан, ул. Портовая, 18

Мирослава Васильевна Деренко

ФГБУН «Институт биологических проблем Севера» Дальневосточного отделения РАН

Email: mderenko@mail.ru

доктор биологических наук, главный научный сотрудник, лаборатория генетики

Россия, 685000, г. Магадан, ул. Портовая, 18

Список литературы

  1. Jogl G, Hsiao YS, Tong L. Structure and function of carnitine acyltransferases. Annals of New York Academy of Sciences. 2004;1033:17-29. doi: 10.1196/annals.1320.002.
  2. Van der Leij FR, Huijkman NC, Boomsma C, et al. Genomics of the human carnitine acyltransferase genes. Molecular Genetics and Metabolism. 2000;71:139-53. doi: 10.1006/mgme.2000.3055.
  3. Clemente FJ, Cardona A, Inchley CE, et al. A selective sweep on a deleterious mutation in the CPT1A gene in Arctic populations. American Journal of Human Genetics. 2014;95(5):584-589. doi: 10.1016/j.ajhg.2014.09.016.
  4. Pagani L, Lawson DJ, Jagoda E, et al. Genomic analyses inform on migration events during the peopling of Eurasia. Nature. 2016;538:238-242. doi: 10.1038/nature19792.
  5. Adzhubei I, Jordan DM, Sunyaev SR. Predicting functional effect of human missense mutations using PolyPhen-2. Current Protocols in Human Genetics. 2013;7, Unit 7.20. doi: 10.1002/0471142905.hg0720s76.
  6. Zhou S, Xiong L, Xie P, et al. Increased missense mutation burden of fatty acid metabolism related genes in Nunavik Inuit population. PLoS ONE. 2015;10: e0128255. doi: 10.1371/journal.pone.0128255.
  7. Малярчук Б.А., Деренко М.В., Денисова Г.А., Литвинов А.Н. Распространенность арктического варианта гена CPT1A в популяциях коренного населения Сибири // Вавиловский журнал генетики и селекции. – 2016. – № 20. – С. 571–575. [Malyarchuk BA, Derenko MV, Denisova GA, Litvinov AN. Distribution of the arctic variant of the CPT1A gene in indigenous populations of Siberia. Vavilov Journal of genetics and breeding. 2016;(20):571-575. (In Russ.)]. doi: 10.18699/VJ16.130.
  8. Smolnikova MV, Tereshchenko SY, Freidin MB. The “Arctic variant” specific mutation P479L in CPT1A gene predisposing to carnitine palmitoyltransferase-1A deficiency in two Russian far north aboriginal populations: A retrospective genotyping of newborn screening cards. Molecular Genetics and Metabolism. 2015;114:341. doi: 10.1016/j.ymgme.2014.12.308.
  9. Lemas DJ, Wiener HW, O’Brien DM, et al. Genetic polymorphisms in carnitine palmitoyltransferase 1A gene are associated with variation in body composition and fasting lipid traits in Yup’ik Eskimos. Journal of Lipid Research. 2012;53:175-184. doi: 10.1194/jlr.P018952.
  10. Rajakumar C, Ban MR, Cao H, et al. Carnitine palmitoyltransferase IA polymorphism P479L is common in Greenland Inuit and is associated with elevated plasma apolipoprotein A-I. Journal of Lipid Research. 2009;50:1223-1228. doi: 10.1194/jlr.P900001-JLR200.
  11. Greenberg CR, Dilling LA, Thompson GR, et al. The paradox of the carnitine palmitoyltransferase type Ia P479L variant in Canadian Aboriginal populations. Molecular Genetics and Metabolism. 2009;96:201-207. doi: 10.1016/j.ymgme.2008.12.018.
  12. Muoio DM, Noland RC, Kovalik JP, et al. Muscle-specific deletion of carnitine acetyltransferase compromises glucose tolerance and metabolic flexibility. Cell Metabolism. 2012;15:764-777. doi: 10.1016/j.cmet.2012.04.005.
  13. Miyagawa T, Kawashima M, Nishida N, et al. Variant between CPT1B and CHKB associated with susceptibility to narcolepsy. Nature Genetics. 2008;40:1324-8. doi: 10.1038/ng.231.
  14. Chen Y, Mizuguchi H, Yao D, et al. Thermolabile phenotype of carnitine palmitoyltransferase II variations as a predisposing factor for influenza-associated encephalopathy. FEBS Letters. 2005;579:2040-2044. doi: 10.1016/j.febslet.2005.02.050.
  15. Nomura DK, Long JZ, Niessen S, et al. Monoacylglycerol lipase regulates a fatty acid network that promotes cancer pathogenesis. Cell. 2010;140:49-61. doi: 10.1016/j.cell.2009.11.027.
  16. Weber-Boyvat M, Zhong W, Yan D, Olkkonen VM. Oxysterol-binding proteins: functions in cell regulation beyond lipid metabolism. Biochemical Pharmacology. 2013;86:89-95. doi: 10.1016/j.bcp.2013.02.016.
  17. Wang C, JeBailey L, Ridgway ND. Oxysterol-binding-protein (OSBP)-related protein 4 binds 25-hydroxycholesterol and interacts with vimentin intermediate filaments. Biochemical Journal. 2002;361:461-472.PMCID: PMC1222328.

Дополнительные файлы

Доп. файлы
Действие
1. JATS XML
Скачать

© Малярчук Б.А., Деренко М.В., 2017

Creative Commons License
Эта статья доступна по лицензии Creative Commons Attribution 4.0 International License.
 


Согласие на обработку персональных данных с помощью сервиса «Яндекс.Метрика»

1. Я (далее – «Пользователь» или «Субъект персональных данных»), осуществляя использование сайта https://journals.rcsi.science/ (далее – «Сайт»), подтверждая свою полную дееспособность даю согласие на обработку персональных данных с использованием средств автоматизации Оператору - федеральному государственному бюджетному учреждению «Российский центр научной информации» (РЦНИ), далее – «Оператор», расположенному по адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А, со следующими условиями.

2. Категории обрабатываемых данных: файлы «cookies» (куки-файлы). Файлы «cookie» – это небольшой текстовый файл, который веб-сервер может хранить в браузере Пользователя. Данные файлы веб-сервер загружает на устройство Пользователя при посещении им Сайта. При каждом следующем посещении Пользователем Сайта «cookie» файлы отправляются на Сайт Оператора. Данные файлы позволяют Сайту распознавать устройство Пользователя. Содержимое такого файла может как относиться, так и не относиться к персональным данным, в зависимости от того, содержит ли такой файл персональные данные или содержит обезличенные технические данные.

3. Цель обработки персональных данных: анализ пользовательской активности с помощью сервиса «Яндекс.Метрика».

4. Категории субъектов персональных данных: все Пользователи Сайта, которые дали согласие на обработку файлов «cookie».

5. Способы обработки: сбор, запись, систематизация, накопление, хранение, уточнение (обновление, изменение), извлечение, использование, передача (доступ, предоставление), блокирование, удаление, уничтожение персональных данных.

6. Срок обработки и хранения: до получения от Субъекта персональных данных требования о прекращении обработки/отзыва согласия.

7. Способ отзыва: заявление об отзыве в письменном виде путём его направления на адрес электронной почты Оператора: info@rcsi.science или путем письменного обращения по юридическому адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А

8. Субъект персональных данных вправе запретить своему оборудованию прием этих данных или ограничить прием этих данных. При отказе от получения таких данных или при ограничении приема данных некоторые функции Сайта могут работать некорректно. Субъект персональных данных обязуется сам настроить свое оборудование таким способом, чтобы оно обеспечивало адекватный его желаниям режим работы и уровень защиты данных файлов «cookie», Оператор не предоставляет технологических и правовых консультаций на темы подобного характера.

9. Порядок уничтожения персональных данных при достижении цели их обработки или при наступлении иных законных оснований определяется Оператором в соответствии с законодательством Российской Федерации.

10. Я согласен/согласна квалифицировать в качестве своей простой электронной подписи под настоящим Согласием и под Политикой обработки персональных данных выполнение мною следующего действия на сайте: https://journals.rcsi.science/ нажатие мною на интерфейсе с текстом: «Сайт использует сервис «Яндекс.Метрика» (который использует файлы «cookie») на элемент с текстом «Принять и продолжить».