Подготовка набора данных компьютерной томографии органов брюшной полости пациентов с аневризмой абдоминального отдела аорты

Обложка

Цитировать

Полный текст

Аннотация

Обоснование: технологии искусственного интеллекта (ИИ) активно внедряют в обработку и анализ диагностических медицинских изображений. Точность и надёжность алгоритмов ИИ определяются объёмом и качеством обучающих наборов данных. В настоящее время существует потребность в увеличении наборов данных открытого доступа, в частности КТ-ангиографических исследований брюшной аорты (КТА). Ограничения существующих наборов данных КТА брюшной аорты: бинарная разметка (классификация исследования в целом), малое количество исследований. Кроме того, большинство исследований не содержит признаков патологии аорты, что, с учётом вариабельности данной патологии, значительно ограничивает их использование для обучения ИИ, так как целевой задачей таких алгоритмов является обнаружение патологии.

Цель: подготовка набора данных КТА пациентов с аневризмой брюшного отдела аорты.

Методы: на примере набора данных КТА-исследований с аневризмой брюшного отдела аорты рассмотрены этапы и особенности создания набора данных для обучения ИИ в соответствии с методическими рекомендациями. На основе базовых диагностических требований для выбранной клинической задачи было сформировано техническое задание на подготовку набора данных, рассчитан необходимый объём выборки и определён оптимальный сценарий разметки. На следующем этапе был выполнен отбор исходных данных КТ органов брюшной полости в Единой радиологической информационной системе, проведены анонимизация данных и полуавтоматическая разметка области интереса (стенка и русло аорты) с применением инструмента 3D Slicer и её верификация экспертом-рентгенологом, документирование промежуточных результатов.

Результаты: рассчитанный объём выборки составил 100 исследований, содержащих артериальную фазу исследования, толщина среза не более 1,2 мм, баланс классов «норма» : «патология» был выбран 1:4. Проведена частичная разметка (50% исследований) данных.

Заключение: разработана методология для подготовки наборов данных КТА. Сформированный набор данных, при соблюдении необходимых процедур, будет выложен в открытый доступ и может быть использован для обучения и тестирования алгоритмов ИИ, проведения научных исследований.

Об авторах

Мария Романовна Коденко

Научно-практический клинический центр диагностики и телемедицинских технологий; Московский государственный технический университет имени Н.Э. Баумана

Email: m.r.kodenko@yandex.ru
ORCID iD: 0000-0002-0166-3768
SPIN-код: 5789-0319
Россия, Москва; Москва

Татьяна Андреевна Макарова

Российская медицинская академия непрерывного профессионального образования

Автор, ответственный за переписку.
Email: makarova97.mail@gmail.com
ORCID iD: 0000-0002-6274-5636
Россия, Москва

Список литературы

  1. Павлов Н.А., Андрейченко А.Е., Владзимирский А.В., и др. Эталонные медицинские датасеты (MosMedData) для независимой внешней оценки алгоритмов на основе искусственного интеллекта в диагностике // Digital Diagnostics. 2021. Т. 2, № 1. С. 49–65. doi: https://doi.org/10.17816/DD60635
  2. Центр диагностики и телемедицины [интернет]. Набор данных для селф-теста диагностического MosMedData КТ с признаками аневризмы аорты тип III. Дата обращения: 05.06.2023. Доступ по ссылке: https://mosmed.ai/datasets/mosmeddata-kt-s-priznakami-anevrizmi-aorti-tip-iii.
  3. Aorta segmentation [Internet]. Дата обращения: 05.06.2023. Доступ по ссылке: https://www.kaggle.com/datasets/licethyaneth/aorta-segmentation.
  4. Регламент подготовки наборов данных с описанием подходов к формированию репрезентативной выборки данных. Ч. 1 : методические рекомендации : [препринт] / сост. С.П. Морозов, А.В. Владзимирский, А.Е. Андрейченко, и др. Москва : ГБУЗ «НПКЦ ДиТ ДЗМ», 2021. 40 с. (Лучшие практики лучевой и инструментальной диагностики ; вып. 103).
  5. Базовые диагностические требования к результатам работы ИИ [интернет]. Дата обращения: 05.06.2023. Доступ по ссылке: https://mosmed.ai/ai/docs/.
  6. Homeyer A., Geißler C., Schwen L.O., et al. Recommendations on compiling test datasets for evaluating artificial intelligence solutions in pathology // Mod Pathol. 2022. Vol. 35, N 12. P. 1759–1769. doi: 10.1038/s41379-022-01147-y

Дополнительные файлы

Доп. файлы
Действие
1. JATS XML

© Эко-вектор, 2023

Creative Commons License
Эта статья доступна по лицензии Creative Commons Attribution-NonCommercial-NoDerivatives 4.0 International License.

Согласие на обработку персональных данных с помощью сервиса «Яндекс.Метрика»

1. Я (далее – «Пользователь» или «Субъект персональных данных»), осуществляя использование сайта https://journals.rcsi.science/ (далее – «Сайт»), подтверждая свою полную дееспособность даю согласие на обработку персональных данных с использованием средств автоматизации Оператору - федеральному государственному бюджетному учреждению «Российский центр научной информации» (РЦНИ), далее – «Оператор», расположенному по адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А, со следующими условиями.

2. Категории обрабатываемых данных: файлы «cookies» (куки-файлы). Файлы «cookie» – это небольшой текстовый файл, который веб-сервер может хранить в браузере Пользователя. Данные файлы веб-сервер загружает на устройство Пользователя при посещении им Сайта. При каждом следующем посещении Пользователем Сайта «cookie» файлы отправляются на Сайт Оператора. Данные файлы позволяют Сайту распознавать устройство Пользователя. Содержимое такого файла может как относиться, так и не относиться к персональным данным, в зависимости от того, содержит ли такой файл персональные данные или содержит обезличенные технические данные.

3. Цель обработки персональных данных: анализ пользовательской активности с помощью сервиса «Яндекс.Метрика».

4. Категории субъектов персональных данных: все Пользователи Сайта, которые дали согласие на обработку файлов «cookie».

5. Способы обработки: сбор, запись, систематизация, накопление, хранение, уточнение (обновление, изменение), извлечение, использование, передача (доступ, предоставление), блокирование, удаление, уничтожение персональных данных.

6. Срок обработки и хранения: до получения от Субъекта персональных данных требования о прекращении обработки/отзыва согласия.

7. Способ отзыва: заявление об отзыве в письменном виде путём его направления на адрес электронной почты Оператора: info@rcsi.science или путем письменного обращения по юридическому адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А

8. Субъект персональных данных вправе запретить своему оборудованию прием этих данных или ограничить прием этих данных. При отказе от получения таких данных или при ограничении приема данных некоторые функции Сайта могут работать некорректно. Субъект персональных данных обязуется сам настроить свое оборудование таким способом, чтобы оно обеспечивало адекватный его желаниям режим работы и уровень защиты данных файлов «cookie», Оператор не предоставляет технологических и правовых консультаций на темы подобного характера.

9. Порядок уничтожения персональных данных при достижении цели их обработки или при наступлении иных законных оснований определяется Оператором в соответствии с законодательством Российской Федерации.

10. Я согласен/согласна квалифицировать в качестве своей простой электронной подписи под настоящим Согласием и под Политикой обработки персональных данных выполнение мною следующего действия на сайте: https://journals.rcsi.science/ нажатие мною на интерфейсе с текстом: «Сайт использует сервис «Яндекс.Метрика» (который использует файлы «cookie») на элемент с текстом «Принять и продолжить».