Продолжительный трекинг репертуара T-клеток позволяет детектировать устойчивый CD4⁺ кластер клонов, специфических к желтой лихорадке
- Авторы: Сальникова М.А.1,2, Лебедев Ю.Б.2
-
Учреждения:
- ФГБОУ ВПО Московский государственный университет им. М.В. Ломоносова
- ФГБУН Институт биоорганической химии им. академиков М.М. Шемякина и Ю.А. Овчинникова Российской академии наук
- Выпуск: Том 14, № 3 (2024)
- Страницы: 539-543
- Раздел: КРАТКИЕ СООБЩЕНИЯ
- URL: https://bakhtiniada.ru/2220-7619/article/view/262077
- DOI: https://doi.org/10.15789/2220-7619-LTO-16665
- ID: 262077
Цитировать
Полный текст
Аннотация
Адекватное функционирование адаптивной иммунной системы при острой вирусной инфекции невозможно представить без Т-клеток. Т-клетки не только элиминируют зараженные вирусом клетки и участвуют в формировании иммунологической памяти, а также косвенно модулируют гуморальный ответ через селекцию и поддержание специфических B-клеток. T-клеточный рецептор (TCR) распознает процессированный антиген, представленный на поверхности клеток в MHC одного из двух классов. Таким образом, сформировавшийся репертуар TCR отражает историю встреченных антигенов через призму данного организма с конкретным набором MHC. Для исследования изменения репертуара TCR в ответ на острую вирусную инфекцию мы воспользовались моделью вакцинации от желтой лихорадки. Вакцина от желтой лихорадки уже больше полувека является эталоном как по безопасности, так и по эффективности. Основой вакцины является живой аттенуированных вирус, что позволяет исследовать иммунный ответ в условиях, максимально приближенных к заражению вирусом дикого типа. ЖЛ-специфический Т-клеточный ответ на иммунодоминантные пептиды, представляемые на HLA-A02 подробно изучен, однако данных от исследований иммунного ответа доноров, не несущих HLA-A02 аллель пока что мало. Целью данной работы стало рассмотрение динамики изменений структуры Т-клеточного репертуара, которые происходят в ответ на вакцинацию от ЖЛ у донора, не имеющего HLA-A02 аллель. В ходе работы мы обнаружили, что общая картина ответа сходна с таковой у доноров HLA-A02 положительных: вакцинация вызывает обширную экспансию ЖЛ-реактивных клонов на 14 день. Несмотря на отсутствие известного иммунодоминантного эпитопа для HLA аллелей первого класса данного донора, его ответ также был сдвинут в сторону CD8⁺ Т-клеток, и их доля возросла к 53 дню. Аминокислотные последовательности CDR3 TCRb ЖЛ-реактивных клонов не образуют большого количества кластеров. Самый большой кластер образован CD4⁺ Т-клетками, что вместе с обширной экспансией ЖЛ-специфических клонов подтверждает наличие новых иммуногенных эпитопов.
Полный текст
Открыть статью на сайте журналаОб авторах
Мария Алексеевна Сальникова
ФГБОУ ВПО Московский государственный университет им. М.В. Ломоносова; ФГБУН Институт биоорганической химии им. академиков М.М. Шемякина и Ю.А. Овчинникова Российской академии наук
Автор, ответственный за переписку.
Email: msalniku@yandex.ru
аспирант кафедры иммунологии биологического факультета, инженер-исследователь
Россия, 117997, Москва, ул. Миклухо-Маклая, 16/10; МоскваЮ. Б. Лебедев
ФГБУН Институт биоорганической химии им. академиков М.М. Шемякина и Ю.А. Овчинникова Российской академии наук
Email: msalniku@yandex.ru
доктор биологических наук, профессор, зав. лабораторией сравнительной и функциональной геномики
Россия, МоскваСписок литературы
- Bolotin D.A., Poslavsky S., Mitrophanov I., Shugay M., Mamedov I.Z., Putintseva E.V., Chudakov D.M. MiXCR: software for comprehensive adaptive immunity profiling. Nat. Methods, 2015, vol. 12, no. 5, pp. 380–381. doi: 10.1038/nmeth.3364
- Chams N., Chams S., Badran R., Shams A., Araji A., Raad M., Mukhopadhyay S., Stroberg E., Duval E.J., Barton L.M., Hajj Hussein I. COVID-19: a multidisciplinary review. Front. Public Health, 2020, vol. 8: 383. doi: 10.3389/fpubh.2020.00383
- Gonzalez-Galarza F.F., McCabe A., Santos E.J.M.D., Jones J., Takeshita L., Ortega-Rivera N.D., Cid-Pavon G.M.D., Ramsbottom K., Ghattaoraya G., Alfirevic A., Middleton D., Jones A.R. Allele frequency net database (AFND) 2020 update: gold-standard data classification, open access genotype data and new query tools. Nucleic Acids Res., 2019, vol. 48, no. D1, pp. D783–D788. doi: 10.1093/nar/gkz1029
- Minervina A.A., Pogorelyy M.V., Komech E.A., Karnaukhov V.K., Bacher P., Rosati E., Franke A., Chudakov D.M., Mamedov I.Z., Lebedev Y.B., Mora T., Walczak A.M. Primary and secondary anti-viral response captured by the dynamics and phenotype of individual T cell clones. eLife, 2020, vol. 9: e53704. doi: 10.7554/eLife.53704
- Minervina A., Pogorelyy M., Mamedov I. T-cell receptor and B-cell receptor repertoire profiling in adaptive immunity. Transpl. Int., 2019, vol. 32, no. 11, pp. 1111–1123. doi: 10.1111/tri.13475
- Norrby E. Yellow fever and Max Theiler: the only Nobel Prize for a virus vaccine. J. Exp. Med., 2007, vol. 204, no. 12, pp. 2779–2784. doi: 10.10⁸4/jem.20072290
- Pogorelyy M.V., Minervina A.A., Touzel M.P., Sycheva A.L., Komech E.A., Kovalenko E.I., Karganova G.G., Egorov E.S., Komkov A. Yu., Chudakov D.M., Mamedov I.Z., Mora T., Walczak A.M., & Lebedev Y.B. Precise tracking of vaccine-responding T cell clones reveals convergent and personalized response in identical twins. Proc. Natl Acad. Sci. USA, 2018, vol. 115, no. 50, pp. 12704–12709. doi: 10.1073/pnas.1809642115
- Robinson J., Halliwell J.A., McWilliam H., Lopez R., Parham P., Marsh S.G.E. The IMGT/HLA database. Nucleic Acids Res., 2012, vol. 41, no. D1, pp. D1222–D1227. doi: 10.1093/nar/gks949
- Robinson M.D., McCarthy D.J., Smyth G.K. edgeR: a Bioconductor package for differential expression analysis of digital gene expression data. Bioinformatics, 2010, vol. 26, no. 1, pp. 139–140. doi: 10.1093/bioinformatics/btp616
- Shugay M., Britanova O.V., Merzlyak E.M., Turchaninova M.A., Mamedov I.Z., Tuganbaev T.R., Bolotin D.A., Staroverov D.B., Putintseva E.V., Plevova K., Linnemann C., Shagin D., Pospisilova S., Lukyanov S., Schumacher T.N., Chudakov D.M. Towards error-free profiling of immune repertoires. Nat. Methods, 2014, vol. 11, no. 6, pp. 653–655. doi: 10.1038/nmeth.2960
- Wieten R.W., Jonker E.F.F., Van Leeuwen E.M.M., Remmerswaal E.B.M., Ten Berge I.J.M., De Visser A.W., Van Genderen P.J.J., Goorhuis A., Visser L.G., Grobusch M.P., De Bree G.J. A Single 17D Yellow Fever Vaccination Provides Lifelong Immunity; Characterization of Yellow-Fever-Specific Neutralizing Antibody and T-Cell Responses after Vaccination. PLoS One, 2016, vol. 11, no. 3: e0149871. doi: 10.1371/journal.pone.0149871
Дополнительные файлы
