Генетическое разнообразие вируса гепатита С среди населения Нанайского района Хабаровского края
- Авторы: Котова В.О.1, Балахонцева Л.А.1, Базыкина Е.А.1, Троценко О.Е.1, Бельды В.Н.2, Кирдяшова С.Е.2
-
Учреждения:
- ФБУН Хабаровский НИИ эпидемиологии и микробиологии Роспотребнадзора
- КГБУЗ Троицкая центральная районная больница МЗ Хабаровского края
- Выпуск: Том 11, № 1 (2021)
- Страницы: 148-156
- Раздел: ОРИГИНАЛЬНЫЕ СТАТЬИ
- URL: https://bakhtiniada.ru/2220-7619/article/view/118952
- DOI: https://doi.org/10.15789/2220-7619-GDO-1265
- ID: 118952
Цитировать
Полный текст
Аннотация
Изучение генетического разнообразия вируса гепатита С (HCV) имеет большое практическое значение при проведении молекулярно-эпидемиологических исследований, разработке средств специфической профилактики и для определения тактики терапии.
Цель исследования — провести анализ генетического разнообразия HCV, циркулирующего среди населения Нанайского района Хабаровского края.
Материалы и методы. Проведен молекулярно-генетический анализ 124 образцов плазмы крови от пациентов с диагнозом хронический гепатит C (ХГС), проживающих на территории Нанайского района Хабаровского края.
Результаты. РНК HCV была обнаружена в 84 (67,7±4,2%) образцах плазмы крови. Генотипирование HCV, проведенное с использованием набора «АмплиСенс-1/2/3» (ФБУН Центральный НИИ эпидемиологии Роспотребнадзора, Москва) показало, что на территории района наиболее распространен 3 генотип вируса — 47,6±5,4% (n = 40). Генотип 1 HCV обнаружен у 30 пациентов (35,7±5,2%). В 13 случаях (15,5±3,9%) выявлен 2 генотип и у 1 пациента (1,2±1,2%) генотип не определился. Филогенетический анализ нуклеотидных последовательностей области NS5b генома HCV, проведенный для 60 РНК HCV-положительных образцов, показал следующее соотношение субтипов: 1а — 2 (3,3±2,3%), 1в — 23 (38,3±6,3%), 2а — 6 (10±3,9%), 2с — 2 (3,3±2,3%), 3а — 27(45±6,4%). В ходе исследования было выявлено 3 пробы, принадлежащие к рекомбинантной форме вируса RF2k/1b. С целью подтверждения рекомбинации были получены полные нуклеотидные последовательности гена NS2. Результаты исследования свидетельствуют о необходимости проведения дополнительного комплексного обследования больных хроническими формами гепатита С с применением современных молекулярно-биологических методов для принятия решений об адекватной терапии, учитывая особенности выделенных изолятов. Данные о молекулярно-генетических характеристиках HCV, циркулирующих на отдельных территориях Дальнего Востока, весьма ограничены, и проведенное молекулярно-генетическое исследование дополнит в существующие представления о циркуляции геновариантов HCV на территориях Российской Федерации.
Ключевые слова
Об авторах
В. О. Котова
ФБУН Хабаровский НИИ эпидемиологии и микробиологии Роспотребнадзора
Автор, ответственный за переписку.
Email: kotova.valeriya@mail.ru
Котова В.О., Котова Валерия Олеговна - старший научный сотрудник, заведующий лабораторией эпидемиологии и профилактики вирусных гепатитов и СПИДа.
680000, Хабаровск, ул. Шевченко, 2, Тел.: 8 (4212) 46-18-54
РоссияЛ. А. Балахонцева
ФБУН Хабаровский НИИ эпидемиологии и микробиологии Роспотребнадзора
Email: kotova.valeriya@mail.ru
Руководитель Дальневосточного окружного центра по профилактике и борьбе со СПИДом.
Хабаровск
РоссияЕ. А. Базыкина
ФБУН Хабаровский НИИ эпидемиологии и микробиологии Роспотребнадзора
Email: kotova.valeriya@mail.ru
Младший научный сотрудник лаборатории эпидемиологии и профилактики вирусных гепатитов и СПИДа.
Хабаровск
РоссияО. Е. Троценко
ФБУН Хабаровский НИИ эпидемиологии и микробиологии Роспотребнадзора
Email: kotova.valeriya@mail.ru
Доктор медицинских наук, директор Хабаровского НИИ эпидемиологии и микробиологии Роспотребнадзора.
Хабаровск
РоссияВ. Н. Бельды
КГБУЗ Троицкая центральная районная больница МЗ Хабаровского края
Email: kotova.valeriya@mail.ru
Врач-инфекционист.
С. Троицкое, Нанайский район, Хабаровский край
РоссияС. Е. Кирдяшова
КГБУЗ Троицкая центральная районная больница МЗ Хабаровского края
Email: kotova.valeriya@mail.ru
Главный врач
С. Троицкое, Нанайский район, Хабаровский край
РоссияСписок литературы
- Дементьева Н.Е., Калинина О.В., Знойко О.О., Беляков Н.А., Жебрун А.Б. Циркулирующая рекомбинантная форма вируса гепатита С RF2k/1b: проблемы диагностики и терапии // ВИЧ-инфекция и иммуносупрессии. 2016. Т. 8, № 1. С. 42—52. doi: 10.22328/2077-9828-2016-8-1-42-52
- Кравченко А.В., Куимова У.А., Ганкина Н.Ю., Канестри В.Г., Чуланов В.П. Предикторы устойчивого вирусологического ответа при терапии хронического гепатита пегилированным интерфероном и рибавирином у больных ВИЧ-инфекцией // Инфекционные болезни. 2014. Т. 12, № 2. С. 30—34.
- Кюрегян К.К., Михайлов М.И. Молекулярно-биологические основы контроля вирусных гепатитов. М.: Икар, 2013. 336 с.
- Львов Д.К., Самохвалов Е.И., Миширо С., Тсуда Ф., Селиванов Н.А., Окамото Х., Стаханова В.М. Закономерности распространения вируса гепатита С и его генотипов в России и странах СНГ // Вопросы вирусологии. 1997. № 4. С. 157—161.
- Мукомолов С.Л., Левакова Л.Г., Сулягина Е.В., Синайская Е.В., Болсун Д.Д., Иванова Н.В. Современная эпидемиология гепатита С в России // Эпидемиология и инфекционные болезни. Актуальные вопросы. 2012. № 6. C. 21—25.
- Семенов А.В., Останкова Ю.В., Герасимова В.В., Бичурина М.А., Козлов А.В., Мукомолов С.Л., Тотолян А.А. Молекулярно-эпидемиологические особенности изолятов вируса гепатита С из разных регионов Республики Саха (Якутия) // Инфекция и иммунитет. 2015. Т. 5, № 4. С. 359—372. doi: 10.15789/2220-7619-2015-4-359-372
- Соболева Н.В., Карлсен А.А., Кожанова Т.В., Кичатова В.С., Клушкина В.В., Исаева О.В., Игнатьева М.Е., Романенко В.В., Ооржак Н.Д., Малинникова Е.Ю., Кюрегян К.К., Михайлов М.И. Распространенность вируса гепатита С среди условно здорового населения Российской Федерации // Журнал инфектологии. 2017. Т. 9, № 2. С. 56—64.
- Чуб Е.В., Кочнева Г.В., Гранитов В.М., Нетесов С.В. Рекомбинанты вируса гепатита С типа 2k/1bY населения Алтайского края // Инфекционные болезни. 2007. Т. 5, № 4. С. 5—11. [Chub E.V., Kochneva G.V., Granitov V.M., Netesov S.V. Recombinants of hepatitis С virus type 2k/1b in the population of the Altai region. Infektsionnye bolezni = Infectious Diseases, 2007, vol. 5, no. 4, pp. 5-11. (In Russ.)]
- Чуланов В.П., Пименов Н.Н., Мамонова Н.А., Сагалова О.И., Шестакова И.В., Покровский В.И. Хронический гепатит С как проблема здравоохранения России сегодня и завтра // Терапевтический архив. 2015. № 11. С. 5—10.
- Borgia S.M., Hedskog C., Parhy B., Hyland R.H., Stamm L.M., Brainard D.M., Subramanian M.G., McHutchison J.G., Mo H., Svarovskaia E., Shafran S.D. Identification of a novel hepatitis C virus genotype from Punjab, India: expanding classification of hepatitis C virus into 8 genotypes. J. Infect. Dis., 2018, vol. 218, no. 11, pp. 1722-1729. doi: 10.1093/infdis/jiy401
- Bukh J. The history of hepatitis C virus (HCV): Basic research reveals unique features in phylogeny, evolution and the viral life cycle with new perspectives for epidemic control. J. Hepatol., 2016, vol. 65, no. 1, pp. S2-S21. doi: 10.1016/j.jhep.2016.07.035
- Demetriou V.L., Kyriakou E., Kostrikis L.G. Near-full genome characterisation of two natural intergenotypic 2k/1b recombinant hepatitis C virus isolates. Adv. Virol., 2011: 710438, 7p. doi: 10.1155/2011/710438
- International Committee on Taxonomy of Viruses (ICTV), 2019. URL: https://talk.ictvonline.org (30.05.2019)
- Kalinina O., Norder H., Mukomolov S., Magnius L.O. A natural intergenotypic recombinant of hepatitis C virus identified in St. Petersburg. J. Virol., 2002, vol. 76, no. 8, pp. 4034-4043. doi: 10.1128/jvi.76.8.4034-4043.2002
- Kalinina O., Norder H., Magnius L.O. Full-length open reading frame of a recombinant hepatitis C virus strain from St. Petersburg: proposed mechanism for its formation. J. Gen. Virol., 2004, vol. 85, no. 7,pp. 1853—1857. doi: 10.1099/vir.0.79984-0
- Kuiken C., Simmonds P. Nomenclature and numbering of the hepatitis C virus. Methods Mol. Biol., 2009, no. 510, pp. 33—53. doi: 10.1007/978-1-59745-394-3_4
- Messina J., Humphreys I., Flaxman A., Brown A., Cooke G.S., Pybus O.G., Barnes E. Global distribution and prevalence of hepatitis C virus genotypes. Hepatology, 2015, vol. 61, no. 1, pp. 77—87. doi: 10.1002/hep.27259
- Morel V., Descamps V., Francois C., Fournier C., Brochot E., Capron D., Duverlie G., Castelain S. Emergence of a genomic variant of the recombinant 2k/1b strain during a mixed hepatitis C infection: a case report. J. Clin. Virol., 2010, vol. 47, no. 4, pp. 382-386. doi: 10.1016/j.jcv.2010.01.011
- Rajhi M., Ghedira K., Chouikha A., Djebbi A., Cheikh I., Ben Yahia A., Sadraoui A., Hammami W., Azouz M., Ben Mami N., Triki H. Phylogenetic analysis and epidemic history of hepatitis C virus genotype 2 in Tunisia, North Africa. PLoS One, 2016, vol. 11, no. 4: e0153761. doi: 10.1371/journal.pone.0153761
- Simmonds P. Genetic diversity and evolution of hepatitis C virus-15 years on. J. Gen. Virol., 2004, vol. 85, no. 11, pp. 3173-3188. doi: 10.1099/vir.0.80401-0
- Simmonds P., Bukh J., Combet C., Deleage G., Enomoto N., Feinstone S., Halfon P., Inchauspe G., Kuiken C., Maertens G., Mizokami M., Murphy D.G., Okamoto H., Pawlotsky J.M., Penin F., Sablon E., Shin-I T., Stuyver L.J., Thiel H.J., Viazov S., Weiner A.J., Widell A. Consensus proposals for a unified system of nomenclature of hepatitis C virus genotypes. Hepatology, 2005, vol. 42, no. 4, pp. 962-973. doi: 10.1002/hep.20819
- Smith D.B., Bukh J., Kuiken C., Muerhoff A.S., Rice C.M., Stapleton J.T., Simmonds P. Expanded classification of hepatitis C virus into 7 genotypes and 67 subtypes: updated criteria and genotype assignment web resource. Hepatology, 2014, vol. 59, no. 1, pp. 318-327. doi: 10.1002/hep.26744
- Tamura K., Stecher G., Peterson D., Filipski A., Kumar S. MEGA6: molecular evolutionary genetics analysis version 6.0. Mol. Biol. Evol., 2013, vol. 30, no. 12, pp. 2725-2729. doi: 10.1093/molbev/mst197
- Thong V.D., Akkarathamrongsin S., Poovorawan K. Hepatitis C virus genotype 6: virology, epidemiology, genetic variation and clinical implication. World J. Gastroenterol., 2014, vol. 20, no. 11, pp. 2927-2940. doi: 10.3748/wjg.v20.i11.2927
- WHO. Global hepatitis report, 2017. Geneva: WHO, 2017. 83 p. URL: https://www.who.int/hepatitis/publications/global-hepatitis-report2017/en (15.05.2019)
Дополнительные файлы
