Роль генетических вариантов вируса SARS-CoV-2 в формировании внутригодовых подъёмов заболеваемости COVID-19 на территории Пермского края

Обложка

Цитировать

Полный текст

Открытый доступ Открытый доступ
Доступ закрыт Доступ предоставлен
Доступ закрыт Только для подписчиков

Аннотация

Обоснование. Причины внутригодовых подъёмов заболеваемости COVID-19 остаются недостаточно изученными.

Цель исследования — изучить роль генетических вариантов SARS-CoV-2 в формировании внутригодовых подъёмов заболеваемости COVID-19 на территории Пермского края.

Материалы и методы. Проведена оценка помесячной динамики заболеваемости COVID-19 и летальности населения Пермского края за период с марта 2020 года по 31 декабря 2022 года. Анализ помесячной частоты выделения от больных разных генетических вариантов SARS-CoV-2 осуществляли по результатам исследований 2592 проб материала больных Пермского края, проведенных специализированными лабораториями ряда научно-исследовательских институтов Российской Федерации, за период с марта 2021 года по декабрь 2022 года. Оценку показателя встречаемости IgG-антител к коронавирусу среди населения проводили по данным исследований сыворотки крови 14 006 человек.

Результаты. В течение 2020–2022 годов на территории Пермского края отмечено 4 подъёма заболеваемости COVID-19 на фоне появления новых генетических вариантов возбудителя, основными из которых были Alpha, Delta и Omicron. Подъёмы заболеваемости COVID-19 и смена генетической структуры возбудителя наблюдались несмотря на увеличение среди населения доли лиц с содержанием в сыворотке крови IgG к SARS-CoV-2. На фоне третьего и четвёртого подъёмов заболеваемости, когда ведущее этиологическое значение приобрёл генотип Omicron, летальность инфекции существенно снизилась.

Заключение. Внутригодовые подъёмы заболеваемости COVID-19 в значительной степени связаны с изменениями генетической структуры возбудителя и наблюдаются несмотря на увеличение среди населения количества лиц с наличием в сыворотке крови IgG к SARS-CoV-2.

Об авторах

Виктор Иванович Сергевнин

Пермский государственный медицинский университет имени академика Е.А. Вагнера

Email: viktor-sergevnin@mail.ru
ORCID iD: 0000-0002-2729-2248
SPIN-код: 4705-0671

д-р мед. наук, профессор

Россия, Пермь

Ирина Сергеевна Исаева

Центр гигиены и эпидемиологии в Пермском крае

Email: isaeva27iris@gmail.com
ORCID iD: 0009-0000-2629-6995
Россия, Пермь

Марина Владимировна Рожкова

Пермский краевой центр по борьбе и профилактике со СПИД и инфекционными заболеваниями

Автор, ответственный за переписку.
Email: RozhkovaMary@yandex.ru
ORCID iD: 0000-0002-1113-1001
Россия, Пермь

Нина Ивановна Маркович

Пермский центр иммунопрофилактики

Email: barhat120140@mail.ru
ORCID iD: 0000-0002-5596-4611
SPIN-код: 1313-1740

д-р мед. наук

Россия, Пермь

Список литературы

  1. Троценко О.Е., Корита Т.В., Котова В.О., и др. Эпидемиологические и молекулярно-генетические особенности инфекции COVID-19 в пятую волну пандемии в субъектах Дальневосточного федерального округа Российской Федерации // Дальневосточный журнал инфекционной патологии. 2022. № 42. С. 54–69.
  2. Lin G., Hamilton А., Gatalo О., et al. Investigating the effects of absolute humidity and movement on COVID-19 seasonality in the United States // Sci Rep. 2022. N 12. P. 16729. doi: 10.1038/s41598-022-19898-8
  3. Акимкин В.Г., Попова А.Ю., Плоскирева А.А., и др. COVID-19: эволюция пандемии в России. Сообщение I: проявления эпидемического процесса COVID-19 // Журнал микробиологии, эпидемиологии и иммунобиологии. 2022. Т. 99, № 3. С. 269–286. doi: 10.36233/0372-9311-276
  4. Акимкин В.Г., Попова А.Ю., Хафизов К.Ф., и др. COVID-19: эволюция пандемии в России. Сообщение II: динамика циркуляции геновариантов вируса SARS-CoV-2 // Журнал микробиологии, эпидемиологии и иммунобиологии. 2022. Т. 99, № 4. С. 381–396. doi: 10.36233/0372-9311-295
  5. Борисова Н.И., Котов И.А., Колесников А.А., и др. Мониторинг распространения вариантов SARSCoV-2 (Coronaviridae: Coronavirinae: Betacoronavirus; Sarbecovirus) на территории Московского региона с помощью таргетного высокопроизводительного секвенирования // Вопросы вирусологии. 2021. Т. 66, № 4. С. 269–278. doi: 10.36233/0507-4088-72
  6. Md Iderus N.H., Lakha Singh S.S., Mohd Ghazali S., et al. Correlation between population density and COVID-19 cases during the third wave in Malaysia: Effect of the Delta variant // Int J Environ Res Public Health. 2022. Vol. 19, N 12. P. 7439. doi: 10.3390/ijerph19127439
  7. Araf Y., Akter F., Tang Y., et al. Omicron variant of SARS-CoV-2: Genomics, transmissibility, and responses to current COVID-19 vaccines // J Med Virol. 2022. Vol. 94, N 5. Р. 1825–1832. doi: 10.1002/jmv.27588
  8. Khan M.S., Kim E., Huang S., Kenniston T.W., Gambotto A. Trivalent SARS-CoV-2 S1 subunit protein vaccination induces broad humoral responses in BALB/c Mice // Vaccines. 2023. Vol. 11, N 2. P. 314. doi: 10.3390/vaccines11020314
  9. Zabidi N.Z., Liew H.L., Farouk I.A., et al. Evolution of SARS-CoV-2 variants: Implications on immune escape, vaccination, therapeutic and diagnostic strategies // Viruses. 2023. Vol. 15, N 4. P. 944. doi: 10.3390/v15040944
  10. Wang Q., Iketani S., Li Z., et al. Alarming antibody evasion properties of rising SARS-CoV-2 BQ and XBB subvariants // Cell. 2023. Vol. 186, N 2. Р. 279–286. doi: 10.1016/j.cell.2022.12.018
  11. Kumar S., Karuppanan K., Subramaniam G. Omicron (BA.1) and sub-variants (BA.1.1, BA.2, and BA.3) of SARS-CoV-2 spike infectivity and pathogenicity: A comparative sequence and structural-based computational assessment // J Med Virol. 2022. Vol. 94, N 10. P. 4780–4791. doi: 10.1002/jmv.27927
  12. Mohandas S., Shete А., Kumar А., et al. Comparative athogenicity of BA.2.12, BA.5.2 and XBB.1 with the Delta variant in Syrian hamsters // Front Microbiol. 2023. N 14. P. 1183763. doi: 10.3389/fmicb.2023.1183763
  13. Suzuki R., Yamasoba D., Kimura I., et al. Attenuated fusogenicity and pathogenicity of SARS-CoV-2 omicron variant // Nature. 2022. N 603. Р. 700–705. doi: 10.1038/s41586-022-04462-1
  14. Yuan S., Ye Z.W., Liang R., et al. Pathogenicity, transmissibility, and fitness of SARS-CoV-2 omicron in Syrian hamsters // Science. 2022. Vol. 377, N 6604. Р. 428–433. doi: 10.1126/science.abn8939

Дополнительные файлы

Доп. файлы
Действие
1. JATS XML
Скачать
2. Рис. 1. Помесячная заболеваемость COVID-19 населения Пермского края в период с марта 2020 года по декабрь 2022 года.

Скачать (828KB)
Метаданные
3. Рис. 2. Заболеваемость COVID-19 в Пермском крае и Российской Федерации.

Скачать (883KB)
Метаданные
4. Рис. 3. Помесячная генетическая структура штаммов SARS-CoV-2 и заболеваемость COVID-19 в Пермском крае c марта 2021 года по декабрь 2022 года.

Скачать (1MB)
Метаданные
5. Рис. 4. Заболеваемость COVID-19 и частота встречаемости IgG-антител к SARS-CoV-2 у населения Пермского края.

Скачать (1MB)
Метаданные
6. Рис. 5. Заболеваемость и летальность от COVID-19 в Пермском крае.

Скачать (986KB)
Метаданные

© Эко-вектор, 2023

Creative Commons License
Эта статья доступна по лицензии Creative Commons Attribution-NonCommercial-NoDerivatives 4.0 International License.
 


Согласие на обработку персональных данных с помощью сервиса «Яндекс.Метрика»

1. Я (далее – «Пользователь» или «Субъект персональных данных»), осуществляя использование сайта https://journals.rcsi.science/ (далее – «Сайт»), подтверждая свою полную дееспособность даю согласие на обработку персональных данных с использованием средств автоматизации Оператору - федеральному государственному бюджетному учреждению «Российский центр научной информации» (РЦНИ), далее – «Оператор», расположенному по адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А, со следующими условиями.

2. Категории обрабатываемых данных: файлы «cookies» (куки-файлы). Файлы «cookie» – это небольшой текстовый файл, который веб-сервер может хранить в браузере Пользователя. Данные файлы веб-сервер загружает на устройство Пользователя при посещении им Сайта. При каждом следующем посещении Пользователем Сайта «cookie» файлы отправляются на Сайт Оператора. Данные файлы позволяют Сайту распознавать устройство Пользователя. Содержимое такого файла может как относиться, так и не относиться к персональным данным, в зависимости от того, содержит ли такой файл персональные данные или содержит обезличенные технические данные.

3. Цель обработки персональных данных: анализ пользовательской активности с помощью сервиса «Яндекс.Метрика».

4. Категории субъектов персональных данных: все Пользователи Сайта, которые дали согласие на обработку файлов «cookie».

5. Способы обработки: сбор, запись, систематизация, накопление, хранение, уточнение (обновление, изменение), извлечение, использование, передача (доступ, предоставление), блокирование, удаление, уничтожение персональных данных.

6. Срок обработки и хранения: до получения от Субъекта персональных данных требования о прекращении обработки/отзыва согласия.

7. Способ отзыва: заявление об отзыве в письменном виде путём его направления на адрес электронной почты Оператора: info@rcsi.science или путем письменного обращения по юридическому адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А

8. Субъект персональных данных вправе запретить своему оборудованию прием этих данных или ограничить прием этих данных. При отказе от получения таких данных или при ограничении приема данных некоторые функции Сайта могут работать некорректно. Субъект персональных данных обязуется сам настроить свое оборудование таким способом, чтобы оно обеспечивало адекватный его желаниям режим работы и уровень защиты данных файлов «cookie», Оператор не предоставляет технологических и правовых консультаций на темы подобного характера.

9. Порядок уничтожения персональных данных при достижении цели их обработки или при наступлении иных законных оснований определяется Оператором в соответствии с законодательством Российской Федерации.

10. Я согласен/согласна квалифицировать в качестве своей простой электронной подписи под настоящим Согласием и под Политикой обработки персональных данных выполнение мною следующего действия на сайте: https://journals.rcsi.science/ нажатие мною на интерфейсе с текстом: «Сайт использует сервис «Яндекс.Метрика» (который использует файлы «cookie») на элемент с текстом «Принять и продолжить».