Микробиом полости рта

Обложка

Цитировать

Полный текст

Открытый доступ Открытый доступ
Доступ закрыт Доступ предоставлен
Доступ закрыт Только для подписчиков

Аннотация

Цель исследования — на основании данных, имеющихся в современной литературе, изучить особенности микробиома полости рта при кариесе зубов и воспалительных заболеваниях пародонта. Статья основана на анализе материалов зарубежных и отечественных исследований за последние 15 лет, размещенных в базах данных PubMed, CyberLeninka, MedLine. Нарушение баланса микробиома полости рта может привести к развитию кариеса и заболеваниям пародонта. В норме микробиом полости рта содержит Firmicutes, Proteobacteria, Actinobacteria, Bacteroides, Fusobacterium, Spirocheates. При кариесе зубов определяются S. mutans, Atopobium, Propionibacterium, Lactobacillus. Присутствие Veillonella, Porphyromonas gingivalis, Tannerella forsythia, Aggregatibacter actinomycetemcomitans, Treponema, Prevotella в микробиоме полости рта связано с заболеваниями пародонта. База данных микробиома полости рта содержит всесторонние данные, описывающие бактериальные виды и 16S rRNA определяющий набор микробов полости рта. Представители микробиома зависят от местных и общих факторов.

Об авторах

Игорь Сергеевич Копецкий

Российский национальный исследовательский медицинский университет им. Н. И. Пирогова

Email: kopetski@rambler.ru
ORCID iD: 0000-0002-4723-6067

д.м.н., профессор

Россия, Москва

Людмила Владимировна Побожьева

Российский национальный исследовательский медицинский университет им. Н. И. Пирогова

Email: ludmila-stomatolog@mail.ru
ORCID iD: 0000-0002-6150-0282

к.м.н., доцент

Россия, Москва

Алена Игоревна Копецкая

Российский национальный исследовательский медицинский университет им. Н. И. Пирогова

Автор, ответственный за переписку.
Email: alyonasom@gmail.ru
ORCID iD: 0000-0003-3199-5314
Россия, Москва

Юлия Владимировна Шевелюк

Первый Московский государственный медицинский университет им. И.М. Сеченова (Сеченовский университет)

Email: shevelyuk_yu_v@staff.sechenov.ru
ORCID iD: 0000-0002-3854-456X

к.м.н., ассистент

Россия, Москва

Список литературы

  1. Dewhirst F.E. The Oral Microbiome: Critical for Understanding Oral Health and Disease // J Calif Dent Assoc. 2016. Vol. 44, N 7. P. 409–410. PMC7061343
  2. Bowen W.H., Burne R.A., Wu H., Koo H. Oral Biofilms: Pathogens, Matrix, and Polymicrobial Interactions in Microenvironments // Trends Microbiol. 2018. Vol. 26, N 3. P. 229–242. doi: 10.1016/j.tim.2017.09.008
  3. Kilian M. The oral microbiome – friend or foe? // Eur J Oral Sci. 2018. Vol. 126 Suppl 1, N. P. 5–12. doi: 10.1111/eos.12527
  4. Chimenos-Küstner E., Giovannoni M.L., Schemel-Suárez M. Dysbiosis as a determinant factor of systemic and oral pathology: Importance of micorbiome // Medicina Clínica (English Edition). 2017. Vol. 149, N 7. P. 305–309. doi: 10.1016/j.medcle.2017.05.023
  5. Чаплин А.В., Ребриков Д.В., Болдырева М.Н. Микробиом человека // Вестник Российского государственного медицинского университета. 2017. № 2. С. 5–13.
  6. Verma D., Garg P.K., Dubey A.K. Insights into the human oral microbiome // Arch Microbiol. 2018. Vol. 200, N 4. P. 525–540. doi: 10.1007/s00203-018-1505-3
  7. Aas J.A., Paster B.J., Stokes L.N., et al. Defining the normal bacterial flora of the oral cavity // J Clin Microbiol. 2005. Vol. 43, N 11. P. 5721–5732. doi: 10.1128/JCM.43.11.5721-5732.2005
  8. Blaser M.J. The microbiome revolution // J Clin Invest. 2014. Vol. 124, N 10. P. 4162-4165. doi: 10.1172/JCI78366
  9. Wade W.G. The oral microbiome in health and disease // Pharmacol Res. 2013. Vol. 69, N 1. P. 137–143. doi: 10.1016/j.phrs.2012.11.006
  10. Costalonga M., Herzberg M.C. The oral microbiome and the immunobiology of periodontal disease and caries // Immunol Lett. 2014. Vol. 162, N 2 Pt A. P. 22–38. doi: 10.1016/j.imlet.2014.08.017
  11. Bandara H., Panduwawala C.P., Samaranayake L.P. Biodiversity of the human oral mycobiome in health and disease // Oral Dis. 2019. Vol. 25, N 2. P. 363–371. doi: 10.1111/odi.12899
  12. Gao L., Xu T., Huang G., et al. Oral microbiomes: more and more importance in oral cavity and whole body // Protein Cell. 2018. Vol. 9, N 5. P. 488–500. doi: 10.1007/s13238-018-0548-1
  13. Curtis M.A., Diaz P.I., Van Dyke T.E. The role of the microbiota in periodontal disease // Periodontol 2000. 2020. Vol. 83, N 1. P. 14–25. doi: 10.1111/prd.12296
  14. Van Dyke T.E., Sima C. Understanding resolution of inflammation in periodontal diseases: Is chronic inflammatory periodontitis a failure to resolve? // Periodontol 2000. 2020. Vol. 82, N 1. P. 205–213. doi: 10.1111/prd.12317
  15. Marsh P.D., Do T., Beighton D., Devine D.A. Influence of saliva on the oral microbiota // Periodontol 2000. 2016. Vol. 70, N 1. P. 80–92. doi: 10.1111/prd.12098
  16. Hartenbach F., Velasquez E., Nogueira F.C.S., et al. Proteomic analysis of whole saliva in chronic periodontitis // J Proteomics. 2020. Vol. 213, N. P. 103602. doi: 10.1016/j.jprot.2019.103602
  17. Larsen T., Fiehn N.E. Dental biofilm infections – an update // APMIS. 2017. Vol. 125, N 4. P. 376–384. doi: 10.1111/apm.12688
  18. Struzycka I. The oral microbiome in dental caries // Pol J Microbiol. 2014. Vol. 63, N 2. P. 127–135.
  19. Takahashi N., Nyvad B. The role of bacteria in the caries process: ecological perspectives // J Dent Res. 2011. Vol. 90, N 3. P. 294–303. doi: 10.1177/0022034510379602
  20. Valm A.M. The Structure of Dental Plaque Microbial Communities in the Transition from Health to Dental Caries and Periodontal Disease // J Mol Biol. 2019. Vol. 431, N 16. P. 2957–2969. doi: 10.1016/j.jmb.2019.05.016
  21. Proctor D.M., Shelef K.M., Gonzalez A., et al. Microbial biogeography and ecology of the mouth and implications for periodontal diseases // Periodontol 2000. 2020. Vol. 82, N 1. P. 26–41. doi: 10.1111/prd.12268
  22. Bagramian R.A., Garcia-Godoy F., Volpe A.R. The global increase in dental caries. A pending public health crisis // Am J Dent. 2009. Vol. 22, N 1. P. 3–8.
  23. Nyvad B., Crielaard W., Mira A., et al. Dental caries from a molecular microbiological perspective // Caries Res. 2013. Vol. 47, N 2. P. 89–102. doi: 10.1159/000345367
  24. Zaura E., Keijser B.J., Huse S.M., Crielaard W. Defining the healthy "core microbiome" of oral microbial communities // BMC Microbiol. 2009. Vol. 9, N. P. 259. doi: 10.1186/1471-2180-9-259
  25. Human Microbiome Project C. Structure, function and diversity of the healthy human microbiome // Nature. 2012. Vol. 486, N 7402. P. 207–214. doi: 10.1038/nature11234
  26. Segata N., Haake S.K., Mannon P., et al. Composition of the adult digestive tract bacterial microbiome based on seven mouth surfaces, tonsils, throat and stool samples // Genome Biol. 2012. Vol. 13, N 6. P. R42. doi: 10.1186/gb-2012-13-6-r42
  27. Simon-Soro A., Guillen-Navarro M., Mira A. Metatranscriptomics reveals overall active bacterial composition in caries lesions // J Oral Microbiol. 2014. Vol. 6, N. P. 25443. doi: 10.3402/jom.v6.25443 6:25443.
  28. Zaura E. Next-generation sequencing approaches to understanding the oral microbiome // Adv Dent Res. 2012. Vol. 24, N 2. P. 81–85. doi: 10.1177/0022034512449466
  29. Ribeiro A.A., Azcarate-Peril M.A., Cadenas M.B., et al. The oral bacterial microbiome of occlusal surfaces in children and its association with diet and caries // PLoS One. 2017. Vol. 12, N 7. P. e0180621. doi: 10.1371/journal.pone.0180621
  30. Tanner A.C.R., Kressirer C.A., Rothmiller S., et al. The Caries Microbiome: Implications for Reversing Dysbiosis // Adv Dent Res. 2018. Vol. 29, N 1. P. 78–85. doi: 10.1177/0022034517736496
  31. Gomez A., Nelson K.E. The Oral Microbiome of Children: Development, Disease, and Implications Beyond Oral Health // Microb Ecol. 2017. Vol. 73, N 2. P. 492–503. doi: 10.1007/s00248-016-0854-1
  32. Lif Holgerson P., Ohman C., Ronnlund A., Johansson I. Maturation of Oral Microbiota in Children with or without Dental Caries // PLoS One. 2015. Vol. 10, N 5. P. e0128534. doi: 10.1371/journal.pone.0128534
  33. Jiang S., Gao X., Jin L., Lo E.C. Salivary Microbiome Diversity in Caries-Free and Caries-Affected Children // Int J Mol Sci. 2016. Vol. 17, N 12. P. doi: 10.3390/ijms17121978
  34. Johansson I., Witkowska E., Kaveh B., et al. The Microbiome in Populations with a Low and High Prevalence of Caries // J Dent Res. 2016. Vol. 95, N 1. P. 80–86. doi: 10.1177/0022034515609554
  35. Deng W., Xi D., Mao H., Wanapat M. The use of molecular techniques based on ribosomal RNA and DNA for rumen microbial ecosystem studies: a review // Mol Biol Rep. 2008. Vol. 35, N 2. P. 265–274. doi: 10.1007/s11033-007-9079-1
  36. Yang B., Wang Y., Qian P.Y. Sensitivity and correlation of hypervariable regions in 16S rRNA genes in phylogenetic analysis // BMC Bioinformatics. 2016. Vol. 17, N. P. 135. doi: 10.1186/s12859-016-0992-y
  37. Yamashita Y., Takeshita T. The oral microbiome and human health // J Oral Sci. 2017. Vol. 59, N 2. P. 201–206. doi: 10.2334/josnusd.16-0856
  38. Belibasakis G.N., Bostanci N., Marsh P.D., Zaura E. Applications of the oral microbiome in personalized dentistry // Arch Oral Biol. 2019. Vol. 104, N. P. 7–12. doi: 10.1016/j.archoralbio.2019.05.023
  39. Krishnan K., Chen T., Paster B.J. A practical guide to the oral microbiome and its relation to health and disease // Oral Dis. 2017. Vol. 23, N 3. P. 276–286. doi: 10.1111/odi.12509
  40. Becker M.R., Paster B.J., Leys E.J., et al. Molecular analysis of bacterial species associated with childhood caries // J Clin Microbiol. 2002. Vol. 40, N 3. P. 1001–1009. doi: 10.1128/JCM.40.3.1001-1009.2002
  41. Belstrom D., Fiehn N.E., Nielsen C.H., et al. Differentiation of salivary bacterial profiles of subjects with periodontitis and dental caries // J Oral Microbiol. 2015. Vol. 7, N. P. 27429. doi: 10.3402/jom.v7.27429
  42. Belstrom D., Paster B.J., Fiehn N.E., et al. Salivary bacterial fingerprints of established oral disease revealed by the Human Oral Microbe Identification using Next Generation Sequencing (HOMINGS) technique // J Oral Microbiol. 2016. Vol. 8, N. P. 30170. doi: 10.3402/jom.v8.30170
  43. Benitez-Paez A., Belda-Ferre P., Simon-Soro A., Mira A. Microbiota diversity and gene expression dynamics in human oral biofilms // BMC Genomics. 2014. Vol. 15, N. P. 311. doi: 10.1186/1471-2164-15-311
  44. Caporaso J.G., Lauber C.L., Walters W.A., et al. Global patterns of 16S rRNA diversity at a depth of millions of sequences per sample // Proc Natl Acad Sci U S A. 2011. Vol. 108 Suppl 1, N. P. 4516–4522. doi: 10.1073/pnas.1000080107
  45. Colombo A.P., Boches S.K., Cotton S.L., et al. Comparisons of subgingival microbial profiles of refractory periodontitis, severe periodontitis, and periodontal health using the human oral microbe identification microarray // J Periodontol. 2009. Vol. 80, N 9. P. 1421–1432. doi: 10.1902/jop.2009.090185
  46. Colombo A.P., Bennet S., Cotton S.L., et al. Impact of periodontal therapy on the subgingival microbiota of severe periodontitis: comparison between good responders and individuals with refractory periodontitis using the human oral microbe identification microarray // J Periodontol. 2012. Vol. 83, N 10. P. 1279–1287. doi: 10.1902/jop.2012.110566
  47. Duran-Pinedo A.E., Chen T., Teles R., et al. Community-wide transcriptome of the oral microbiome in subjects with and without periodontitis // ISME J. 2014. Vol. 8, N 8. P. 1659–1672. doi: 10.1038/ismej.2014.23
  48. Gomes B.P., Berber V.B., Kokaras A.S., et al. Microbiomes of Endodontic-Periodontal Lesions before and after Chemomechanical Preparation // J Endod. 2015. Vol. 41, N 12. P. 1975–1984. doi: 10.1016/j.joen.2015.08.022
  49. Guerra F., Mazur M., Ndokaj A., et al. Periodontitis and the microbiome: a systematic review and meta-analysis // Minerva Stomatol. 2018. Vol. 67, N 6. P. 250–258. doi: 10.23736/S0026-4970.18.04198-5

Дополнительные файлы

Доп. файлы
Действие
1. JATS XML
Скачать

© Копецкий И.С., Побожьева Л.В., Копецкая А.И., Шевелюк Ю.В., 2021

Creative Commons License
Эта статья доступна по лицензии Creative Commons Attribution-NonCommercial-NoDerivatives 4.0 International License.
 


Согласие на обработку персональных данных с помощью сервиса «Яндекс.Метрика»

1. Я (далее – «Пользователь» или «Субъект персональных данных»), осуществляя использование сайта https://journals.rcsi.science/ (далее – «Сайт»), подтверждая свою полную дееспособность даю согласие на обработку персональных данных с использованием средств автоматизации Оператору - федеральному государственному бюджетному учреждению «Российский центр научной информации» (РЦНИ), далее – «Оператор», расположенному по адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А, со следующими условиями.

2. Категории обрабатываемых данных: файлы «cookies» (куки-файлы). Файлы «cookie» – это небольшой текстовый файл, который веб-сервер может хранить в браузере Пользователя. Данные файлы веб-сервер загружает на устройство Пользователя при посещении им Сайта. При каждом следующем посещении Пользователем Сайта «cookie» файлы отправляются на Сайт Оператора. Данные файлы позволяют Сайту распознавать устройство Пользователя. Содержимое такого файла может как относиться, так и не относиться к персональным данным, в зависимости от того, содержит ли такой файл персональные данные или содержит обезличенные технические данные.

3. Цель обработки персональных данных: анализ пользовательской активности с помощью сервиса «Яндекс.Метрика».

4. Категории субъектов персональных данных: все Пользователи Сайта, которые дали согласие на обработку файлов «cookie».

5. Способы обработки: сбор, запись, систематизация, накопление, хранение, уточнение (обновление, изменение), извлечение, использование, передача (доступ, предоставление), блокирование, удаление, уничтожение персональных данных.

6. Срок обработки и хранения: до получения от Субъекта персональных данных требования о прекращении обработки/отзыва согласия.

7. Способ отзыва: заявление об отзыве в письменном виде путём его направления на адрес электронной почты Оператора: info@rcsi.science или путем письменного обращения по юридическому адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А

8. Субъект персональных данных вправе запретить своему оборудованию прием этих данных или ограничить прием этих данных. При отказе от получения таких данных или при ограничении приема данных некоторые функции Сайта могут работать некорректно. Субъект персональных данных обязуется сам настроить свое оборудование таким способом, чтобы оно обеспечивало адекватный его желаниям режим работы и уровень защиты данных файлов «cookie», Оператор не предоставляет технологических и правовых консультаций на темы подобного характера.

9. Порядок уничтожения персональных данных при достижении цели их обработки или при наступлении иных законных оснований определяется Оператором в соответствии с законодательством Российской Федерации.

10. Я согласен/согласна квалифицировать в качестве своей простой электронной подписи под настоящим Согласием и под Политикой обработки персональных данных выполнение мною следующего действия на сайте: https://journals.rcsi.science/ нажатие мною на интерфейсе с текстом: «Сайт использует сервис «Яндекс.Метрика» (который использует файлы «cookie») на элемент с текстом «Принять и продолжить».