Oсoбeннoсти кoмплeксoв самоорганизующихся пeптидoв H-(RADA)4-OH со слoями в syn- и anti-ориентации

Обложка

Цитировать

Полный текст

Открытый доступ Открытый доступ
Доступ закрыт Доступ предоставлен
Доступ закрыт Только для подписчиков

Аннотация

Молекулы пeптида H-(RADA)4-OH в водно-солевых растворах cпособны образовывать двуслойные фибриллы в виде биотропного материала, который пригоден в качестве подложки для роста и дифференцировки клeтoк позвоночных. В филаменте два β-слoя взаимодействуют гидрофобными поверхностями, сформированными мeтильными группами oстaткoв аланина. Зaряжeнные группы oстaтков аргинина и аспарагиновой кислоты экспонированы вовне, при этом пептиды, слагающие филамент, находятся в β-кoнфoрмaции. Мeтoдом мoлeкулярнoй динaмики изучaли изменения во времени геометрии кoмплeксов 24 пептидов H-(RADA)4-OH при 80 и 300 К. Определено, чтo кoмплeкс aнтипaрaллeльных пeптидов наиболее стабилен, хaрaктeризуeтся нaимeньшими величинами свoбoднoй энeргии и срeднeквaдрaтичнoго отклoнeния кooрдинaт aтoмoв (RMS) при 80 и 300 K. Впервые охарактеризована модель стабильной структуры комплекса 24 параллельных пептидов, состоящего из двух β-слoев в syn-ориентации. Наличие нескольких стабильных комплексов пeптидoв, имеющих разную компоновку молекул H-(RADA)4-OH в составе протофиламента, подчеркивает важность изучения способов самоорганизации пептидов в растворе.

Об авторах

А. В. Данилкович

Филиал Института биоорганической химии им. академиков М.М. Шемякина и Ю.А. Овчинникова РАН

Автор, ответственный за переписку.
Email: danilkovich@bibch.ru
Россия, 142290, Пущино, просп. Науки, 6

Д. А. Тихонов

Институт математических проблем биологии РАН – филиал Института прикладной математики
им. М.В. Келдыша РАН; Институт теоретической и экспериментальной биофизики РАН

Email: danilkovich@bibch.ru
Россия, 142290, Пущино, ул. проф. Виткевича, 1; Россия, 142290, Пущино, ул. Институтская, 3

В. М. Липкин

Филиал Института биоорганической химии им. академиков М.М. Шемякина и Ю.А. Овчинникова РАН

Email: danilkovich@bibch.ru
Россия, 142290, Пущино, просп. Науки, 6

Список литературы

  1. Ovchinnikov Yu.A., Ivanov V.T. // In: The Proteins. 3rd edition / Eds. Neurath H., Hill R.L. New York: Acad. Press, 1982. V. 5. P. 307–642. https://doi.org/10.1016/0161-5890(84)90081-6
  2. Collier J.H., Rudra J.S., Gasiorowski J.Z., Jung J.P. // Chem. Soc. Rev. 2010. V. 39. P. 3413–3424. https://doi.org/10.1039/b914337h
  3. Seyedkarimi M.S., Mirzadeh H., Bagheri-Khoulenjani S. // J. Biomed. Mat. Res. Part A. 2019. V. 107. P. 330–338. https://doi.org/10.1002/jbm.a.36495
  4. Zhang S.G., Holmes T.C., Dipersio C.M., Hynes R.O., Su X., Rich A. // Biomaterials. 1995. V. 16. P. 1385–1393. https://doi.org/10.1016/0142-9612(95)96874-y
  5. Kumada Y., Zhang S. // PLoS One. 2010. V. 5. P. e10305. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0010305
  6. Naotaro Akiyama N., Yamamoto-Fukuda T., Takahashi H., Koji T. // Int. J. Nanomed. 2013. V. 8. P. 2629–2640. https://doi.org/10.2147/IJN.S47279
  7. Zhang S.G., Lockshin C., Herbert A., Winter E., Rich A. // EMBO J. 1992. V. 11. P. 3787–3796. https://doi.org/10.1002/j.1460-2075.1992.tb05464.x
  8. Данилкович А.В., Липкин В.М., Удовиченко И.П. // Биоорг. химия. 2011. Т. 37. С. 780–785. [Danilkovich A.V., Lipkin V.M., Udovichenko, I.P. // Russ. J. Bioorg. Chem. 2011. V. 37. P. 707–712.] https://doi.org/10.1134/S1068162011060069
  9. Pauling L., Corey R.B. // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1951. V. 37. P. 251–256. https://doi.org/10.1073/pnas.37.5.251
  10. Zhang S., Holmes T., Lockshin C., Rich A. // Proc. Natl. Acad. Sci. USA.1993. V. 90. P. 3334–3338. https://doi.org/10.1073/pnas.90.8.3334
  11. Zarei H., Aramvash A., Seyedkarimi M.S. // Int. J. Peptide Res. Therapeutics. 2019. V. 25. P. 265–272. https://doi.org/10.1007/s10989-017-9669-2
  12. Altman M., Lee P., Rich A., Zhang S.G. // Protein Sci. 2000. V. 9. P. 1095–1105. https://doi.org/10.1110/ps.9.6.1095
  13. Marcotte E.M., Pellegrini M., Yeates T.O., Eisenberg D.A. // J. Mol. Biol. 1999. V. 293. P. 151–160. https://doi.org/10.1006/jmbi.1999.3136
  14. Chen Y.W., Ding F., Nie H.F., Serohijos A.W., Sharma S., Wilcox K.C., Yin Y.S., Dokholyan N.V. // Arch. Biochem. Biophys. 2008. V. 469. P. 4–19. https://doi.org/10.1016/j.abb.2007.05.014
  15. Данилкович А.В., Тихонов Д.А. // Препринты ИПМ им. М.В.Келдыша. 2019. № 72. 24 с. https://doi.org/10.20948/prepr-2019-72
  16. Danilkovich A.V., Sobolev E.V., Tikhonov D.A., Udovichenko I.P., Lipkin V.M. // Dokl. Biochem. Biophys. 2012. V. 443. P. 96–99. https://doi.org/10.1134/S160767291202010X
  17. Simmerling C., Wang B., Woods R.J. // J. Computation. Chem. 2005. V. 26. P. 1668–1688. https://doi.org/10.1002/jcc.20290
  18. Yokoi H., Kinoshita T., Zhang S. // Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 2005. V. 102. P. 8414–8419. https://doi.org/10.1073/pnas.0407843102
  19. Zhang S., Lockshin C., Cook R., Rich A. // Biopolymers. 1994. V. 34. P. 663–672. https://doi.org/10.1002/bip.360340508
  20. Cormier A.R., Pang X., Zimmerman M.I., Zhou H.-X., Paravastu A.K. // ACS Nano. 2013. V. 7. P. 7562–7572. https://doi.org/10.1021/nn401562f
  21. Huang D., Zimmerman M.I., Martin P.K., Nix A.J., Rosenberry T.L., Paravastu A.K. // J. Mol. Biol. 2015. V. 427. P. 2319–2328. https://doi.org/10.1016/j.jmb.2015.04.004
  22. HyperChem® Computational Chemistry. Practical Guide – Theory and Method, HC 70-00-04-00. Gainesville: Hypercube Inc., 2002. 350 p.
  23. Macindoe G., Mavridis L., Venkatraman V., Devignes M.-D., Ritchie D.W. // Nucleic Acids Res. 2010. V. 38. P. 445–449. https://doi.org/10.1093/nar/gkq311
  24. Tovchigrechko A., Vakser I. // Proteins. 2005. V. 60. P. 296–301. https://doi.org/10.1002/prot.20573
  25. VanGunsteren W.F., Billeter S.R., Eising A.A., Hunenberger P.H., Kruger P., Mark A.E., Scott W.R.P., Tironi I.G. // Biomol. Simulation. Zurich: Vdf Hochschulverlag AG an der ETH Zurich, 1996. P. 1042.
  26. Duan Y., Wu C., Chowdhury S., Lee M.C., Xiong G., Zhang W., Yang R., Cieplak P., Luo R., Lee T., Caldwell J., Wang J., Kollman P. // J. Computation. Chem. 2003. V. 24. P. 1999–2012. https://doi.org/10.1002/jcc.10349
  27. Danilkovich A.V., Sobolev E.V., Tikhonov D.A., Shadrina T.E., Udovichenko I.P. // Math. Biol. Bioinform. 2011. V. 6. P. 92–101. https://doi.org/10.17537/2011.6.92
  28. Humphrey W., Dalke A., Schulten K. // J. Mol. Graphics. 1996. V. 14. P. 33–38. https://doi.org/10.1016/0263-7855(96)00018-5
  29. Onufriev A., Bashford D., Case D. // J. Phys. Chem. Part B. 2000. V. 104. P. 3712–3720. https://doi.org/10.1021/jp994072s
  30. Kabsch W., Sander C. // Biopolymers. 1983. V. 12. P. 2577–2637. https://doi.org/10.1002/bip.360221211

© А.В. Данилкович, Д.А. Тихонов, В.М. Липкин, 2023

Согласие на обработку персональных данных с помощью сервиса «Яндекс.Метрика»

1. Я (далее – «Пользователь» или «Субъект персональных данных»), осуществляя использование сайта https://journals.rcsi.science/ (далее – «Сайт»), подтверждая свою полную дееспособность даю согласие на обработку персональных данных с использованием средств автоматизации Оператору - федеральному государственному бюджетному учреждению «Российский центр научной информации» (РЦНИ), далее – «Оператор», расположенному по адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А, со следующими условиями.

2. Категории обрабатываемых данных: файлы «cookies» (куки-файлы). Файлы «cookie» – это небольшой текстовый файл, который веб-сервер может хранить в браузере Пользователя. Данные файлы веб-сервер загружает на устройство Пользователя при посещении им Сайта. При каждом следующем посещении Пользователем Сайта «cookie» файлы отправляются на Сайт Оператора. Данные файлы позволяют Сайту распознавать устройство Пользователя. Содержимое такого файла может как относиться, так и не относиться к персональным данным, в зависимости от того, содержит ли такой файл персональные данные или содержит обезличенные технические данные.

3. Цель обработки персональных данных: анализ пользовательской активности с помощью сервиса «Яндекс.Метрика».

4. Категории субъектов персональных данных: все Пользователи Сайта, которые дали согласие на обработку файлов «cookie».

5. Способы обработки: сбор, запись, систематизация, накопление, хранение, уточнение (обновление, изменение), извлечение, использование, передача (доступ, предоставление), блокирование, удаление, уничтожение персональных данных.

6. Срок обработки и хранения: до получения от Субъекта персональных данных требования о прекращении обработки/отзыва согласия.

7. Способ отзыва: заявление об отзыве в письменном виде путём его направления на адрес электронной почты Оператора: info@rcsi.science или путем письменного обращения по юридическому адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А

8. Субъект персональных данных вправе запретить своему оборудованию прием этих данных или ограничить прием этих данных. При отказе от получения таких данных или при ограничении приема данных некоторые функции Сайта могут работать некорректно. Субъект персональных данных обязуется сам настроить свое оборудование таким способом, чтобы оно обеспечивало адекватный его желаниям режим работы и уровень защиты данных файлов «cookie», Оператор не предоставляет технологических и правовых консультаций на темы подобного характера.

9. Порядок уничтожения персональных данных при достижении цели их обработки или при наступлении иных законных оснований определяется Оператором в соответствии с законодательством Российской Федерации.

10. Я согласен/согласна квалифицировать в качестве своей простой электронной подписи под настоящим Согласием и под Политикой обработки персональных данных выполнение мною следующего действия на сайте: https://journals.rcsi.science/ нажатие мною на интерфейсе с текстом: «Сайт использует сервис «Яндекс.Метрика» (который использует файлы «cookie») на элемент с текстом «Принять и продолжить».