Характеристика митогенома подверженной угрозе исчезновения рыбы Beaufortia pingi (Gastromyzontidae): описание генома и филогенетические соображения

Горные вьюны (щиповки) − богатая видами группа, которая хорошо приспособлена к быстротекущим пресноводным местообитаниям. Потеря среды обитания из-за строительства плотин гидроэлектростанций подвергает этих рыб угрозе исчезновения. Согласно предыдущим исследованиям, филогения рода Beaufortia остается спорной. Чтобы помочь прояснить филогенетические взаимоотношения Beaufortia и близкородственных видов, был секвенирован и проанализирован полный митогеном B. pingi. Кольцевой митогеном имеет длину 16 565 п.н. и содержит 13 генов, кодирующих белок PCGs, 22 гена транспортной РНК, два гена рибосомальной РНК и один контрольный регион. Наиболее распространенным кодоном в PCGs был лейцин (16.66%), за которым следовали аланин (9.32%) и треонин (7.71%). Филогенетический анализ, включающий 17 других видов горных вьюнов, был выполнен с использованием метода максимального правдоподобия, основанного на последовательностях 13 митохондриальных PCGs. Эти виды разделились на две клады: Gastromyzontidae и Balitoridae, а некоторые роды, включая Beaufortia, оказались парафилетическими. В частности, B. pingi попал в одну кладу с Erromyzon kalotaenia, Yaoshania pachychilus и Pseudogastromyzon fangi, которые в последующем образовали кластер с двумя другими видами Beaufortia.