Предварительное рентгеноструктурное исследование пуриннуклеозидфосфорилазы из галоалкалофильной бактерии Halomonas chromatireducens

Обложка

Цитировать

Полный текст

Открытый доступ Открытый доступ
Доступ закрыт Доступ предоставлен
Доступ закрыт Только для подписчиков

Аннотация

Кристаллы фермента пуриннуклеозидфосфорилазы из экстремофильной бактерии Halomonas chromatireducens AGD 8-3, подходящие для рентгеноструктурного исследования, выращены методом диффузии паров. Дифракционный набор от полученных кристаллов собран до разрешения 1.8 Å на станции белковой кристаллографии “Белок” синхротрона Национального исследовательского центра “Курчатовский институт” при температуре 100 K. Набор данных обработан для пр. гр. P1, Р2, Р21 и Р622. Решение методом молекулярного замещения с учетом двойникования было найдено для групп Р21 и P1, содержащих в независимой части элементарной ячейки один и два гексамера фермента соответственно.

Об авторах

Т. Н. Сафонова

Институт биохимии им. А.Н. Баха, Федеральный исследовательский центр “Фундаментальные основы биотехнологии” РАН

Email: tn_safonova@mail.ru
Россия, Москва

А. Н. Антипов

Институт биохимии им. А.Н. Баха, Федеральный исследовательский центр “Фундаментальные основы биотехнологии” РАН

Email: kmpolyakov@gmail.com
Россия, Москва

В. П. Вейко

Институт биохимии им. А.Н. Баха, Федеральный исследовательский центр “Фундаментальные основы биотехнологии” РАН

Email: kmpolyakov@gmail.com
Россия, Москва

Н. Н. Мордкович

Институт биохимии им. А.Н. Баха, Федеральный исследовательский центр “Фундаментальные основы биотехнологии” РАН; Медико-генетический научный центр им. академика Н.П. Бочкова

Email: kmpolyakov@gmail.com
Россия, Москва; Россия, Москва

Н. А. Окорокова

Институт биохимии им. А.Н. Баха, Федеральный исследовательский центр “Фундаментальные основы биотехнологии” РАН

Email: kmpolyakov@gmail.com
Россия, Москва

П. В. Дороватовский

Национальный исследовательский центр “Курчатовский институт”,

Email: kmpolyakov@gmail.com
Россия, Москва

К. М. Поляков

Институт молекулярной биологии им. В.А. Энгельгардта РАН

Автор, ответственный за переписку.
Email: kmpolyakov@gmail.com
Россия, Москва

Список литературы

  1. Ealick S.E., Rule S.A., Carter D.C. et al. // J. Biol. Chem. 1990. V. 265. P. 1812. https://doi.org/10.1016/S0021-9258(19)40090-2
  2. Mao C., Cook W.J., Zhou M. et al. // Structure. 1997. V. 5. P. 1373. https://doi.org/10.1016/S0969-2126(97)00287-6
  3. Krenitsky T.A., Koszalka G.W., Tuttle J.V. // Biochemistry. 1981. V. 20 (12). P. 3615. https://doi.org/10.1021/bi00515a048
  4. Bennett E.M., Li C., Allan P.W. et al. // J. Biol. Chem. 2003. V. 278. P. 47110. https://doi.org/10.1074/jbc.M304622200
  5. Ducati R.G., Santos D.S., Basso L.A. // Arch. Biochem. Biophys. 2009. V. 486. P. 155. https://doi.org/10.1016/j.abb.2009.04.011
  6. Михайлопуло И.А., Мирошников А.И. // Acta Naturae. 2010. Т. 2. № 2. С. 36. https://doi.org/10.32607/20758251-2010-2-2-36-58
  7. Nannemann D.P., Kaufmann K.W., Meiler J. et al. // Protein Eng. Des. Sel. 2010. V. 23. P. 607. https://doi.org/10.1093/protein/gzq033
  8. Xie X., Xia J., He K. et al. // Biotechnol. Lett. 2011. V. 33. P. 1107. https://doi.org/10.1007/s10529-011-0535-6
  9. Liekens S., De Clercq E., Neyts J. // Biochem. Pharmacol. 2001. V. 61. № 3. P. 253. https://doi.org/10.1016/s0006-2952(00)00529-3
  10. Carmeliet P. // Nature. 2005. V. 438. № 7070. P. 932. https://doi.org/10.1038/nature04478
  11. Furukawa T., Tabata S., Yamamoto M. et al. // Pharmacol. Res. 2018. V. 132. P. 15 https://doi.org/10.1016/j.phrs.2018.03.019
  12. Pant P., Pathak A., Jayaram B. // J. Phys. Chem. B. 2021. V. 125. P. 2856. https://doi.org/10.1021/acs.jpcb.0c10553
  13. Madrid D.C., Ting L.-M., Waller K.L. et al. // J. Biol. Chem. 2008. V. 283. P. 35899. https://doi.org/10.1074/jbc.M807218200
  14. Myers L.A., Hershfield M.S., Neale W.T. et al. // J. Pediatr. 2004. V. 145. P. 710. https://doi.org/10.1016/j.jpeds.2004.06.075
  15. Погосян Л.Г., Нерсесова Л.С., Газарянц М.Г. и др. // Биомед. химия. 2011. Т. 57. № 5. С. 526. https://doi.org/10.18097/PBMC20115705526
  16. Антипов А.Н., Мордкович Н.Н., Хижняк Т.В. и др. // Прикл. биохим. микробиол. 2020. Т. 56. № 1. С. 45. https://doi.org/10.31857/S055510992001002X
  17. Шаповалова А.А., Хижняк Т.В., Турова Т.П. и др. // Микробиология. 2009. Т. 78. № 1. С. 117. https://doi.org/10.1134/S0026261709010135
  18. Мордкович Н.Н., Манувера В.А., Вейко В.П. и др. // Биотехнология. 2012. № 1. С. 21.
  19. Kabsch W. // Acta. Cryst. D. 2010. V. 66. P. 125. https://doi.org/10.1107/S0907444909047337
  20. Murshudov G.N., Skubák P., Lebedev A.A. et al. // Acta Cryst. D. 2011. V. 67. P. 355. https://doi.org/10.1107/S0907444911001314

Дополнительные файлы

Доп. файлы
Действие
1. JATS XML
Скачать
2.

Скачать (883KB)
Метаданные

© Российская академия наук, 2023

Согласие на обработку персональных данных с помощью сервиса «Яндекс.Метрика»

1. Я (далее – «Пользователь» или «Субъект персональных данных»), осуществляя использование сайта https://journals.rcsi.science/ (далее – «Сайт»), подтверждая свою полную дееспособность даю согласие на обработку персональных данных с использованием средств автоматизации Оператору - федеральному государственному бюджетному учреждению «Российский центр научной информации» (РЦНИ), далее – «Оператор», расположенному по адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А, со следующими условиями.

2. Категории обрабатываемых данных: файлы «cookies» (куки-файлы). Файлы «cookie» – это небольшой текстовый файл, который веб-сервер может хранить в браузере Пользователя. Данные файлы веб-сервер загружает на устройство Пользователя при посещении им Сайта. При каждом следующем посещении Пользователем Сайта «cookie» файлы отправляются на Сайт Оператора. Данные файлы позволяют Сайту распознавать устройство Пользователя. Содержимое такого файла может как относиться, так и не относиться к персональным данным, в зависимости от того, содержит ли такой файл персональные данные или содержит обезличенные технические данные.

3. Цель обработки персональных данных: анализ пользовательской активности с помощью сервиса «Яндекс.Метрика».

4. Категории субъектов персональных данных: все Пользователи Сайта, которые дали согласие на обработку файлов «cookie».

5. Способы обработки: сбор, запись, систематизация, накопление, хранение, уточнение (обновление, изменение), извлечение, использование, передача (доступ, предоставление), блокирование, удаление, уничтожение персональных данных.

6. Срок обработки и хранения: до получения от Субъекта персональных данных требования о прекращении обработки/отзыва согласия.

7. Способ отзыва: заявление об отзыве в письменном виде путём его направления на адрес электронной почты Оператора: info@rcsi.science или путем письменного обращения по юридическому адресу: 119991, г. Москва, Ленинский просп., д.32А

8. Субъект персональных данных вправе запретить своему оборудованию прием этих данных или ограничить прием этих данных. При отказе от получения таких данных или при ограничении приема данных некоторые функции Сайта могут работать некорректно. Субъект персональных данных обязуется сам настроить свое оборудование таким способом, чтобы оно обеспечивало адекватный его желаниям режим работы и уровень защиты данных файлов «cookie», Оператор не предоставляет технологических и правовых консультаций на темы подобного характера.

9. Порядок уничтожения персональных данных при достижении цели их обработки или при наступлении иных законных оснований определяется Оператором в соответствии с законодательством Российской Федерации.

10. Я согласен/согласна квалифицировать в качестве своей простой электронной подписи под настоящим Согласием и под Политикой обработки персональных данных выполнение мною следующего действия на сайте: https://journals.rcsi.science/ нажатие мною на интерфейсе с текстом: «Сайт использует сервис «Яндекс.Метрика» (который использует файлы «cookie») на элемент с текстом «Принять и продолжить».